Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

4 страниц V   1 2 3 > » 

малой
Отправлено: 26.02.2016 - 22:02





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Уже исправил )) Извините пожалуйста
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19371 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 26.02.2016 - 20:05





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Если во главу угла ставлю чувствительность а специфичность получается более скромная, то есть ли нижний предел достаточной специфичности? Существует утвержденная градация чувствительности и специфичности? Вот в некоторых статьях пишут чувствительность/ специфичность "хорошая" или "очень хорошая", "отличная".

А в одной из статьей указали, что специфичность ниже 0,7 не позволяет методику использовать как самостоятельный инструмент. Что уже говорить про мою специфичность - 0,6 ))
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19369 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 23.02.2016 - 23:17





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Я на вики забрёл когда-то, и там там вообще сумасшедший набор характеристик для полученных результатов - https://en.wikipedia.org/wiki/Receiver_oper..._characteristic

Я использовал для характеристики отношения чувствительности/специфичности их сумму и accuracy (ACC)

Подскажите пожалуйста в чем преимущество +LR, почему именно его принято показывать в статьях?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19363 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 23.02.2016 - 20:04





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Всё проще. Я хочу знать на сколько подробно принято привадить такие пороги в публикациях. Например, по моей методике все понятно, 8 вопросов и максимум два балла за каждый: 8*2= 16. И все 16 порогов можно показать с чувствительностью и специфичностью. А в модели как оптимально продемонстрировать пороги? Их слишком ведь много для того, чтоб все возможные варианты демонстрировать.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19361 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 23.02.2016 - 07:17





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(DrgLena @ 22.02.2016 - 22:14) *
Вы поняли, что в этой ссылке назвали порогом? Как получен ряд этих чисел?


Вроде да)) Например для порога 0,37 моей модели (сделал все три добавочных переменных дихотомическими): se=0,92 sp=0,68 ac=0,80. Для голой методики при пороге 8 баллов и более se=0,97 sp=0,62 ac=0,79
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19356 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 22.02.2016 - 21:41





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


таблица с порогами - https://basegroup.ru/community/articles/logis-medic-scoring

там пороги 0,25;0,26;0,27... и так до конца прибавляется каждый порог по одной сотой. А если всех по порядку значений нет в моих вероятностях, то можно пропускать значения или нужно всё равно все просчитать прибавляя по одной сотой?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19351 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 22.02.2016 - 20:03





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Скажите пожалуйста, пороги отсечения для полученных вероятностей принято делать по вероятностям первой группы или с заданным интервалом, например 0,1;0,2;0,3... ?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19348 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 22.02.2016 - 17:41





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Если балл 7 и более по методике, то OR=66
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19344 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 22.02.2016 - 14:45





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Руками я научился считать. Всё вроде пока сходится)) Не могу только теперь найти табличку Categorical Var Codings. Выложите пожалуйста scrin. Хочется, чтоб по-людски было уже ))
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19342 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 21.02.2016 - 22:40





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(100$ @ 21.02.2016 - 22:38) *
DrgLena,
а почему ,286*15, а не -,286*15?
И что такое -3,905 в этой истории?


Да и ещё почему 1,921 а не 1,642*2?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19335 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 21.02.2016 - 21:47





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(DrgLena @ 21.02.2016 - 20:35) *
Если продолжать мучить SPSS, то будет так, руками для этого примера:
Z= 0,286*15+1,191+1,921-3,905=3,497
exp(-3,497)= 0,030288 p=1/1,030288=0,9706 (программа использует больше значащих цифр чем 3 после запятой, поэтому 0,97044)


Это первый пациент судя по вероятности. Если не трудно, напишите пожалуйста коэффициенты для всех значений и константу получившиеся у Вас.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19333 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 21.02.2016 - 18:05





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(DrgLena @ 21.02.2016 - 18:03) *
На форуме есть возможность посылать личные сообщения. Я прошу предоставить обсуждаемые данные для общего обозрения. Есть желающие вам помочь на этом форуме, хоть вы, наверное, не врач, поскольку с латынью не дружите, хотя и с арифметикой тоже, но переменные у вас крутые.


Отправил
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19330 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 21.02.2016 - 17:37





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Спасибо. Напишите пожалуйста свою почту
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19325 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 21.02.2016 - 14:30





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(100$ @ 21.02.2016 - 13:55) *
Для дихотомической переменной ДихотомХ с коэффициентом ,871 это может быть так, а вот для порядковой с коэф-том 1,921 - уж извините.

И вообще, если уж выкладываешь расчет на всеобщее оборзение, то будь добр, запиши его secundum artem. Собственно, об этом и пост был.


Да, там очень крутая переменная - судимости ))
Что значит Secundum Artem?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19320 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 21.02.2016 - 14:26





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Набор переменных для пациента:
методика значение - 15, дихотомX (измеряется 0,1) у неё значение 0, дихотомY (измеряется 0,1) у неё значение 1, порядковая ( измеряется 0,1,2) её значение 2.

Теперь коэффициенты:
В (методика) = -0,286
В (1) (дихотомХ)= 0,871
В (1) (дихотомY)= 1,191
В (1) (порядковая) = 1,921
В (2) (порядковая) = 1,642
В (константа) = - 0,077
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19319 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 21.02.2016 - 14:13





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Там где коэффициент 0,871 значение переменной 0, а где коэффициент 1,921 то значение переменной 2 и поэтому используется коэффициент 1,642.

  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19316 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 21.02.2016 - 06:58





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Уже 100 раз пересчитал, и с родителями тоже))
Не получается цифра как в spss. Подскажите уже плиз двоечнику ))
Дайте списать ))
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19309 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 20.02.2016 - 22:38





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Оказывается, что spss сама считает и вероятности после логистической регрессии))
Вероятности вставил в ROC и модель ожидаемо улучшилась. Но когда решил вручную посчитать вероятность для одного из пациентов, то не выходит чего-то. Может кто-нить подскажет, что не так.
Набор переменных для конкретного пациента:
методика, дихотомX (0,1), дихотомY (0,1), порядковая (0,1,2)
15, 0, 1, 2
Если все переменные вбивать как количественные, то spss выдает коэффициенты :
В (методика) = 0,274
В (дихотомХ)= 0,926
В (дихотомY)= 1,104
В (порядковая) = 0,830
В (константа) = - 3,837
получается следующее уравнение:
Z =0,274*15+0,926*0+1,104*1+0,830*2-3,837= 3,037
exp(-3.037)=0,048 ergo 1/1,048=0,953
SPSS тоже так посчитала вероятность = 0,953. Всё сошлось.

Теперь с этим же набором данных вводим последних три переменных как нужно, то есть категориальными и получаем коэффициенты:
В (методика) = -0,286
В (1) (дихотомХ)= 0,871
В (1) (дихотомY)= 1,191
В (1) (порядковая) = 1,921
В (2) (порядковая) = 1,642
В (константа) = - 0,077

Z = -0,286*15+0*0+1,191*1+1,642*2-0,077= -0,585
exp(0.585)=1.791 ergo 1/2,791=0,358
А вот SPSS посчитала, что должна вероятность быть 0,97044. И это правильно. Скажите пожалуйста, что я сделал не так в ручном подсчете?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19307 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 16.02.2016 - 23:15





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Может хоть немного меня оправдает то, что все переменные взяты из узконаправленных специализированных методик, которые прошли многократные стат. проверки. Дайте пожалуйста ссылочки на Boruta и модель Кокса "для чайников".
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19293 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 16.02.2016 - 14:30





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Давайте тогда обрисую актуальную картину на теперешний момент. Есть методика оценивающая риск суицида. Она состоит из 20 пунктов (чем больше балл, тем больше риск суицида), каждый пункт ранговый: 0,1,2 (выраженность признака). Раньше было 2 методики по 20 пунктов но одну из них из-за разногласий с авторами пришлось убрать.

Оставшуюся методику мы её пробуем на отечественной группе лиц с определенным диагнозом для оценки риска повторного суицида. Набрали три группы человек: группа с повторными суицидами, группа с однократными суицидами и группа без суицидов вообще.
Взяли Краскела - Уоллиса и просмотрели, что по суммарному баллу все группы различаются. Самостоятельная значимость (есть различия) определяется только у семи пунктов.
Альфа всей методики и одной подшкалы "достаточная", других подшкал "плохая". Далее мы провели ФА всей методики (20 пунктов). Все самостоятельно значимые пункты объединяет в один фактор и альфа в нем "хорошая". Выделяется ещё факторы, их можно интерпретировать, но в них альфа "плохая". Дисперсия у всех получается плохая (у первого фактора 25%). Тогда подбором начали исключать переменные и оказалось, что при исключении всех переменных не обладающих собственной значимостью (Краскела - Уоллиса) методика преобразовалась в двухфакторную с хорошими альфами, хорошей дисперсией и интерпретацией.


Далее мы третью группу без попыток суицида совсем оставляем, так как оцениваем риск повторности. Остается группа с повторными суицидами и с одиночными. И теперь у нас две методики. Изначальная (20 пунктов) и её двухфакторная модификация (7 пунктов).
Проводим ROC-анализ, который говорит, что обе методики хороши в прогнозе повторности суицида (AUC более 0,7), у факторной модификации он почти 0,8.
Далее мы пытаемся улучшить прогностичность уже полученной факторной модификации и добавляем в её две качественные и одну порядковую переменную посредствам регрессии. SPSS хвалит такое решение и выдает улучшенный прогноз и данные для формулы. Далее вставляем все данные и в формулу и получаем для каждого человека прогноз.
Но когда вставляем выходные данные из полученных формул в ROC, то получается, что AUC стал хуже чем был (0,6).

Вот такой вот велосипед )))
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19289 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 16.02.2016 - 08:07





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(DrgLena @ 16.02.2016 - 00:02) *
Матрица для ФА это что? Вы изучаете какой анализ?


Факторный анализ. Потом вношу что получилось в регрессию.

Скажите плиз а когда ранговые переменные (0,1,2), формируют уже методику где семь ранговых пунктов и соответственно баллов в ней от 0 до 14. Эта полученная новая переменная перестает быть ранговой и становится количественной?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19286 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 16.02.2016 - 08:02





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(100$ @ 15.02.2016 - 23:19) *
Что-то вы путаетесь в показаниях...


Там всё трохи сложнее. Там три группы сначала было. Между ними все 40 переменных различались. Потом осталось две. Поэтому так.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19285 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 15.02.2016 - 19:06





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(DrgLena @ 15.02.2016 - 14:02) *
Замечание для изучающий логистическую регрессию. Действительно, в качестве предикторов могут использоваться и количественные и бинарные и ранговые переменные. В случае последних нужно найти коэффициенты в количестве n-1 , где n число градаций. Т.о. для предиктора, принимающего значения 0, 1 и 2 не может быть использован один коэффициент, как для количественной переменной


В SPSS это заложено. Или я ошибаюсь ?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19277 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 15.02.2016 - 19:05





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(100$ @ 15.02.2016 - 12:21) *
Т.е. два набора из 0 и 1 вы сравниваете Краскелом - Уоллисом? И так 40 раз?


Два набора, каждый из 0, 1 и 2 по каждой переменной и того 40 операций. Из них 17 оказались значимых, которые потом взял в матрицу для ФА.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19276 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

малой
Отправлено: 15.02.2016 - 07:57





Группа: Пользователи
Сообщений: 94
Регистрация: 18.06.2014
Пользователь №: 26469


Цитата(ogurtsov @ 15.02.2016 - 07:10) *
Отклик здесь бинарный: наступление события, и две группы пациентов - это оно же. Шкала имеет кучу вопросов, по каждому три градации - варианты ответов, это все предикторы. Я так расшифровал smile.gif


Всё верно
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #19268 · Ответов: 82 · Просмотров: 74238

4 страниц V   1 2 3 > » 

Открытая тема (есть новые ответы)  Открытая тема (есть новые ответы)
Открытая тема (нет новых ответов)  Открытая тема (нет новых ответов)
Горячая тема (есть новые ответы)  Горячая тема (есть новые ответы)
Горячая тема (нет новых ответов)  Горячая тема (нет новых ответов)
Опрос (есть новые голоса)  Опрос (есть новые голоса)
Опрос (нет новых голосов)  Опрос (нет новых голосов)
Закрытая тема  Закрытая тема
Тема перемещена  Тема перемещена