ROC-анализ |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
ROC-анализ |
31.05.2017 - 10:53
Сообщение
#1
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 13 Регистрация: 31.05.2017 Из: москва Пользователь №: 29869 |
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ)
|
|
31.05.2017 - 11:22
Сообщение
#2
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 105 Регистрация: 23.11.2016 Пользователь №: 28953 |
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ) Zamira, ! Не вполне понятна главная цель Вашего исследования. Ведь не ради ROC-кривых проводится исследование. Как я понимаю, у Вас есть две группы исследования. А в этом случае и следует сравнить эти 2 группы. Поскольку наверняка в этих группах есть как количественные, так и качественные признаки, то рекомендую использовать метод логистической регрессии. Вот тогда и получите ROC-кривые для уравнений в целом, а не для отдельных признаков. Об этом методе много статей в сети, почитайте их. Успеха! |
|
31.05.2017 - 13:00
Сообщение
#3
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ) A. Поскольку имеется одна и та же группа, с одним и тем же исходом, то 1) Сравнивать ROC можно. 2) Это делается или в виде построения доверительных интервалов (отдельно по специфицности, чувствительности), или сравнивая AUC кривых (в том числе в "зоне интереса" pAUC) пакет pROC https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com...1471-2105-12-77 в R B. Возможно лучше изучить взаимодействие изучаемых признаков не только с помощь ROC. Например пакет Boruta, и набор пакетов randomForestSRC и графику к нему (edarf: Exploratory Data Analysis using Random Forests. ggRandomForests: Visually Exploring Random Forests) позволяющую рисовать зависимости переменных (в том числе "частные"). |
|
31.05.2017 - 22:01
Сообщение
#4
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1202 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704 |
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ) Сравнивать можно. Нашёл недавно бесплатный ресурс, который проводит ROC-анализ лучше, чем указанные вами коммерческие пакеты. Только оптимальное пороговое значение ищет 34 способами; сравнивать кривые тоже позволяет - нужно только указать сразу несколько маркёров. Всё прекрасно закачивается, обсчитывается и строятся графики (единственный минус - десятичную точку на запятую не поменять на рисунках через настройки. На радостях со следующего учебного года введу ROC-анализ в читаемый студентам курс. http://www.biosoft.hacettepe.edu.tr/easyROC/ Сообщение отредактировал nokh - 31.05.2017 - 22:10 |
|
31.05.2017 - 23:23
Сообщение
#5
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 105 Регистрация: 23.11.2016 Пользователь №: 28953 |
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ) Zamira, ! Описание сравнения ROC-кривых, с примерами сравнения, можете прочитать в статье по адресу http://www.biometrica.tomsk.ru/ROC-analysis.pdf Успеха! |
|
1.06.2017 - 00:19
Сообщение
#6
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
Нашёл недавно бесплатный ресурс, который проводит ROC-анализ лучше, чем указанные вами коммерческие пакеты. nokh, спасибо за ссылку, все легко и просто, а ДИ к чувствительности и специфичности и к основной характеристике диагностического теста, включающей эти обе Positive Likelihood Ratio - просто замечательно. Сравнение двух тестов можно провести посредством этих ДИ. |
|
1.06.2017 - 12:13
Сообщение
#7
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 13 Регистрация: 31.05.2017 Из: москва Пользователь №: 29869 |
СПАСИБО ВСЕМ!!!
|
|
6.06.2017 - 00:06
Сообщение
#8
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1202 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704 |
<Zamira
В качестве личных сообщений принимаю благодарности, предложения к сотрудничеству, коммерческие предложения. Поэтому отвечу в форум, тем более что заготовка для ответа была:) 1. Создайте в Excel файл Название.xls (или Название.xlsх). Измените все русские названия на английские, например: Marker1, Marker2, Status и сохраните его в текстовом формате (тип файла: Текст MS-DOS) как Name.txt. Переменные типа Marker могут быть количественными или качественными, переменная Status - бинарная: 0 или 1. 2. Откройте файл Name.txt в Блокноте Windows и убедитесь, что он нормально открывается и читается. (Часто для англоязычных программ на этом шаге требуется заменить десятичный разделитель в виде запятой на точку: Правка - Заменить - Вбить в поля "Что? и Чем?" запятую и точку - Заменить всё. Но в нашем случае этого можно не делать, т.к. программа принимает и запятую.) 3. В браузере: http://www.biosoft.hacettepe.edu.tr/easyROC/ 4. Ввод данных. Раздел [Data upload] 4.1. Радиометка в Upload a file 4.2. Browse - Указать путь к файлу Name.txt. В центральной части окна появятся первые 10 строк файла - значит данные успешно считаны. Если этого не произойдёт, возможно, нужно поменять Delimiter (Разделитель значений) или в самом файле остался текст на кириллице (точнее - на куракулице). 4.3. Поставить галочку в Use comma as decimal, т.к. в качестве десятичного разделителя мы оставили запятую. 4.4. Ниже выбираем в качестве переменной статуса Status, а в качестве метки - 1. 5. Раздел [ROC curve] 5.1. Select markers (выбор маркёров) - Marker1 (если проводим ROC-анализ для одного показателя) или Marker1, Marker2 (если нужно их сравнение) 5.2. По умолчанию программа ставит галочку в Higher values indicate risks, что обозначает, что большему риску соответствует большее значение показателя. Если это не так, то ROC-кривая отобразтся зеркально: вогнутой вниз, а не выпуклой, тогда нужно снять здесь галочку. Дальше нужно выбрать метод, смотреть результаты и править графику. Сообщение отредактировал nokh - 6.06.2017 - 00:33 |
|
6.06.2017 - 09:44
Сообщение
#9
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 13 Регистрация: 31.05.2017 Из: москва Пользователь №: 29869 |
опередили меня! Огромное спасибо. Извините
Сообщение отредактировал Zamira - 6.06.2017 - 09:47 |
|