Зависимость локализации поражения от породы Опции

[Елена Гогуа]

Здравствуйте. Я ветеринарный врач, увлечена клиническими исследованиями. Самоучка, так как в российской ветеринарной медицине этого направления пока нет. Поэтому прошу прощения за возможно глупые вопросы.

Коллеги попросили помочь с исследованием: оценка породной предрасположенности к определенной локализации и характеру кожных поражений у собак. Есть 8 пород (в исследование включались породы, где было 3 и больше пациентов) - всего 77 собак, и в качестве контрольной группы собаки, которых было представлено только по 1-2 штуки из породы (всего 11). Локализаций поражений 24.

Правильно ли я понимаю:
1.Это описательное исследование (зависимость локализации поражения от породы, нет вмешательства, нет исхода) и поэтому контрольная группа не нужна (но так посоветовал профессор из Германии..)?
2.Поскольку это независимые номинальные переменные (есть/нет поражения в этой области тела у этой породы), я должна провести анализ таблиц сопряженности для всех пар признаков?
3.Тот же профессор посоветовал использовать поправку Бонферрони, но я не уверена, что она тут к месту..

Буду благодарна за помощь и советы.

[Елена Гогуа]

Я прошу прощения, что так надолго пропала.

Напишу подробнее, что происходит.
Российские ветеринарные врачи сформулировали гипотезу, что локализация кожных поражений у собак и тип инфекции (бактериальная, грибковая, смешанная) взаимосвязаны с породой. Исследование проспективное, собак набирали около года по протоколу. Все это исследование проходит при участии профессора из Германии. Это именно участие и помощь, он не статистик и не должен анализировать данные. Он помогает советами, так как имеет больший опыт.

Я прикрепила таблицу с данными.

Всего 88 собак, породные группы формировались, если собак этой породы было 3 и более. Получилось 8 породных групп плюс 11 собак разных пород.
Локализаций поражений всего 8 (лапы, уши, морда, живот, спина и т.д.). У одной собаки может быть несколько пораженных областей. В свою очередь, каждое поражение может быть бактериальное ИЛИ грибковое ИЛИ смешанное. Исходя из этого получилось 8*3 = 24 переменные (зона_1_бакт, зона_1_грибк, зона_1_смеш, зона_2_бакт, и т.д.). Кроме того, рассматривали типы инфекции (бакт, грибк, смеш) без учета локализации. Например, у одной породы почти все поражения были грибковыми, у другой смешанными, у третьей - вообще не было инфекций (да, есть породы, у которых зуд и подтвержденный диагноз есть, но вторичной инфекции нет). Всего получилось 8 + 24 + 4 = 36 переменных (в таблице, мне кажется, понятней).

Так вот. Я по каждой паре порода*переменная проводила анализ таблиц сопряженности. Статистически значимые результаты совпадали с клиническими наблюдениями дерматологов (ну это к слову).

Немецкий профессор вчера написал, что при множественных сравнениях одних и тех же данных есть вероятность значимых результатов просто случайная, и необходимо использовать коррекцию Бонферрони (которая, конечно, все эти значимости сводит на нет).

Мне вся эта задачка очень интересна, но не хватает знаний и опыта


Буду очень благодарна за ваши мнения.

Сообщение отредактировал Елена Гогуа - 26.08.2018 - 20:25

Прикрепленные файлы

 breed_localization.xlsx ( 20,37 килобайт ) Кол-во скачиваний: 215

 

[p2004r]

1) Неправильно это придумывать самому уровни факторов и потом такую искусственную конструкцию распердоливать еще на дамми переменные. По зонам тоже не нужное такое кодирование (Все это игрища пустые, простое svd показывает реальная размерность такого датасета намного меньше.)

Есть два показателя "бинарных", условно _грибок_ и _бактерия_ (в обоих "нули", вот и ситуация когда "нет", в обоих единица, значит ситуация "оба").

2) Ну а породы наоборот надо на дамми разложить, раз связь именно с ними надо показать.

Эрго:

Получается наличие прострой структуры размерностью 4 по данным с зонами поражений. Но что то лениво мне еще и все зоны описывать в нормальную кодировку (грибок+бактерия в зоне).

Если смотреть только по обобщенным данным, то увы мощности данных не хватает что бы доказать наличие простой структуры. Но корреляционную картину можно сколько угодно интерпретировать

Склонны к грибам породы 2 и 6. К бактериям склонна порода 1. Несклонна к бактериям порода 4. Склонность к бактериям или грибам независимы друг от друга для всех пород (ну можно что то ловить у 5й пытаться, она вроде как "ко всему умеренно не склонна").

Сообщение отредактировал p2004r - 27.08.2018 - 22:31