Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
Отправлено: 28.12.2022 - 19:43 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
Здравствуйте, из этого списка: https://r4stats.com/articles/software-revie...gui-comparison/ стал пользоваться jamovi: https://www.jamovi.org/ |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #27985 · Ответов: 72 · Просмотров: 94876 |
Отправлено: 4.07.2018 - 09:24 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
...Привожу всегда среднее и 95% ДИ. Но вычисляю их так: а) для не сильно асимметрично распределённых данных (данные в пределах выборки не изменяются на порядки) и для очень малых выборок рассчитываю обычное среднее арифметическое, а 95% ДИ вычисляю непараметрическим бутстрепом (методом процентилей, или чаще ВСа). уважаемый nokh, не могли бы поделиться ссылками на этот подход? |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #23139 · Ответов: 11 · Просмотров: 18721 |
Отправлено: 16.02.2018 - 01:53 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #22640 · Ответов: 22 · Просмотров: 24703 |
Отправлено: 29.10.2017 - 01:39 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
...Единственное, что я бы ещё добавил..., так это вычислил бы в %, сколько всё-таки изменчивости (дисперсии) показателя определяется полом, сколько - диетой и сколько - спецификой сочетания (взаимодействием) этих факторов. Уважаемый nokh, спасибо за наводку с компонентами дисперсии. Bот что всё-таки вышло. Для простоты я использовал пример (dataset.txt) в Монтгомери с батарейками (8th ed., p.192-194, прикрепил).E(MS(Material)) = E(SS(Material)/(a-1)) = σ2 + SS(Material)/(a-1) = 6017.074074 (20.1%), E(MS(Temperature)) = E(SS(Temperature)/(b-1)) = σ2 + SS(Temperature)/(b-1) = 20234.57407 (67.4%), E(MS(Material*Temperature)) = E(SS(Material*Temperature)/((a-1)(b-1))) = σ2 + SS(Material*Temperature)/((a-1)(b-1)) = 3078.657407 (10.3%), E(MS(Error)) = E(SS(E)/(ab(n-1))) = σ2 = 675.212963 (2.3%), E(MS(Total)) = 30005.51852 (100.0%). [a = 3, b = 3, n = 4; SS(Material) = 10683.72, SS(Temperature) = 39118.72, SS(Material*Temperature) = 9613.78, SS(Error) = 18230.75.] Но вот, что получилось (sas_output.pdf) в SAS (понимаю, что надо в R...), так это скорее всего то, о чём вы упомянули: "программы могут отказаться считать компоненты для фиксированных [факторов]...". В таблице EMS только "Q" (refers to a quadratic form in parameters of the parenthesized effect). Если рассматривать факторы как случайные, то SAS считает (sas_output2.pdf). Bозникла путаница с тем, что ещё рассчитывают (lecture.pdf) η2 -- силу влияния факторов... Я так их рассчитал: η2(A) = SS(A)/SS(T) = 13.76%, η2(B) = SS(B)/SS(T) = 50.38%, η2(AB) = SS(AB)/SS(T) = 12.38%, η2(E) = SS(E)/SS(T) = 23.48%. [SS(T) = 77646.97222.] С другой стороны, формулы для EMS на стр.191 (Montgomery), если я правильно понимаю, приведены для случая сбалансированных планов. В моём же эксперименте количество значений в ячейках дисперсионного компекса очень сильно разнится. Как быть ?
Прикрепленные файлы
dataset.txt ( 1,22 килобайт )
Кол-во скачиваний: 683
Montgomery.pdf ( 3,47 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 457 sas_code.txt ( 2,25 килобайт ) Кол-во скачиваний: 681 sas_output.pdf ( 98,48 килобайт ) Кол-во скачиваний: 185 sas_output2.pdf ( 84,81 килобайт ) Кол-во скачиваний: 181 lecture7.pdf ( 336,63 килобайт ) Кол-во скачиваний: 539 |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #22067 · Ответов: 17 · Просмотров: 25155 |
Отправлено: 30.09.2017 - 12:34 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21937 · Ответов: 17 · Просмотров: 25155 |
Отправлено: 29.09.2017 - 23:35 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
Добрый день, подхватываю эту тему, т.к. задача аналогичная. Имеется: 1) независимые переменные: (А) Пол (женский, мужской) (Б) Диета (д1, д2, д3) 2) зависимая переменная: Концентрация (мг/мл) Как указал nokh, чтобы оценить распределение ошибки дисперсионного комплекса, проделал следующие шаги: (1) вычислил остатки для исходных данных, исходя из присутствия факторов А, Б и их взаимодеиствия (А*Б) (2) построил гистограмму частот остатков (3) увидел: -- сильную скошенность вправо, -- коэффициенты ассиметрии и эксцесса (совсем) отличны от 0, -- вероятности для критериев согласия < 0.05. (4) преобразовал исходные данные по Боксу-Коксу (получил БК-трансформированные данные) (5) вычислил остатки для трансформированных данных, исходя из (А Б А*Б) (6) построил гистограмму частот остатков (7) увидел: -- распределение стало (идеально) симметричным , -- коэффициенты ассиметрии и эксцесса (почти) равны 0, -- вероятности для критериев согласия >0.05 (за некоторыми исключениями) (4а) преобразовал исходные данные логарифмированием (получил Ln-трансформированные данные) (5а) --- (6а) построил гистограмму частот Ln-трансформированные данных (7а) увидел: -- распределение стало симметричным, но чуть хуже, чем в случае Бокса-Кокса, -- коэффициенты ассиметрии и эксцесса (почти) равны 0, -- вероятности для критериев согласия <0.05 (за некоторыми исключениями) Начал тестировать собственно влияние (А Б А*Б) (приложил итоговую таблицу), но вижу, что тестируемая модель практически не обьясняет вариабельность в данных (дисперсия ошибки в 10 раз превышает дисперсию, которая обьясняется моделью, и R^2 ~ 0.1) Подскажите, пожалуйста, как с этим бороться? |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21935 · Ответов: 17 · Просмотров: 25155 |
Отправлено: 15.09.2015 - 16:35 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
...больше склоняюсь в пользу ресемплинг-техник: рандомизационных тестов, бутстрепа, складного ножа... это - сегодняшний день в анализе данных Не подбросите литературы, доступной для понимания?...универсального софта нет, точнее есть в виде R, но он для начального уровня плох... Возможно, поможет бесплатное решение SAS University Edition (http://www.sas.com/en_us/software/university-edition.html).(Сам, правда, не пользовался и на SAS не работаю .) Там есть модуль SAS/IML, который (если я правильно понимаю) имеет отношение к перечисленным выше техникам; из него в SAS можно кодить на R. Что-то посмотреть можно в блоге: http://blogs.sas.com/content/iml/tag/boots...-and-resampling . |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #18778 · Ответов: 16 · Просмотров: 28956 |
Отправлено: 13.09.2015 - 09:25 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #18762 · Ответов: 4 · Просмотров: 6116 |
Отправлено: 13.09.2015 - 09:18 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #18761 · Ответов: 20 · Просмотров: 37809 |
Отправлено: 13.09.2015 - 01:25 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #18760 · Ответов: 16 · Просмотров: 28956 |
Отправлено: 4.11.2014 - 15:52 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
...какую программу лучше использовать для стат.анализа,где их можно найти,приобрести или скачать... ЗДРАВСТВУЙТЕ. КАК ВАРИАНТ: SAS UNIVERSITY EDITION (ЭТО БЕСПЛАТНЫЙ ВАРИАНТ КОММЕРЧЕСКОЙ SAS) http://www.sas.com/en_us/software/university-edition.html КРИТИКА И МНЕНИЯ: http://www.analyticsvidhya.com/blog/2014/0...ut-good-enough/ http://r4stats.com/2013/05/14/beginning-of-the-end-v2/ SAS В ОСВОЕНИИ ОЧЕНЬ НЕ ПРОСТ, НО ПО ЭТОЙ СИСТЕМЕ ОБУЧАЮЩЕГО МАТЕРИАЛА ПРЕДОСТАТОЧНО. R КАК АЛЬТЕРНАТИВА (БЕСПЛАТНАЯ). ПО ОТЗЫВАМ И МОЕМУ СКРОМНОМУ ОПЫТУ: ВНЕ ВСЯКОГО СОМНЕНИЯ ОЧЕНЬ МОЩНОЕ СРЕДСТВО. НО R НЕ МЕНЕЕ СЛОЖНЫЙ, ЧЕМ SAS. ОДНАКО И ЛИТЕРАТУРЫ И РЕСУРСОВ СЕЙЧАС ПО R ТАКЖЕ ПРЕДОСТАТОЧНО. ЕСЛИ В ПЛАНАХ ЕСТЬ СЕРЬЁЗНО ЗАНИМАТЬСЯ (БИОМЕДИЦИНСКОЙ) СТАТИСТИКОЙ, ТО ЭТИ ПРОГРАММЫ ---- ПРОГРАММЫ ВЫБОРА. |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #17677 · Ответов: 3 · Просмотров: 6921 |
Отправлено: 3.03.2012 - 12:50 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #13086 · Ответов: 4 · Просмотров: 8047 |
Отправлено: 24.01.2012 - 19:10 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста, где есть курсы по медицинской статистике и по работе с программой Statistica от StatSoft? Я учусь в аспирантуре, знаний по обработке данных, полученных лишь на цикле ОЗД, довольно мало и хотелось бы с умом подойти к проблеме. Интересует обучение именно для знаний. Думаю, за две-три можно получить основы таких знаний? Проводится ли такое обучение в наших центральных ВУЗах и где это делать полезнее всего? http://www.spbmapo.ru/ru/edu/?one_c=3400 Научно-доказательная медицина и биостатистика Факультет общественного здравоохранения Кафедра педагогики, философии и права Сроки: 19.11 - 15.12 Тип: ТУ Количество слушателей: 31 Длительность: 144 Характеристика цикла: Научно-доказательная медицина и биостатистика /цикл проводится в вечернее время/ (для соискателей, ординаторов, сотрудников учреждений здравоохранения и научно-медицинских учреждений) в Питере, в МАПО (заведующий -- супер, материал даёт классно -- лаконично, доступно, НО хорошо бы подчитать к этому циклу самостоятельно) 144 ч на такой курс -- мало, месяца 2 бы там и по statistica объясняют только сразу -- смотрите в сторону SAS и R (!) (+ базы данных (CS Pro, EpiData, Oracle, CASHE), т.е. то, что требуется от исследователя в той или иной степени: data management + statistical analysis |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #12830 · Ответов: 2 · Просмотров: 12656 |
Отправлено: 25.10.2011 - 07:03 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
Можно перейти из очной аспирантуры в заочную, когда очная уже закончилась без представления? |
Форум: Обучение в аспирантуре · Просмотр сообщения: #12129 · Ответов: 1 · Просмотров: 5451 |
Отправлено: 25.10.2011 - 05:18 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Обучение в аспирантуре · Просмотр сообщения: #12128 · Ответов: 5 · Просмотров: 11212 |
Отправлено: 22.09.2011 - 11:20 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
говорят отрицательный результат тоже результат, хотя иногда трудно его принять... если Вы создали препарат... это КРУТО! может переметнуться в какие-нибуть токсикологические настроения... (без шуток)? к тому же, как я понял, у Вас есть 1 год в запасе может быть Вам перейти из очной в заочную аспирантуру... будете в статусе аспиранта. люди, а так можно сделать? |
Форум: Обучение в аспирантуре · Просмотр сообщения: #12054 · Ответов: 5 · Просмотров: 11212 |
Отправлено: 9.09.2011 - 12:50 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #12033 · Ответов: 16 · Просмотров: 28956 |
Отправлено: 5.08.2011 - 15:10 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #11984 · Ответов: 21 · Просмотров: 33077 |
Отправлено: 10.07.2011 - 16:32 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
А в чём проблема-то? Обычный дисп. анализ с повторными измерениями. Т.к. были %, можно предварительно преобразовать к/л угловым преобразованием. Но я посмотрел - распределение ошибки и так получается симметричным колоколообразным, т.е. в принципе, можно и не преобразовывать. Через параметрику выходит что все группы кроме последней отличаются от контроля, но не различаются между собой. Можно и через непараметрику, Фридман с последующими post-hoc. У меня получилось, что таким способом отличия значимы только для первой группы и контроля. спасибо за ответ. да, у меня так же получается. просто хотелось бы уточнить некоторые детали. про мощность я прочитал. но тут откуда не возьмись появляется тест Mauchly (http://en.wikipedia.org/wiki/Mauchly%27s_sphericity_test). это критично? и потом: мой случай 2-х факторная смешанная (fixed - условие культивации (5 уровней), random - мышь) RM ANOVA или однофакторная? И если группа A отличается от B, а C не отличается от B, как A может не отличаться от C ? |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #11965 · Ответов: 21 · Просмотров: 33077 |
Отправлено: 16.06.2011 - 00:10 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
спасибо за ответы. жду |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #11925 · Ответов: 21 · Просмотров: 33077 |
Отправлено: 15.06.2011 - 14:11 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
Какими статистическими методами пользоваться для получения выводов, затрудняюсь ответить, познакомившись с этими данными. таких таблиц у меня штук 70 ... в 60 -- эксперимент однотипный, в 10 других добавляется ещё 1 концентрация для веществ и добавляется ещё положительный контроль тоже в двух концентрациях (как с этими 10 быть я вообще ума не приложу...). но все эти 70 можно разделить на 2 класса: 1/ считал процент клеткок с рецептором (почему я и упоминал пуассона) 2/ измерял продукцию цитокинов выкладывать всё и просить о помощи было бы наглостью... ...значения уйдут в область отрицательных значений. Ответ, как правило, задающий вопрос не знает. да, Вы правы... я тоже задавал себе этот вопрос давно... когда статистика сторила ось ординат начиная с "-5"... так и не смог объяснить себе. а объяснение сложное? А такое представление, пока что доминирует хочу, чтобы как надо было Классиками более показан для этих данных непараметрический ANOVA Фридмана т.к. распределение ненормальное? после чего также необходимы парные сравнения. Dunnet ? (но мне и между собой вещества тоже нужно сравнить...) Tukey's HSD ? (но он для несвязанных вроде) В этом модуле в Statistica наряду с рангами приводятся и средние и SD, я вставила в график. И становится понятно, что рейтинг рангов и средних по сравниваемым группам может не совпадать, как в данном примере. спасибо за расчёты а как быть с анализом мощности? его на всех этапах проводить, где не было найдено различий? |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #11923 · Ответов: 21 · Просмотров: 33077 |
Отправлено: 15.06.2011 - 13:27 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
В приведенных данных другой дизайн исследования... и должно быть ANOVA для повторных измерений значит, я так понял, что 1-way RM ANOVA но я подумал (в который раз ), что у меня 3 фактора: 1/ Условие (контроль и вещества) 2/ Мышь (8 штук) 3/ Концентрация (0 (для контроля) и X (для веществ)) (хотя этот п.3 думаю = 1, не могу понять...) в первом посте у вас всего одна мышка, и нужно сравнить средние по 8 параллелям в 5 группах и все. строчка цифр #1 для мышь #1, строчка цифр #2 для мышь #2 и т.д. |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #11922 · Ответов: 21 · Просмотров: 33077 |
Отправлено: 15.06.2011 - 01:16 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
? А в приведенных данных, действительно связанные выборки...? да, строчка чисел = одна мышь, другая строчка -- другая и т.д. ? А в приведенных данных, действительно связанные выборки, а контроль только один или два, как вы писали в первом посте? извиняюсь, в этих данных 1 контроль (физр-р) (ЛПС убрал, хотя можно и добавить ) |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #11919 · Ответов: 21 · Просмотров: 33077 |
Отправлено: 14.06.2011 - 12:28 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
Это один вопрос, и я просто предложила другой алгоритм, но вовсе не обязательно, что это абсолютная истина. Я Вас понимаю... (я в смысле про анализ мощности ) Гораздо хуже, когда в методиках, основанных на подсчете розеток вообще в некоторые лунки не попадают клетки, на которых их нужно подсчитывать. Как сравнить хотя бы две группы в такий ситуации? Как считать, нет розеткообразрования - это одна ситуация, а не попали клетки - другая. У вас все проще, можете выложить матрицу данных 5х8 , чтобы можно было точнее оценить, как лучше решить Вашу задачу. конечно, чтобы клетки попали во все лунки равновероятно я их ресуспендировал/взбалтывал непосредственно перед тем как в лунки наливать (здесь мы использовали проточную цитометрию) У вас все проще, можете выложить матрицу данных 5х8 , чтобы можно было точнее оценить, как лучше решить Вашу задачу. в приложенном файле один эксперимент из ~50, характерный для всех проведённых графа "донор" содержит порядковые номера доноров (вместо фио), данные в остальных графах -- проценты графа "К" = клетки инкубировавшиеся с физраствором (на самом деле, конечно, с культуральной средой но без добавления веществ; выше писал про физраствор для краткости )
Прикрепленные файлы
|
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #11917 · Ответов: 21 · Просмотров: 33077 |
Отправлено: 14.06.2011 - 00:01 | |
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
вот я и сел в лужу... спасибо за ответ, а как быть с другими вопросами? |
Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #11915 · Ответов: 21 · Просмотров: 33077 |
Открытая тема (есть новые ответы) Открытая тема (нет новых ответов) Горячая тема (есть новые ответы) Горячая тема (нет новых ответов) |
Опрос (есть новые голоса) Опрос (нет новых голосов) Закрытая тема Тема перемещена |