Определение чувствительности и специфичности комбинации маркеров |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
Определение чувствительности и специфичности комбинации маркеров |
27.08.2012 - 16:58
Сообщение
#46
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
Немного был занят. 1) "группы.по.лечению" это что за переменная? это она описывает проводимое лечение? 2) в конце первого файла данных были всякие "дигоксины", они имеют отношение к проводимому лечению? здравствуйте. лечение - колонки 47-62, а колонка 13 группы по лечению- делит всех пациентов на 3 группы задачи исследования: 1. влияет ли снижение ЧСС до операции на снижение частоты кардиальных осложнений 2. влияет ли тип операции на снижение частоты кардиальных осложнений 3. влияние факторов риска |
|
27.08.2012 - 17:14
Сообщение
#47
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
здравствуйте. лечение - колонки 47-62, а колонка 13 группы по лечению- делит всех пациентов на 3 группы задачи исследования: 1. влияет ли снижение ЧСС до операции на снижение частоты кардиальных осложнений 2. влияет ли тип операции на снижение частоты кардиальных осложнений 3. влияние факторов риска Не совсем понимаю Хорошо, 13 колонка делит пациентов на 3 группы. Лечение в группах было разное? Можно эту колонку использовать как признак назначенного лечения? Иными словами какой принцип разбиения пациентов на эти три группы? 1) влияет ли снижение ЧСС до операции на снижение частоты кардиальных осложнений в какой колонке находится "снижение ЧСС до операции", и в какой колонке соответственно "частота кардиальных осложнений"? 2) влияет ли тип операции на снижение частоты кардиальных осложнений колонка "тип операции" какой номер? 3) влияние факторов риска на что влияние? на какую колонку? ну и номера колонок "факторов риска" укажите. |
|
27.08.2012 - 17:25
Сообщение
#48
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
Хорошо, 13 колонка делит пациентов на 3 группы. Лечение в группах было разное? Можно эту колонку использовать как признак назначенного лечения? Иными словами какой принцип разбиения пациентов на эти три группы? можно, принцип разбиения-по проводимой терапии(1-бетаблокаторы, 2 - антагонисты кальция, 3 - ингибиторы АПФ Сообщение отредактировал Диана - 27.08.2012 - 17:29 |
|
27.08.2012 - 17:29
Сообщение
#49
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
1) влияет ли снижение ЧСС до операции на снижение частоты кардиальных осложнений в какой колонке находится "снижение ЧСС до операции", - колонка 43, ( может надо подсчитать на сколько снизилась от первоначального при поступлении в стационар), и в какой колонке соответственно "частота кардиальных осложнений"?-колонка 14 Сообщение отредактировал Диана - 27.08.2012 - 17:29 |
|
27.08.2012 - 17:42
Сообщение
#50
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
2) "влияет ли тип операции на снижение частоты кардиальных осложнений колонка "тип операции" какой номер? " - колонка- 64 (два вида доступа), и обьем операции - 63,65, 69, 72 3) влияние факторов риска "на что влияние? на какую колонку?" - 14 ( п/о кард. осложнения), ну и номера колонок "факторов риска" укажите колонки- 2, 3, 4, 17, 20 - 34, 44, 45, 46. [/quote] |
|
27.08.2012 - 22:24
Сообщение
#51
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
1) влияет ли снижение ЧСС до операции на снижение частоты кардиальных осложнений в какой колонке находится "снижение ЧСС до операции", - колонка 43, ( может надо подсчитать на сколько снизилась от первоначального при поступлении в стационар), и в какой колонке соответственно "частота кардиальных осложнений"?-колонка 14 ну сначала давайте посмотрим глазами на то как влияет или нет. вот график (mosaicplot) показывающий частоту случаев с определенным сочетанием трех переменных --- группа лечения (13), частота осложнений (14), и сгруппированная выше и ниже собственной медианы ЧСС (43). как видно --- осложнения нарастают от первой группы к третьей, ЧСС также нарастает в данном направлении + дополнительно резко нарастает во второй и третей группе лечения при наличии осложнения любой степени Код mosaicplot(table(data[,13], data[,14], cut(data[,43], c(50,70,120)))) с ростом частоты осложнений (от группы лечения 1 к 3) незначительно увеличивается доля 2 го типа доступа (64) Код mosaicplot(table(data[,13], data[,14], data[,64])) Объем операции 63 нарастает. Код > summary(data[,63]) Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 1.000 1.000 1.000 1.453 2.000 4.000 > mosaicplot(table(data[,13], data[,14], data[,63])) Объем операции 65 падает. Код > summary(data[,65]) Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 85.0 135.0 155.0 166.2 185.0 320.0 > mosaicplot(table(data[,13], data[,14], cut(data[,65], c(80,155,330)) )) Объем 69.... наверное лучше объединить все случаи осложнений в один уровень, вот так лучше. Видно сразу что ситуация во второй группе и третьей группе типа лечения по отношению к объему 69 зеркальна Код > summary(data[,69]) Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 15.00 35.00 43.00 45.06 50.00 104.00 > mosaicplot(table(data[,13], data[,14]>0, cut(data[,69], c(10,43,110)) )) > Объем 72 постояненное соотношение у не осложненных во всех трех группах лечения, но у осложненных доля объема падает и в третей группе достигает уровня неосложненных. Скорее всего это фактор который указывает на возникновения осложнения вследствии каких то причин во время операции. Код > summary(data[,72]) Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 200.0 400.0 500.0 592.6 700.0 2500.0 > mosaicplot(table(data[,13], data[,14]>0, cut(data[,72], c(100,500,3000)) )) > PS добавил первые мозаики с объединенными осложениями Сообщение отредактировал p2004r - 27.08.2012 - 23:35 |
|
28.08.2012 - 09:02
Сообщение
#52
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
супер, в мозаичных графиках данные очень наглядно смотрятся, буду их использовать в своей работе
|
|
28.08.2012 - 12:07
Сообщение
#53
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
супер, в мозаичных графиках данные очень наглядно смотрятся, буду их использовать в своей работе ну а те зависимости, что видны на "мозаике" можно подтверждать результатами факторного дисперсионного анализа. |
|
28.08.2012 - 13:46
Сообщение
#54
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
у меня есть данные факторного анализа, но, как сейчас обратила внимание, там нет некоторых переменных, которые использовали при построении мозаичных графиков
Сообщение отредактировал Диана - 1.10.2012 - 09:15 |
|
28.08.2012 - 19:54
Сообщение
#55
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
у меня есть данные факторного анализа, но, как сейчас обратила внимание, там нет некоторых переменных, которые использовали при построении мозаичных графиков В данном случае речь шла о факторном дисперсионном анализе. Если все переделать в номинальную шкалу, то подойдет multiple correspondence analysis. Если не переделывать, то multivariate analysis with mixed quantitative variables and factors (например dudi.mix из ade4). но это ж мне каждую переменную смотреть и решать что она такое не, не сегодня. |
|
28.08.2012 - 21:10
Сообщение
#56
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
|
|
31.08.2012 - 16:49
Сообщение
#57
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
взял показатели без пропусков. 1) смотрим чем отличаются (и можно ли различить группы лечения) Код tmp <- as.vector(table(factor(data2[,13]))); num_clases <- length(tmp); min_size <- tmp[order(tmp,decreasing=FALSE)[1]]; vector_for_sampsize.13 <- rep(min_size,num_clases); rf<-randomForest(data.frame(data2[,c( 65, 69, 72, 43, 3)], factor(data2[,63]), factor(data2[,2]) , factor(data2[,14]>0)), factor(data2[,13]), sampsize=vector_for_sampsize.13, proximity=TRUE, do.trace=TRUE) > rf Call: randomForest(x = data.frame(data2[, c(65, 69, 72, 43, 3)], factor(data2[, 63]), factor(data2[, 2]), factor(data2[, 14] > 0)), y = factor(data2[, 13]), sampsize = vector_for_sampsize.13, proximity = TRUE, do.trace = TRUE) Type of random forest: classification Number of trees: 500 No. of variables tried at each split: 2 OOB estimate of error rate: 50.53% Confusion matrix: 1 2 3 class.error 1 14 10 6 0.5333333 2 13 9 8 0.7000000 3 8 3 24 0.3142857 MDSplot(rf,factor(data2[,13]), pch=as.character(factor(data2[,13]))) varImpPlot(rf) Отличается только третья группа от первых двух. На графике восстановленных расстояний между случаями видно что группы скорее перетекают 1-2-3. Ведущие переменные разделения групп лечения это ЧСС до., Возраст, Время пережатия аорты1 и слабо Традиц.терапия. Если осложнения не преобразовывать в два уровня, то картина еще четче становится Код rf<-randomForest(data.frame(data2[,c( 65, 69, 72, 43, 3)], factor(data2[,63]), factor(data2[,2]) , data2[,14]), factor(data2[,13]), sampsize=vector_for_sampsize.13, proximity=TRUE, do.trace=TRUE) MDSplot(rf,factor(data2[,13]), pch=as.character(factor(data2[,13]))) > rf Call: randomForest(x = data.frame(data2[, c(65, 69, 72, 43, 3)], factor(data2[, 63]), factor(data2[, 2]), data2[, 14]), y = factor(data2[, 13]), sampsize = vector_for_sampsize.13, proximity = TRUE, do.trace = TRUE) Type of random forest: classification Number of trees: 500 No. of variables tried at each split: 2 OOB estimate of error rate: 45.26% Confusion matrix: 1 2 3 class.error 1 17 9 4 0.4333333 2 12 10 8 0.6666667 3 6 4 25 0.2857143 фактически группы две - 1 и 3, вторая размазана между ними. |
|
1.09.2012 - 22:22
Сообщение
#58
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
фактически группы две - 1 и 3, вторая размазана между ними. [/quote] на мой взгляд- на графиках отражена реальная ситуация,и я поняля свою ошибку- вот почему 2 группа размазана- она получала разные препараты из одной группы(вот почему их и объединили)- и у одной части имелось снижение ЧСС от исходных данных, а у других нет. как же я так упустила то. |
|
1.09.2012 - 22:26
Сообщение
#59
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 39 Регистрация: 30.06.2012 Пользователь №: 23898 |
не могу разобраться с 3 графиком, какой то он сложненький
Сообщение отредактировал Диана - 1.09.2012 - 22:28 |
|
3.09.2012 - 18:18
Сообщение
#60
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
не могу разобраться с 3 графиком, какой то он сложненький там тоже что и на первом графике, просто три оси показано от mds. (ну и на нем когда осложнения не как фактор с двумя уровнями, а как степень тяжести). |
|