tо p2004r :

Да, порой тяжело менять что-то в устоявшемся сознании, шаблонности, стереотипах поведения других.

Не обвиняю никого, ни в чем, т.к. сам в этом - полный лох.

Просто недавно поехал к другому профессору за отзывом на автореферат...он сидел, долго пытался открыть мою флешку, чтоб отпечатать отзыв (мною написанный)
После серии неудачных попыток, он отказал мне в просьбе поискать другой компьютер с работающим USB портом, а протянут визитку и попросил прислать ему на е-мейл мои "бумажки".
Причем днем раньше я предлагал этот-же вариант, и получил отказ - мол, приезжайте к 9.00, - "Это вам надо, или мне?"
А ехать мне пришлось с щелковской до щукинской)) и встать в 6.00..
Ну это я о наболевшем....

На основе ваших ответов подготовил текст для отстреливания от статист нападок))
зацените, может подшлифуете..:

"Все правильно, пациенты 1-й группы встречаются во 2-й и наоборот,
Здесь вторичную роль играет то, к какой группе относится пациент.
На первом плане для статистической обработки – то, какой тип стеноза.
Согласен, что по тяжести диагноза и тактике ведения пациент с хотя бы одним значимым стенозом сразу попадает в свою ?колею? ( желательно на операцию), а с незначимым – в свою – динамическое наблюдение и консервативное лечение. Это логично.
В начале работы мы думали, что правильнее было-бы сгруппировать данные без псевдорепликации , т.е. создать 3-ю группу пациентов со смешанными стенозами (значимыми и незначимыми у одного пациента) Но в этом случае группы получались слишком малочисленные.
Поэтому пришлось намеренно сгруппировать по случаям.
Сам по себе стеноз в процентах не переменная типа да-нет, его таким делаем мы сами преобразовывая данные о гемодинамической значимости в бинарную переменную.

При таком искусственном дизайне имеется иерархия "левая-правая" внутри "пациент", целевая бинарная "умеренный-сильный" (ну и куча независимых параметров модели). (КАКИХ ЕЩЕ?)
То что уровни( КАКИЕ НАПРИМЕР?) вложенного (иерархического) дизайна можно опустить для этой конкретной модели доказывалось недостоверностью соответствующих уровней в связи с независимыми переменными которые предсказывают сделанную нами бинарную переменную.
У нас дифдиагноз в ситуации, когда стеноз уже установлен как факт. и все что дает модель относится _только_ к этой ситуации
Сообственно, для случаев с неустранимым дефектом в дизайне эксперимента и предназначена модель со смешанными эффектами

строится модель так:
glmer(степень_стеноза~ предикторы + (1|человек/сторона), family = binomial)
зависимая переменная "степень_стеноза" является откликом
описание дизайна: "сторона" внутри "человек" все уровни эксперимента воспроизводятся в модели.

Важным моментом, статистической обработки было задействование функции ?generalized mixed model? для борьбы с псевдоповторами.
Об этом методе подробно описано в книге.
Michael J. Crawley - The R Book глава 19. (книгу прилагаю)

Пришлось применить generalized mixed model для борьбы с Pseudoreplication

если ?c nested within b which in turn is nested within a?

то пишем lme(fixed = y~1, random = ~ 1 | a/b/c) или lmer(y~1+( 1 | a/b/c))

В принципе модель со смешанными эффектами как бы и предназначена для исследования возможности сокращения схемы полного факторного дизайна за счет не влияющих на модель сочетаний факторов.
Можно изучать фиксированные или смешанные эффекты этой переменной, а не влияния на эту переменную.
Кроме того, это совершенно принятый способ изучить псевдорепликацию не способом "мамой клянусь глазные дела зависят от стороны стеноза", а доказать это статистически.Собственно, R и придумали, что бы не упражняться в филологических описаниях хода анализа (и пытаться их понять), а однозначно излагать свои мысли.

Ковариация (от англ. covariation - "совместная вариация") - мера линейной зависимости двух величин.

Да, я даже не задумывался о вкравшейся ошибке дизайна... Все теперь очень печально.
Вообще очень грустно - видеть как "делается наука" изнутри.
Как пишут диссеры, подгоняя под нужный результат данные.
Как делают 100 вместо 30 пациентов,
Как защищаются на высосанных из пальца темах папенькины сынки,
как не до конца удаляют опухоль, чтоб пациент вернулся на повторные операции....
и т.д и т.п.
Тупо, грустно! Не хочу быть таким.

именно так и было...


Зачем...чтоб всех подставить?!
Мой руководитель - милый человек и я ему обязан своим поступлением в аспирантуру и тем опытом "клиническим", который он мне дал...

Неладное подметил оппонент, честь ему и хвала! Хоть кто-то вчитался в мою работу!

В конце концов, статистика- это злая вещь...при совершенно правильном дизайне исследования можно понять, что определенный процент людей с злокачественными опухолями ел манку с комочками в детском саду))

Это очень сложно(( до меня доходит как до дерева...
Имеется ввиду, что правая или левая (уровни иерархии) не имеет значение по отношению к стенозам 30% и более 30% ?

пробую считать модель со смешанными эффектами.
Правильно ли я понимаю, что если в моем исследовании стеноз до 30% и более 30% - есть фиксированный тип признака (перевод может быть не совсем точный) и он коррелирует с наличием изменений на стороне этого самого стеноза, то все ок и я могу посыпать голову пеплом))?

to p2004r
СПАСИБО, вы вселяете мне моральные силы и надежду, что не все так плохо..
как вы думаете, на защите кандидатской много людей разбираются в статистическом вопросе?

to DrgLena

При таком разделении в группы получаются неравнозначны по кол-ву человек, чуть ли не 25 со стенозом более 30% (r+l r, l), 15 со стенозом менее 30% (r+l r, l) и 120 (смешанных)


Это доказуемо, и видно даже в сырых необсчитанных данных... Могу ли я это два верхних пункта взять за ооправдание моему кривому дизайну....
Причем, когда мы переходим к интерпретации данных гемодинамики в экстраокуляоных сосудах, тут "более выгодно" рассматривать не пациентов, а именно артерии в вышележащих отделах( типа глазные R и L и изменение параметров по отношению к нижележащим сонным R и L)

Ключевой момент - я не имею возможности перепечатать весь диссер, разослать заново все авторефераты и предоставить на защите совсем другую работу (((
Я хочу защитить эту)))
Спасибо за советы... по крайней мере я не буду мямлить что-то непонятное, а скажу определенными терминами, что мое исследование кривое, и это намеренно, и это не запрещено.... и т.п.

Спасибо за мнение, противоположное предыдущему и близкое ко мнению моего профессора! Теперь я совсем в растерянности.
Почему нельзя примениеть методику стат обработки данных для исключения pseudoreplications?
Я запутываюсь! Объект исследования - больной, или его 2 артерии, которые могут иметь 2- степени проявлени болезни ?!
Понятно, что нельзя рассматривать артерии отдельно от больного...
У нас задача не дать ответ -оперироваться или нет, а выявить симптомокомплекс , которые чаще проступает на стороне более грубого сосудистого поражения (Ну типа инсульты или преходящие поражения зрения чаще со стороны, где артерия сильнее сужена)
Внесите ясность!!

спасибо... сейчас буду ее покупать....
Уже скачал в торрентах!!!
буду переводить..

СПАСИБО!!!
Эта информация видимо очень ценна, но мне нужно словами объяснить профессору, что мой способ разделения имеет право на жизнь,
потому-что....
Боюсь что "linear mixed model и generalized mixed model для борьбы с Pseudoreplication" он не осилит, так же как и я....
хотя, я начинаю понимать...поправьте если я ошибусь...
Все путем, потому что при стат. обработке результатов мы применили спец метод генерализованой смешанной модели для избавления от псевдоповторов....так?
П.С. я в статистике самый настоящий "ДУХ".

спасибо
Если не затруднит можно пояснить что имеется ввиду на моем примере?

Суть в следующем:
Изучаем атеросклероз сонных артерий .
Как известно, у человека 2 сонные артерии - правая и левая.
Таким образом у 1 пациента 2 сонных артерий всего.
Существует разная степень стеноза ( сужение просвета до 30 %, когда еще не надо оперироваться и более 30% когда уже пора под нож:) )

Целью работы является выявление мозговых, глазных и т.п. признаков наличия стеноза до и более 30% а так-же оценка данных кровотока по этим артериям...

У меня данные 140 пациентов, т.е. 280 сонных артерий.
У одного о того-же пациента может быть 2 проявления этого заболевания (до 30% с одной стороны и более 30% с другой) Это же альтернативный признак?

Разбил на группы так:
В 1-ю группу были включены 149 случаев стеноза сонных артерий более 30% у 105 пациентов.
Во 2-ю группу вошли 110 случаев стеноза менее 30% сонных артерий у 86 пациентов.

Таким образом получилось, что пациенты из 1 гр есть во 2-й и наоборот.

Профессор говорит, что так нельзя. Но объяснить почему - не может, Я сомневаюсь...
Как ему толково объяснить, что можно? Или переписывать диссер ??
Помогите, пожалуйста!