Парный (paired) критерий Стьюдента?, срочно нужен совет |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
Парный (paired) критерий Стьюдента?, срочно нужен совет |
13.05.2011 - 05:36
Сообщение
#1
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
берём клетки у 1 мыши
вносим их [клетки] на 5 лунок добавляем в лунку 1 физраствор (нулевой контроль) в лунку 2 -- вещество А, в лунку 3 -- вещество Б, в лунку 4 -- вещество В повторяем такой же эксперимент 7 раз (получаем n = 8). т.к. группы связанные (1 объект (клетки одной и той же мыши) подвергается различным воздействиям (1 контроль и 4 вещества)) делаю repeated measures ANOVA, нахожу различия для нахождения возможных различий между конкретными группами делаю попарное сравнение для некоторых групп, используя paired two-tailed Student's t test алгоритм верный? заранее спасибо Сообщение отредактировал bubnilkin - 15.06.2011 - 13:54 |
|
16.05.2011 - 04:25
Сообщение
#2
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1202 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704 |
Повторные измерения - нормально, парный критерий Стьюдента - не совсем корректно, лучше провести запланированные сравнения внутри ANOVA средствами, имеющимися в вашем статпакете. Но если очень срочно - наверное сойдёт и Стьюдент, по крайней мере это будет куда ближе к истине, чем ориентироваться на доверительные интервалы для средних - последние для зависимых выборок совсем не показательны (показательна средняя разность между вариантами с ДИ для неё).
|
|
18.05.2011 - 16:16
Сообщение
#3
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
благодарю за ответ
Сообщение отредактировал bubnilkin - 10.06.2011 - 05:41 |
|
10.06.2011 - 05:41
Сообщение
#4
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
...лучше провести запланированные сравнения внутри ANOVA средствами... ещё раз спасибо за ответы т.е. контрасты это честнее (оптимальнее) всего. но, по правде сказать, начал анализировать "после того как", значит в этом случае обязан делать post-hoc анализ... прочитал ваше руководство по ANOVA в статистике (за что спасибо большое). там вы приводите Tukey's HSD, но в моём (RM ANOVA, группы зависимые/?/связанные) он, вроде, не подходит (The observations being tested are independent (http://en.wikipedia.org/wiki/Tukey%27s_range_test)) или я путаю? и потом, т.к. я заранее не запланировал что с чем сравнивать, думаю, что число возм сравнений = 10 (конечно сюда попадают сравнения которые не имеют смысла (в моём случае всего 1), но т.к. я не запланировал то приходится ставить 10.... это верно?) потом отсекаю некоторые из полученных p методом Holm (1979) (http://en.wikipedia.org/wiki/Holm%E2%80%93Bonferroni_method), на том основании, что групы должны быть связанными, прочитал тут (стр. 4, внизу): nitro.biosci.arizona.edu/workshops/aarhus2006/pdfs/Multiple.pdf) в некоторых случаях после предыдущего этапа остаются значимые p (для них я записываю M; 95%CI (обратно преобразовав (если расчёты делал в преобразованной шкале или высчитав из непреобразованных, если трансформации не было)) НО. иногда я не получаю значимых различий: 1/ или на этапе RM ANOVA, 2/ или и на этапе post-hoc (Tukey's HSD ?), 3/ или на этапе Holm. возникает вопрос: получив "не значимо" сразу делать post-hoc power analysis для метода, который не выявил стат.значимых различий? к сожалению, в AtteStat пока не реализован (как я понял) требуемый модуль. нашёл программу G*Power (http://www.psycho.uni-duesseldorf.de/abteilungen/aap/gpower3/download-and-register). справка для свежей версии (3.1.2) пока не заполнена, а для предыдущих (http://www.psycho.uni-duesseldorf.de/aap/projects/gpower/how_to_use_gpower.html) идёт речь о RM ANOVA: within, between, within-between factors. думаю, что within вариант подходит в моём случае, т.к. в плане 1 фактор (вещество или физ.раствор) и я ищу различия внутри этого фактора (верно?) для остальных этапов (2/, 3/)пока не нашёл... и нужно ли? P.S. про "зависимых выборок ...показательна средняя разность между вариантами с ДИ для неё)." к сожалению, не понимаю... (спросить больше не у кого, благо есть этот форум и люди, отвечающие на такие дилетантские вопросы) буду премного благодарен за ответы Сообщение отредактировал bubnilkin - 15.06.2011 - 13:55 |
|
10.06.2011 - 12:08
Сообщение
#5
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
про "зависимых выборок ...показательна средняя разность между вариантами с ДИ для неё)." к сожалению, не понимаю... Что именно вы измеряете (считаете). Вы не до конца объяснили суть эксперимента. На какой вопрос вы хотите получить ответ в этом эксперименте? В 5 лунок внесено одинаковое, (или не одинаковое, но известное) число клеток, и необходимо узнать после каких воздействий клеток стало больше, или меньше? Или вы измеряете уровень каких то показателей до и после 5 видов воздействий? |
|
11.06.2011 - 02:16
Сообщение
#6
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
Что именно вы измеряете (считаете) я считаю долю (процент) лимфоцитов, несущих на своей мембране определённый рецептор, от всех лимфоцитов. например, у меня 2000 лимфоцитов на лунку, из них меня интересует доля (процент,численность) только лимфоцитов с этим самым рецептором, например их 30%, т.е. 600 лимфоцитов с рецептором Почему я уцепился за проценты, а не за абсолютные числа? т.к. в данном случае (проточная цтометрия) принято анализировать проценты (может быть слишком безапеляционно... но в принципе так -- проценты) Почему я думаю про распределение Пуассона и почему я "считаю клетки": я предположил это из: "We would now say that the statistics of counts conform to the Poisson distribution" в разделе "Poisson Statistics and Precision in Counting" и "Some people seem to think that counting hundreds of thousands or millions of cells lets them beat the Poisson statistics" из следующего раздела "Rare Event Analysis: The Fundamental Things Apply as Cells Go By" книги Practical Flow Cytometry (by H.M. Shapiro) (http://books.google.com/books?id=_fKfABEzCt0C&dq=Beckman+Coulter&q=Poisson+Statistics+and+Precision+in+Counting#v=snippet&q=Poisson%20Statistics%20and%20Precision%20in%20Counting&f=false Page 19) На какой вопрос вы хотите получить ответ в этом эксперименте? Изменяется ли доля/процент/численность лимфоцитов с данным рецептором при инкубировании при действии разных условий (с разными веществами)? В 5 лунок внесено одинаковое, (или не одинаковое, но известное) число клеток в лунки старался вносить одинаково: 2 млн лейкоцитов (но из них меня интересовали лимфоциты, а из последних -- лимфоциты с определённым рецептором). т.е. я рассчитывал процент лимфоцитов с рецептором на х (на 2000) лимфоцитов необходимо узнать после каких воздействий клеток стало больше, или меньше? да, под воздействием каких веществ Или вы измеряете уровень каких то показателей до и после 5 видов воздействий? нет. все подсчёты лимфоцитов с интересующим рецептором проводил только "после", временные сравнения не предусмотрены заранее спасибо Сообщение отредактировал bubnilkin - 11.06.2011 - 03:01 |
|
12.06.2011 - 08:46
Сообщение
#7
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
Спасибо, увлекательные объяснения достигли своей цели, я поняла суть, и нашла параллели аналогичных исследований. Многие иммунологические показатели получаю как в абсолютных числах, так и в относительных, т.е. в процентах относительно общего числа лимфоцитов. Чаще анализируют, как раз, последние.
Почему я просила разъяснить суть эксперимента, потому, что на мой взгляд, тут нет связанных выборок с повторными измерениями. Изучается влияние фактора на долю лимфоцитов с определенным рецептором. В группах n=8 и n получено повторением, но например третья повторность в группе А никак не связана с третьей повторностью группы Б, и.т.д. Вот если бы сначала было воздействие А, а потом в те же лунки воздействие Б и вы проводили подсчет после А и после Б, то выборки были бы связанными. Нужно было бы анализировать разницу по каждой лунке. Поэтому можно использовать обычный однофакторый дисперсионный анализ. Т.к. у вас есть контроль, то лучше после ANOVA использовать критерий Даннета для сравнения групп А Б В с контролем. Все 5 групп наглядно могут быть представлены средними и 95% ДИ. Nokh писал вам, что для связанных выборок нужно представлять среднюю разность между вариантами с ДИ для неё. Но при этом, у вас будет этих разностей столько, сколько сравнений вы хотите сделать. |
|
14.06.2011 - 00:01
Сообщение
#8
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
вот я и сел в лужу...
спасибо за ответ, а как быть с другими вопросами? |
|
14.06.2011 - 09:30
Сообщение
#9
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
алгоритм верный? Это один вопрос, и я просто предложила другой алгоритм, но вовсе не обязательно, что это абсолютная истина. Гораздо хуже, когда в методиках, основанных на подсчете розеток вообще в некоторые лунки не попадают клетки, на которых их нужно подсчитывать. Как сравнить хотя бы две группы в такий ситуации? Как считать, нет розеткообразрования - это одна ситуация, а не попали клетки - другая. У вас все проще, можете выложить матрицу данных 5х8 , чтобы можно было точнее оценить, как лучше решить Вашу задачу. |
|
14.06.2011 - 12:28
Сообщение
#10
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
Это один вопрос, и я просто предложила другой алгоритм, но вовсе не обязательно, что это абсолютная истина. Я Вас понимаю... (я в смысле про анализ мощности ) Гораздо хуже, когда в методиках, основанных на подсчете розеток вообще в некоторые лунки не попадают клетки, на которых их нужно подсчитывать. Как сравнить хотя бы две группы в такий ситуации? Как считать, нет розеткообразрования - это одна ситуация, а не попали клетки - другая. У вас все проще, можете выложить матрицу данных 5х8 , чтобы можно было точнее оценить, как лучше решить Вашу задачу. конечно, чтобы клетки попали во все лунки равновероятно я их ресуспендировал/взбалтывал непосредственно перед тем как в лунки наливать (здесь мы использовали проточную цитометрию) У вас все проще, можете выложить матрицу данных 5х8 , чтобы можно было точнее оценить, как лучше решить Вашу задачу. в приложенном файле один эксперимент из ~50, характерный для всех проведённых графа "донор" содержит порядковые номера доноров (вместо фио), данные в остальных графах -- проценты графа "К" = клетки инкубировавшиеся с физраствором (на самом деле, конечно, с культуральной средой но без добавления веществ; выше писал про физраствор для краткости ) Сообщение отредактировал bubnilkin - 14.06.2011 - 12:47
Прикрепленные файлы
|
|
14.06.2011 - 17:46
Сообщение
#11
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
|
|
15.06.2011 - 01:16
Сообщение
#12
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
? А в приведенных данных, действительно связанные выборки...? да, строчка чисел = одна мышь, другая строчка -- другая и т.д. ? А в приведенных данных, действительно связанные выборки, а контроль только один или два, как вы писали в первом посте? извиняюсь, в этих данных 1 контроль (физр-р) (ЛПС убрал, хотя можно и добавить ) Сообщение отредактировал bubnilkin - 17.06.2011 - 04:15 |
|
15.06.2011 - 08:47
Сообщение
#13
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
В приведенных данных другой дизайн исследования, нужно сделать обобщение по многим донорам, и тут ,действительно, связанные выборк,и и должно быть ANOVA для повторных измерений. А в первом посте у вас всего одна мышка, и нужно сравнить средние по 8 параллелям в 5 группах и все. В примере по донором различий между воздействиями A B C D нет, но есть статистически значимые различия между контролем и каждой из этих групп.
|
|
15.06.2011 - 12:06
Сообщение
#14
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
Какими статистическими методами пользоваться для получения выводов, затрудняюсь ответить, познакомившись с этими данными. Подобных данных в работе много и хотелось бы, чтобы описанные в материалах и методы их анализа были однотипными. Есть ряд преимуществ использования параметрического ДА, неоднократно обсуждаемых на форуме, однако, традиционно представляемые при этом средние и SD, при таких разбросах данных не характеризуют выборки. Представление данных в виде среднего 6,37 и 4,21 SD, как в группе А, во многих ученых советах приведет к вопросу, почему по значению 2SD ваши значения уйдут в область отрицательных значений. Ответ, как правило, задающий вопрос не знает.
А такое представление, пока что доминирует, все рецензенты хотят видеть средние, иногда SD заменяют m и т.к. оно меньше, то все довольны. Но, известный Леонов поместит такую работу в свою кунсткамеру. Классиками более показан для этих данных непараметрический ANOVA Фридмана, после чего также необходимы парные сравнения. В этом модуле в Statistica наряду с рангами приводятся и средние и SD, я вставила в график. И становится понятно, что рейтинг рангов и средних по сравниваемым группам может не совпадать, как в данном примере. |
|
15.06.2011 - 13:27
Сообщение
#15
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 79 Регистрация: 18.01.2010 Пользователь №: 9836 |
В приведенных данных другой дизайн исследования... и должно быть ANOVA для повторных измерений значит, я так понял, что 1-way RM ANOVA но я подумал (в который раз ), что у меня 3 фактора: 1/ Условие (контроль и вещества) 2/ Мышь (8 штук) 3/ Концентрация (0 (для контроля) и X (для веществ)) (хотя этот п.3 думаю = 1, не могу понять...) в первом посте у вас всего одна мышка, и нужно сравнить средние по 8 параллелям в 5 группах и все. строчка цифр #1 для мышь #1, строчка цифр #2 для мышь #2 и т.д. Сообщение отредактировал bubnilkin - 15.06.2011 - 14:16 |
|