Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

 
Добавить ответ в эту темуОткрыть тему
> ROC-анализ
Zamira
сообщение 31.05.2017 - 10:53
Сообщение #1


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 9
Регистрация: 31.05.2017
Из: москва
Пользователь №: 29869



Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ)
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
leo_biostat
сообщение 31.05.2017 - 11:22
Сообщение #2


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 61
Регистрация: 23.11.2016
Пользователь №: 28953



Цитата(Zamira @ 31.05.2017 - 10:53) *
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ)



Zamira, hi.gif!

Не вполне понятна главная цель Вашего исследования. Ведь не ради ROC-кривых проводится исследование. Как я понимаю, у Вас есть две группы исследования. А в этом случае и следует сравнить эти 2 группы. Поскольку наверняка в этих группах есть как количественные, так и качественные признаки, то рекомендую использовать метод логистической регрессии. Вот тогда и получите ROC-кривые для уравнений в целом, а не для отдельных признаков. Об этом методе много статей в сети, почитайте их.

Успеха!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 31.05.2017 - 13:00
Сообщение #3


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 962
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(Zamira @ 31.05.2017 - 10:53) *
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ)


A. Поскольку имеется одна и та же группа, с одним и тем же исходом, то

1) Сравнивать ROC можно.

2) Это делается или в виде построения доверительных интервалов (отдельно по специфицности, чувствительности), или сравнивая AUC кривых (в том числе в "зоне интереса" pAUC)

пакет pROC https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com...1471-2105-12-77 в R

B. Возможно лучше изучить взаимодействие изучаемых признаков не только с помощь ROC. Например пакет Boruta, и набор пакетов randomForestSRC и графику к нему (edarf: Exploratory Data Analysis using Random Forests. ggRandomForests: Visually Exploring Random Forests) позволяющую рисовать зависимости переменных (в том числе "частные").



Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 31.05.2017 - 22:01
Сообщение #4


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 996
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Цитата(Zamira @ 31.05.2017 - 13:53) *
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ)

Сравнивать можно. Нашёл недавно бесплатный ресурс, который проводит ROC-анализ лучше, чем указанные вами коммерческие пакеты. Только оптимальное пороговое значение ищет 34 способами; сравнивать кривые тоже позволяет - нужно только указать сразу несколько маркёров. Всё прекрасно закачивается, обсчитывается и строятся графики (единственный минус - десятичную точку на запятую не поменять на рисунках через настройки. На радостях со следующего учебного года введу ROC-анализ в читаемый студентам курс.

http://www.biosoft.hacettepe.edu.tr/easyROC/

Сообщение отредактировал nokh - 31.05.2017 - 22:10
Эскизы прикрепленных изображений
Прикрепленное изображение
 
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
leo_biostat
сообщение 31.05.2017 - 23:23
Сообщение #5


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 61
Регистрация: 23.11.2016
Пользователь №: 28953



Цитата(Zamira @ 31.05.2017 - 10:53) *
Добрый день, коллеги. Вопрос по построению и сравнению рок-кривых. задача стоит следующая: оценить прогностическую значимость и референс значений уровня тиреоглобулина (ТГ) в смыве из пунктатов у пациентов с раками щитовидной железы (рщж), а также сравнить диагностическую значимость этого исследования с рез-ми цитологического исследования. Имеется следюущий набор данных: результаты гистологического заключения, на основании которого были сделаны выводы есть/нет рщж, есть рез-ты цитологии, есть результаты смыва ТГ. Пыталась строить кривые в спсс и медкалке, хочется определиться правильно ли выбран алгоритм действий. классифицировала пациентов с рщж '-' как 0, рщж '+' как 1, в соседнем столбце указаны значения ТГ, далее все показатели вносились в программу и выдавались рез-ты кривых. Запуталась немного, прочитав информацию вот здесь http://www.rad.jhmi.edu/jeng/javarad/roc/h...rs/formats.html . Есть ли возможность сранвить кривые ТГ и цитологии? если да,ак это сделать? буду очень благодарна за ответ)


Zamira, hi.gif!

Описание сравнения ROC-кривых, с примерами сравнения, можете прочитать в статье по адресу http://www.biometrica.tomsk.ru/ROC-analysis.pdf

Успеха!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
DrgLena
сообщение 1.06.2017 - 00:19
Сообщение #6


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1270
Регистрация: 27.11.2007
Пользователь №: 4573



Цитата(nokh @ 31.05.2017 - 22:01) *
Нашёл недавно бесплатный ресурс, который проводит ROC-анализ лучше, чем указанные вами коммерческие пакеты.

nokh, спасибо за ссылку, все легко и просто, а ДИ к чувствительности и специфичности и к основной характеристике диагностического теста, включающей эти обе Positive Likelihood Ratio - просто замечательно. Сравнение двух тестов можно провести посредством этих ДИ.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Zamira
сообщение 1.06.2017 - 12:13
Сообщение #7


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 9
Регистрация: 31.05.2017
Из: москва
Пользователь №: 29869



СПАСИБО ВСЕМ!!!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 6.06.2017 - 00:06
Сообщение #8


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 996
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



<Zamira
В качестве личных сообщений принимаю благодарности, предложения к сотрудничеству, коммерческие предложения. Поэтому отвечу в форум, тем более что заготовка для ответа была:)

1. Создайте в Excel файл Название.xls (или Название.xlsх). Измените все русские названия на английские, например: Marker1, Marker2, Status и сохраните его в текстовом формате (тип файла: Текст MS-DOS) как Name.txt. Переменные типа Marker могут быть количественными или качественными, переменная Status - бинарная: 0 или 1.
2. Откройте файл Name.txt в Блокноте Windows и убедитесь, что он нормально открывается и читается.
(Часто для англоязычных программ на этом шаге требуется заменить десятичный разделитель в виде запятой на точку: Правка - Заменить - Вбить в поля "Что? и Чем?" запятую и точку - Заменить всё. Но в нашем случае этого можно не делать, т.к. программа принимает и запятую.)
3. В браузере: http://www.biosoft.hacettepe.edu.tr/easyROC/
4. Ввод данных. Раздел [Data upload]
4.1. Радиометка в Upload a file
4.2. Browse - Указать путь к файлу Name.txt. В центральной части окна появятся первые 10 строк файла - значит данные успешно считаны. Если этого не произойдёт, возможно, нужно поменять Delimiter (Разделитель значений) или в самом файле остался текст на кириллице (точнее - на куракулице).
4.3. Поставить галочку в Use comma as decimal, т.к. в качестве десятичного разделителя мы оставили запятую.
4.4. Ниже выбираем в качестве переменной статуса Status, а в качестве метки - 1.
5. Раздел [ROC curve]
5.1. Select markers (выбор маркёров) - Marker1 (если проводим ROC-анализ для одного показателя) или Marker1, Marker2 (если нужно их сравнение)
5.2. По умолчанию программа ставит галочку в Higher values indicate risks, что обозначает, что большему риску соответствует большее значение показателя. Если это не так, то ROC-кривая отобразтся зеркально: вогнутой вниз, а не выпуклой, тогда нужно снять здесь галочку.

Дальше нужно выбрать метод, смотреть результаты и править графику.

Сообщение отредактировал nokh - 6.06.2017 - 00:33
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Zamira
сообщение 6.06.2017 - 09:44
Сообщение #9


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 9
Регистрация: 31.05.2017
Из: москва
Пользователь №: 29869



опередили меня! Огромное спасибо. Извините

Сообщение отредактировал Zamira - 6.06.2017 - 09:47
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Добавить ответ в эту темуОткрыть тему