Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

2 страниц V   1 2 >  
Добавить ответ в эту темуОткрыть тему
> Анализ выживаемости по Каплан-Майеру в SPSS
vipgroup
сообщение 29.04.2012 - 19:28
Сообщение #1


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 2
Регистрация: 29.04.2012
Пользователь №: 23718



Добрый день, уважаемые пользователи форума!
Подскажите, пожалуйста, для одного своего исследования мне необходимо сравнить выживаемость пациентов, принимающих два лекарства (Каплан-Майер?), и какие факторы влияют на выживаемость (регрессия Кокса?). Подскажите какой-либо самоучитель SPSS, где был бы объяснен анализ выживаемости в SPSS. В интернете самоучителей по SPSS много, но почему-то ни в одном из них анализ выживаемости не описан. В доступных мне книгах эту тему тоже обошли стороной. Может Вы знаете доступную в интернете статью, или книгу, где данный анализ был бы описан?
Конечно, есть описание данных методов на английском языке, но, к сожалению, на таком высоком уровне я английским не владею, чтобы до конца разобраться во всех тонкостях.
Заранее благодарен,
Андрей
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 30.04.2012 - 21:21
Сообщение #2


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1110
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Цитата(vipgroup @ 29.04.2012 - 21:28) *
... Подскажите какой-либо самоучитель SPSS, где был бы объяснен анализ выживаемости в SPSS...

А что делать если таковых не существует? Получается, что вы в тупике из которого просто нет выхода. А если даже метод где-то и описан, и даже на приемлемом уровне, то вы не будете в состоянии оценить насколько хорошо или плохо он реализован в пакете. Поэтому уверен, что путь "от пакета к методу" является тупиковым. Концептуально тупиковым. Путь, не приводящий в тупики, - "от метода к пакету (пакетам)". Если вы неплохо освоили принципы, лежащие в основе метода, знаете алгоритм анализа (пусть даже без технических тонкостей собственно расчёта) и что вам от него нужно, то далее можно искать пакеты которые подходят под запрос. Если пакет куплен, то вас должны консультировать. Если же скачан с кряком - то почему SPSS, а не лучший пакет для такого анализа?
О том как должен выглядеть отчёт об анализе выживаемости можно прочитать в книге Ланг, Сесик (2011) "Как описывать статистику в медицине". Будет понятно что должно быть в хорошем пакете. Ну или взять пару хороших, пока лучше зарубежных, статей и сделать по аналогии. Про сам метод без привязки к пакету источников много. А по SPSS остаются только англоязычные источники. Мне нравится этот ресурс, его можно вообще использовать в качестве своеобразного справочного пособия с небольшим креном в сторону SPSS: http://faculty.chass.ncsu.edu/garson/PA765/statnote.htm . Раздел по выживаемости: http://faculty.chass.ncsu.edu/garson/PA765/cox.htm. Полагаю, что если его просто перевести, то это заменит большинство русскоязычных ресурсов по этому методу. См. также Kaplan-Meier Survival Analysis и Life Tables.

Сообщение отредактировал nokh - 30.04.2012 - 21:25
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Alex_Z
сообщение 26.05.2012 - 14:44
Сообщение #3


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 59
Регистрация: 23.12.2011
Пользователь №: 23383



Добрый день!
Подскажите, пожалуйста.
Я провожу анализ выживаемости по К-М в SPSS. При анализе нужно учитывать ВСЕХ больных обеих групп - и выживших, и умерших?
У меня соотношение на 28-е сутки (жив, умер):
1 гр - 67 23
2 гр - 58 32
По критерию хи-квадрат различия не значимы р=0,145

У умерших извести сутки смерти, а что ставить в графе "Время" у выживших?
Если их учитывать и ставить там значение "28", то получаем: лог-ранк р=0,82, Бреслоу р=0,45.

Если не учитывать выживших (графа "время" пустая), то различия значимы и по лог-ранк, и по Бреслоу.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
YVR
сообщение 26.05.2012 - 15:13
Сообщение #4


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 63
Регистрация: 20.03.2012
Из: Ташкент
Пользователь №: 23582



Цитата(vipgroup @ 29.04.2012 - 21:28) *
Добрый день, уважаемые пользователи форума!
Подскажите, пожалуйста, для одного своего исследования мне необходимо сравнить выживаемость пациентов, принимающих два лекарства (Каплан-Майер?), и какие факторы влияют на выживаемость (регрессия Кокса?). Подскажите какой-либо самоучитель SPSS, где был бы объяснен анализ выживаемости в SPSS. В интернете самоучителей по SPSS много, но почему-то ни в одном из них анализ выживаемости не описан. В доступных мне книгах эту тему тоже обошли стороной. Может Вы знаете доступную в интернете статью, или книгу, где данный анализ был бы описан?
Конечно, есть описание данных методов на английском языке, но, к сожалению, на таком высоком уровне я английским не владею, чтобы до конца разобраться во всех тонкостях.
Заранее благодарен,
Андрей


Статистических пакетов много, а некоторые пользуются для поиска решений не пакетами, а калькуляторами (например, в виде электронных таблиц), поэтому вероятность найти того, кто может подсказать Вам решение задачи именно на SPSS не так уж велика. Т.е. на Ваши вопросы сможет ответить лишь тот, кто решал аналогичные задачи на SPSS и у него есть время и желание заниматься просветительской деятельностью.

А вот если Вам важен результат, а не конкретный статистический пакет, то можно выложить исходные данные здесь на форуме в виде архивированной таблицы дожития в формате CSV или XLS, тогда вероятность получить ответы на заданные вопросы может значительно возрасти.


Signature
Yury V. Reshetov

Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Alex_Z
сообщение 26.05.2012 - 15:26
Сообщение #5


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 59
Регистрация: 23.12.2011
Пользователь №: 23383



Вас понял, прилагаю файл с данными.
Столбцы: группа (1,2), исход (1 выж., 2 умер), наличие полиорганной недостаточности (1 - нет, 2 - есть) - это я пока не учитываю, сутки смерти (для выживших больных они не определены, так были успешно выписаны из стационара). Летальность оценивалась на 28 сутки.

Меня интересует концептуальный подход к этому вопросу.

Не знаю как прикрепить файл, вот ссылка: http://zalil.ru/33312640
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
YVR
сообщение 26.05.2012 - 15:30
Сообщение #6


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 63
Регистрация: 20.03.2012
Из: Ташкент
Пользователь №: 23582



Цитата(Alex_Z @ 26.05.2012 - 16:44) *
У умерших извести сутки смерти, а что ставить в графе "Время" у выживших?


Максимальное время наблюдения, т.е. в течении какого времени факт летального исхода не был зафиксирован. Поскольку по истечении этого самого времени наблюдения, Вам уже неизвестно, имел место летальный исход или нет.


Signature
Yury V. Reshetov

Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Alex_Z
сообщение 26.05.2012 - 15:49
Сообщение #7


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 59
Регистрация: 23.12.2011
Пользователь №: 23383



Ага, т.е. фактически - сутки выписки. Вроде, я фиксировал это у себя...
А если этот срок не известен, то использовать тот срок, в течение которого есть данные обо всех больных (28 суток) корректно?
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
YVR
сообщение 26.05.2012 - 16:13
Сообщение #8


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 63
Регистрация: 20.03.2012
Из: Ташкент
Пользователь №: 23582



Цитата(Alex_Z @ 26.05.2012 - 17:49) *
Ага, т.е. фактически - сутки выписки. Вроде, я фиксировал это у себя...
А если этот срок не известен, то использовать тот срок, в течение которого есть данные обо всех больных (28 суток) корректно?


Корректно. Ведь если в течении 28 суток наблюдения не был зафиксирован факт летального исхода - то согласно элементарной пропозициональной логики, пациент прожил не менее этих самых 28 суток. Все что неизвестно, т.е. выходит за рамки наблюдений - эмпирически недостоверно и можно только аналитически попытаться спрогнозировать.


Signature
Yury V. Reshetov

Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Alex_Z
сообщение 26.05.2012 - 16:15
Сообщение #9


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 59
Регистрация: 23.12.2011
Пользователь №: 23383



Спасибо!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
YVR
сообщение 26.05.2012 - 17:06
Сообщение #10


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 63
Регистрация: 20.03.2012
Из: Ташкент
Пользователь №: 23582



Цитата(Alex_Z @ 26.05.2012 - 17:26) *
Вас понял, прилагаю файл с данными.
Столбцы: группа (1,2), исход (1 выж., 2 умер), наличие полиорганной недостаточности (1 - нет, 2 - есть) - это я пока не учитываю, сутки смерти (для выживших больных они не определены, так были успешно выписаны из стационара). Летальность оценивалась на 28 сутки.

Меня интересует концептуальный подход к этому вопросу.

Не знаю как прикрепить файл, вот ссылка: http://zalil.ru/33312640


Посмотрел Ваши исходные данные. Предварительный вывод: наличие полиорганной недостаточности является явным противопоказанием для обоих видов лечения, т.к.

1. У всех без исключения успешно выписанных из стационара пациентов, полиорганная недостаточность отсутствовала;
2. У всех пациентов без исключения, у которых была зафиксирована полиорганная недостаточность, имел место летальный исход.

Выводы статистически значимы, т.к. по обоим пунктам частоты равны 1 (100%), т.е. данная закономерность была выявлена эмпирически достоверно.

Примите мои поздравления, т.к. Ваши исследования были проведены не напрасно! Хотя, по теме искали одно, а выявили совершенно другое, но тем не менее, значимость обнаруженной закономерности для медицины очень высока.

Если были другие факторы, то можно попытаться еще какие нибудь закономерности обнаружить, т.к. явные показания для обоих ЛС пока еще неизвестны.


Signature
Yury V. Reshetov

Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Alex_Z
сообщение 26.05.2012 - 17:19
Сообщение #11


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 59
Регистрация: 23.12.2011
Пользователь №: 23383



Да, я знаю. Тот факт, что этот метод лечения не повлиял для летальность при развитии полиорганной недостаточности немного "не литературные" данные. Однако доля больных с полиорганной недостаточностью (при которой летальность 100%) меньше. Это тоже очень хороший результат.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
YVR
сообщение 26.05.2012 - 18:39
Сообщение #12


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 63
Регистрация: 20.03.2012
Из: Ташкент
Пользователь №: 23582



Цитата(Alex_Z @ 26.05.2012 - 19:19) *
Да, я знаю. Тот факт, что этот метод лечения не повлиял для летальность при развитии полиорганной недостаточности немного "не литературные" данные. Однако доля больных с полиорганной недостаточностью (при которой летальность 100%) меньше. Это тоже очень хороший результат.


Поскольку полиорганная недостаточность по результатам Ваших исследований эмпирически достоверно является причиной летальных исходов, то попробовал исключить из обоих групп всех пациентов с этой самой недостаточностью.

По оставшимся получилось:

67, 9
58, 10

p ~ 0.7, т.е. результаты получились менее статистически значимы и также ОШ умалилось.

Для того, чтобы выявить различия исследуемых ЛС, необходимы дополнительные факторы о пациентах, выявленные до начала исследований, например, пол, возраст, анамнез, результаты анализов и проч. информация из историй болезней.


Signature
Yury V. Reshetov

Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
DrgLena
сообщение 26.05.2012 - 20:38
Сообщение #13


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1324
Регистрация: 27.11.2007
Пользователь №: 4573



Цитата(Alex_Z @ 26.05.2012 - 14:44) *
Я провожу анализ выживаемости по К-М в SPSS.


Чтобы это соответствовало действительности, вы должны были прочитать предыдущий пост, а это значит, что в SPSS прекрасная документация и контекстные подсказки. Предлагаю вам и коды и отчет по сравнению двух групп, а также и код для стратификации по органной недостаточности по вашим данным.
Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  отчет.pdf ( 85,1 килобайт ) Кол-во скачиваний: 430
 
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Alex_Z
сообщение 27.05.2012 - 11:25
Сообщение #14


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 59
Регистрация: 23.12.2011
Пользователь №: 23383



DrgLena, спасибо большое. Те же результаты и я уже получил. Однако теперь точно уверен, что все правильно!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Вале а
сообщение 27.05.2012 - 17:59
Сообщение #15


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 33
Регистрация: 9.01.2012
Пользователь №: 23408



Цитата(vipgroup @ 29.04.2012 - 20:28) *
Добрый день, уважаемые пользователи форума!
Подскажите, пожалуйста, для одного своего исследования мне необходимо сравнить выживаемость пациентов, принимающих два лекарства (Каплан-Майер?), и какие факторы влияют на выживаемость (регрессия Кокса?). Подскажите какой-либо самоучитель SPSS, где был бы объяснен анализ выживаемости в SPSS. В интернете самоучителей по SPSS много, но почему-то ни в одном из них анализ выживаемости не описан. В доступных мне книгах эту тему тоже обошли стороной. Может Вы знаете доступную в интернете статью, или книгу, где данный анализ был бы описан?
Конечно, есть описание данных методов на английском языке, но, к сожалению, на таком высоком уровне я английским не владею, чтобы до конца разобраться во всех тонкостях.
Заранее благодарен,
Андрей


куда вам эти материалы выслать? есть еще здесь немного http://gewissta.livejournal.com/
также есть переведенный туториал spss по регрессии Кокса

Сообщение отредактировал Вале а - 27.05.2012 - 18:01
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

2 страниц V   1 2 >
Добавить ответ в эту темуОткрыть тему