Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

2 страниц V  < 1 2  
Добавить ответ в эту темуОткрыть тему
> Вопрос по корреляционной адаптометрии
p2004r
сообщение 29.03.2014 - 11:23
Сообщение #16


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1084
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(nokh @ 25.03.2014 - 23:05) *
Да я не то чтобы ереси начитался... Просто тупо лень 2 знака вместо одного набивать, т.к. пока не столнулся с проблемами при замене <- на = и даже в книгах видел. Но из уважения к языку, кодерам и в дидактических целях сейчас подкорректирую код.


Искреннее Спасибо!


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 16.08.2015 - 20:42
Сообщение #17


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1140
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Пробовал описанный подход на иммунологических данных: сравнивал оценки бутстрепа, складного ножа, смотрел распределения статистики "веса корреляционного графа" (ВКГ). Последняя имеет выраженную асимметрию. Но гистограммы результата бутстрепа меня сильно смутили. На них пунктиром покзано среднее значение. Видно, что как для исходного показателя ВКГ, таки и для его десятичного логарифма среднее не совпадает с тем средним, корое получается по гистограммам распределения. Первое должно быть в районе 4,5, второе - в районе 0,65. Почему же такое сильное несоответствие и не лучше ли использовать в качестве оценки среднего не истинное значение, а среднее бутстреп-выборок? Есть ли где-то рекомендации на такой случай? Данные прикрепил.

Сообщение отредактировал nokh - 16.08.2015 - 21:41
Эскизы прикрепленных изображений
Прикрепленное изображение
 

Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  Данные.rar ( 1,84 килобайт ) Кол-во скачиваний: 109
 
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 26.08.2015 - 18:35
Сообщение #18


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1140
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Никто не хочет мне помогать frown.gif
Пришлось читать ещё. Пока впечатления такие:
1) По поводу статистического анализа данных по корреляционной адаптометрии (КА) большинство авторов не заморачиваются, просто: "там - больше, здесь меньше - вывод". Даже диссертации есть.
2) Существуют различия, вероятно просто традиционные, в представлении результатов складного ножа и бутстрепа. Для складного ножа обычно дают и оценку параметра и его ДИ по сгенерированным этой техникой репликам. Для бутстрепа же оценку параметра бутстрепом обычно не приводят (дают реальную оценку), приводят ДИ.
3) Что касается бутстрепа, то ВСа - от лукавого: там много ограничений когда именно такой бутстреп лучше. В неопределённых же ситуациях на практике понятней и надёжней обычный метод процентилей.
4) Что касается параметра "вес корреляционного графа", то похоже техника складного ножа просто не подходит к этой статистике. Такое бывает, классический пример, когда бутстреп работает а джекнайф нет - оценка медианы.
5) Зато техника складного ножа позволяет выйти на нетипичные объекты - статистически значимые выбросы, которые бутстреп перемалывает не глядя в общем объёме. Информации и идей набралось на статью по статистическому анализу данных по КА. Определюсь с набором данных и буду писать (по крайней мере начну пока увлечён).

Буду признателен если по 1)-5) меня поправят.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 1.09.2019 - 17:36
Сообщение #19


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1140
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Анонос моего раздела по КА в коллективной монографии. Обсуждаются следующие вопросы:

1) Какую брать корреляцию: Пирсона или Спирмена
2) Какую использовать меру: вес корреляционного графа (ВКГ) или среднюю абсолютную корреляцию (САК)
3) Какие корреляции брать в расчёт: все или только превышающие некий порог (часто берут 0,5 по абсолютному значению).
4) Как рассчитать 95% ДИ для ВКГ с использованием техник бутстрепа и складного ножа
5) Как проверить многопеременные данные на выбросы для ВКГ
6) Как сравнить выборки по ВКГ с помощью:
- расчёта 95% ДИ,
- рандомизационной техники Монте-Карло,
- дисперсионного анализа на псевдозначениях техники складного ножа.

Монография и приложение к ней с кодами R для расчётов прикреплены под этим сообщением.
Также их можно скачать с яндекс-диска по ссылке:
https://yadi.sk/d/uj1Mg4OUBMp4SA
(яндекс-диск некоторыми браузерами открывается некорректно, пробуйте несколько если что...)

Сообщение отредактировал nokh - 31.10.2019 - 08:16
Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  Метаорганизм_Стресс_и_адаптация_2019.pdf ( 11,91 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 411
Прикрепленный файл  Приложение_Корреляционная_адаптометрия_в_R.doc ( 87 килобайт ) Кол-во скачиваний: 46
 
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
ogurtsov
сообщение 2.09.2019 - 19:12
Сообщение #20


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 123
Регистрация: 15.12.2015
Пользователь №: 27760



Цитата(nokh @ 1.09.2019 - 17:36) *
1) Какую брать корреляцию: Пирсона или Спирмена

The Hellinger Correlation, конечно же
https://arxiv.org/abs/1810.10276
https://cran.r-project.org/web/packages/HellCor/index.html


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 3.09.2019 - 21:22
Сообщение #21


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1084
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(ogurtsov @ 2.09.2019 - 19:12) *


А неплохо ("естественные группировки" он за корреляции не признает, что вполне даже логично и хорошо для разборок с ложными к.к.)


Эскизы прикрепленных изображений
Прикрепленное изображение
 


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 8.09.2019 - 19:17
Сообщение #22


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1084
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(p2004r @ 3.09.2019 - 21:22) *
А неплохо ("естественные группировки" он за корреляции не признает, что вполне даже логично и хорошо для разборок с ложными к.к.)


А вообще сосет sad.gif

> HellCor::HellCor(c(rnorm(100, mean=1), rnorm(100, mean=50)), c(rnorm(100, mean=1), rnorm(100, mean=50)) )
$Hcor
[1] 0.8612872

$pvalue
[1] NA


Вот это корреляцией не называется, это "ложный к.к. вызванный естественной группировкой в данных"
Эскизы прикрепленных изображений
Прикрепленное изображение
 


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 31.10.2019 - 08:17
Сообщение #23


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1140
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Сообщение #19 подкорректировал, материалы к сообщению прикрепил.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
100$
сообщение 7.01.2020 - 13:05
Сообщение #24


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 754
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694



Цитата(nokh @ 31.10.2019 - 08:17) *
Сообщение #19 подкорректировал, материалы к сообщению прикрепил.


Указанную главу в монографии прочел и вижу решение этой задачи немного иначе.

Поскольку вектор признакового описания объектов содержит 11 координат, возникает соблазн изучения совместного распределения всех этих цитокинов, интерлейкинов и гормонов стресса. Тут бы я срочно вспомнил, что многомерные обобщения rho Спирмена предлагались Реймхартом и ван Зейленом (1978), Вольфом (1980) и Джо (1990).
Посему для всех 4 групп я бы рассчитал соответствующие многомерные rho, состряпал бы из них интересующий меня линейный контраст и уж его-то с чувством, с толком, с расстановкой бутстрапировал бы до упаду. Опосля чего с устатку накатил бы шамбертена.

P.S. Для датасета "Доноры" многомерный Спирмен rho(11)=0.007547. При тестировании матрицы попарных пирсоновских корреляций chi2=43.35[0.87], т.е. нулевая гипотеза о том, что корреляционная матрица не отличается от единичной, не отвергается. Словом, вес корреляционного графа для нее можно и не рассчитывать ).

P.P.S. На стр. 176 монографии формула для G записана так, что формально условию |rij|>=cutoff соответствует и главная диагональ корр. матрицы. Де-факто же (как это следует из скрипта) суммируются только наддиагональные модули. В общем, на будущее в таких формулах при значке суммы надо просто указывать соотношение для i и j: "j>i".

Сообщение отредактировал 100$ - 7.01.2020 - 13:12
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 10.01.2020 - 10:50
Сообщение #25


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1140
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Цитата(100$ @ 7.01.2020 - 15:05) *
Указанную главу в монографии прочел и вижу решение этой задачи немного иначе.

За поправку спасибо.
Что касается многомерного подхода, то он, наряду с другими, имеет право на существование. Возможно, он лучше. Возможно ещё лучше брать из него главные компоненты или главные координаты. Но этим нужно специально заниматься, считать, сравнивать с результатами классического подхода и т.д. Я же пытался действовать в рамках используемой большинством практиков схемы, но поскольку сразу же обнаружил в ней минусы, то пришлось не ограничиться внедрением ресемплинга, а влезть поглубже. А о статистическом уровне массовых работ по КА можно судить по статьям отсюда: http://adaptometry.narod.ru/Index.htm
Не хватило времени и сил поработать со второй составляющей корреляционной адаптометрии - дисперсией, которая вроде рассчитывается именно как многомерная дисперсия (могу ошибаться).
А в чём считали многомерного Спирмена? Попытался в Нmisc под R, но у меня пакет встал с предупреждениями об ошибках и пока не считает вообще ничего...

P.S. А вообще методика КА оказалась интересной. Я уже в 3 областях попробовал и везде "работает". У меня даже появилась своя идея объяснения эффекта в плюс к тем 7, что есть на сайте. Не такая крутая, конечно, но зато статистическая (и может быть самая правильная ;) ). Но это тоже нужно специально проверять, долго возиться с данными, причём чужими...

Сообщение отредактировал nokh - 10.01.2020 - 11:10
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
100$
сообщение 10.01.2020 - 12:26
Сообщение #26


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 754
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694



Цитата(nokh @ 10.01.2020 - 10:50) *
А в чём считали многомерного Спирмена?


В Экселе руками. Все как обычно.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

2 страниц V  < 1 2
Добавить ответ в эту темуОткрыть тему