Какой метод для определения корреляции, корреляция в биологии Опции

[Barabek]

Всезнающие!

В статистике самое главное это правильно определить каким методом анализировать данные. В связи с чем возник вопрос. Есть таблица вида:

Species AMP CLR INT1
Shigella flexneri 1a R R pos
Shigella flexneri 1b R R pos
Shigella flexneri 1c R R pos
Shigella flexneri 2a R R pos

где указаны вид бактерии, ее устойчивость к антибиотикам (AMP - ампициллин; CLR - хлорамфеникол; R - их резистентность к ним) и нахождение определенного участка ДНК (INT - интегрон). Каким методом анализировать корреляцию в данном случае. По таблице она очевидна, но для науки надо все это еще доказать.

Заранее спасибо. Плав надеюсь подскажет

Сообщение отредактировал Barabek - 5.05.2009 - 15:39

[плав]

Всезнающие!

В статистике самое главное это правильно определить каким методом анализировать данные. В связи с чем возник вопрос. Есть таблица вида:


где указаны вид бактерии, ее устойчивость к антибиотикам (AMP - ампициллин; CLR - хлорамфеникол; R - их резистентность к ним) и нахождение определенного участка ДНК (INT - интегрон). Каким методом анализировать корреляцию в данном случае. По таблице она очевидна, но для науки надо все это еще доказать.

Насчет корреляции вообще не уверен, что тут она пойдет. Вообще непонятен вопрос (важно не "правильно определить каким методом анализировать данные", а задать правильный вопрос). Что хочется получить на выходе? Связано ли наличие определенного участка ДНК с устойчивостью? Являются ли определенные бактерии более устойчивыми чем другие? В зависимости от вопроса можно будет выбрать методику, но она - будете смеяться - скорее всего окажется логистической регресиией.

[Barabek]

Насчет корреляции вообще не уверен, что тут она пойдет. Вообще непонятен вопрос (важно не "правильно определить каким методом анализировать данные", а задать правильный вопрос). Что хочется получить на выходе? Связано ли наличие определенного участка ДНК с устойчивостью? Являются ли определенные бактерии более устойчивыми чем другие? В зависимости от вопроса можно будет выбрать методику, но она - будете смеяться - скорее всего окажется логистической регресиией.

Вопрос скорее стоит иммено так:

Связано ли наличие определенного участка ДНК с устойчивостью?

Сообщение отредактировал Barabek - 6.05.2009 - 08:59

[плав]

Вопрос скорее стоит иммено так:

Связано ли наличие определенного участка ДНК с устойчивостью?

Тут проблема будет только в определение термина устойчивость (так, чтобы машина поняла). Ее можно закодировать "есть устойчивость" - "нет" (хотя бы к одному антибиотику, но это странно). Лучше задать три вопроса - для каждого антибиотика по отдельности есть-нет.
Тогда речь идет о логистической регрессии зависимая переменная - наличие устойчивости, независимая - наличие или отсутствие определенного участка ДНК (надо будет развернуть кодировку - для каждого участка своя переменная) . Фокус заключается в том, что вид бактерии делает страты - надо либо условную логистическую регрессию использовать, либо стратифицированную - а это есть не во всех программах.
Еще одним вариантом, если нет влияющих количественных переменных, - использовать стратифицированный анализ Мантеля-Ханзеля, он есть почти в каждой программе, да и вручную считается достаточно просто

[Barabek]

Спасибо!

Количественных признаков нет: устойчивость к антибиотику либо есть, либо нет (отдельно к двум антибиотикам, впрочем тут наблюдается содружественная устойчивость и чувствительность). Ген есть, либо его нет. Логистическая регрессия - видимо оно и есть истино

Сообщение отредактировал Barabek - 7.05.2009 - 08:18