prop.test в R Опции

[kont]

Коллеги, я запутался, при проведении prop.test в R. Итак
Допустим есть ЭГ , в ней 125 человек, из них все выздоровели. Есть КГ, там тоже 125 человек, но всего 92 выздоровело, т.е. 33 не выздоровело.
Как правило прописать пропорцию. Таким образом?
yes <- c(125,92)
no <- c(0,33)
prop.test(no,yes)
да - выздоровел
нет - не выздоровел
или таким
yes <- c(125,125)
no <- c(0,33)
prop.test(no,yes)

[ogurtsov]

Почему бы не сделать по аналогии с примером из справки?

Код

smokers  <- c( 83, 90, 129, 70 )
patients <- c( 86, 93, 136, 82 )
prop.test(smokers, patients)

x

a vector of counts of successes, a one-dimensional table with two entries, or a two-dimensional table (or matrix) with 2 columns, giving the counts of successes and failures, respectively.
n

a vector of counts of trials; ignored if x is a matrix or a table.

[kont]

если я верно понял пример, то там взяли 4 выборки пациентов, и посмотрели сколько в каждой курильщиков. Согласно этому примеру, тогда правильно делать так
patiens <- c(125,125)
smokers <- c(0,33)
но меня терзают смутные сомнения. Правильно ли это в моем случае.

[ogurtsov]

если я верно понял пример, то там взяли 4 выборки пациентов, и посмотрели сколько в каждой курильщиков. Согласно этому примеру, тогда правильно делать так
patiens <- c(125,125)
smokers <- c(0,33)
но меня терзают смутные сомнения. Правильно ли это в моем случае.

Правильно. Только я бы использовал для сравнения точный критерий Фишера.

[kont]

Фишер в плане не указан,это раз, а во вторых

Код

prop.test(x, n, p = NULL,
          alternative = c("two.sided", "less", "greater"),
          conf.level = 0.95, correct = TRUE)

тут его никак не вставить. Это если с table работать то можно. А в моем случае даны только доли

[ogurtsov]

Фишер в плане не указан,это раз

То, что делаете анализ по плану - это хорошо. Плохо, что план в этом плане недоработан. Но тут выводы получаются одинаковые, никто не придерется, если будут даны оба варианта сравнения.

тут его никак не вставить. Это если с table работать то можно. А в моем случае даны только доли

Тут его вставлять не нужно, это отдельная функция, и таблицу сопряженности из частот получить нетрудно.

Код

> a <- matrix(c(0, 125, 33, 125-33), ncol = 2, byrow = TRUE)
> a
     [,1] [,2]
[1,]    0  125
[2,]   33   92
> fisher.test(a)

        Fisher's Exact Test for Count Data

data:  a
p-value = 2.036e-11
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
0.00000000 0.09075863
sample estimates:
odds ratio
         0

[kont]

Респект)

[p2004r]

А ещё хорошо в данном случае нарисовать доверительные интервалы.

0.6496887 ... 0.8107924 сопоставленный с 0.9709202 ... 1.0000000 куда нагляднее показывает что произошло в эксперименте чем просто p.