R language Опции

[TheThing]

Лично мне очень нравится RStudio - интегрированная среда разработки (IDE), бесплатная. Все пишется ручками как и в консоли оригинала, только очень удобная подсветка синтаксиса, подсказки по командам и т.д. Для тех, кто желает попробовать, есть неплохая книга на англ. - Getting started with RStudio, погуглите.

[p2004r]

Лично мне очень нравится RStudio - интегрированная среда разработки (IDE), бесплатная. Все пишется ручками как и в консоли оригинала, только очень удобная подсветка синтаксиса, подсказки по командам и т.д. Для тех, кто желает попробовать, есть неплохая книга на англ. - Getting started with RStudio, погуглите.

да, для виндовс хороший вариант... у неё есть килер фича работы в качестве веб сервера, установив на 64 битный линукс с хорошим райд массивом R студию с любого другого компьютера можно добираться до него через интернет и обрабатывать тяжелые данные (дополнительный плюс: не надо поддерживать R в актуальном состоянии на всех компьютерах на которых приходится работать, например ситуация дисплейного класса).

но дополнение команд лучшее чем есть в _любом_ IDE, это клавиша TAB в консоли R. она дополняет/показывает варианты практически везде. по крайней мере те из сред которые пытаются формировать дополнение внутри себя проигрывают встроенному.

[TheThing]

да, для виндовс хороший вариант...

Мне кажется, что это неплохой вариант и для Mac и для Ubuntu

[p2004r]

Мне кажется, что это неплохой вариант и для Mac и для Ubuntu

там где нетрудно поддерживать среду разработки emacs надо ставить emacs.

компромиссы неуместны

а серьезно: 1) код R интегрируется не только в Sweave, но и в org-mode 2) в код R приходится вставлять код других инструментов.

все это в сумме дает только emacs, и профессионально имеет смысл тратить время только на него.

[chadin]

Не смог удержаться от своих 5 копеек в вашу рублевую беседу.

1. На вопрос PantheraBagira "Есть ли какой-нибудь самоучитель по программированию в языке R"
Короткий ответ: Шипунов "Наглядная статистика. Используем R!" - можно купить на Озоне. Не дорого.
Более развернутый ответ по литературе можно найти здесь: http://r-analytics.blogspot.ru/p/blog-page_20.html

2. Не верьте тем, кто говорит о запредельной, недосягаемой сложности интерфейса командной строки в R. Это брехня. После того, как поймешь основные принципы (1-2 дня работы с учебником), то освоить любой вид статистических расчетов в R будет делом 5-10 минут. Это при условии наличия знаний по этим статистическим методам. Если есть пробелы в понимании статистики, то освоение займет больше времени, но зато одновременно подтянешь и теоретические знания и освоишь практический навык.

3. Попал на этот форум когда искал как рассчитать незивестную для меня статистику - критерий Дарбина-Уотсона. Читаю на форуме:

Вот, например, как считают критерий Дарбина-Уотсона в R: http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/Rdoc/...bin.watson.html Неслабо?

Человек сам себя пугает выдержками из технической документации. Для чтения такого типа текстов нужны навык и привычка. Многие обходятся без этого. Читают только учебные пособия или спрашивают у коллег.

Вот сколькоо букв мне понадобилось набрать, чтобы рассчитать этот критерий для моей модели:

Код

install.packages("car")
library(car)
durbinWatsonTest(my.model)

Первую строчку нужно набрать один раз за все время пользования программой R на конкретной машине
Вторую строчку нужно набрать один раз за сеанс работы
Третья строка собственно рассчитывает критерий Дарбина-Уотсона

Вот что мне ответил R:

Код

lag Autocorrelation D-W Statistic p-value
   1       0.1174143      1.739768   0.296
Alternative hypothesis: rho != 0

Ребята, "Используйте R!"

[DrgLena]

Не смог удержаться от своих 5 копеек в вашу рублевую беседу.
Ребята, "Используйте R!"

Так никто и не против, только зачем нужен этот пламенный призыв и демонстрация своего кода в теме годичной давности. Свои 5 коп можно внести в более свежую ветку aspir_h и продемонстрировать свой код к задачке из учебника, когда данные задаются как табличка 2хk

[nokh]

Наткнулся на разработку оставившего нас на произвол судьбы уважаемого модератора, которая осталась незамеченной на форуме. Набор функций R для быстрого решения наиболее востребованных задач медицинской статистики.
Статья: http://medobr.ru/jarticles/142.html?SSr=41...c627c__4eda3979
Разработка (методический материал): http://osdm.org/instrumenty/

[user973]

написал код - все работает, создаю окружение, в которое гружу свой код. При вызове функции - ошибка
> my_env <- new.env(parent=baseenv())
> sys.source(file='my_code.R',envir=my_env)
> evalq(my_function(fileIn='dateIn.log', fileOut='dataOut.log'), envir = my_env)
Ошибка в8345231(expr, envir, enclos) : не могу найти функцию "model.frame"

Сравнивал search(), searchpaths(), loadedNamespaces() - все одинаково. Правда в созданном окружении нужно дописывать stats::predict(model,data), иначе predict(model,data) не хочет работать и падает с ошибкой что не может найти функцию predict.

[user973]

добавил require(), чтобы загрузить пакеты, но это не изменило ситуацию.

[user973]

хорошие новости: в среде R - код работает, при вызове R из тестовой проги - работает.
плохие: в боевом проекте не работает :(

что делал? выключал комп на ночь :) больше изменений нет.

[user973]

в итоге: надо читать мануалы, они рулез.
e1 <- new.env(parent = baseenv()) # this one has enclosure package:base.
боевом проекте переделал на
e1 <- new.env()
и все взлетело, даже не сразу заметил что в R и тестовом проекте уже использовал только new.env().

ну и еще вопрос, который можно неспешно обсудить: как у R с многопоточностью под виндой? интересно как для центрального процессора (CPU), так и для графических мультипроцессоров (или шейдерные процы или GPU). Не, я понимаю что на линуксах оно все работает, но чего-то лениво портировать эту беду на венду.

[nokh]

в итоге: надо читать мануалы, они рулез.
e1 <- new.env(parent = baseenv()) # this one has enclosure package:base.
боевом проекте переделал на
e1 <- new.env()
и все взлетело, даже не сразу заметил что в R и тестовом проекте уже использовал только new.env().

ну и еще вопрос, который можно неспешно обсудить: как у R с многопоточностью под виндой? интересно как для центрального процессора (CPU), так и для графических мультипроцессоров (или шейдерные процы или GPU). Не, я понимаю что на линуксах оно все работает, но чего-то лениво портировать эту беду на венду.

Вопрос не имеет отношения к тематике сайта, а также спецов здесь не много: раз быстро не ответили, значит пока заняты. Лучше переспросите здесь:
http://r-statistics.livejournal.com/
или здесь:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=102724

Сообщение отредактировал nokh - 6.08.2013 - 10:21

[user973]

1) оповещение на почту по факту ответа не пришло, странно, вроде подписывался на ответы,
2) а отквоченный вопрос не требует спешного обсуждения, так что могу подождать.

upd1: теперь пришло

Сообщение отредактировал user973 - 8.08.2013 - 07:55

[p2004r]

написал код - все работает, создаю окружение, в которое гружу свой код. При вызове функции - ошибка
> my_env <- new.env(parent=baseenv())
> sys.source(file='my_code.R',envir=my_env)
> evalq(my_function(fileIn='dateIn.log', fileOut='dataOut.log'), envir = my_env)
Ошибка в8345231(expr, envir, enclos) : не могу найти функцию "model.frame"

Сравнивал search(), searchpaths(), loadedNamespaces() - все одинаково. Правда в созданном окружении нужно дописывать stats::predict(model,data), иначе predict(model,data) не хочет работать и падает с ошибкой что не может найти функцию predict.

зачем этот "закат солнца вручную"?

[user973]

т.е. почему код выполняется в окружении? а в самописной программе происходит однократный запуск R, а потом вызов нужных функций из разных мест. Чтобы данные не пересекались, заворачиваю в окружения.