Дисперсионный анализ для отслеживания ошибок в результатах PGD Опции

[Алексей Лк]

Всем доброго утра! Я клинический эмбриолог, и в нашей клинике мы так же работаем с генетическим анализом эмбрионов. Сущность этого анализа заключается в том что мы отщепляем часть клеток эмбриона, кладем биоптат в буфер и отправляем на генетический анализ в сотрудничающую с нами генетическую фирму. Большая часть биоптата успешно проходит анализ, но некоторая часть всегда нечитабельна (ошибки при транспортировке). Биоптат который не прошел анализ идем за индексом FA (потеря сигнала).

У меня вопрос - недавно мы сменили курьера, который использует другие условия доставки материала, и у меня ощущение что число эмбрионов с FA резко выросло. Я имею точные данные о числе отправленых эмбрионов по месяцам и точные данные о числе FA. Дата смены курьера у меня так же имеется так что группы можно разделить по времени.

Как вы считаете, уважаемые участники форума, мог бы я использовать дисперсионный анализ (с неравномерной численностью групп) в качестве способа выявить различия между тем, сколько FA было у одной транспортной компании, и сколько у другой?

Условия
1) Нулевая гипотеза - раличия по FA между разными курьерами не существенны
2) анализируется только один фактор - число FA
3) анализ двух групп (старый курьер и новый курьер) за равный интервал времени но с разным числом пациентов (неравномерная численность групп)

Для применения дисперсионного анализа необходимо 4 условия
1) совокупность нормально распределена (скорее всего это так, но надо проверить по среднему, медиане и 25 и 75 процентилям)
2) каждая выборка случайно извлечена из исследуемой совокупности (выполнено)
3) каждая выборка независима от остальных выборок (выполнена)
4) дисперсии всех выборок равны или отличаются не сильно (надо рассчитать) - вопрос насколько допустимы различия между дисперсиями?

Какие подводные камни, можно или нет применять дисперсионный анализ - в общем жду мнений, спасибо!

[Алексей Лк]

В общем полагаю что FA надо все таки считать на когорту со статичным числом эмбрионов, например на 10. И брать группы в которых например будет не меньше 200 эмбрионов (n=20)

[passant]

В общем полагаю что FA надо все таки считать на когорту со статичным числом эмбрионов, например на 10. И брать группы в которых например будет не меньше 200 эмбрионов (n=20)

Теперь для меня, как не лекаря, все стало сложно и непонятно :-)
Давайте так. Если у вас одни и те-же пациенты, до и после смены курьера, причем вы точно знаете, сколько образцов каждого пациента испортилось у одного курьера и у другого - это один случай.
Если же пациенты разные, или просто такой статистики вы не ведете - то я бы не стал усложнять. Считал бы среднее (или медиану, если данные не нормальные) по всей совокупности и сравнивал бы их "до и после". Количество случаев - роли не играет. Метод - в зависимости от "нормальности" данных и однородности дисперсий. Я их упомянул, но вполне можно (ученые врачи к ним привыкли ) ограничится теми, что приведены у Гланца или Ребровой.
Вы задавали вопрос о том, как понять однородна-ли дисперсия? Проверяем критерием Фишера, который и отвечает нам на вопрос, можно-ли считать дисперсию равной. "Да"-"Нет". Все.

Сообщение отредактировал passant - 26.06.2018 - 15:52

[Алексей Лк]

Теперь для меня, как не лекаря, все стало сложно и непонятно :-)
Давайте так. Если у вас одни и те-же пациенты, до и после смены курьера, причем вы точно знаете, сколько образцов каждого пациента испортилось у одного курьера и у другого - это один случай.
Если же пациенты разные, или просто такой статистики вы не ведете - то я бы не стал усложнять. Считал бы среднее (или медиану, если данные не нормальные) по всей совокупности и сравнивал бы их "до и после". Количество случаев - роли не играет. Метод - в зависимости от "нормальности" данных и однородности дисперсий. Я их упомянул, но вполне можно (ученые врачи к ним привыкли ) ограничится теми, что приведены у Гланца или Ребровой.
Вы задавали вопрос о том, как понять однородна-ли дисперсия? Проверяем критерием Фишера, который и отвечает нам на вопрос, можно-ли считать дисперсию равной. "Да"-"Нет". Все.

Поясню какие у меня исходные данные. В день биопсируется несколько пациенток с разным числом эмбрионов, у кого то два - у кого то десять. Раз в неделю эта группа из эмбрионов от разных пациенток отправляется на анализ. Потом к нам приходит результат - и мы узнаем что у пациентки с двумя эмбрионами все ок, а у пациентки с 10 эмбрионами один эмбрион с FA. Число эмбрионов с FA у каждой пациентки совершенно точно независит от общего числа эмбрионов у нее. Поэтому мне надо принять какой то стандарт - что я считаю FA на любые 10 эмбрионов любых пациенток подряд по списку. Например если у меня за 3 недели было пробиопсированно 16 пациенток с общим числом эмбрионов 230, то у меня выходит 23 группы (точнее не группы а число единиц в выборке n=23), в каждой из которых будет свой FA, по этим 23 единицам-членам выборки я потом высчитаю среднее FA и стандартное отклонение. У меня правильная логика?

Пациенты разные и до и после смены курьера. FA независит от пациента и его числа эмбрионов, это случайная величина. Бывает что два эмбриона пробиопсировали и у двух нет сигнала (FA)

Сообщение отредактировал Алексей Лк - 26.06.2018 - 16:58