Процентное содержание фракций, правильно обработать данные |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
Процентное содержание фракций, правильно обработать данные |
23.11.2017 - 16:13
Сообщение
#1
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 19 Регистрация: 15.12.2011 Пользователь №: 23369 |
Имеются данные (процентное содержание фракций A, B и C (столбцы 2-4) и общее количество (столбец 1) определенных липидов в плазме), взятые у одного контрольного индивида (1) и полсотни испытуемых (2-48) после воздействия неким агентом. Как правильно статистически обработать эти данные, и какие и чем обоснованные выводы в результате можно сделать?
Прикрепленные файлы
|
|
24.11.2017 - 18:45
Сообщение
#2
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 19 Регистрация: 15.12.2011 Пользователь №: 23369 |
Код > df.lipid <-read.csv2("Фракционный состав.csv", header=F) > plot(prcomp(df.lipid[,2:4]/df.lipid[,1], center=T, scale.=T)) > biplot(prcomp(df.lipid[,2:4]/df.lipid[,1], center=T, scale.=T)) Да, теперь это работает, спасибо. Однако, чтобы ответ был полезен не только тому, кто отвечает, но и тому, кто задал вопрос, необходимо объяснить, что показано на рисунках (наверно, это рис.1 и 2). Пока что для меня это просто какая-то дисперсия в 3 столбцах и какое-то рассеяние с какими-то векторами v2-v4 по каким-то осям pc1 и pc2. Можете подробно объяснить? Код > butstrep <- do.call(rbind, replicate(10000, predict(df.lipid.pca, data.frame(t(colMeans((df.lipid[-1,2:4]/df.lipid[-1,1])[sample(1:(48-1), replace=T),])))), simplify=F) ) > plot(df.lipid.pca$x[,1:2]) > points(butstrep[,1:2], pch=".") Это не работает (наверно это рис.3): Ошибка в predict(df.lipid.pca, data.frame(t(colMeans((df.lipid[-1, 2:4]/df.lipid[-1, : объект 'df.lipid.pca' не найден Цитата(passant) Существуют десятки пакетов для R с реализацией различных алгоритмов кластерного анализа Да, по Вашим ссылкам полно пакетов, спасибо. Но внятного объяснения с примером пока не нашлось. Поищу еще на досуге (хотя может такого объяснения и нет). |
|
24.11.2017 - 21:55
Сообщение
#3
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
Да, теперь это работает, спасибо. Однако, чтобы ответ был полезен не только тому, кто отвечает, но и тому, кто задал вопрос, необходимо объяснить, что показано на рисунках (наверно, это рис.1 и 2). Пока что для меня это просто какая-то дисперсия в 3 столбцах и какое-то рассеяние с какими-то векторами v2-v4 по каким-то осям pc1 и pc2. Можете подробно объяснить? Это не работает (наверно это рис.3): Ошибка в predict(df.lipid.pca, data.frame(t(colMeans((df.lipid[-1, 2:4]/df.lipid[-1, : объект 'df.lipid.pca' не найден Да, по Вашим ссылкам полно пакетов, спасибо. Но внятного объяснения с примером пока не нашлось. Поищу еще на досуге (хотя может такого объяснения и нет). Да, пропущена строчка сохранения результатов PCA, но сам PCA явно проводиться в первой части приведенного кода. Просто сохраните его. df.lipid.pca <- prcomp(df.lipid[,2:4]/df.lipid[,1], center=T, scale.=T) |
|