как в SPSS посчитать летальность и выживаемость Опции

[micin]

Заранее прощу прощения, но что-то с трудом дается самостоятельное изучение статистических методов анализа.

Ситуация такая: в двух сериях экспериментов по 3 группы в каждой изучалось влияние разных способов на процесс заживления ран. Хотелось бы оценить следующие параметры:

выживаемость на 7е и 15е сутки, а также летальность.

Что-то не могу разобраться какие переменные нужно ввести в SPSS для анализа этих параметров. В книге А.Н.Герасимова "Медицинская статистика" написано, что для анализа

выживаемости нужно задать переменную с длительностью наблюдения как переменную Time и аналогично задать переменную с исходом как Status (где и определить значения события

0-смерть, 1-жив и т.д.). Но я что-то не пойму как они соотносятся друг с другом?

[DrgLena]

Правильно написано:
первая переменная - время наблюдения, в вашем случае сутки от начала наблюдения(нанесение травмы) до конца наблюдения. Конец наблюдения у каждого животного может быть различный, но на этот последний день наблюдения во второй переменной проставьте статус (жив, умер). При этом вы получите вероятность выживания на любой срок наблюдения, а не только на указанный вами. А при вашей задаче можно обойтись и без SPSS. Посчитайте долю живых и умерших животных на эти сроки наблюдения в каждой группе и сравните их.

Сообщение отредактировал DrgLena - 27.10.2010 - 21:21

[micin]

To DrgLena: спасибо, произошло озарение, я почему-то пытался связать выживаемость на ....сутки с конкретным животным и в голове не строился график: ну как он может построиться, если крыса умерла, и, наконец дошло, что график строится по сути на умерших, т.е. в определенный день их количество будет меньшим, по сравнению с предыдущими.......................вобщем спасибо

[micin]

To DrgLena: а Вы работаете с SPSS? делали ли в ней анализ выживаемости по Каплан-Майеру?

[DrgLena]

Да, и в SPSS тоже, но у меня лицензия на Statistica 9.

[micin]

тогда, если нетрудно, для особо понятливых, какие данные нужно вводить для анализа выживаемости по Каплану-Майеру в SPSS

[плав]

тогда, если нетрудно, для особо понятливых, какие данные нужно вводить для анализа выживаемости по Каплану-Майеру в SPSS

Хмм.. У Вас некоторая путаница. Когда Вы хотите посмотреть выживаемость на 7 и 21 сутки (или какие-там еще) Вы не делаете анализ выживаемости. Вы, как раз смотрите летальность. Тогда на 7 сутках у Вас будет х мертвых и у живых крыс, закодированных, соответственно, 0 и 1. Соответственно летальность определяется как доля умерших крыс со всеми вытекающими из этого подходами к анализу и сравнению долей и никакого модуля выживаемости для этого задействовать не надо.
А вот если Вы хотите выяснить среднюю продолжительность жизни крыс, то тогда используется анализ выживаемости. Тогда для каждой крысы есть два значения - время окончания эксперимента (дни) и что с крысой было в момент окончания - она умерла (1) или нет (0). В русской версии SPSS это переменные "время" и "статус" в диалоговом окне тестов анализа выживаемости (дожития по терминологии авторов перевода, я пишу про КМ). Кроме того, у Вас две группы крыс, т.е. две "страты" или "коварианты" если используется модель Кокса.
Если Вы правильно закодировали Ваших крыс (на каждую одна строка содержащее время от момента начала эксперимента до окончания/смерти животного, индикатор того дожило или нет животное до окончания эксперимента, группа и т.п.), то проблем с анализом быть не должно.

[micin]

то плав: наверное я правда путаю понятия, просто показатель выживаемость, применительно к огнестрельным ранам я видел в других работах, и там он указывался в процентах на определенные сутки.

Наверное это была просто летальность. Я так понимаю, что в моем случае не принципиально какой параметр анализировать выживаемость или летальность. Только летальность это количество умерших из общего числа, а выживаемость по сути то же самое, но на определенный период времени, то есть не принято говорить 5 летняя летальность - говорят 5-летняя выживаемость.

я не понимаю как вводятся данные в SPSS я вводил time1 7 сут и time 2 15 сут, которым соответствовали две переменные status 1 и status 2, куда подставлял значения 0-мертв 1 -жив. то есть таблица имела примерно такой вид id 1 (2,3,...) time 1 7 status 0.

далее включал модуль анализа Дожитие-Каплан Майер и выпадала такая табличка

но на выходе была какая-то кроакозябра. Где я неправ?


Приведите пример на пальцах для SPSS пожалуйста.

[Игорь]

Приведите пример на пальцах для SPSS пожалуйста.

Прошу прощения, а зачем на пальцах? Есть же соответствующий модуль AtteStat, в котором данный анализ можно сделать значительно быстрее, чем за неделю, в течение которой мы мучаем SPSS. В том числе построить множительную оценку (К-М), сравнить две кривых, подобрать параметрическую модель.

Сообщение отредактировал Игорь - 2.11.2010 - 19:36

[DrgLena]

Тут и Attestat не поможет, если вводить две переменных - время и две переменных - статус, причем животное уменшее на 7 суток, становится живым на 15.
Должно быть только две, например, первая переменная номер животного, вторая переменная - время наблюдения в сутках (20 3 5 7 9 11 15 13), после нее - статус для каждого животного на указанное время. Для К-М нужно представить данные так:
1 20 1
2 3 0
3 5 0
4 7 1
5 9 1
6 11 0
7 15 0
8 13 1

Это - на пальцах, но нужно книжки почитать и документацию к программе. Стентон Гланц красиво руками строит К-М кривые.

Сообщение отредактировал DrgLena - 2.11.2010 - 20:26

[Игорь]

Должно быть только две, например, первая переменная номер животного, вторая переменная - время наблюдения в сутках (20 3 5 7 9 11 15 13), после нее - статус для каждого животного на указанное время. Для К-М нужно представить данные так:
1 20 1
2 3 0
3 5 0
4 7 1
5 9 1
6 11 0
7 15 0
8 13 1

Это неверно. Для расчета множительной оценки должно быть 2 переменных: первая переменная - длительность (в единицах времени) и вторая - индикатор цензурирования (бинарная переменная). Зачем номер-то?

Сообщение отредактировал Игорь - 2.11.2010 - 20:56

[DrgLena]

Зачем номер-то?

А чтобы автор поста понял, что это про его 8 животных

[genbytu]

Извините, за возможно глупый вопрос.
Посчитал Каплана Майера, получил средние и медианы времени дожития для каждой группы. А как мне теперь посчитать достоверность разницы показателей выживаемости для разных групп? Пользуюсь системой SPSS.

[DrgLena]

Укажите фактор и тест из трех имеющихся в SPSS

[genbytu]

Огромное спасибо, нашел. Мое знакомство со статистикой только начинается и, к сожалению, начинается сразу с практических моментов.
В графу "время", я забил количество прожитых месяцев. В графе "статус" отметил значение означающее наступление события.
Остаются графы "фактор", как я понимаю сюда вводится переменная, по значениям которой я разбиваю выборку на группы.
Но в выводе программа пишет, "невозможно выполнить сравнение по стратам, поскольку не задана переменная страт"
Что мне вводить в графу "страты", кроме того непонятна роль графы "Метить значения наблюдениями"
Например мне надо посчитать зависимость выживаемости от стадий по классификации TNM.
Переменная TNM, как я понимаю - порядковая (1,2,3,4 стадии), её я ввожу в графу "фактор", а что мне вводить в графу "страты"