Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

 
Добавить ответ в эту темуОткрыть тему
> IC50, Софт, Софт
grergi
сообщение 16.12.2017 - 16:36
Сообщение #1


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 36
Регистрация: 12.04.2014
Пользователь №: 26319



Уважаемые коллеги! Подскажите бесплатную программу для расчета IC50 (нелинейная регрессия). Заранее благодарен за любую помощь!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
comisora
сообщение 16.12.2017 - 20:22
Сообщение #2


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 43
Регистрация: 27.12.2015
Пользователь №: 27815



2 grergi
R+PharmacoGx/ic50/любые другие пакеты, которые найдете.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
grergi
сообщение 17.12.2017 - 18:09
Сообщение #3


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 36
Регистрация: 12.04.2014
Пользователь №: 26319



comisora, огромное Вам спасибо, буду разбираться!!!

Сообщение отредактировал grergi - 17.12.2017 - 18:16
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
grergi
сообщение 18.12.2017 - 20:16
Сообщение #4


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 36
Регистрация: 12.04.2014
Пользователь №: 26319



comisora, не могли бы Вы немного рассказать о пакете ic50? Сталкивались ли Вы с подобной проблемой при запуске: при включении пакета ic50 появляется строка: Загрузка требуемого пакета: tcltk, а дальше ничего не происходит. tcltk встроенный пакет. Мануал ic50 пока мне не очень понятен. Судя по статье создателей ic50, пакет дает интуитивно понятный графический интерфейс, но как его запустить? Был бы очень признателен Вам за помощь!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
comisora
сообщение 18.12.2017 - 20:46
Сообщение #5


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 43
Регистрация: 27.12.2015
Пользователь №: 27815



Цитата(grergi @ 18.12.2017 - 20:16) *
comisora, не могли бы Вы немного рассказать о пакете ic50? Сталкивались ли Вы с подобной проблемой при запуске: при включении пакета ic50 появляется строка: Загрузка требуемого пакета: tcltk, а дальше ничего не происходит. tcltk встроенный пакет. Мануал ic50 пока мне не очень понятен. Судя по статье создателей ic50, пакет дает интуитивно понятный графический интерфейс, но как его запустить? Был бы очень признателен Вам за помощь!

Вы проверьте, установлен ли tcltk или нет.
В какой среде все запускаете? Лучше всего emacs+ess, но если полегче, то Rstudio достаточно.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 18.12.2017 - 21:59
Сообщение #6


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1038
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Цитата(grergi @ 16.12.2017 - 18:36) *
Уважаемые коллеги! Подскажите бесплатную программу для расчета IC50 (нелинейная регрессия). Заранее благодарен за любую помощь!

Есть онлайновые калькуляторы - и считают, и графики (простенькие) строят:
https://www.aatbio.com/tools/ic50-calculator/
http://www.ic50.tk/index.html
Я раньше KyPlot для большинства регрессий и задач интерполяции использовал - прикипел я к нему smile.gif. Есть бесплатная старая версия - 2 beta 15. Скриншот прикрепил. Могу выложить, но только это всё в прошлое уходит. Из R пробовал пакет nplr - настройки по умолчанию не понравились, но зато сразу с 95% доверительными границами. В принципе вам подойдёт любой пакет, который считает четырёхпараметрическую логистическую регерссию (4PL regression). В последнее время она так всем полюбилась, что теперь отдыхают и Михаэлис - Ментен, и Берталанфи и другие...

Сообщение отредактировал nokh - 18.12.2017 - 22:20
Эскизы прикрепленных изображений
Прикрепленное изображение
 
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
grergi
сообщение 18.12.2017 - 22:43
Сообщение #7


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 36
Регистрация: 12.04.2014
Пользователь №: 26319



Цитата(comisora @ 18.12.2017 - 20:46) *
Вы проверьте, установлен ли tcltk или нет.
В какой среде все запускаете? Лучше всего emacs+ess, но если полегче, то Rstudio достаточно.


comisora, к сожалению, я не очень хорошо разбираюсь в этом.
В папке library пакет tcltk есть. Пробовал повторно установить его через R, но в CRAN его больше нет.
В ответ на команду: install.packages(tcltk)
Ошибка в install.packages(tcltk) :объект 'tcltk' не найден,
скачал tcltk (из архива), но поставить его через "install package(s) from local files..." не получается, не вижу в нем нужный файл:
Ошибка в utils:::menuInstallLocal() :
Only '*.zip' and '*.tar.gz' files can be installed.
при этом, мне удалось поставить tcltk2:
пакет ?tcltk2? успешно распакован, MD5-суммы проверены.
который, насколько я понял, является дополнением к tcltk, и судя по форумам, не ставиться если отсутствует tcltk.
Однако, при включении tcltk2 ничего не происходит. Среду программного обеспечения отдельно не ставил. Пользовался командной строкой из R. Спасибо Вам за emacs+ess и Rstudio, наверное остановлюсь на том, что полегче) Буду разбираться!
Еще раз спасибо!!!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
grergi
сообщение 18.12.2017 - 22:50
Сообщение #8


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 36
Регистрация: 12.04.2014
Пользователь №: 26319



Цитата(nokh @ 18.12.2017 - 21:59) *
Есть онлайновые калькуляторы - и считают, и графики (простенькие) строят:
https://www.aatbio.com/tools/ic50-calculator/
http://www.ic50.tk/index.html
Я раньше KyPlot для большинства регрессий и задач интерполяции использовал - прикипел я к нему smile.gif. Есть бесплатная старая версия - 2 beta 15. Скриншот прикрепил. Могу выложить, но только это всё в прошлое уходит. Из R пробовал пакет nplr - настройки по умолчанию не понравились, но зато сразу с 95% доверительными границами. В принципе вам подойдёт любой пакет, который считает четырёхпараметрическую логистическую регерссию (4PL regression). В последнее время она так всем полюбилась, что теперь отдыхают и Михаэлис - Ментен, и Берталанфи и другие...


nokh, большое спасибо, постараюсь разобраться в R. Онлайн калькуляторы и KyPlot предложенные Вами обязательно посмотрю! Если R не освою, попытаюсь в них разобраться. Спасибо!

Сообщение отредактировал grergi - 18.12.2017 - 22:57
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Добавить ответ в эту темуОткрыть тему