Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

21 страниц V   1 2 3 > » 

100$
Отправлено: 16.07.2017 - 22:40


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(kont @ 16.07.2017 - 18:22) *
Я так и делал

library rTensor
library("openxlsx")
dat=read.csv2("корр.csv")
View(dat)
mpca(dat, ranks=c(10,10), max_iter = 25, tol = 1e-05)

и получил ошибку:-(

Error: is(tnsr, "Tensor") is not TRUE


Ну, этому датасету надо ж задать как минимум три измерения.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21711 · Ответов: 23 · Просмотров: 2291

100$
Отправлено: 12.07.2017 - 20:35


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(nastushka @ 12.07.2017 - 19:46) *
вы имеете ввиду, что 0,06 это чувствительность?


Имеется виду то, что вы неправильно считаете специфичность. 1-специфичность - это значение, откладываемое на оси абсцисс исключительно для удобства.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21697 · Ответов: 57 · Просмотров: 5476

100$
Отправлено: 12.07.2017 - 01:55


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(leo_biostat @ 11.07.2017 - 17:54) *
Коллега! Вы ошибаетесь в понимании этой просьбы.


Это вряд ли. Просто цирковой номер "как один медик толковал с другим медиком за дендрограмму" в оригинале называется "как рак рака учил передом ходить".
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21682 · Ответов: 9 · Просмотров: 1301

100$
Отправлено: 11.07.2017 - 14:56


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


С одной стороны - нет повести печальнее на свете, чем повесть о том, как предприимчивый биостатистик Лео_ не смог впарить капризному клиенту "большой объем статистических исследований", с другой - это же классика жанра: "Наша ЭВМ не сработалась с Генеральным директором - она показывала не то, что ему хотелось"(с). Знаю не понаслышке как минимум один такой же душераздирающий сюжет, когда мой знакомый доцент еще в советские времена писал на заказ диссертацию одному специалисту широкого профиля из тогда еще братских южных республик. Тоже очень грустная история.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21680 · Ответов: 9 · Просмотров: 1301

100$
Отправлено: 14.06.2017 - 15:54


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(Zamira @ 14.06.2017 - 15:23) *
то бишь, метод выбарла правильный и алгоритм реализации правильный ?
К вопросу о трансформации, в статистике выдает значение лямбда, моя задача подставить это значение в формулу и получить на выходе трансформированное значение? А представлять эти трансформированные данные, например, так: логХС? извините, что такие въедливые и, возможно, глупые вопросы, но приходится разбираться самой. Нашла еще программу RundomBC 1.0, там по идее должен сразу вылезти результат, но постоянно выдает ошибку - недопустимы значения с плавающей запятой.
Или я несу чушь?


Цитата
то бишь, метод выбарла правильный и алгоритм реализации правильный ?


Давайте по-взрослому: а вы мой ответ вообще читали? вы опубликовали в виде вопроса некоторые наброски к исследованию, я вам обозначил его краеугольные камни, вы, не ознакомив меня с вашим решением: будете ли использовать многомерный подход или обойдетесь 100500 одномерными исследованиями, желали бы узнать правильно это или нет?

По поводу лямбд и логарифмов. Дисперсионный анализ в рамках General Linear Model (GLM) рассматривается как линейная регрессия, оцениваемая методом наименьших квадратов. Чтобы эти оценки имели хорошие статистические свойства, должны выполняться условия теоремы Гаусса-Маркова. В частности, остатки модели должны быть независимыми нормально распределенными величинами. Если этого не произошло, надо либо менять метод оценивания модели, либо саму модель, либо затевать шаманизм с данными, в частности - трансформировать Боксом-Коксом. Но я так и не понял - вы все это проделали с сырыми данными, и результат вас не устроил? Как в этой истории появились Бокс с Коксом? Трансформациями занимаются не от нечего делать, это - терапия отчаяния.

И не спешите с ответами, а то мы так и будем вопросами разговаривать.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21594 · Ответов: 10 · Просмотров: 2136

100$
Отправлено: 14.06.2017 - 14:22


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(Zamira @ 14.06.2017 - 12:43) *
Добрый день! Прошу помочь разобраться в достаточно "заезженной" теме дисперсионного анализа с повторными измерениями.
Есть две группы (контроль (12 чел) и группа терапии (12 чел)) пациентов с сахарным диабетом 1 типа. несколько параметров (углеводный, липидный обмен, маркеры диабетической нефропатии (ДН)) оценивались в начале исследования и через 6 мес. после присоединения исследуемого препарата в группе терапии. Исходно группы не отличались, предполагается, что присоединение препарата в группе терапии привело к уменьшению маркеров ДН, т.е. оказало нефропротективный эффект. Полагаю, что в данном случае будет уместно проведение дисперсионного анализа (провожу в СПСС, общая линейная модель-повторные измерения). В качестве внутригруппового фактора использую ?время 0-6 мес?, межгрупповой фактор ?контроль-1, терапия-2?. Возникли трудности с интерпретацией полученных данных. Вопрос 1: можно ли вносить одноврменно несколько параметров (глик.гемоглобин, ХС, маркеры ДН) или для каждого нужно проводить отдельный тест. Вопрос 2: нужно ли проводить трансформацию Бокса-Кокса, если да, как и где это можно сделать?
Консультировалась по месту работы с Ребровой О.Ю., она сказала делать попарные сравнения "контроль -терапия" до и после используя тест Манн-Уитни. Если появились межгрупповеы различия после присоединения препарата, можно предположить, что нефропротективный эффект есть.
help.gif, пожалуйста.


Тема дисперсионного анализа совершенно неисчерпаемая, даже не знаю, с чего лучше начать, поэтому начну с конца.

Рекомендация Ребровой (в вашей редакции) - лучезарная чушь. Во-первых, он формально неприменим для дизайна с повторными измерениями (н-р, тест Левена для внутригруппового эффекта отключен). Во-вторых, теоретически при этом возникает проблема множественных сравнений, когда индивидуальные достигаемые уровни значимости надо корректировать, н-р, процедурой Беньямини - Йекутили (с учетом взаимной коррелированности результатов). В-третьих, надо понимать, что в идеале статистические данные собираются под конкретный метод стат. обработки, и в этом смысле надо еще на этапе планирования эксперимента определиться, интересуют ли запланированные исследования в дисперсионном комплексе (тогда надо пользоваться различными контрастными сравнениями на интересующих уровнях внуригруппового фактора), или идти "вслепую" с помощью пост-хоков. А уж пост-хок критериев в СПСС - немеряно: тут тебе и для случаев равной дисперсии и неравной: и Фишер, и Тьюки, и Даннетт, и Тамхейн, и Геймс с Хауэллом, и вообще несть им числа. Вот только Манна - Уитни среди них по-прежнему нет.

А вообще, конечно, многомерная версия ДА (ака МАНОВА) предпочтительнее уже тем, что относительно устойчива к отклонениям от (многомерной) нормальности и при этом а качестве бонуса выдает еще и все одномерные (Univariate) тесты по каждой переменной многомерной выборки. Апострериорные сравнения в МАНОВЕ невозбранно сделать с помощью парной версии критерия Хотеллинга (реализован а ПАСТ, ПАСТ - софтина бесплатная).

А применительно к Боксу с Коксом надо отдавать себе отчет в том, что если суть некоторого алгоритма заключена в оптимизации некоторого параметра (читай, лямбда), оцениваемого по выборке, данные при этом утрачивают свойство статистической независимости, и полученные на трансформироанных данных результаты надо уметь аккуратно перенести на исходные ("сырые") с.в. Только и всего.

Похоже, это мой самый длинный пост на форуме за много лет.






  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21592 · Ответов: 10 · Просмотров: 2136

100$
Отправлено: 9.06.2017 - 14:14


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(Vitek_22 @ 9.06.2017 - 13:44) *
Какой критерий использовать для проверки этой гипотезы?


Критерий Стьюдента: t=(.78-.5)/sqr((.78*(1-.78))/50)=4.78. Значение соответствующей квантили ищется для интересующего уровня значимости при 48 ст.св.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21556 · Ответов: 11 · Просмотров: 1928

100$
Отправлено: 9.06.2017 - 13:22


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(Vitek_22 @ 9.06.2017 - 00:15) *
Столкнулся с проблемой стат обработки такой вот ситуации: с мозга животного снмиаются биопотенциалы в ответ на 10 стимулов и эти сигналы интерпретируются программным комплексом с целью идентификации стимула. Из 10 поданных стимулов было правильно интерпретировано программой на 5 животных 6,8,9,7,9 стимулов из 10. Как методами стат. анализа подвести доказательную базу под утверждение, что программа реально интерпретировала биопотенциалы и вычислила стимул, а не просто случайно "угадала"? Какой критерий использовать? просто мозг сломал, нчиего на ум не приходит. Спасибо!


В черном ящике пищат 5 мышей, на вход черного ящика подано 10 сигналов. На выходе имеем 50 результатов, подлежащих классификации. Прибор верно классифицировал 39 из 50 кейсов. Бесполезный классификатор (типа "угадывальщик") выдал бы долю верных ответов p=,5 (25:25). Осталось проверить гипотезу о доле: правда ли, что доля в 39/50 статистически значимо отличается от ,5. Гипотезу проверяем одностороннюю (H1: p >.5).
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21554 · Ответов: 11 · Просмотров: 1928

100$
Отправлено: 7.06.2017 - 01:07


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(kont @ 6.06.2017 - 18:48) *
100$, смените тон общения. Я не собираюсь Вас учить грамматике общения, да и образование у меня не психологическое, но с людьми много общаюсь и могу Вам сказать, чтобы Вы последили за своей речью. Она носит конфликтогенный характер. Скрытая транзакция("Ху(cencored) тут расписался своими сообщениями"). Мне такой тон не нравится, и я имею право об этом говорить. Ваша природная язвительность тут неуместна. Вы возможно меня старше, Вашего возраста я не знаю, но я делаю Вам замечание. Вы можете тактично молчать. Я прошу к этому аспекту просто не возвращаться. Я задаю вопросы не для флуда, чтобы Вы не беспокоились. К тому же не так-то часто я пишу. Вчера появилось 2 вопроса. Если у Вас ко мне претензии, просьба в ЛС, я Вас внимательно выслушаю.


М-дя, но это ответ на второй вопрос, а где же - на первый?

Кстати, небольшой штришок к вашему бесконфликтому общительному психологическому портрету (этакая вишенка на торте): если уж вы соскучились по хорошим манерам, то отчего же пренебрегли возможностью продемонстрировать их самому: сначала поблагодарить ответивших вам собеседников, и только тогда со смаком затевать разборки со мной?
Словом, благоволите забрать свое замечание, и, не теряя достоинства, удалиться.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21541 · Ответов: 10 · Просмотров: 1052

100$
Отправлено: 5.06.2017 - 23:24


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(kont @ 5.06.2017 - 22:15) *
вообщем я хочу показать что 8-0% случайных значений близки к числу x, остальные далеко
Простите если невнятно объясняю(


Kont, а почему бы вам не создать на форуме одну-единственную персональную тему и с некоторой периодичностью не публиковать там свои вопросы?
Ну, вместо того, чтобы за...(censored)...хламлять форум опусами, которые, судя по статистике просмотров, не интересны никому от слова "вообще"?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21529 · Ответов: 10 · Просмотров: 1052

100$
Отправлено: 22.05.2017 - 02:51


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(nokh @ 21.05.2017 - 22:58) *
Такая проблема. В ячейках регулярной сетки XY 30 х 30 находятся наблюдения с разными значениями Z. Т.о. имеем трёхмерную (3D) поверхность, которую для визуализации можно сгладить сплайнами. В других условиях значения Z изменяются и поверхность меняет форму. Необходимо сравнить изменения не только визуально, но и статистически. Понятно, что категориями средних значений проблему не решить, т.к. средние могут и не измениться, а вот рисунок на поверхности - изменится: зоны локальных максимумов и минимумов сместятся.

Пока придумал приспособить подход, идею (но не реализацию) которого подсмотрел у геостатистиков: нарезать куб (XYZ) на ячейки и подсчитать количество наблюдений в них. Например, X и Y разделить на 6 ячеек по 5 точек сетки. Получим поле из 6 х 6 = 36 ячеек. Теперь ось Z нарезаем на несколько слоёв от Zmin до Zmax для объединённых наборов данных, пусть на 3 слоя: мало, средне, много. Подсчитываем количество наблюдений в кадой ячейке каждого слоя для 1-ой поверхности и для 2-ой. Получаем 2 трёхмерных таблицы сопряжённости. Насколько я понимаю, хи-квадрат здесь не подойдёт, т.к. все три входа фиксированы. Т.е. имеем не биномиальное, а гипергеометрическое распределение, и сравнивать такие таблицы нужно каким-то многомерным аналогом точного метода Фишера или рандомизационным тестом.

Сделать это, наверное, смогу, но есть сомнения. Во-первых, непонятно на сколько кубиков лучше резать большой куб: дедовские рекомендации про 5 значений на ячейку для Монте-Карло не имеют смысла. Во-вторых, описанный подход сгодится и для нерегулярной сетки, т.е. возможно для регулярной он слишком груб и я просто не знаю каких-то уже существующих более точных способов, ведь с 3D-моделями работают достаточно плотно, должна быть и статистика под это. Раз мы можем построить доверительные интервалы для 2D сплайна и сравнить их для двух наборов, возможно что-то подобное можно сделать и для 3D. Буду признателен за критику, идеи, ссылки!



Тема нерядовая, готовых рецептов нет, поэтому все сказанное - ни разу не истина, а имхо в чистом виде.
Так вот, имхуется мне, что геометрия поверхностей определяется сдвигом, изменением масштаба и вращением (линейные и иные преобразования, искажающие расстояния не рассматриваем). Добиться одновременной инвариантности к перечисленным преобразованиям можно с помощью метода главных компонент, после чего сравнить два набора главных компонент знакомыми вам к-тами конгруэнтности. Они (к-ты конгруэнтности) обладают приятным свойством - распределены (после тягомотного предварительного шаманизма) ~N(0,1).
Так что для полученного z-значения можно и достигаемый уровень значимости узнать.

P.S. Оно, конечно, для двух поверхностей (читай, классов) невозбранно и многомерную плотность оценить, только как на основе леммы Неймана -Пирсона сконструировать к-л. критерий я, конечно же, не знаю.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21477 · Ответов: 4 · Просмотров: 845

100$
Отправлено: 17.05.2017 - 23:10


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(nokh @ 17.05.2017 - 21:43) *
Пора вводить поправку Карлоса Сесара Сальвадора Араньи Кастанеды: на точку сборки в другой реальности. Говоришь людям что делать, а они - про поправку Бонферрони...


Неблагодарные...
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21445 · Ответов: 12 · Просмотров: 1525

100$
Отправлено: 17.05.2017 - 14:35


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(Robotnik @ 17.05.2017 - 12:46) *
Бонферонни


Пожалуйста, не пишите больше так эту фамилию. Он - Карло-Эмилио Бонферрони.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21443 · Ответов: 12 · Просмотров: 1525

100$
Отправлено: 17.05.2017 - 14:18


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(nokh @ 16.05.2017 - 23:45) *
Предположу, что в вашей модели на самом деле несколько моделей - для разных подгрупп пациентов, которые вы, скорее всего, не идентифицируете. Если это так, то стоит попробовать построить не одну универсальную модель (утопия), а для каждой из подгрупп (если таковые действительно есть) - свою.


Такая модель называется мультиномиальным логитом (моделью множественного выбора).
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21442 · Ответов: 6 · Просмотров: 1591

100$
Отправлено: 26.04.2017 - 01:13


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(nokh @ 26.04.2017 - 00:45) *
Если вы или другие частники форума встречали обсуждение обозначенной проблемы - буду признателен за ссылку.


Эту тему в районе 2009 г. плотно обсуждали на dxdy.ru
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21343 · Ответов: 17 · Просмотров: 2335

100$
Отправлено: 16.03.2017 - 00:40


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(nikita_zab @ 15.03.2017 - 22:26) *
Про Бонферрони и подобные вещи при множественном сравнении между группами знаю. Был интересен именно описанный случай, но наверное не смогу толком объяснить.


Это типичная картинка для отечественных мед. исследований: пациента характеризуют вектором рез-тов рутинных лабораторных исследований, но в многомерную статистику уходить не хотят и ищут различия по каждой координате. Т.е. вместо, н-р, критерия Хотеллинга (многомерного аналога критерия Стьюдента) делают десяток Стьюдентов. Вот и возникает проблема множественных сравнений.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21213 · Ответов: 13 · Просмотров: 2257

100$
Отправлено: 12.03.2017 - 23:21


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(Олег Кравец @ 12.03.2017 - 21:30) *
[Moderator on]
PLS, постарайтесь не уходить к личностям
[Moderator off]

Лично меня раздражает постоянное утягивание одеяла, но зубки сжал и читаю дальше.


В очередной раз польщенный высоким вниманием модератора в качестве ответной любезности бескорыстно сообщаю, что в "велик могучем русский языка" "переходят на" личности, но никак не "уходят к".

И да, берегите костную ткань. А то неизвестно, что на что влияет сильнее: то ли психология на стоматологию, то ли наоборот. Почитайте лучше опус проф. Орлова "О критерии Стьюдента и интеллектуальном рэкете". Удовольствия кратно больше, а зубовного скрежета соответственно меньше.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21188 · Ответов: 40 · Просмотров: 6719

100$
Отправлено: 12.03.2017 - 20:28


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(leo_biostat @ 12.03.2017 - 19:09) *
Чтобы ответить на Ваш вопрос более конкретно и продуктивно, можете выслать на мой мэйл свой массив данных, с описанием цели исследования.
И я вышлю Вам список рекомендуемых методов анализа а их аргументацией.



Надо же, какие шуры-муры с клиентурой. А что, то обстоятельство, что база данных выложена в сообщении #22, подразумевает ее дублирование на мэйл?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21186 · Ответов: 40 · Просмотров: 6719

100$
Отправлено: 3.03.2017 - 23:30


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(leo_biostat @ 3.03.2017 - 16:43) *
Это вопрос, кто кого вводит в заблуждение. Напомню, в своём обращении автор спрашивает: "Правильный ли у меня алгоритм действий?" То есть правильно ли ограничиваться лишь одной парной корреляцией, или же следует использовать что-то другое?
Исходя из собственного более 35-летнего опыта статистического анализа как биомед. данных, так и иных спец. данных (объёмами более миллиона наблюдений и более тысячи признаков), утверждаю, что ограничение изучением лишь одних парных взаимосвязей, при игнорировании разных многомерных методов анализа, это просто исследовательская ошибка. Опытные врачи, при лечении своих пациентов, не просто фиксируют числовые значения результатов разных видов анализа, а обобщают их в разные последовательности значений. Т.е. фактически формируют многомерную модель состояния пациента. Отвержение сложных методов анализа может быть ещё и результатом отсутствия собственного опыта в использовании таких методов. В таких ситуациях лучше интересоваться аргументацией использования предлагаемых сложных методов.


/Уважительно/

Лео, а будучи спрошенным "Сколько будет дважды два", вы ответите "Четыре" или разразитесь лекцией по Дедекиндовым сечениям?
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21131 · Ответов: 40 · Просмотров: 6719

100$
Отправлено: 25.02.2017 - 01:17


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


А я вот из предыдущих сообщений так и не понял - StatAnt наследует функционал АттеСтата, или развивается в какую-то другую сторону? И если наследует, то как этой функциональности добиться-библиотеки какие-то устанавливать? Потому что по-первости, когда все ссылки еще работали, в нем вообще об АттеСтате ничего не напоминало.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21099 · Ответов: 16 · Просмотров: 7892

100$
Отправлено: 19.02.2017 - 21:33


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(kont @ 19.02.2017 - 21:19) *
Про Фишера, соглашусь, а скажите в SPSS в кросс-табах можно сгненерить 95%, когда используешь Хи-квадрат. Я просто не видел там никогда этого, но может не туда смотрел.


/ворчливо/ Еще бы вы не согласились...

/со все нарастающим любопытством/ А ДИ к чему? Ко всей таблице? К хи-квадрату? К Карлу Пирсону? Прям теряюсь в догадках.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21069 · Ответов: 11 · Просмотров: 1845

100$
Отправлено: 19.02.2017 - 14:37


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(kont @ 19.02.2017 - 11:59) *
Коллеги, спасибо! Помогло! DrgLena prop.test это функция сравнения долей на языке R. Правда когда у нас 3 градации в факторе, 95%ДИ не считает ни хи-квадрат , ни по - пролетарски Фишер.

> x=matrix(c(0,2,28,1,1,28),ncol=3,byrow=T)
> x
[,1] [,2] [,3]
[1,] 0 2 28
[2,] 1 1 28
> fisher.test(x)

Fisher's Exact Test for Count Data

data: x
p-value = 1
alternative hypothesis: two.sided

Если 2х2, то ДИ высчитывается.


/С искренним любопытством/
А какой, стесняюсь спросить, доверительный интервал может выдать точный метод Фишера, если он по определению выдает вероятность (к тому же одностороннюю!) заполнения таблицы сопряженности? А для вычисления двусторонней вероятности надо генерировать таблицы по определенным правилам. Н-р, для расширения точного теста Фишера на таблицы RxC (известного как критерий Фримана-Холтона), их надо генерить, н-р, по алгоритму Пэтфилда (Patefield, algorithm AS 159). Жду ответа, аки соловей лета.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21065 · Ответов: 11 · Просмотров: 1845

100$
Отправлено: 18.02.2017 - 22:04


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(kont @ 18.02.2017 - 18:07) *
Коллеги, смотрите, как пользоваться проп.тестом, если у нас всего двупольная таблица ,я знаю! Но что делать, если возможных градаций 3?
Код
    полный ответ    Стабилизация    Частичный ответ
Группа    n    n    n
R    0    2    28
T    1    1    28

Т.е. в каждой группе по 30, всего 60.
И тут я впал в ступор, я не могу понять, а как составить таблицу для трех градаций, чтобы посмотреть межгрупповое различие. Мне просто нужно ещё и 95% ДИ рассчитать.
Может кто подскажет


А почему бы не со всей пролетарской прямотой? По-нашему, по рабоче-крестьянски?

> data<-as.table(matrix(c(0,2,28,1,1,28),ncol=3,byrow=T))
> chisq.test(data)

Pearson's Chi-squared test

data: data
X-squared = 1.3333, df = 2, p-value = 0.5134
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21062 · Ответов: 11 · Просмотров: 1845

100$
Отправлено: 18.02.2017 - 02:03


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


NIPALS 1966 г.р. {pls} v. 2.6-0 датируется 18/12/2016. Словом, переходите на SIMPLS (de Jong,1993), ребята.

Что считает Statistica тайной за семью печатями не является: Тыц!
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #21056 · Ответов: 24 · Просмотров: 4060

100$
Отправлено: 8.02.2017 - 17:11


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 537
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694


Цитата(nokh @ 8.02.2017 - 14:28) *
Нужно путь прописать, только к рабочему столу далеко. Проще скинуть в корень D:/, а скомандовать:
Mydata<-read.table("d:/Data.txt", h=T, sep=";", dec=",")
Ну это если в первой строке название колонки (header=TRUE), колонки разделены ";" и в качестве десятичного разделителя ",".

Еcли это небольшой тренировочный файл, то проще набивать в Excel'e, копировать в буфер, а в R вставлять из буфера:
Mydata<-read.table("clipboard", h=T, dec=",")


Спасибо, Nokh. Оказывается, надо явно путь прописывать.
  Форум: Медицинская статистика · Просмотр сообщения: #20987 · Ответов: 2 · Просмотров: 867

21 страниц V   1 2 3 > » 

Открытая тема (есть новые ответы)  Открытая тема (есть новые ответы)
Открытая тема (нет новых ответов)  Открытая тема (нет новых ответов)
Горячая тема (есть новые ответы)  Горячая тема (есть новые ответы)
Горячая тема (нет новых ответов)  Горячая тема (нет новых ответов)
Опрос (есть новые голоса)  Опрос (есть новые голоса)
Опрос (нет новых голосов)  Опрос (нет новых голосов)
Закрытая тема  Закрытая тема
Тема перемещена  Тема перемещена