Обработка экспериментальных данных роста опухоли |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
Обработка экспериментальных данных роста опухоли |
3.03.2009 - 13:32
Сообщение
#1
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 53 Регистрация: 22.06.2007 Пользователь №: 4178 |
Добрый день.
Подскажите, пожалуйста, куда двигаться? Объект --------- В небольших группах животных (8-12 шт.) перевивалась опухоли (1-й набор -- быстро растущие, 2-й -- медленно растущие). Наборы были разделены на группы (4-5) в зависимости от воздействия. Данные --------- Спустя некоторое время после перевивки (от 1 до 3 нед.), начинали измерять объем опухоли (по видимым линейным размерам). Объем измеряли с различной периодичностью, в зависимости от набора (правда, в отдельных подгруппах могли быть небольшие отклонения +- сутки-двое). Воздействие --------------- Одна группа оставалась контрольной, в 3-4 других применяли однократное воздействие током различной силы (1, 3, 10 мА). В дальнейшем вели только наблюдение. Задача --------- Определить действие тока на опухоль и возможную зависимость действия от силы тока. Проблема ----------- 1. Разброс объема опухоли в группе животных на определенный момент времени может быть очень большим (у части рост опухоли происходил очень быстро, у части -- рост был относительно медленным). Кроме того, у части животных внутри групп мог отмечаться распад опухоли (неопределяемые размеры). При этом животные могли как погибать, так и переживать определенный период. 2. На нулевые сутки с момента Вопросы ---------- 1. Как представить подобные данные (изменение объема) графически и в табличном виде? 2. По графикам видно, что воздействие током, особенно большой силы, приводит к существенному замедлению (по крайней мере) роста опухоли. Как (и можно ли?) оценить это? Заранее всем спасибо за чтение и возможные ответы. |
|
3.03.2009 - 22:49
Сообщение
#2
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1013 Регистрация: 4.10.2006 Пользователь №: 1933 |
Только очень общий ответ
поскольку объем - показатель количественный, надо использовать дисперсионный анализ (соответственно, таблица будет результатов дисперсионного анализа, а график- изменения средних, откорректированные). Повторные измерения требуют ДА с повторными измерениями. Зависимая переменная объем опухоли в разные периоды, независимая - время, группа, сила тока. |
|
4.03.2009 - 18:04
Сообщение
#3
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 53 Регистрация: 22.06.2007 Пользователь №: 4178 |
Только очень общий ответ поскольку объем - показатель количественный, надо использовать дисперсионный анализ (соответственно, таблица будет результатов дисперсионного анализа, а график- изменения средних, откорректированные). Повторные измерения требуют ДА с повторными измерениями. Зависимая переменная объем опухоли в разные периоды, независимая - время, группа, сила тока. Спасибо большое. Если позволите, еще один вопрос. Как поступать с неполнотой данных на определенный момент времени, обусловленной гибелью животных и отсутствием данных об объеме из-за распада опухоли? График изменения объема опухоли в контроле и одной из групп приведены на рисунках. |
|
5.03.2009 - 00:34
Сообщение
#4
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1013 Регистрация: 4.10.2006 Пользователь №: 1933 |
Спасибо большое. Если позволите, еще один вопрос. Как поступать с неполнотой данных на определенный момент времени, обусловленной гибелью животных и отсутствием данных об объеме из-за распада опухоли? График изменения объема опухоли в контроле и одной из групп приведены на рисунках. К сожалению ДА очень не любит пропущенные данные, имеет смысл посмотреть устранение этой проблемы методиками множественной импутации (multiple imputation), они как раз предназнаены для этих целей. Однако тогда резко повышаются требования к программному обеспечению. |
|
5.03.2009 - 11:27
Сообщение
#5
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 377 Регистрация: 18.08.2008 Из: Москва Златоглавая Пользователь №: 5224 |
2. По графикам видно, что воздействие током, особенно большой силы, приводит к существенному замедлению (по крайней мере) роста опухоли. Как (и можно ли?) оценить это? ПОСТАНОВКА ЗАДАЧИ.Найти зависимость времени роста t опухоли от силы тока I. Скорее всего, чем сильнее ток, тем быстрее опухоль распадается (уменьшается). В случае линейной зависимости оценить коэффициент регрессии R между t и I. Должно получиться R<0 (отрицательный наклон). РЕШЕНИЕ. Строим графики зависимости размера опухоли от времени для группы с определенным током (как на вышеприкрепленном рисунке справа). Из рисунка находим время роста опухоли t - расстояние от нуля до максимума размера опухоли (на рисунке справа - 21 сутки). Аналогично находим время роста для других величин токов I (и соответственно, групп животных). Строим график зависимости t от I. Если график линейный, по его наклону вычисляем коэффициент регрессии R<0. Интерпретируем R так: с увеличением силы тока I на 1 ампер, время роста опухоли t уменьшается на R суток. Просто включи мозги => http://doctorstat.narod.ru
|
|
5.03.2009 - 18:20
Сообщение
#6
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 53 Регистрация: 22.06.2007 Пользователь №: 4178 |
К сожалению ДА очень не любит пропущенные данные, имеет смысл посмотреть устранение этой проблемы методиками множественной импутации (multiple imputation), они как раз предназнаены для этих целей. Однако тогда резко повышаются требования к программному обеспечению. ПО -- R. Похоже, модули mitools (http://cran.gis-lab.info/web/packages/mitools/index.html), VIM (http://cran.gis-lab.info/web/packages/VIM/index.html), mice (http://cran.gis-lab.info/web/packages/mice/index.html) могут подойти для этих целей. Сообщение отредактировал Igoroshka - 5.03.2009 - 18:35 |
|
5.03.2009 - 18:32
Сообщение
#7
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 53 Регистрация: 22.06.2007 Пользователь №: 4178 |
ПОСТАНОВКА ЗАДАЧИ. Найти зависимость времени роста t опухоли от силы тока I. Скорее всего, чем сильнее ток, тем быстрее опухоль распадается (уменьшается). В случае линейной зависимости оценить коэффициент регрессии R между t и I. Должно получиться R<0 (отрицательный наклон). ... Собственно, первоначальная задача стояла в том, чтобы определить, не оказывает ли ток стимулирующего действия на опухоль. Похоже, что, начиная с некоторого порога, происходит даже задержка роста опухоли. Вопрос в том, возможно ли это показать, учитывая малое количество животных в группах, а также дороговизну повтора эксперимента. Вопрос оценки скорости роста от величины тока не стоял. К слову, был проведен анализ выживаемости и регрессионный анализ Кокса (факторы риска -- начальный объем опухоли, группа, хотя, возможо, следовало указать значения тока: 0, 1мА, 3мА, 10мА). |
|