Обработка экспериментальных данных роста опухоли Опции

[Igoroshka]

Добрый день.

Подскажите, пожалуйста, куда двигаться?

Объект
---------
В небольших группах животных (8-12 шт.) перевивалась опухоли (1-й набор -- быстро растущие, 2-й -- медленно растущие). Наборы были разделены на группы (4-5) в зависимости от воздействия.

Данные
---------
Спустя некоторое время после перевивки (от 1 до 3 нед.), начинали измерять объем опухоли (по видимым линейным размерам). Объем измеряли с различной периодичностью, в зависимости от набора (правда, в отдельных подгруппах могли быть небольшие отклонения +- сутки-двое).

Воздействие
---------------
Одна группа оставалась контрольной, в 3-4 других применяли однократное воздействие током различной силы (1, 3, 10 мА). В дальнейшем вели только наблюдение.

Задача
---------
Определить действие тока на опухоль и возможную зависимость действия от силы тока.

Проблема
-----------
1. Разброс объема опухоли в группе животных на определенный момент времени может быть очень большим (у части рост опухоли происходил очень быстро, у части -- рост был относительно медленным). Кроме того, у части животных внутри групп мог отмечаться распад опухоли (неопределяемые размеры). При этом животные могли как погибать, так и переживать определенный период.
2. На нулевые сутки с момента

Вопросы
----------
1. Как представить подобные данные (изменение объема) графически и в табличном виде?
2. По графикам видно, что воздействие током, особенно большой силы, приводит к существенному замедлению (по крайней мере) роста опухоли. Как (и можно ли?) оценить это?

Заранее всем спасибо за чтение и возможные ответы.

[плав]

Только очень общий ответ
поскольку объем - показатель количественный, надо использовать дисперсионный анализ (соответственно, таблица будет результатов дисперсионного анализа, а график- изменения средних, откорректированные). Повторные измерения требуют ДА с повторными измерениями. Зависимая переменная объем опухоли в разные периоды, независимая - время, группа, сила тока.

[Igoroshka]

Только очень общий ответ
поскольку объем - показатель количественный, надо использовать дисперсионный анализ (соответственно, таблица будет результатов дисперсионного анализа, а график- изменения средних, откорректированные). Повторные измерения требуют ДА с повторными измерениями. Зависимая переменная объем опухоли в разные периоды, независимая - время, группа, сила тока.

Спасибо большое.

Если позволите, еще один вопрос.
Как поступать с неполнотой данных на определенный момент времени, обусловленной гибелью животных и отсутствием данных об объеме из-за распада опухоли?
График изменения объема опухоли в контроле и одной из групп приведены на рисунках.

Эскизы прикрепленных изображений

 

[плав]

Спасибо большое.

Если позволите, еще один вопрос.
Как поступать с неполнотой данных на определенный момент времени, обусловленной гибелью животных и отсутствием данных об объеме из-за распада опухоли?
График изменения объема опухоли в контроле и одной из групп приведены на рисунках.

К сожалению ДА очень не любит пропущенные данные, имеет смысл посмотреть устранение этой проблемы методиками множественной импутации (multiple imputation), они как раз предназнаены для этих целей. Однако тогда резко повышаются требования к программному обеспечению.

[DoctorStat]

2. По графикам видно, что воздействие током, особенно большой силы, приводит к существенному замедлению (по крайней мере) роста опухоли. Как (и можно ли?) оценить это?

ПОСТАНОВКА ЗАДАЧИ.
Найти зависимость времени роста t опухоли от силы тока I. Скорее всего, чем сильнее ток, тем быстрее опухоль распадается (уменьшается). В случае линейной зависимости оценить коэффициент регрессии R между t и I. Должно получиться R<0 (отрицательный наклон).
РЕШЕНИЕ.
Строим графики зависимости размера опухоли от времени для группы с определенным током (как на вышеприкрепленном рисунке справа). Из рисунка находим время роста опухоли t - расстояние от нуля до максимума размера опухоли (на рисунке справа - 21 сутки). Аналогично находим время роста для других величин токов I (и соответственно, групп животных). Строим график зависимости t от I. Если график линейный, по его наклону вычисляем коэффициент регрессии R<0. Интерпретируем R так: с увеличением силы тока I на 1 ампер, время роста опухоли t уменьшается на R суток.

[Igoroshka]

К сожалению ДА очень не любит пропущенные данные, имеет смысл посмотреть устранение этой проблемы методиками множественной импутации (multiple imputation), они как раз предназнаены для этих целей. Однако тогда резко повышаются требования к программному обеспечению.

ПО -- R.
Похоже, модули mitools (http://cran.gis-lab.info/web/packages/mitools/index.html), VIM (http://cran.gis-lab.info/web/packages/VIM/index.html), mice (http://cran.gis-lab.info/web/packages/mice/index.html) могут подойти для этих целей.



Сообщение отредактировал Igoroshka - 5.03.2009 - 18:35

[Igoroshka]

ПОСТАНОВКА ЗАДАЧИ.
Найти зависимость времени роста t опухоли от силы тока I. Скорее всего, чем сильнее ток, тем быстрее опухоль распадается (уменьшается). В случае линейной зависимости оценить коэффициент регрессии R между t и I. Должно получиться R<0 (отрицательный наклон).
...

Собственно, первоначальная задача стояла в том, чтобы определить, не оказывает ли ток стимулирующего действия на опухоль. Похоже, что, начиная с некоторого порога, происходит даже задержка роста опухоли. Вопрос в том, возможно ли это показать, учитывая малое количество животных в группах, а также дороговизну повтора эксперимента. Вопрос оценки скорости роста от величины тока не стоял.

К слову, был проведен анализ выживаемости и регрессионный анализ Кокса (факторы риска -- начальный объем опухоли, группа, хотя, возможо, следовало указать значения тока: 0, 1мА, 3мА, 10мА).