Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

3 страниц V  < 1 2 3 >  
Добавить ответ в эту темуОткрыть тему
> Дисперсионный анализ для отслеживания ошибок в результатах PGD
passant
сообщение 26.06.2018 - 15:35
Сообщение #16


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 124
Регистрация: 27.04.2016
Пользователь №: 28223



Цитата(Алексей Лк @ 26.06.2018 - 15:19) *
Спасибо. Но это явно не к моей теме. В конце концов время для меня важно только в двух точках - дата смены курьера и равные временные отрезки в которых находится интересующая меня совокупность.

Я тоже так считаю, поэтому в персом ответе исходил из этого. Но коллеги упомянули, что возможно присутствует тенденция. Ну, например, ввиду усложнения уличного трафика время доставки объективно возрасло и как следствие - количество потерянных образцов увеличилось. Или, сезонность - летом потери объективно больше, чем зимой (например). Вот, на всякий случай и дал "наводку", что делать при таких вариантах анализа. Если-же можно обойтись без такого усложнения, то см. мой первый пост.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Алексей Лк
сообщение 26.06.2018 - 15:35
Сообщение #17


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 14
Регистрация: 25.06.2018
Пользователь №: 31577



В общем полагаю что FA надо все таки считать на когорту со статичным числом эмбрионов, например на 10. И брать группы в которых например будет не меньше 200 эмбрионов (n=20)
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
passant
сообщение 26.06.2018 - 15:51
Сообщение #18


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 124
Регистрация: 27.04.2016
Пользователь №: 28223



Цитата(Алексей Лк @ 26.06.2018 - 15:35) *
В общем полагаю что FA надо все таки считать на когорту со статичным числом эмбрионов, например на 10. И брать группы в которых например будет не меньше 200 эмбрионов (n=20)

Теперь для меня, как не лекаря, все стало сложно и непонятно :-)
Давайте так. Если у вас одни и те-же пациенты, до и после смены курьера, причем вы точно знаете, сколько образцов каждого пациента испортилось у одного курьера и у другого - это один случай.
Если же пациенты разные, или просто такой статистики вы не ведете - то я бы не стал усложнять. Считал бы среднее (или медиану, если данные не нормальные) по всей совокупности и сравнивал бы их "до и после". Количество случаев - роли не играет. Метод - в зависимости от "нормальности" данных и однородности дисперсий. Я их упомянул, но вполне можно (ученые врачи к ним привыкли ) ограничится теми, что приведены у Гланца или Ребровой.
Вы задавали вопрос о том, как понять однородна-ли дисперсия? Проверяем критерием Фишера, который и отвечает нам на вопрос, можно-ли считать дисперсию равной. "Да"-"Нет". Все.

Сообщение отредактировал passant - 26.06.2018 - 15:52
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Алексей Лк
сообщение 26.06.2018 - 16:08
Сообщение #19


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 14
Регистрация: 25.06.2018
Пользователь №: 31577



Цитата(passant @ 26.06.2018 - 15:51) *
Теперь для меня, как не лекаря, все стало сложно и непонятно :-)
Давайте так. Если у вас одни и те-же пациенты, до и после смены курьера, причем вы точно знаете, сколько образцов каждого пациента испортилось у одного курьера и у другого - это один случай.
Если же пациенты разные, или просто такой статистики вы не ведете - то я бы не стал усложнять. Считал бы среднее (или медиану, если данные не нормальные) по всей совокупности и сравнивал бы их "до и после". Количество случаев - роли не играет. Метод - в зависимости от "нормальности" данных и однородности дисперсий. Я их упомянул, но вполне можно (ученые врачи к ним привыкли ) ограничится теми, что приведены у Гланца или Ребровой.
Вы задавали вопрос о том, как понять однородна-ли дисперсия? Проверяем критерием Фишера, который и отвечает нам на вопрос, можно-ли считать дисперсию равной. "Да"-"Нет". Все.


Поясню какие у меня исходные данные. В день биопсируется несколько пациенток с разным числом эмбрионов, у кого то два - у кого то десять. Раз в неделю эта группа из эмбрионов от разных пациенток отправляется на анализ. Потом к нам приходит результат - и мы узнаем что у пациентки с двумя эмбрионами все ок, а у пациентки с 10 эмбрионами один эмбрион с FA. Число эмбрионов с FA у каждой пациентки совершенно точно независит от общего числа эмбрионов у нее. Поэтому мне надо принять какой то стандарт - что я считаю FA на любые 10 эмбрионов любых пациенток подряд по списку. Например если у меня за 3 недели было пробиопсированно 16 пациенток с общим числом эмбрионов 230, то у меня выходит 23 группы (точнее не группы а число единиц в выборке n=23), в каждой из которых будет свой FA, по этим 23 единицам-членам выборки я потом высчитаю среднее FA и стандартное отклонение. У меня правильная логика?

Пациенты разные и до и после смены курьера. FA независит от пациента и его числа эмбрионов, это случайная величина. Бывает что два эмбриона пробиопсировали и у двух нет сигнала (FA)

Сообщение отредактировал Алексей Лк - 26.06.2018 - 16:58
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 26.06.2018 - 19:08
Сообщение #20


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1037
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(passant @ 26.06.2018 - 12:31) *
При всем уважении, а какую трудность в анализе Вы заметили?
Временной ряд? Возможно рассматривать и с этой позиции. Но! Нам точно известна change point. Да, можно проанализировать ряд "до", посмотреть, есть-ли тренд и/или сезонность, потом - если есть - сделать предсказание и сравнить с рядом "после". В общем-то то-же классическая задача. Если же тренда вообще нет - то задача вообще становиться тривиальной.
Впрочем, допускаю, что я что-то сугубо "медицинское" упустил. Буду рад за уточнения.


При всем уважении, ну как поможет знание "change point" на монотонно возрастающем (или убывающем) тренде?

Ну а остальные метания в правильном направлении. smile.gif


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 26.06.2018 - 19:13
Сообщение #21


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1037
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(Алексей Лк @ 26.06.2018 - 13:52) *
А можно подробнее, что вы имеете ввиду? Вам нужны данные по средему, медиане, 25 и 75 процентилям, стандартному отклонению? Или что то еще?


Нужен ряд событий с датами когда они произошли (можно агрегированный по датам). Без этого эти рассуждения будут вечными (тут уже совсем не давно например обсуждали случай ДА с числом групп равным числу случаев smile.gif ).


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Алексей Лк
сообщение 26.06.2018 - 19:18
Сообщение #22


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 14
Регистрация: 25.06.2018
Пользователь №: 31577



Цитата(p2004r @ 26.06.2018 - 19:13) *
Нужен ряд событий с датами когда они произошли (можно агрегированный по датам). Без этого эти рассуждения будут вечными (тут уже совсем не давно например обсуждали случай ДА с числом групп равным числу случаев smile.gif ).


Я уже писал выше что даты не важны, там две точки - дата смены курьера и равные временные интервалы по обе стороны от этой даты, вмещающие в себя обе выборки. У вас есть мысли как правильно считать FA?

Сообщение отредактировал Алексей Лк - 26.06.2018 - 19:18
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
DrgLena
сообщение 26.06.2018 - 19:42
Сообщение #23


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1318
Регистрация: 27.11.2007
Пользователь №: 4573



Цитата(Алексей Лк @ 26.06.2018 - 09:33) *
Как вы считаете, уважаемые участники форума, мог бы я использовать дисперсионный анализ (с неравномерной численностью групп) в качестве способа выявить различия между тем, сколько FA было у одной транспортной компании, и сколько у другой?

Нет, не можете. У вас есть только FA(False Analysis) и TA (True Analysis) и считать между ними среднее и дисперсию все равно что искать среднее между М и Ж smile.gif
100$ дал ответ, как проанализировать различия. Если не поняли, читайте Гланца про зеленых и розовых марсиан, стр. примерно 130, сравнение долей.

Сообщение отредактировал DrgLena - 26.06.2018 - 19:43
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
passant
сообщение 26.06.2018 - 19:48
Сообщение #24


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 124
Регистрация: 27.04.2016
Пользователь №: 28223



Цитата(p2004r @ 26.06.2018 - 19:08) *
При всем уважении, ну как поможет знание "change point" на монотонно возрастающем (или убывающем) тренде?


Если "change point" неизвестна, даже на монотонном тренде - то вот вам две абслоютно реальные задачи
- найти точку, в которой тренд меняет скорость возрастания/убывания
- найти точку в котором меняется дисперсия и/или другие характеристики ряда (например - автокорреляция).
Обе задачи абсолютно реальны, например, в технической диагностике, в задачах компьютерной безопасности, в экономике. Я уверен, что и в медицине можно кучу ситуаций свести к этим.
Если - как у ТС - "change point" известна, то задаче действительно сильно упрощается. Не надо обнаруживать точку (которая то-ли есть, то-ли ее нет), а надо просто выяснить, остались-ли характеристики ряда на интервале "до" и на интервале "после" неизменными или же изменились. Следующее - и последнее- упрощение: вообще убрать время из рассмотрения, что судя по всему удовлетворяет ТС.


Я вот тут о другом подумал - а не может количество "бракованных" образцов зависеть от других факторов, например - как от индивидуальных особенностей конкретных пациентов, так и от опыта лаборанта, берущего образец и пр. (Сорри, если вопросы с точки зрения медицины ламмерские, но теоретические такие факторы могут иметь место).

Сообщение отредактировал passant - 26.06.2018 - 19:50
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Алексей Лк
сообщение 26.06.2018 - 19:53
Сообщение #25


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 14
Регистрация: 25.06.2018
Пользователь №: 31577



Цитата(DrgLena @ 26.06.2018 - 19:42) *
Нет, не можете. У вас есть только FA(False Analysis) и TA (True Analysis) и считать между ними среднее и дисперсию все равно что искать среднее между М и Ж smile.gif
100$ дал ответ, как проанализировать различия. Если не поняли, читайте Гланца про зеленых и розовых марсиан, стр. примерно 130, сравнение долей.


Спасибо, это по всей видимости 5-я глава - анализ качественных признаков, ее я еще не читал, так что будет повод ознакомится).

PS. Беглый осмотр этой главы говорит мне что по всей видимости это именно то что нужно....

Сообщение отредактировал Алексей Лк - 26.06.2018 - 20:05
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Алексей Лк
сообщение 26.06.2018 - 19:55
Сообщение #26


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 14
Регистрация: 25.06.2018
Пользователь №: 31577



Цитата(passant @ 26.06.2018 - 19:48) *
Я вот тут о другом подумал - а не может количество "бракованных" образцов зависеть от других факторов, например - как от индивидуальных особенностей конкретных пациентов, так и от опыта лаборанта, берущего образец и пр. (Сорри, если вопросы с точки зрения медицины ламмерские, но теоретические такие факторы могут иметь место).


Теоретически могут, но вклад таких ошибок обычно минорен, они как раз входят в те значения FA что были до смены курьера, этот процент FA не менялся долгие годы. Резкий скачек был зафиксирован только недавно, и только после смены курьера.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
100$
сообщение 26.06.2018 - 21:10
Сообщение #27


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 677
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694



Цитата(Алексей Лк @ 26.06.2018 - 19:53) *
Спасибо, это по всей видимости 5-я глава - анализ качественных признаков, ее я еще не читал, так что будет повод ознакомится).

PS. Беглый осмотр этой главы говорит мне что по всей видимости это именно то что нужно....


Ну, наконец-то лед тронулся, господа присяжные заседатели. А то я уж подумал, что вам на этом форуме доплачивают за упрямство.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
Алексей Лк
сообщение 26.06.2018 - 21:24
Сообщение #28


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 14
Регистрация: 25.06.2018
Пользователь №: 31577



Цитата(100$ @ 26.06.2018 - 21:10) *
Ну, наконец-то лед тронулся, господа присяжные заседатели. А то я уж подумал, что вам на этом форуме доплачивают за упрямство.


Хороший пример - как одной точной фразой почему нельзя использовать ДА и прямой наводкой на нужное название метода (и даже страницу понятного учебника) тема была сразу выведена в нужное русло без лишних слов. Респект DrgLena. А упорстово полезно всегда). Хотя вашу информацию я то же учту)

Сообщение отредактировал Алексей Лк - 26.06.2018 - 21:25
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
100$
сообщение 26.06.2018 - 21:52
Сообщение #29


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 677
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694



А что, господа, чай, устали глаза?
А вон, налево, святые образа-
Извольте перекреститься,
Да по домам расходиться. (с) П.А. Федотов

И учтите, что наиболее раскаленные места в аду предназначены для тех, кто не различает -ться/-тся.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 26.06.2018 - 22:45
Сообщение #30


Дух форума
*

Группа: Пользователи
Сообщений: 1037
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(Алексей Лк @ 26.06.2018 - 19:18) *
Я уже писал выше что даты не важны, там две точки - дата смены курьера и равные временные интервалы по обе стороны от этой даты, вмещающие в себя обе выборки. У вас есть мысли как правильно считать FA?


Продолжайте считать.


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

3 страниц V  < 1 2 3 >
Добавить ответ в эту темуОткрыть тему