Версия для печати темы

Автор: psychologist 15.08.2013 - 16:07

Друзья, подскажите какой метод в таком исследовании нужно пременить( и уместен ли тут дисперсионный анализ что - то я сомневаюсь, нужна помощь профи )
Суть эксперимента: есть пробирка с питательной средой и с определенной концентрацией вредного вещества(ВВ) (контроль), есть пробирка, где плюсом еще определенный штаммов (это опыт). Дальше добавили реагент, получили цветную реакцию с ВВ, померили оптическую плотность на спектрофотометре, получили значения оптической плотности контроля и опытных проб. В опытных пробах концентрация снизилась.
Микроорганизмов 8 видов, повторностей около 7
прикреплю файл, может нагляднее будет.
OD - оптическая плотность. rhamn, ferment, plant, AT-41, AT-44, 887, adol, bif - это обозначение штаммов. "Контроль" - это питательная среда с "вредным веществом" (ВВ), "Опыт" - это питательная среда с ВВ и с добавление штамма. % редукции - процент понижения ВВ среде - формула внесена в соответствие с методикой:
%= 100 - ODопыт / ODконтр x 100%

Автор: p2004r 15.08.2013 - 20:53

а что за проблема с дисперсионным анализом?

Автор: psychologist 16.08.2013 - 09:11

тут чисто себя проверить: Уместен ли он или нет и как правильно здесь данные оформить, чтобы его провести.

Автор: p2004r 16.08.2013 - 15:56

таблицу составить: фактор(или несколько факторов)-повторность-показатель

Автор: nokh 16.08.2013 - 21:34

Мне не до конца понятна схема и цель эксперимента. Скажем для ACT-44 есть 3 набора: из 10, 3 и 4 пар значений. Что это - истинные повторности, а значения внутри блока - повторные измерения внутри данной повторности? Какова цель: доказать снижение концентрации или сравнить активности МО. Если второе, то эксперимент спланирован плохо; об этом же говорят сильные различия в числе проб для разных штаммов. Статистика, конечно, выручит, но вообще такие данные сгодятся для натурных исследованйи, но не для научного экперимента. Нужно было питательную среду с известной концентрацией ВВ разделить на несколько пробирок: скажем, 3 контрольных и по 3 засеянных каждым из интересующих штаммов. Не 2 в одном случае и 10 - в другом, а везде по 3. Вторую (а может и третью) реализацию эксперимента можно было провести аналогично, но на другой исходной концентрации ВВ. Получился бы маленький, но хороший эксперимент, который позволил бы ответить и на ваши вопросы и на вопрос об угнетении/активации деструкции ВВ при разных их концентрациях в среде.
В вашем же случае исходные концентрации ВВ для разных штаммом уже частично отличаются, а если продолжать собирать материал по другим штаммам аналогично - будут отличаться ещё сильнее. Теоретически это очень плохо, так как о степени редукции ВВ для разных штаммов вы пытаетесь судить по разным исходным концентрациям, т.е. грубо говоря, условия оценки степени редукции для разных штаммов различны и вы не контролируете этот фактор. Если бы я увидел такой материал на студенческой конференции, то просто бы сразу поставил все выводы докладчика (кроме вывода о самом факте редукции) под сомнение и ещё спросил бы чем докладчик руководствовался когда в одной повторности брал 2 пробирки, а в другой - 10. Если вы только в самом начале пути, то я бы на вашем месте отнёсся к полученным данным как к пилотным, написал бы по ним небольшую статейку и начал бы собирать материал заново и грамотно. К полученным данным дисперсионный анализ применить можно, только он не самый простой будет: с факторами "Штаммы" и "Повторности внутри Штаммов". Проценты предварительно нужно преобразовать угловым преобразованием, например фи-преобразованием (через арксинус), т.к. % распредлены априори ненормально.

Автор: psychologist 17.08.2013 - 11:59

сразу видно человека с научным мышлением. Это пока пилотное исследование.
Гипотеза - все штаммы с разной силой способны понижать уровень ВВ в среде, т.к. ВВ используется в метаболизме бактерий. Цель - определить наиболее сильный штамм в отношении понижать ВВ в середе культивирования.
Сейчас сделаю табличку!

Автор: psychologist 17.08.2013 - 12:16

Кстати, а как в программе статистика сделать Фи-преобразование. Я правильно понял тут будет анова с повторными измеринями?
Уважаемые коллеги. Проверьте , пожалуйста, я правильно переделал данные, чтобы они были годные к обработке? Там вкладка. переоформленные данные.

Автор: p2004r 17.08.2013 - 21:32

фактор последовательности в отдельной колонке от фактора микроба должен идти

Автор: psychologist 18.08.2013 - 08:54

p2004r, вы имеете ввиду так? Если нет, то можно Вас попросить подправить, на примере одного.

Автор: nokh 18.08.2013 - 17:29

Я в этом пакете анализом повторных измерений не пользуюсь, по данным не подскажу. Преобразование можно сделать легко: в нижней части окна для новой переменной ввести формулу (там же есть подсказка как задавать). В формулу подставить нужную колонку данных (v1 - первая колонка, v2 -вторая и т.д.) Формулу - как в экселе, через меню выбора на первых порах. Типа = 2*arcsin(sqrt(v1)) если v1 - не в %, а уже в долях единицы. Короче можно проверить что правильно, если для 1 (100%) получится пи (3,14159), а для 0,5 (50%) - пи/2.

Автор: psychologist 18.08.2013 - 21:20

Вас понял. Сделаю преобразования. Пока тогда надеюсь, что p2004r покажет, как правильно фактор последовательности обозначать и в путь:)

Автор: DrgLena 19.08.2013 - 10:45

Да, в программе Statistica для проведения ANOVA для повторных измерений эти повторные измерения должны быть организованы в отдельных переменных (колонках, как пишет р2004r). Но, прежде чем начать считать, нужно внести ясность, ответив nokh насчет этих повторностей или чистых параллелях. Примеры организации данных для различных дизайнов ANOVA
http://www.statistica.ru/home/portal/DataSet/default.htm
Возможно, вам и не нужен ANOVA для повторных измерений. Я вижу два фактора:
1. бактерии ? 8 уровней
2. концентрация ВВ ? 8 уровней.
Данные показывают, что есть зависимость % редукции и от типа бактерий и от концентрации ВВ.
Но, из за больших пробелов в планировании эксперимента не для всех бактерий можно показать наличие различий в их работе в зависимости от концентрации ВВ.
Например, для rham имеются данные о редукции в трех концентрациях, причем максимальная редукция отмечена для наименьшей концентрации:
1. 3 в отсортированном ряду) - 34,2 (95%ДИ 32,2-36,2).
2. 5 -20,0 (95%ДИ17,9-22,2)
3. 7 26,0 (95% 23,9-28,2)
Эти ДИ получены в общем дисперсионном комплексе, но вы можете провести только запланированные сравнения, например, исследовать влияние среды для одного штамма, при этом будут другие значения ошибки и ДИ

Для второго штамма plant также для меньшей концентрации редукция больше.

Из своего опыта, столь большие значения экстинции (>1,0), на которых вы работаете, не дают точных оценок концентрации веществ в спектрофотометрических методах. У вас должны быть либо коэффициенты молярной экстинции либо графики зависимости концентрации от экстинции. Как правило, нужно добиться таких разведений, при которых значения экстинции будут в диапазоне 0,2 -0,4

Некоторые Бактерии могут не работать при высоких концентрациях ВВ или при очень низких. Также вы ничего не пишете о времени инкубации, повторности, как раз, могут появиться в связи с изучением времени инкубации.

Автор: p2004r 19.08.2013 - 21:13

если настолько уверены, что порядок в повторных опытах не важен (то есть тыкали петлёй в эталонную культуру в первый, второй, третий ... и так далее, но это не важно), то вперед.

Автор: psychologist 20.08.2013 - 09:05

DrgLena, спасибо за помощь. Я это учту, но пока эти данные поверхносты.Там пахать и пахать в этой работе. Пока просто покажите образец заполнения последовательностей в экселе. Так как у меня ещё данные появились и будут появляться.
я так понял вы шт закодировали цифрами от 1 до 8 штаммы. но концентрация идет не от 1 до 8.
p2004r я и так, и так хочу посмотреть.

Автор: DrgLena 20.08.2013 - 15:45

В ваших переоформленных данных штаммы я просто для простоты пронумеровала подряд, вроде 8 получилось. Концентрация ВВ минимальная с экстинцией 0,504 это у меня первая, а с макс. экстинцией, соответственно, последняя восьмя. Т.е. создала группирующую переменную по концентрации ВВ, получилось также 8 уровней.

Автор: psychologist 20.08.2013 - 19:57

а можете,пожалуйста, скинуть этот файл в формате .sta

Автор: psychologist 20.08.2013 - 23:22

я спрашиваю к тому что как получилось 8 уровней. Если там всего 3 числа 0,54, 0,62 и 1, 025. Главное в логику викнуть)

Автор: DrgLena 21.08.2013 - 00:04

0,504
0,521
0,54
0,572
0,625
0,716
1,025
1,25

По моей логике у вас 8 значений концентрации ВВ

Автор: DrgLena 21.08.2013 - 00:41

.sta файлы не могут быть загружены на этом форуме, посмотрите pdf

Автор: psychologist 22.08.2013 - 18:14

Вот теперь точно все уяснил. Да месяц отдыха мне мозг притормозил)) Спасибо Вам!

Автор: psychologist 26.08.2013 - 22:13

ещё такой вопрос, связан со статистикой. Решил просто поэкспериментировать с данными. Стал делать двух факторный дисперсионный анализ, где предиктором были название штаммов и концентрация ВВ( номинативные переменные там я это назвал) , а зависимая переменная процент редукции
прикрепляю скрин.

Но когда нажимаешь ок, выдается ошибка отсутствия дисперсии.

Что это значит и почему так происходит, до этого момента я легко делал этот мат.анализ, но на других данных.

Автор: DrgLena 27.08.2013 - 12:55

Сделать легко двухфакторный дисперсионный анализ нельзя. Легко можно только кнопки нажимать не задумываясь, что же машина за вас делает. Посмотрите лекцию nokh по дисперсионному анализу, на форуме есть ссылка.

У вас нет данных на всех уровнях фактора концентрация для каждого штамма, о чем вам уже было указано, откуда же дисперсия возьмется, анализом которой и занимается ДА.
Задайте, например, уровни фактора для штаммов 1 и 2, для которых есть концентрация 3 и 7 (номера упорядочены в моем файле pdf), которые вы и должны задать. Тогда получите дисперсионное отношение для фактора штамм F=7,5 (р=0,01) и для фактора концентрация F=37,6 (p=0,000005). Но, для эффекта взаимодействия факторов F=0,7 (p=0,41).

А вы задали все уровни двух факторов по умолчанию.

Автор: psychologist 30.08.2013 - 21:27

Спасибо огромное . Я понял:)