prop.test как тут быть |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
prop.test как тут быть |
18.02.2017 - 18:07
Сообщение
#1
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 149 Регистрация: 11.02.2014 Пользователь №: 26005 |
Коллеги, смотрите, как пользоваться проп.тестом, если у нас всего двупольная таблица ,я знаю! Но что делать, если возможных градаций 3?
Код полный ответ Стабилизация Частичный ответ Группа n n n R 0 2 28 T 1 1 28 Т.е. в каждой группе по 30, всего 60. И тут я впал в ступор, я не могу понять, а как составить таблицу для трех градаций, чтобы посмотреть межгрупповое различие. Мне просто нужно ещё и 95% ДИ рассчитать. Может кто подскажет |
|
18.02.2017 - 18:38
Сообщение
#2
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 377 Регистрация: 18.08.2008 Из: Москва Златоглавая Пользователь №: 5224 |
И тут я впал в ступор, я не могу понять, а как составить таблицу для трех градаций, чтобы посмотреть межгрупповое различие. Мне просто нужно ещё и 95% ДИ рассчитать. Зашел на сайт on-line калькулятора хи-квадрат, вбил значения и получил ответ (смотри картинку 1). Хи-квадрат - приближенный метод, поэтому его нужно перепроверять точным методом Фишера (смотри картинку 2 - результат работы моей программы). На уровне значимости p=0,05 результаты совпадают.
Сообщение отредактировал DoctorStat - 18.02.2017 - 22:43 Просто включи мозги => http://doctorstat.narod.ru
|
|
18.02.2017 - 22:04
Сообщение
#3
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Коллеги, смотрите, как пользоваться проп.тестом, если у нас всего двупольная таблица ,я знаю! Но что делать, если возможных градаций 3? Код полный ответ Стабилизация Частичный ответ Группа n n n R 0 2 28 T 1 1 28 Т.е. в каждой группе по 30, всего 60. И тут я впал в ступор, я не могу понять, а как составить таблицу для трех градаций, чтобы посмотреть межгрупповое различие. Мне просто нужно ещё и 95% ДИ рассчитать. Может кто подскажет А почему бы не со всей пролетарской прямотой? По-нашему, по рабоче-крестьянски? > data<-as.table(matrix(c(0,2,28,1,1,28),ncol=3,byrow=T)) > chisq.test(data) Pearson's Chi-squared test data: data X-squared = 1.3333, df = 2, p-value = 0.5134 |
|
19.02.2017 - 01:56
Сообщение
#4
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
А prop.test это что такое ? И выборки одного размера, может они связанные ?
|
|
19.02.2017 - 11:59
Сообщение
#5
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 149 Регистрация: 11.02.2014 Пользователь №: 26005 |
Коллеги, спасибо! Помогло! DrgLena prop.test это функция сравнения долей на языке R. Правда когда у нас 3 градации в факторе, 95%ДИ не считает ни хи-квадрат , ни по - пролетарски Фишер.
> x=matrix(c(0,2,28,1,1,28),ncol=3,byrow=T) > x [,1] [,2] [,3] [1,] 0 2 28 [2,] 1 1 28 > fisher.test(x) Fisher's Exact Test for Count Data data: x p-value = 1 alternative hypothesis: two.sided Если 2х2, то ДИ высчитывается. |
|
19.02.2017 - 14:37
Сообщение
#6
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Коллеги, спасибо! Помогло! DrgLena prop.test это функция сравнения долей на языке R. Правда когда у нас 3 градации в факторе, 95%ДИ не считает ни хи-квадрат , ни по - пролетарски Фишер. > x=matrix(c(0,2,28,1,1,28),ncol=3,byrow=T) > x [,1] [,2] [,3] [1,] 0 2 28 [2,] 1 1 28 > fisher.test(x) Fisher's Exact Test for Count Data data: x p-value = 1 alternative hypothesis: two.sided Если 2х2, то ДИ высчитывается. /С искренним любопытством/ А какой, стесняюсь спросить, доверительный интервал может выдать точный метод Фишера, если он по определению выдает вероятность (к тому же одностороннюю!) заполнения таблицы сопряженности? А для вычисления двусторонней вероятности надо генерировать таблицы по определенным правилам. Н-р, для расширения точного теста Фишера на таблицы RxC (известного как критерий Фримана-Холтона), их надо генерить, н-р, по алгоритму Пэтфилда (Patefield, algorithm AS 159). Жду ответа, аки соловей лета. Сообщение отредактировал 100$ - 19.02.2017 - 14:42 |
|
19.02.2017 - 21:19
Сообщение
#7
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 149 Регистрация: 11.02.2014 Пользователь №: 26005 |
Про Фишера, соглашусь, а скажите в SPSS в кросс-табах можно сгненерить 95%, когда используешь Хи-квадрат. Я просто не видел там никогда этого, но может не туда смотрел.
|
|
19.02.2017 - 21:33
Сообщение
#8
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Про Фишера, соглашусь, а скажите в SPSS в кросс-табах можно сгненерить 95%, когда используешь Хи-квадрат. Я просто не видел там никогда этого, но может не туда смотрел. /ворчливо/ Еще бы вы не согласились... /со все нарастающим любопытством/ А ДИ к чему? Ко всей таблице? К хи-квадрату? К Карлу Пирсону? Прям теряюсь в догадках. |
|
22.02.2017 - 16:14
Сообщение
#9
|
|||
Группа: Пользователи Сообщений: 105 Регистрация: 23.11.2016 Пользователь №: 28953 |
Коллеги, смотрите, как пользоваться проп.тестом, если у нас всего двупольная таблица ,я знаю! Но что делать, если возможных градаций 3? Код полный ответ Стабилизация Частичный ответ Группа n n n R 0 2 28 T 1 1 28 Т.е. в каждой группе по 30, всего 60. И тут я впал в ступор, я не могу понять, а как составить таблицу для трех градаций, чтобы посмотреть межгрупповое различие. Мне просто нужно ещё и 95% ДИ рассчитать. Может кто подскажет KONT, привет! Полагаю, Вы уже прочитали высланный Вам по почте детальный результат анализа этой таблицы сопряжённости. Поэтому вновь обращаю Ваше внимание, и внимание других читателей, на следующий важный факт, приводя отдельные фрагменты высланного результата. " WARNING: 67% of the cells have expected counts less than 5. (Asymptotic) Chi-Square may not be a valid test. " То есть при анализе таблиц сопряжённости с такими деталями, проблематично получить продуктивный и надёжный результат. Далее, в этом же результате привёл следующий фрагмент: " Statistics for Table of A by B Pearson Chi-Square Test ---------------------------------- Chi-Square 1.3333 DF 2 Asymptotic Pr > ChiSq 0.5134 Monte Carlo Estimate for the Exact Test Pr >= ChiSq 1.0000 99% Lower Conf Limit 1.0000 99% Upper Conf Limit 1.0000 Number of Samples 10000000 Initial Seed 527377001 " То есть по методу Монте-Карло с 1 млн выборок, получаем 99%-ные ДИ для уровней стат. значимости равные 1. Интересно сравнить с результатами этого же метода Монте-Карло при 100 выборках. Вот что получим: " Statistics for Table of A by B Pearson Chi-Square Test ---------------------------------- Chi-Square 1.3333 DF 2 Asymptotic Pr > ChiSq 0.5134 Monte Carlo Estimate for the Exact Test Pr >= ChiSq 1.0000 99% Lower Conf Limit 0.9550 99% Upper Conf Limit 1.0000 Number of Samples 100 Initial Seed 611244001 " То есть уже при 100 выборках метод Монте-Карло подтверждает отсутствие взаимосвязи пары признаков. Итак, когда большой процент малых значений ожидаемых (расчётных) частот, следует использовать метод Монте-Карло. P.S. Все приведённые выше результаты получены не с помощью пакета SPSS. А вот какие подобные результаты для таблицы без малых значений расчётных частот, получены в SPSS. Вот сама таблица: Комбинационная таблица VAR4A * VAR13A Количество VAR13A Всего 1 2 3 4 VAR4A 0 19 21 22 9 71 1 11 9 8 21 49 Всего 30 30 30 30 120 Но для подобной таблицы, где нет расчётных частот менее 5, ДИ получаются уже иные (см. рисунок ниже): Сообщение отредактировал leo_biostat - 22.02.2017 - 16:48 |
||
|
23.02.2017 - 11:09
Сообщение
#10
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
Если клинический ответ представляет собой упорядоченные категории (полный ответ, стабилизация и частичный ответ), то и подход к анализу подобных таблиц сопряженности должен быть соответствующий. Обсуждаемая таблица сама по себе несет достаточную информацию для клинициста. Частичный ответ пребладает в обеих группах и абсолютно совпадает по частоте. 28/30 и все что нужно описать. К чему тут еще и 95% ДИ к долям, особенно к 1/30 или 2/30 или 0/30 (нижняя граница будет с минусом). Я думаю, автор поста к этим долям и хочет посчитать ДИ, а вовсе не те ДИ, которые leobiostat привел, изощряясь в разных техниках.
|
|
23.02.2017 - 13:13
Сообщение
#11
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 377 Регистрация: 18.08.2008 Из: Москва Златоглавая Пользователь №: 5224 |
Я думаю, автор поста к этим долям и хочет посчитать ДИ Даже если категории не упорядочены, можно вычислить ДИ для доли в каждой категории. Выше с помощью тестов хи-квадрат и Фишера была показана независимость двух выборок, следовательно, мы можем их объединить в одну:полный ответ Стабилизация Частичный ответ 1 3 56 Получается одна выборка из неизвестной генеральной совокупности, частоты (доли) которой нужно оценить . Выборочные доли P_i на основании ЦПТ подчиняются нормальному распределению. Формулу для стандартного отклонения для частот Sigma_i можно найти в учебниках. Тогда 95 %-доверительный интервал i-ой доли равен = P_i +/- 2*Sigma_i Сообщение отредактировал DoctorStat - 23.02.2017 - 13:14 Просто включи мозги => http://doctorstat.narod.ru
|
|
24.02.2017 - 20:24
Сообщение
#12
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1202 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704 |
Набейте в гугле Clopper-Pearson CI calculator и считайте ДИ в любом приглянувшемся. Например в этом: http://epitools.ausvet.com.au/content.php?page=CIProportion
|
|