Статистические пакеты Опции

[DrgLena]

Как хорошо уметь считать,
Не надо к Плаву приставать....
Что SAS, что Attastat дает,
Не так уж важно,
Все пойдет!

Bowker=(4-0)^2/4+(2-0)^2/2+(4-1)^/5=4+2+9/5=7,800 df=3 р=0,0503
McNemar=(10-1)^2/(10+1)=7,364 df=1 p=0,0067 Этот мне, конечно, больше подходит!

Ссылка на программу и на документацию, пиложена выше. Я так поняла, что у них для МН всегда df=1, ссылки они в этой документации приводят, те же оценки и в StatXact и этот пример, который мы обсуждаем из статьи, которую они привели на своем сайте.

[Игорь]

Вот [ключевая] фраза о МН из цитируемой документации "MH tests homogeneity of row and column cumulative proportions of cases below each level k = 2, ..., N. Each test is done by collapsing the N x N table into a 2 x 2 table and performing the McNemar test. For a given level k, the 2 x 2 table is constructed by combining all rows/columns less than k and all rows/columns greater than or equal to".

Т.е., МН для K > 2 - действительно, нечто особенное. Вообще, о коллапсировании хотелось бы поговорить подробнее. Есть несколько десятков иностранных источников, но ни одного на русском языке. Так что даже идею метода уловить трудно.

Так понимаю, что таблица K x K сводится к (K - 1) таблицам 2 х 2 путем как бы движения по таблице порога (threshold), который делит таблицу пополам и объединяет соседние классы справа и слева порога в 2 класса. Что и приводит к стандартному МН с df = 1. Идея, вроде бы, такая. Непонятно только, как из (K - 1) P-значений получается только одно. И хотелось бы также название источника.

Чем подход интересен - можно посчитать ТОЧНЫЕ P-значения для МН (AtteStat для 2 х 2 таблиц это делает), а не хи-квадрат аппроксимации. Т.е., если таблица содержит нули или малые частоты, то все остальные обсуждаемые методы неприменимы, а данный экзотический метод работать будет.

Сообщение отредактировал Игорь - 11.11.2008 - 17:10

[DrgLena]

Вы мне сами посоветовали StatXact и их сайт со статьей, а теперь говорите, что тест экзотический. У нас МН для таблиц 2х2 уже не экзотика, теперь и для большего числа упорядоченных категорий его можно применить.

По той фразе, которая для вас ключевая, проверяется каждая категория, в рассматриваемом примере 11 против 5, 9 против 10 и 6 против 11, в отчете пришпиленного файла, я его повторяю, т.к. видимо разъехалось и непонятно, что выдает программа. И это будет обычный Мн, причем оценка ? точная, и с поправкой Bonf. Потом эта программа анализирует двумя тестами Overal Marginal Homogeneity, поскольку нет нормальных переводов, то и не знаю? как красивше обозвать эту самую однородность. Потом выдается Bowker Symmetry Test, а потом уже МН test of Overal Bias or Direction of Change cпециально не перевожу, может преподаватели подскажут, как это уже звучит на русском языке. Формула очень уж проста, не то, что для Баукера. Дальше, я пока не поняла, про Сategory Tresholds, не дочитала документацию, но очень наглядные графики в текстовом режиме, ясно какие категории прибавляются, какие убывают.

Пока есть месяц доступа к StatXact , учусь, на вопросы они отвечают, но пока экспорт из SPSS и Statistica, не проходит, обещали разобраться.
А эта досовская пограммка просто класс, там главное в файле inрut.txt правильно ввести данные, впрочем автор это описывает подробно.

Сообщение отредактировал DrgLena - 11.11.2008 - 18:28

Прикрепленные файлы

 output.txt ( 4,67 килобайт ) Кол-во скачиваний: 707

 

[плав]

На самом деле тест Bishop, Fienberg и Holland (который выше и называется МакНемаром) вызывает достаточно много вопрсов. Итак, что там делается: суммируется количество пар выше диагнонали и количество пар ниже диагонали, а затем используется обычный тест Мак-Немара. То есть ситуация с 3 и более уровнями превращается в ситуацию с 2 уровнями, Какой вывод можно сделать из этого теста? Кто-где-то от кого-то отличается. Соответственно, изменение от тяжелого состояния к удовлетворительному считается можно суммировать с изменением от удовлетворительного к средней тяжести. При помощи этого теста не удастся найти разницу если 5 пар улучшилось от тяжелого к удовлеворительному, но 5 пар ухудшились от удовлетворительного к средней тяжести. Если это устраивает, то тогда этим тестом можно пользоваться. Тесты Стюарта-Максвелла и Бхопара учитывают принадлежность ячейкам (там тоже не все просто, любые методы использующие несколько категорий порождают много вопросов - типа, как "далеко" категория 2 отстоит от категории 1).

[DrgLena]

И тем не менее, интерес этим методам исследования растет.
"The use of statistical methods for categorical data has increased dramatically, particularly for applications in the biomedical and social sciences.." это из предисловия с книге Alan Agresti
Categorical Data Analysis, 2nd Edition. Кроме того есть его статья "Multivariate Extensions of McNemar's Test. Biometrics. Volume 62, Issue 3, Date: September 2006, Pages: 921-928
Bernhard Klingenberg, Alan Agresti. И совершенно свежая на эту тему
A New Exact and More Powerful Unconditional Test of No Treatment Effect from Binary Matched Pairs
Biometrics. Volume 64, Issue 3, Date: September 2008, Pages: 716-723 Chris J. Lloyd.
Статьи есть, могу пришпилить, книги пока нет.

[Игорь]

Вы мне сами посоветовали StatXact и их сайт со статьей, а теперь говорите, что тест экзотический.

Непонятна суть претензии. Не понравилась программа? - Это к ее автору. Метод не описан ни в одном из доступных источников - потому и экзотический.

У нас МН для таблиц 2х2 уже не экзотика, теперь и для большего числа упорядоченных категорий его можно применить.

Очень рад. Но обсудить я предложил коллапсирование. Причем тут МН?

По той фразе, которая для вас ключевая, проверяется каждая категория, в рассматриваемом примере 11 против 5, 9 против 10 и 6 против 11, в отчете пришпиленного файла, я его повторяю, т.к. видимо разъехалось и непонятно, что выдает программа. И это будет обычный Мн, причем оценка ? точная, и с поправкой Bonf. Потом эта программа анализирует двумя тестами Overal Marginal Homogeneity, поскольку нет нормальных переводов, то и не знаю? как красивше обозвать эту самую однородность. Потом выдается Bowker Symmetry Test, а потом уже МН test of Overal Bias or Direction of Change cпециально не перевожу, может преподаватели подскажут, как это уже звучит на русском языке. Формула очень уж проста, не то, что для Баукера. Дальше, я пока не поняла, про Сategory Tresholds, не дочитала документацию, но очень наглядные графики в текстовом режиме, ясно какие категории прибавляются, какие убывают.

МН для коллапсированных таблиц необходимо использовать точный, а не хи-квадрат, и не Бонферрони. Иначе это - стрельба из пушки по воробьям. Не стоит и возиться.

Пока есть месяц доступа к StatXact , учусь, на вопросы они отвечают, но пока экспорт из SPSS и Statistica, не проходит, обещали разобраться.
А эта досовская пограммка просто класс, там главное в файле inрut.txt правильно ввести данные, впрочем автор это описывает подробно.

Встречались в публикациях ссылки. И другие пользуются данной программой. Вот видите, как все хорошо разрешилось - не нужно ничего покупать. Экономия.

[DrgLena]

Никаких претензий, напротив благодарность за предоставленную информацию. StatXact удобная программа, но пока мы ее не купим, мне объяснили, что кризис, будем обходиться тем, что есть. А есть MedCalc. Эту тему, поскольку я ее открыла, мы можем закрыть.
А насчет экзотики, то для меня критерий Джонкхиера-Терпстра (Jonckheere-Terpstra Test)
вы открыли, кстати от реализован в StatXact, и с вашей легкой руки, мой шеф уже не считает, что это ругательство такое.
А по поводу коллапсирования в той же книге, которую вы мне рекомендовали, на стр. 382, но опять же в контексте МН.

[плав]

Никаких претензий, напротив благодарность за предоставленную информацию. StatXact удобная программа, но пока мы ее не купим, мне объяснили, что кризис, будем обходиться тем, что есть. А есть MedCalc. Эту тему, поскольку я ее открыла, мы можем закрыть.
А насчет экзотики, то для меня критерий Джонкхиера-Терпстра (Jonckheere-Terpstra Test)
вы открыли, кстати от реализован в StatXact, и с вашей легкой руки, мой шеф уже не считает, что это ругательство такое.
А по поводу коллапсирования в той же книге, которую вы мне рекомендовали, на стр. 382, но опять же в контексте МН.

1) раз кризис, учите R но серьезно, после некоторой ломки от перехода с процедурной системы на объектную, начинаешь уважать мощь и удобство...
2) Джонкхиера-Терпстра есть в SAS (но, уже понятно, кризис) и в течение 2 минут нашел реализацию этого метода в R (http://web.sfc.keio.ac.jp/~watanabe/rfunction.htm может, и пакет есть). Еще три минуты и нашел пакет - называется клинические функции (clinfun - http://cran.r-project.org/web/packages/clinfun/). Кстати, этот пакет содержит функции для планирования клинических исследований.

[DrgLena]

Да, SAS и R - это круто, специалисты, судя по иностранны сайтам высоко оплачиваются.
Но в реальной жизни нашей медицинской науки постоянно сталкиваешься с 3 крысами в 5 группах. Тут уже ощущаешь, что твои знания явно лишние.

[Игорь]

Разбирался, откуда же Юберсакс почерпнул информацию.

Вот тут: Fleiss (3 английское издание, с. 382) встретилась информация, зачем применяется коллапсирование таблицы k x k к таблицам 2 x 2 с последующим применением Мак-Немара.

Сначала в источнике речь идет о критерии Стюарта-Максвелла. Затем буквально следующее (цитирую):
"When, as in this example, a significant difference is found between the two distributions, the next step in the analysis would be to find those single categories (in the case of more than three categories, possibly those combinations of categories) for which the differences are significant (see Fleiss and Everitt, 1971, for a general discussion). One need only collapse the original table into a 2х2 table and apply McNemar?s statistic (13.3). The test for significance, however, must incorporate a control over the fact that the chances of erroneously declaring a difference to be significant increase when a number of tests are applied to the same data. An appropriate control in the case we are considering (see Miller, 1966, Section 6.2) is to refer McNemar?s chi squared statistic to the critical value of chi squared with k-1 df".
Далее в источнике идет подробный пример.

Вот, собственно, и все объяснение.

Сообщение отредактировал Игорь - 13.11.2008 - 07:13

[DrgLena]

"А по поводу коллапсирования в той же книге, которую вы мне рекомендовали, на стр. 382, но опять же в контексте МН. "
Как хорошо уметь читать,
Что и требовалось доказать.

Сообщение отредактировал DrgLena - 13.11.2008 - 21:17

[Игорь]

Новость дня, а может, и года (по данной теме). IBM покупает SPSS. http://lenta.ru/news/2009/07/29/ibm/

[Игорь]

В развитие предыдущего. Вот тут информация: http://www.spss.ru/2009/guide_probe6.htm Программного обеспечения SPSS больше нет.

[venera51]

В развитие предыдущего. Вот тут информация: http://www.spss.ru/2009/guide_probe6.htm Программного обеспечения SPSS больше нет.

э-э, а я уже обрадовался - нет компании, значит и претензии предъявлять некому, т.е. можно было бы использовать SPSS сколько угодно А тут нет, просто переимеовали продукт на PASW и усе. Спасибо за информацию.
А к вопросу о выборе программы - я +1 за Statplus. Мне программа понравилась, очень понятный и приятный интерфейс. Для решения большинства медицинских задач подойдет, сама программа относительно недорогая! Я даже бегал у себя по академии, пытался напрячь администрацию, чтобы те ее купили, но все безрезультатно, а зам.ректора по научной части сказал: " Посмотри, на моем ноутбуке даже антивирус не лицензионный стоит, так что академии не до твоей стат. программы". Ну а если кто не хочет платить, используйте R или как вариант Excel (в нем вроде есть надстройки и по непараметрической статистике). Лично я в своем диссере указывал Excel с лиц. номером (при желании найти можно), хотя считал все на SPSS.

[Игорь]

Лично я в своем диссере указывал Excel с лиц. номером (при желании найти можно)

Лицензионный номер программного продукта указывать не следует никогда и нигде указывать. Это - конфиденциальная информация.