Равновесие по Харди-Вайнбергу, и сопутствующие вопросы по статистике в генетике |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
Равновесие по Харди-Вайнбергу, и сопутствующие вопросы по статистике в генетике |
19.12.2021 - 21:51
Сообщение
#1
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Коллеги,
прошу проконсультировать по такому вопросу: если у соискателя выборка неравновесна по Харди-Вайнбергу, означает ли это, что соискатель был настолько пристрастен, отбирая тематических больных, что такая выборка не то что нерепрезентативна, она вообще не подлежит дальнейшему анализу? Или это - обычное дело? Типа "пустяки - дело житейское". Благодарю. |
|
21.12.2021 - 11:49
Сообщение
#2
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1202 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704 |
... если у соискателя выборка неравновесна по Харди-Вайнбергу, означает ли это, что соискатель был настолько пристрастен, отбирая тематических больных, что такая выборка не то что нерепрезентативна, она вообще не подлежит дальнейшему анализу? Или это - обычное дело? Типа "пустяки - дело житейское"... Насколько мне известно, такое иногда случается, хотя редко и почему-то этого боятся, хотя в принципе почему-бы и нет. Если равновесие не соблюдается, возможно имел место отбор, причём не соискателем, а в самой популяции. Это интересно с биологической точки зрения: почему какие-то варианты оказались представлены чаще, а какие-то реже, чем они адаптивнее или наоборот. Также никто не отменял дрейф генов... Есть частное мнение коллеги, что отклонение от Харди-Вайнберга чаще встречается, когда работают c однонуклеотидными полиморфизмами. Но также встречали в литературе, что если равновесие не соблюдается - это сигнал к возможному некачественному анализу биоматериала. Учитывая, что неравновесность кем-то специально изучается, думаю, нужно поискать какой-нибудь обзорчик по этой теме, т.к. собственно софта для его анализа много: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9D%D0%B5%...%BD%D0%BE%D0%B2 (наши считают в Арлекине). |
|
21.12.2021 - 14:49
Сообщение
#3
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Спасибо. Но я исхожу из того, что неравновесность по сцеплению, отбор, дрейф, имбриндинг и прочие красивые вещи, непроверяемые в эксперименте, должны либо постулироваться (а как это запостулировать, не вызывая хохота аудитории?), либо обкладываться железобетонными популяционными исследованиями, доказывающими, что ее Величество Природа устроена именно так. Если таких постулатов a priori не делается даже в шутку, склоняюсь к тому, что соискатель просто не понимает, что делает... Сообщение отредактировал 100$ - 21.12.2021 - 14:50 |
|
5.01.2022 - 16:42
Сообщение
#4
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Ап
Сообщение отредактировал 100$ - 5.01.2022 - 19:23 |
|
9.11.2022 - 16:50
Сообщение
#5
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Вот попалась на глаза часть монографии, из которой следует, что отклонения от равновесия Х-В - это скорее плохо, чем хорошо ) (начиная со с. 74).
Прикрепленные файлы
|
|
14.11.2022 - 20:52
Сообщение
#6
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 377 Регистрация: 18.08.2008 Из: Москва Златоглавая Пользователь №: 5224 |
Вот попалась на глаза часть монографии, из которой следует, что отклонения от равновесия Х-В - это скорее плохо, чем хорошо ) (начиная со с. 74). Почему Вы решили, что аллели, связанные с болезнью, должны подчиняться равновесию Х-В ? При рецессивном типе наследования это не так - гомозигота может быть совсем нежизнеспособна.Просто включи мозги => http://doctorstat.narod.ru
|
|
14.11.2022 - 22:13
Сообщение
#7
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Почему Вы решили, что аллели, связанные с болезнью, должны подчиняться равновесию Х-В ? При рецессивном типе наследования это не так - гомозигота может быть совсем нежизнеспособна. А я пока ничего еще не решил. Соискатель показывает мне 11 генотипированных пациентов из своих тематических больных. 11 генов. О том, что эти аллели связаны с болезнью, априорной информации нет. Ни для одного из генов эта выборка не является равновесной по Х-В. Ни для одной таблицы сопряженности гипотеза независимости признаков не отвергается даже на 10%-ном уровне. Вот я и хотел бы знать: а что вообще надо/не надо думать в таких случаях? А как определить: доминантный или рецессивный тип наследования? Во всей этой генетике не силен, а соискатель - и того меньше. Вот и работаем по принципу "Как рак рака учил передом ходить". В общем, жду вашего ответа, как соловей лета. Сообщение отредактировал 100$ - 14.11.2022 - 22:14 |
|
15.11.2022 - 12:56
Сообщение
#8
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 204 Регистрация: 1.06.2022 Из: Донецк Пользователь №: 39632 |
Цитата А как определить: доминантный или рецессивный тип наследования? Путем определенной схемы скрещиваний. Но то у тварей бездуховных. У человечков, очевидно, копаются в лесах Насчет равновесия Х-В - а оно точно строго соблюдается хоть где-то и хоть когда-то в естественных условиях? Терзают меня смутные сомнения в существовании панмиксии в дикой природе (человеческое общество - из той же оперы). Разве что при внешнем оплодотворении сидячих организмов, когда встреча половых продуктов происходит по воле ветра, волн и течений. Да и там будут влиять, например, гены, воздействующие на вкус икры. Так что все равно вряд ли. Кусок определения из Педивикии: Цитата Закон Харди ? Вайнберга ? положение популяционной генетики, гласящее, что в популяции бесконечно большого размера, в которой не действует естественный отбор, не идет мутационный процесс, отсутствует обмен особями с другими популяциями, не происходит дрейф генов, все скрещивания случайны... ...находящейся в вакууме и состоящей из сферических коней Сообщение отредактировал ИНО - 15.11.2022 - 12:57 |
|
15.11.2022 - 14:05
Сообщение
#9
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Путем определенной схемы скрещиваний. Но то у тварей бездуховных. У человечков, очевидно, копаются в лесах Насчет равновесия Х-В - а оно точно строго соблюдается хоть где-то и хоть когда-то в естественных условиях? Терзают меня смутные сомнения в существовании панмиксии в дикой природе (человеческое общество - из той же оперы). Разве что при внешнем оплодотворении сидячих организмов, когда встреча половых продуктов происходит по воле ветра, волн и течений. Да и там будут влиять, например, гены, воздействующие на вкус икры. Так что все равно вряд ли. Кусок определения из Педивикии: ...находящейся в вакууме и состоящей из сферических коней ИНО, я все понимаю: вся эта панмиксия чем-то сродни нормальному распределению: "все о нем говорят, но мало кто его видел". Однако, я не слыхивал и не читывал, чтобы от него отмахивались как от чего то слишком уж завирального. Но, вы, как я погляжу, в своем репертуаре. Только ваши кони не сферичные, а эллипсоидные, и находятся не в вакууме, а в атмосфере инертного газа. Однако хрен редьки не слаще. |
|
15.11.2022 - 15:15
Сообщение
#10
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 204 Регистрация: 1.06.2022 Из: Донецк Пользователь №: 39632 |
Ну, вообще-то, в отличие от всяких там усеченных пуассоновских нулей, сейчас-то я сижу очень даже на своем коне, имя которому зоология. И, думается, знаю о нем всяко поболее большинства здесь собравшихся, не в обиду будь сказано. Поэтому смею утверждать, что панмиксия - это сильно хуже нормального распределения, потому как последнее (или, во всяком случае нечто, неотличимое от него на практике) таки в природе встречается, пусть и не так часто, как многим хотелось бы. А панмиксия встречаться не может, равно как и все то прочие, что я процитировал. Поэтому, вполне очевидно, что закон Х-В никогда и нигде не соблюдается. Наверное, есть какие-то ситуации, где небольшим несоблюдением можно пренебречь. Но уж удивляться его обнаружению точно не стоит. Чем оно может быть обусловлено? Да практически всеми известными законами популяционной и эволюционной биологии по отдельности и вкупе!
Небольшая иллюстрация на примере Хомо сапиенс: были ли в вашей жизни случаи зачатия ребенка с первым (первой) встречным (встречной)? Ну или там полового партнера датчик случайных чисел назначил? А у ваших знакомых? А у знакомых ваших знакомых? Нет? Так где ж эта панмикися прячется? Ау!!! Единственное, можно принять как допущение, что именно изучаемый нами ген, вообще никак и никогда не влияет на выбор партнера. Но это допущение посильнее Сообщение отредактировал ИНО - 15.11.2022 - 15:27 |
|