Программы по медицинской статистике Опции

[Elena]

Кто-нибудь работает над диссертационными данными с помощью программы Statistica?

[Евгений Александ...]

Посмотрел Statistica 6.0 , русифицировано так себе, а вот пакет SPSS 13 for Windows мне приглянулся - и обучаловка есть и позволяет работать как с цифровыми, так и текстовыми переменными. Есть кто-нибудь, кто с этим пакетом работал?

[Dr_Andrew]

Statistica Base for Windows - 1295 у.е. Вообще, у StatSoft много различных версий продукта: от Enterprise до Desktop. Но и самая дешёвая версия - 650 у.е. Кому-то, может, и недорого. А у нас, в Казахстане, 200 у.е. для врача - это не просто хорошая, а очень хорошая зарплата. А так едва за сотню переваливает, даже после повышения. А дешёвые диски - это # Не давили ещё в России, видать, пиратские комки бульдозерами...

[плав]

Во-первых StatSoft предоставляет модуль базовой статистики бесплатно. Сходите на их сайт (www.statsoft.ru) и поищите. Если Вы работая над диссертацией даже не представляете, где взять статистическую программу, это означает, что ничего больше базовой статистики Вам лучше и не использовать (иными словами консультанта по статистике под рукой нет, а многомерные методики этого требуют). Во-вторых, самая большая гадость, которая может случиться - давно циркулирующие слухи, что ВАК будет требовать указания лицензионного номера программы статистической обработки в материалах и методах. Слухи циркулируют давно, пока не материализовались, но риск существует. Опять-же, если под боком есть центр по обработке данных можно всегда сделать это их проблемой, если ничего такого нет, лучше пользоваться бесплатными программами (или уж производимых теми, у кого в России нет представительства). Я не знаю насчет Белоруссии, но в РФ представительства есть у SPSS, StatSoft и SAS.

[Игорь]

По имеющейся информации, StatSoft не предоставляет модуль базовой статистики бесплатно.

[плав]

Statsoft представляет бесплатно базовый модуль, называя его демо-версией.
http://www.statsoft.ru/statportal/tabID__7...topDefault.aspx
"Эта ограниченная демо-версия содержит модули Основные статистики и таблицы и Множественная регрессия, а также поддерживает все графические возможности системы STATISTICA." В ангийской версии он называется Basic Statistics and Tables. Размер 14 мБайт. По сравнению со старыми версиями введены ограничения - количество наблюдений не может превышать 100, количество переменных не может превышать 50 (зато добавлена регрессия). Если ограничения не критичны - можно использовать эту версию

[ivan]

Люди добрые! Кто-нибудь знает где можно раздобыть программу SAS 8.02 или более поздней версии??? Я перекопал уже весь интернет, но нигде не нашел. Эту программу рекомендуют на "Биометрике", довольно часто указывают в диссертациях. Кроме того, в продаже имеется руководство Плавинского по использованию SAS для анализа медицинских данных. Однако самой программы найти не удается. Будто это программа-призрак!

[плав]

Насчет SAS - короткий ответ (как и для других программ) - представительство SAS в России. SAS продает SAS Learning Edition (книга и диск, на Amazon стоит около 100 долл.). Ограничения - 1000 наблюдений в базе данных для версии 2.0, 1500 для версии 4.1 (4.1 - это обрезанная SAS 9.3). Если у Вас есть легальная копия другой версии, то, хотя добавления от 8 к 9 версии (и 10) достаточно важные и серьезные - для обработки данных 8.02 будет более, чем достаточно. Русский уже поддерживается достаточно хорошо, ODS уже есть, вообщем причин искать новую версию не много. Кстати, большая часть книги Плавинского расчитана на 6.12 и, даже, на 6.04. Так что если использовать ее - проблем не будет. На Горбушке некоторое время тому назад ходили диски с 9 версией (она занимает 6 CD) - но надо спрашивать продавцов, В Интернете - только пиратские - ворованные - копии есть в осле - загрузите eMule или eDonkey и поиском посмотрите SAS. Версия занимает под 2 Гб, так что если качать, то рассчитывайте недели на две постоянного подключения (учитывая ослиные особенности).

[ivan]

Большое Вам спасибо! Уже качаю ослом!

[Игорь]

Полагаю, что неверно и противозаконно использовать нелицензионные программы. И нелепо призывать к этому со страниц форума. Не следует также подводить оправдательную базу (типа высокой цены, хронической бедности и т.п.) под банальное воровство. Любой институт может позволить себе приобрести программу анализа данных. Даже самую лучшую и дорогую (около 5 тыс. евро за SAS/BASE+STAT, по информации от официального представителя). Ведь приобретают же приборы, лечебно-диагностическое оборудование (200-300 тыс. долларов за не самый дорогой аппарат УЗИ), средства связи, транспорт для руководителя (за представительскую Тойоту - 70-80 тыс. долларов). Или это только потому, что украсть проблематично? Но ведь можно же, скажем поручить транспортной службе предприятия угнать новый Мерседес, перебить номера, да и возить директора. Нельзя? Отчего же? Почему же программу можно?
Вижу три пути решения проблемы:
1. Купить (обсуждено выше).
2. Написать самому.
3. Воспользоваться бесплатным продуктом.

Первые два решения, видимо, не подходят. Поэтому я сделал для читателей форума подборку избранных (далеко не исчерпывающих) ссылок на официально бесплатные продукты.
Calc, http://ru.openoffice.org
Data Master 2003, http://www.datamaster2003.com
Dataplot, http://www.nist.gov
Gnumeric, http://www.gnome.org/projects/gnumeric/
Gretl, http://gretl.sourceforge.net
Epi Info, http://www.cdc.gov/epiinfo/
PAST, http://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/pe/2001_1/past/pastprog/
Statistica, http://korenovski.narod.ru
Гусеница, http://www.gistatgroup.com/gus/index.html
Программа вычисления точного критерия Фишера, http://www.biometrica.tomsk.ru/programm_stat.htm
Коллекция программ анализа таблиц сопряженности, http://www.ugr.es/~bioest/software.htm
Free Statistics and Forecasting Software, http://www.wessa.net
Mathe Prisma, http://www.matheprisma.uni-wuppertal.de
StatCrunch, http://www.statcrunch.com
Статистические методы исследования в медицине http://www.infamed.com/stat/index.html

Отмечу, что производителями коммерческих продуктов, как правило, бесплатно предоставляются ознакомительные (базовые, демонстрационные) версии программных продуктов. Они могут быть как полнофункциональными, так и урезанными либо с ограничением времени работы или количества запусков. Однако легально использовать данные программы разрешается лишь для целей ознакомления, но никак для исследовательской и иной коммерческой работы.

[плав]

Вот что точно не надо делать, так это использовать самодельные программные продукты. Дело в том, что коммерческие продукты постоянно проверяются тысячами пользователей во всем мире. Поэтому алгоритмы в них выверенные и (обычно) не содержат серьезных ошибок. Продукты распространяемые бесплатно обычно используют какую-нибудь версию асимптотически правильного алгоритма, но не предусматривают всех варинтов использования (не говоря уже про возможность банальных ошибок). даже алгоритмы в MS Excel содержали ошибки (крупные статистические производители проверяют свои алгоритмы по специальным тестовым наборам).
Опыт работы с реальными данными, кроме того, показывает, что готовые решения (например, таблицы Фишера) могут использоваться только в редких случаях правильно спланированных исследований, что в наших пенатах редкость. Чаще приходится использовать моделирование, а вот тут уже без крупных систем никак.
Кроме того, не стоит забывать, что основное в обработке данных - это не сам статистический анализ, а подготовка данных к нему. Поэтому от того, насколько развиты у программы функции управления данными сильно зависит удобство ее использования.
В случае малого количества наблюдений лучше купить демо-версии статистических пакетов, ибо их ограничения не столь значимы для диссертации (SAS Learning Edition стоит около 100 долл. и позволят обсчитать почти любую диссертацию). В некоторых случаях можно воспользоваться epiinfo, поскольку CDC ее специально делает для эпидемиологов управлений здравоохранения. у которых нет денег на SAS, но хочется общитать ряд важных для эпидемиологических исследований параметров. Однако если надо полную версию признанной профессиональной программы - выбор очень прост - это R. Система абсолютно бесплатная, есть поддержка кирилиицы, возможно подключение системы меню, язык совместим с S-plus, а значит все книги по S можно использовать. Импорт-эскпорт из многих систем (от ASCII до SAS), полный спект статистических модулей и т.д. Адрес
http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN/
S и R - языки, на которых работают профессиональные статистики, поэтому в публикациях о новых методах статистической обработки чаще всего приводятся примеры на них.

[Игорь]

Согласен насчет самостоятельного составления программ. И с требованиями WAMI перекликается. Думаю, что если программы не предполагается продавать, их следует покупать. Речь идет о профессиональной разработке коммерческих или бесплатных. SPSS тоже начиналась со студенческой разработки.

А вот R не стал бы рекомендовать обычным пользователям. Интерфейс командной строки устарел. Наработка энтузиастов впечатляет, но кто отвечает за качество? Если будет сделана к R оболочка по типу электронных таблиц, это будет программа для конечных пользователей.

Надо обратить внимание на Dataplot - это разработка профессионалов высочайшей квалификации. Распространяется бесплатно путем загрузки или бесплатной рассылки компакт-дисков (мне выслали, даже извинились, что неделю пришлось подождать). Бесплатно - не потому, что плохо, а потому, что продукты, созданные за государственные деньги, в США по закону продавать нельзя - только раздавать даром. Хотя и этот пакет не слишком удобен в плане интерфейса (как и Epi Info, впрочем).

Коль речь зашла об ознакомительных версиях, авторы которых не против их нормальной эксплуатации (с ограничениями), упомяну незаслуженно редко цитируемый в последнее время классический отечественный проект STADIA. Скачать "бесплатную версию для самообучения и работы" (так в источнике) можно здесь http://protein.bio.msu.su/~akula/Podr2~1.htm. Программа описана в ряде источников:
1. Кулаичев А.П. Методы и средства анализа данных в среде Windows. STADIA. - М.: Информатика и компьютеры, 1999.
2. Кулаичев А.П. Методы и средства комплексного анализа данных. - М.: ИНФРА-М, 2006.
3. Тюрин Ю.Н., Макаров А.А. Статистический анализ данных на компьютере. - М.: ИНФРА-М, 1999.

[плав]

Кратко защищу R. Интерфейс командной строки не устарел и в профессиональных программах не устареет (посмотрите на SAS или Stata), поскольку из меню никогда нельзя полностью воспользоваться всеми преимуществами профессиональной программы, чисто "менюшные" программы, кроме того, очень утомительны при необходимости повторения расчетов (ну и, естественно, не расширяемы - что тоже гигантский минус). Для начинающих в R есть R Commander - система меню, которая генерирует необходимые для работы команды (это наилучший способ создания оболочек для пользователей, используемый в Stata (с которой. похоже, R commander и списан) и в SAS (SAS Assist). Оболочка по типу электронных таблиц не очень нужна, ибо для ввода данных (более десяти наблюдений/переменных) она не приемлима - легко сделать ошибки ввода, посему все равно надо пользоваться системами ввода типа SPSS Data Entry, MS Access или EpiData. Кстати, R импортирует таблицы MS Excel, так что если кому не оторваться от электронных таблиц - проблемы нет.
За качество в R отвечают несколько десятков университетов в мире, где эта система используется для обучения статистике. R создавалась как бесплантная замена S-plus (поскольку все программы для S транслируются в R и наоборот, можно сказать, что и Lucent Technologies отвечает за качество - косвенно), после того, как AT&T продала патент на свой крайне популярный в среде статистиков язык. Еще раз повторюсь, большинство публикаций в престижных журналах по статистике сопровождаются примерами реализации алгоритмов на S-plus и R, иными словами - эти "энтузиасты" и есть авторы статистических методик, опубликованных в рецензируемых журналах.
Кроме некоторых усилий по изучению системы, иных препятствий к использованию R нет (в США использование в медицине SAS является следствием трех факторов - заточенности системы под требования FDA, заточенности больничной документации под форматы SAS и удобство SAS в манипуляции данными - последнее непревзойдено никакими другими системами; кроме последнего российских пользователей первые два фактора волновать вряд ли должны).
Нок сожалению, о чем бы мы тут не спорили, большинство аспирантов будет обсчитывать диссертации в MS Excel (нелицензионном) или, в лучшем случае, в Statistica

[amphipole]

Кстати поначитавшись и наслышавшись лестных отзывов о не самой простой программе R, решил опробывать и ее, но после недельного тыкания в командной строке так дальше рассчета средних и вариаций и еше некоторых простейшых функций не ушел (сказываются проблемы с английским). По сему вопрос ??? Кто-нибудь знает о существовании русского руководства к R или это еще миф???

[плав]

Кстати поначитавшись и наслышавшись лестных отзывов о не самой простой программе R, решил опробывать и ее, но после недельного тыкания в командной строке так дальше рассчета средних и вариаций и еше некоторых простейшых функций не ушел (сказываются проблемы с английским). По сему вопрос ??? Кто-нибудь знает о существовании русского руководства к R или это еще миф???

материалы по R на русском языке созданные Алексеем Шипуновым см.
http://herba.msu.ru/shipunov/software/r/r-ru.htm
Там есть ответы на частые вопросы. советы по использованию R, команды и т.п. Очень рекомендую.