Анализ выживаемости по Каплан-Майеру в SPSS Опции

[vipgroup]

Добрый день, уважаемые пользователи форума!
Подскажите, пожалуйста, для одного своего исследования мне необходимо сравнить выживаемость пациентов, принимающих два лекарства (Каплан-Майер?), и какие факторы влияют на выживаемость (регрессия Кокса?). Подскажите какой-либо самоучитель SPSS, где был бы объяснен анализ выживаемости в SPSS. В интернете самоучителей по SPSS много, но почему-то ни в одном из них анализ выживаемости не описан. В доступных мне книгах эту тему тоже обошли стороной. Может Вы знаете доступную в интернете статью, или книгу, где данный анализ был бы описан?
Конечно, есть описание данных методов на английском языке, но, к сожалению, на таком высоком уровне я английским не владею, чтобы до конца разобраться во всех тонкостях.
Заранее благодарен,
Андрей

[nokh]

... Подскажите какой-либо самоучитель SPSS, где был бы объяснен анализ выживаемости в SPSS...

А что делать если таковых не существует? Получается, что вы в тупике из которого просто нет выхода. А если даже метод где-то и описан, и даже на приемлемом уровне, то вы не будете в состоянии оценить насколько хорошо или плохо он реализован в пакете. Поэтому уверен, что путь "от пакета к методу" является тупиковым. Концептуально тупиковым. Путь, не приводящий в тупики, - "от метода к пакету (пакетам)". Если вы неплохо освоили принципы, лежащие в основе метода, знаете алгоритм анализа (пусть даже без технических тонкостей собственно расчёта) и что вам от него нужно, то далее можно искать пакеты которые подходят под запрос. Если пакет куплен, то вас должны консультировать. Если же скачан с кряком - то почему SPSS, а не лучший пакет для такого анализа?
О том как должен выглядеть отчёт об анализе выживаемости можно прочитать в книге Ланг, Сесик (2011) "Как описывать статистику в медицине". Будет понятно что должно быть в хорошем пакете. Ну или взять пару хороших, пока лучше зарубежных, статей и сделать по аналогии. Про сам метод без привязки к пакету источников много. А по SPSS остаются только англоязычные источники. Мне нравится этот ресурс, его можно вообще использовать в качестве своеобразного справочного пособия с небольшим креном в сторону SPSS: http://faculty.chass.ncsu.edu/garson/PA765/statnote.htm . Раздел по выживаемости: http://faculty.chass.ncsu.edu/garson/PA765/cox.htm. Полагаю, что если его просто перевести, то это заменит большинство русскоязычных ресурсов по этому методу. См. также Kaplan-Meier Survival Analysis и Life Tables.

Сообщение отредактировал nokh - 30.04.2012 - 21:25

[Alex_Z]

Добрый день!
Подскажите, пожалуйста.
Я провожу анализ выживаемости по К-М в SPSS. При анализе нужно учитывать ВСЕХ больных обеих групп - и выживших, и умерших?
У меня соотношение на 28-е сутки (жив, умер):
1 гр - 67 23
2 гр - 58 32
По критерию хи-квадрат различия не значимы р=0,145

У умерших извести сутки смерти, а что ставить в графе "Время" у выживших?
Если их учитывать и ставить там значение "28", то получаем: лог-ранк р=0,82, Бреслоу р=0,45.

Если не учитывать выживших (графа "время" пустая), то различия значимы и по лог-ранк, и по Бреслоу.

[YVR]

Добрый день, уважаемые пользователи форума!
Подскажите, пожалуйста, для одного своего исследования мне необходимо сравнить выживаемость пациентов, принимающих два лекарства (Каплан-Майер?), и какие факторы влияют на выживаемость (регрессия Кокса?). Подскажите какой-либо самоучитель SPSS, где был бы объяснен анализ выживаемости в SPSS. В интернете самоучителей по SPSS много, но почему-то ни в одном из них анализ выживаемости не описан. В доступных мне книгах эту тему тоже обошли стороной. Может Вы знаете доступную в интернете статью, или книгу, где данный анализ был бы описан?
Конечно, есть описание данных методов на английском языке, но, к сожалению, на таком высоком уровне я английским не владею, чтобы до конца разобраться во всех тонкостях.
Заранее благодарен,
Андрей

Статистических пакетов много, а некоторые пользуются для поиска решений не пакетами, а калькуляторами (например, в виде электронных таблиц), поэтому вероятность найти того, кто может подсказать Вам решение задачи именно на SPSS не так уж велика. Т.е. на Ваши вопросы сможет ответить лишь тот, кто решал аналогичные задачи на SPSS и у него есть время и желание заниматься просветительской деятельностью.

А вот если Вам важен результат, а не конкретный статистический пакет, то можно выложить исходные данные здесь на форуме в виде архивированной таблицы дожития в формате CSV или XLS, тогда вероятность получить ответы на заданные вопросы может значительно возрасти.

[Alex_Z]

Вас понял, прилагаю файл с данными.
Столбцы: группа (1,2), исход (1 выж., 2 умер), наличие полиорганной недостаточности (1 - нет, 2 - есть) - это я пока не учитываю, сутки смерти (для выживших больных они не определены, так были успешно выписаны из стационара). Летальность оценивалась на 28 сутки.

Меня интересует концептуальный подход к этому вопросу.

Не знаю как прикрепить файл, вот ссылка: http://zalil.ru/33312640

[YVR]

У умерших извести сутки смерти, а что ставить в графе "Время" у выживших?

Максимальное время наблюдения, т.е. в течении какого времени факт летального исхода не был зафиксирован. Поскольку по истечении этого самого времени наблюдения, Вам уже неизвестно, имел место летальный исход или нет.

[Alex_Z]

Ага, т.е. фактически - сутки выписки. Вроде, я фиксировал это у себя...
А если этот срок не известен, то использовать тот срок, в течение которого есть данные обо всех больных (28 суток) корректно?

[YVR]

Ага, т.е. фактически - сутки выписки. Вроде, я фиксировал это у себя...
А если этот срок не известен, то использовать тот срок, в течение которого есть данные обо всех больных (28 суток) корректно?

Корректно. Ведь если в течении 28 суток наблюдения не был зафиксирован факт летального исхода - то согласно элементарной пропозициональной логики, пациент прожил не менее этих самых 28 суток. Все что неизвестно, т.е. выходит за рамки наблюдений - эмпирически недостоверно и можно только аналитически попытаться спрогнозировать.

[Alex_Z]

Спасибо!

[YVR]

Вас понял, прилагаю файл с данными.
Столбцы: группа (1,2), исход (1 выж., 2 умер), наличие полиорганной недостаточности (1 - нет, 2 - есть) - это я пока не учитываю, сутки смерти (для выживших больных они не определены, так были успешно выписаны из стационара). Летальность оценивалась на 28 сутки.

Меня интересует концептуальный подход к этому вопросу.

Не знаю как прикрепить файл, вот ссылка: http://zalil.ru/33312640

Посмотрел Ваши исходные данные. Предварительный вывод: наличие полиорганной недостаточности является явным противопоказанием для обоих видов лечения, т.к.

1. У всех без исключения успешно выписанных из стационара пациентов, полиорганная недостаточность отсутствовала;
2. У всех пациентов без исключения, у которых была зафиксирована полиорганная недостаточность, имел место летальный исход.

Выводы статистически значимы, т.к. по обоим пунктам частоты равны 1 (100%), т.е. данная закономерность была выявлена эмпирически достоверно.

Примите мои поздравления, т.к. Ваши исследования были проведены не напрасно! Хотя, по теме искали одно, а выявили совершенно другое, но тем не менее, значимость обнаруженной закономерности для медицины очень высока.

Если были другие факторы, то можно попытаться еще какие нибудь закономерности обнаружить, т.к. явные показания для обоих ЛС пока еще неизвестны.

[Alex_Z]

Да, я знаю. Тот факт, что этот метод лечения не повлиял для летальность при развитии полиорганной недостаточности немного "не литературные" данные. Однако доля больных с полиорганной недостаточностью (при которой летальность 100%) меньше. Это тоже очень хороший результат.

[YVR]

Да, я знаю. Тот факт, что этот метод лечения не повлиял для летальность при развитии полиорганной недостаточности немного "не литературные" данные. Однако доля больных с полиорганной недостаточностью (при которой летальность 100%) меньше. Это тоже очень хороший результат.

Поскольку полиорганная недостаточность по результатам Ваших исследований эмпирически достоверно является причиной летальных исходов, то попробовал исключить из обоих групп всех пациентов с этой самой недостаточностью.

По оставшимся получилось:

67, 9
58, 10

p ~ 0.7, т.е. результаты получились менее статистически значимы и также ОШ умалилось.

Для того, чтобы выявить различия исследуемых ЛС, необходимы дополнительные факторы о пациентах, выявленные до начала исследований, например, пол, возраст, анамнез, результаты анализов и проч. информация из историй болезней.

[DrgLena]

Я провожу анализ выживаемости по К-М в SPSS.

Чтобы это соответствовало действительности, вы должны были прочитать предыдущий пост, а это значит, что в SPSS прекрасная документация и контекстные подсказки. Предлагаю вам и коды и отчет по сравнению двух групп, а также и код для стратификации по органной недостаточности по вашим данным.

Прикрепленные файлы

 отчет.pdf ( 85,1 килобайт ) Кол-во скачиваний: 597

 

[Alex_Z]

DrgLena, спасибо большое. Те же результаты и я уже получил. Однако теперь точно уверен, что все правильно!

[Вале а]

Добрый день, уважаемые пользователи форума!
Подскажите, пожалуйста, для одного своего исследования мне необходимо сравнить выживаемость пациентов, принимающих два лекарства (Каплан-Майер?), и какие факторы влияют на выживаемость (регрессия Кокса?). Подскажите какой-либо самоучитель SPSS, где был бы объяснен анализ выживаемости в SPSS. В интернете самоучителей по SPSS много, но почему-то ни в одном из них анализ выживаемости не описан. В доступных мне книгах эту тему тоже обошли стороной. Может Вы знаете доступную в интернете статью, или книгу, где данный анализ был бы описан?
Конечно, есть описание данных методов на английском языке, но, к сожалению, на таком высоком уровне я английским не владею, чтобы до конца разобраться во всех тонкостях.
Заранее благодарен,
Андрей

куда вам эти материалы выслать? есть еще здесь немного http://gewissta.livejournal.com/
также есть переведенный туториал spss по регрессии Кокса

Сообщение отредактировал Вале а - 27.05.2012 - 18:01

[RomanPetrov]

Доброй ночи.Каплан-Майер в Статистика 6.0
Есть массив( В приложении) Анализ и сравнение выживаемости в 3х группах с различным уровнем лимфодиссекции.
N - количество

Follow up - время наблюдения, мес

mts free time - время без метастазов

mts+ - пациенты без метастазов

CT+ - химиотерапия проводилась или нет

death - смерть

сравнение 2х выборок:
цензурирующая - переменная "смерть", группирующая - группы 1 и 2, время жизни - фоллоу ап. коды для полных наблюдений - 1, для цензурированных -0
получились графики(см приложение), логранговый критерий .00156 .вы явил занчимое различие по частоте выживания с течением времени
медиана 10.3 мес(8 -11) для группы Р2, а для Р0-1 ничего не показывает в кнопке процентили одни нули - это понятно что умерло менее половины больных, но нам что делать, как интерпретировать медиану выживаемости?

Сообщение отредактировал RomanPetrov - 28.05.2012 - 17:27

Прикрепленные файлы

 E_stat.rar ( 57,64 килобайт ) Кол-во скачиваний: 418

 

[DrgLena]

что делать?

Ничего не делайте, пока не прочтете главу 11 у Гланца, а если нет времени, то последний абзац стр. 318

[RomanPetrov]

МедКальк рулит.сууупер

Прикрепленные файлы

 E_stat.rar ( 330,21 килобайт ) Кол-во скачиваний: 506

 

[RomanPetrov]

Ничего не делайте, пока не прочтете главу 11 у Гланца, а если нет времени, то последний абзац стр. 318

У меня 318 страница - задачи выдает.Гланц в приложении 11 главу прочел. DrgLena,Посмотрите пожалуйста результаты из МедКальк

Прикрепленные файлы

 SGlantz_MedBViolStatistics.rar ( 5,45 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 558

 

[DrgLena]

Моя неточность, 381, прочли бы всю главу и поправили меня
Волонтеры (психи, которые тратят свое время, которого вы не имеете) могут помочь, подсказав, что Вам почитать, или выложив готовый видео урок.

[vipgroup]

куда вам эти материалы выслать? есть еще здесь немного http://gewissta.livejournal.com/

Добрый день,
Если можно, то на info@webresearch.lv.
Статьи на gewissta.livejournal.com тоже читал, помогли, спасибо автору.

Заранее благодарен,
Андрей

[RomanPetrov]

Моя неточность, 381, прочли бы всю главу и поправили меня
Волонтеры (психи, которые тратят свое время, которого вы не имеете) могут помочь, подсказав, что Вам почитать, или выложив готовый видео урок.

Спасибо. за то что Вы конкретно делаете. если бы мог то наградил бы Вас медалью за помощь утопающим)))

а что делать нам если мы имеем то, что имеем? я понимаю что медиану нельзя определить, но как интерпретировать. прежде чем дожидаться когда умрут еще необходимые для статистики 3-4 человека с нас требуют доложить, иначе запретят делать эти операции. Довод такой: делайте Р2 и не суйтесь дальше. никаких Р0-1, а ведь они же выгоднее. Вы помогая нам представить данные, помогаете отстоять вид операции. И это благо для больных.
Это и есть практический выход из стат анализа.
Две кривые явно различающиеся. МедКальк выдает медиану 27(да и я понимаю что умерло всего 2 человека и что это меньше половины, но по графику пока так). правомочно ли отразить ее в результатах?
вот вопрос что делать?

[DrgLena]

Такое впечатление, что под вашим ником два человека, или вы набрали слишком много работы и запутались В этой ветке у вас умерли только два больных, а в соседней ветке вы изучаете только качество жизни. Вместо данных, по которым вы дали описание переменных, вы представляете только картинки с выставки различных программ, а по картинкам вам никто не поможет. Не имеет значение в какой программе вы кнопки нажимаете, если хотите что то понять, то читайте все ту же главу, там все делается руками и абсолютно понятно. Там же написано, как выбрать критерий для сравнения двух групп, а потом ищите программу в которой есть такой критерий или обоснуйте другой, который есть в программе. Все это довольно трудный путь и мне лично не встречались хирурги, которые самостоятельно проводили такой анализ.

[RomanPetrov]

Такое впечатление, что под вашим ником два человека, или вы набрали слишком много работы и запутались В этой ветке у вас умерли только два больных, а в соседней ветке вы изучаете только качество жизни. Вместо данных, по которым вы дали описание переменных, вы представляете только картинки с выставки различных программ, а по картинкам вам никто не поможет. Не имеет значение в какой программе вы кнопки нажимаете, если хотите что то понять, то читайте все ту же главу, там все делается руками и абсолютно понятно. Там же написано, как выбрать критерий для сравнения двух групп, а потом ищите программу в которой есть такой критерий или обоснуйте другой, который есть в программе. Все это довольно трудный путь и мне лично не встречались хирурги, которые самостоятельно проводили такой анализ.

Спасибо за ответ.
1. человек один
2.здесь я представил кейс из 3х групп. он выше. а в последнем я представил решение.
3.просьба ответить правильное ли оно. кнопки в МедКальке и Статистике нажимал обдуманно. и прочитав Гланца. Расчет вручную осознал, но производил. это интересно конечно, но трудоемко.
4.в другой ветке - другая работа. там качество жизни и никто не умер.просто утеряна связь(НО ОНИ НЕ УМЕРЛИ-это известно точно по данным паспортных столов - скорее всего в миграции на заработках) вот как их учитывать, как пропуски данных тоже не подходит.
5.уже прочитал и считаю обоснованным применение логрангового критерия.

[DrgLena]

Мы, очевидно , разговариваем на разных языках, что такое кейсы из трех групп, я не понимаю и данных не вижу, а вижу только картинки с решением в двух разных программах, которые почему то вставлены в экселевский формат. А пациентам, которые, очевидно, уехали на заработки, вы хотите поставить качество жизни после лечения такое же как до операции, так, по вашему немцы делают. Это полный бред, не считаю возможным продолжать этот диалог, может кто другой лучше разберется, какова цель исследования и какие методы для ее выполнения вам лучше подойдут.

[RomanPetrov]

Мы, очевидно , разговариваем на разных языках, что такое кейсы из трех групп, я не понимаю и данных не вижу, а вижу только картинки с решением в двух разных программах, которые почему то вставлены в экселевский формат. А пациентам, которые, очевидно, уехали на заработки, вы хотите поставить качество жизни после лечения такое же как до операции, так, по вашему немцы делают. Это полный бред, не считаю возможным продолжать этот диалог, может кто другой лучше разберется, какова цель исследования и какие методы для ее выполнения вам лучше подойдут.

DrgLena, спасибо.вроде бы все очевидно в таблицах. пояснения даны.картинки можно не смотреть- они с результатами, а в первых трех листах - три уровня лимфодиссекции и данные по ним.
может быть еще раз попробуем. В приложении файл с исходными данными. Голые цифры. все, что раздражает Вас удалил. В икселе. потому что на работе нет на компьютере Статистики.про немцев и интенш-ту-трит забудем. буду делать пер протокол.

ладно. не прикрепляется. не обращайте внимания. не хотел Вас разозлить. оно того не стоит.
спасибо и на этом.

Сообщение отредактировал RomanPetrov - 28.05.2012 - 17:25

[DrgLena]

В приложении файл с исходными данными. Голые цифры. все, что раздражает Вас удалил.

Меня это не раздражает, а просто веселит. Что же у вас первая группа R01 или Р01, сколько в ней наблюдений, в экселе 11, а в MedCalc вы анализируете 10. Странная третья группа имеет 7 случаев мтс из 12 больных, но все живы. Ваша первая группа имеет лучшую кумулятивную выживаемость по сравнению со второй, это ясно и по кривой К-М и по любому тесту сравнения. Можете привести Life Table for Group 1 and Group 2 для 10 интервалов, а именно последние две колонки с куммулятивной выживаемостью в обеих группах.

[RomanPetrov]

Меня это не раздражает, а просто веселит. Что же у вас первая группа R01 или Р01, сколько в ней наблюдений, в экселе 11, а в MedCalc вы анализируете 10. Странная третья группа имеет 7 случаев мтс из 12 больных, но все живы. Ваша первая группа имеет лучшую кумулятивную выживаемость по сравнению со второй, это ясно и по кривой К-М и по любому тесту сравнения. Можете привести Life Table for Group 1 and Group 2 для 10 интервалов, а именно последние две колонки с куммулятивной выживаемостью в обеих группах.

Спасибо,DrgLena.я как обычно одно потерял)))вывалилось при копировании))) в экселе правильно. странная группа - это паллиативная хирургия. действительно там никто не умер.несмотря на метастазы, но и максимальное время наблюдения - всего лишь 8 мес.
у меня почему то получаются разные результаты в МедКальк и Статистике.(((хотя графики одинаковые.

Сообщение отредактировал RomanPetrov - 29.05.2012 - 10:05