Статистика Опции

[ellkom]

Здравствуйте, коллеги!
У меня 5 групп крыс:
1 -контроль
2- опытная группа с введением препарата в дозе 1
3 - опытная группа с введением препарата в дозе 2
4 - опытная группа с введением препарата в дозе 3
5 - опытная группа с введением препарата в дозе 4

Животные в каждой группе живут в разных клетках - 5 клеток, в каждой клетке по 5 животных.
Через 30 дней опыта производили учет наличие-отсутствие опухолей.
Как здесь мне сравнивать данные?
Какие методы избрать.
Так как меня замучили придирками по размерам выборок, то я сравнивая, просто сразу объединяла данные по 5 клеткам в единый массив и сравнивала массивы.
получилось скажем так -
группы --------эффект
----------------среднее
1 ----------------1
2 ---------------1,5
3----------------2
4----------------4
5----------------2,5

Можно ли так? Или лучше как-то по-другому?!
как это сделать в программах Statistica Excel
С уважением, Эльвира

[ogurtsov]

5 клеток по 5 крыс в каждой группе, или всего 5 клеток (по 1 на группу)?

[passant]

Так как меня замучили придирками по размерам выборок, то я сравнивая, просто сразу объединяла данные по 5 клеткам в единый массив и сравнивала массивы.
получилось скажем так -
группы --------эффект
----------------среднее
1 ----------------1
2 ---------------1,5
3----------------2
4----------------4
5----------------2,5

Можно ли так? Или лучше как-то по-другому?!

Если вы объединили данные по пяти клеткам в единый массив - т.е. перешли от "пяти клеток для каждой группы, по пять крыс в каждой клетке" к просто "25 крыс в каждой группе", то что означает "эффект-среднее" ? У вас остались просто количество опухолей в каждой из 5 групп и вам надо определить, на сколько эти данные отличаются с учетом количества особей в группах.
Если же Вы не объединяли крыс в группах, а считали количество опухолей в каждой клетке а потом определяли среднее по клеткам одной группы, то Вам надо проверить нуль-гипотезу (средние для каждой группы статистически равны ) против альтернативной гипотезы (средние для каждой из групп статистически различимы).
Типичная задача дисперсионного анализа.

[p2004r]

Животные в каждой группе живут в разных клетках - 5 клеток, в каждой клетке по 5 животных.

По моему вот такая "четкая формулировка" о многом говорит.

А вот "идеальный исход" эксперимента, если все таки это действительно речь о дизайне 5х5

Код

## 0 из 5 имеет опухоль, группа 1
> Hmisc::binconf(0,5, method="all")
           PointEst Lower     Upper
Exact             0     0 0.5218238
Wilson            0     0 0.4344825
Asymptotic        0     0 0.0000000

## 1 из 5 имеет опухоль, группа 2 , и т.д.
> Hmisc::binconf(1,5, method="all")
           PointEst        Lower     Upper
Exact           0.2  0.005050763 0.7164179
Wilson          0.2  0.010258659 0.6244654
Asymptotic      0.2 -0.150609016 0.5506090
> Hmisc::binconf(2,5, method="all")
           PointEst       Lower     Upper
Exact           0.4  0.05274495 0.8533672
Wilson          0.4  0.11762077 0.7692757
Asymptotic      0.4 -0.02940659 0.8294066
> Hmisc::binconf(3,5, method="all")
           PointEst     Lower     Upper
Exact           0.6 0.1466328 0.9472550
Wilson          0.6 0.2307243 0.8823792
Asymptotic      0.6 0.1705934 1.0294066
> Hmisc::binconf(4,5, method="all")
           PointEst     Lower     Upper
Exact           0.8 0.2835821 0.9949492
Wilson          0.8 0.3755346 0.9897413
Asymptotic      0.8 0.4493910 1.1506090
> Hmisc::binconf(5,5, method="all")
           PointEst     Lower Upper
Exact             1 0.4781762     1
Wilson            1 0.5655175     1
Asymptotic        1 1.0000000     1

Ничего доказать нельзя.

Сообщение отредактировал p2004r - 30.07.2016 - 00:04

[ellkom]

Всего животных 125
В каждом варианте опыта, а их 5, 5 клеток с 5 животными в каждой, т.е. суммарно по 25 животных на каждый вариант опыта.

5 клеток по 5 крыс в каждой группе, или всего 5 клеток (по 1 на группу)?

[ellkom]

Ясно! А это вы в какой программе считали?
Какой инструмент применили, если не секрет?!
С уважением, Эльвира
quote name='p2004r' date='29.07.2016 - 23:58' post='20000']
По моему вот такая "четкая формулировка" о многом говорит.

А вот "идеальный исход" эксперимента, если все таки это действительно речь о дизайне 5х5

Код

## 0 из 5 имеет опухоль, группа 1
> Hmisc::binconf(0,5, method="all")
           PointEst Lower     Upper
Exact             0     0 0.5218238
Wilson            0     0 0.4344825
Asymptotic        0     0 0.0000000

## 1 из 5 имеет опухоль, группа 2 , и т.д.
> Hmisc::binconf(1,5, method="all")
           PointEst        Lower     Upper
Exact           0.2  0.005050763 0.7164179
Wilson          0.2  0.010258659 0.6244654
Asymptotic      0.2 -0.150609016 0.5506090
> Hmisc::binconf(2,5, method="all")
           PointEst       Lower     Upper
Exact           0.4  0.05274495 0.8533672
Wilson          0.4  0.11762077 0.7692757
Asymptotic      0.4 -0.02940659 0.8294066
> Hmisc::binconf(3,5, method="all")
           PointEst     Lower     Upper
Exact           0.6 0.1466328 0.9472550
Wilson          0.6 0.2307243 0.8823792
Asymptotic      0.6 0.1705934 1.0294066
> Hmisc::binconf(4,5, method="all")
           PointEst     Lower     Upper
Exact           0.8 0.2835821 0.9949492
Wilson          0.8 0.3755346 0.9897413
Asymptotic      0.8 0.4493910 1.1506090
> Hmisc::binconf(5,5, method="all")
           PointEst     Lower Upper
Exact             1 0.4781762     1
Wilson            1 0.5655175     1
Asymptotic        1 1.0000000     1

Ничего доказать нельзя.
[/quote]

[ellkom]

Конечно, нет!
5 клеток по пять крыс на каждый вариант опыта!
С уважением, Эльвира

5 клеток по 5 крыс в каждой группе, или всего 5 клеток (по 1 на группу)?

[DrgLena]

А клетки тут вовсе не при чем, важно сколько опухолей было в каждой группе на конец эксперимента. А этих данных у нас нет, а потому р2004r дал сравнение долей посредством ДИ при любом количестве опухолей в группах от 0 до 5.

[p2004r]

Конечно, нет!
5 клеток по пять крыс на каждый вариант опыта!
С уважением, Эльвира

А в чем был смысл 5ти клеток? Это всё равно не позволяет блочным дизайн эксперимента объявить.

25 клеток с различными возможно условиями введенные в модель в виде фактора всю дисперсию возможную заберут на себя.

А просто так объявлять, что у нас была клетка ?1 и т.д. бессмысленно, поскольку по времени они _реально_ не разнесены, а делались одномоментно. Клетка ?1 у контроля не равна клетке ?1 у первого уровня дозы.

Или клетки разнесены по времени?

[ogurtsov]

А в чем был смысл 5ти клеток? Это всё равно не позволяет блочным дизайн эксперимента объявить.

Очевидно же: 25 крыс в одну клетку не влезли

[p2004r]

Очевидно же: 25 крыс в одну клетку не влезли

Ну пихать тогда "помеченным в ходе лотереи крысам" ?1,?2.... в _одной_ клетке схему введения препарата... Так хоть фактор "условия содержания" проявляется.

[ellkom]

На самом деле крыс в каждой клетке - 100! Только не крыс, а семян. Итого 500 на вариант опыта!
Их собирали на разном удалении от источника загрязнения. 100 км, 65, 30, 15 и 5

Я думала, думала и решила ввести данные 0 и 1! Теперь не знаю вообще как считать!?

Ну пихать тогда "помеченным в ходе лотереи крысам" ?1,?2.... в _одной_ клетке схему введения препарата... Так хоть фактор "условия содержания" проявляется.

[DrgLena]

В начале нужно выяснить не как считать, а что считать. Подумайте еще и поведайте форуму, какова цель вашего исследования, поясните что вы измеряете, тогда будет ясно, что такое 0 и 1 ?

[ellkom]

Хорошо!
У меня 4 варианта опыта: 100 км (контроль), 65 км (контроль), 30, 15, 5 км от источника загрязнения.
В каждом варианте 5 чашек Петри, а в каждой чашке 100 шт. семян.
Анализировали количество проросших семян в каждой чашке
Скажем если проросло 5 семян в чашке, то число 100 "уходит".
Получается что у меня повторность 5. Среднее я беру из 5.
Если в контроле и 30, км разброс данных практически отсутствует, то в загрязнении - очень большой.
Скажем, в одной чашке проросло 15, в другой 45 и т.п.
Мне сказали, что надо было брать больше чашек?!
Хотя бы 10! Однако дело в том, что семян то в том же загрязнении очень.
Где ж я столько возьму то?!
В 5 км от и.з. техногенная пустошь (концентрация загрязнителей в почве более чем в 100 раз выше, чем в контроле) , где кое где встречается это растение!
Поэтому и семян в загрязнении ну очень Мало.
Вот я и решила попробовать посчитать по другому.
Проросло - 1, не проросло 0.

С уважением, Эльвира

[passant]

Уважаемые врачи-медики. Ну пожалуйста, постарайтесь выражаться четче! Тогда вас будет легче понять и соответственно - помочь.

Хорошо!
У меня 4 варианта опыта: 100 км (контроль), 65 км (контроль), 30, 15, 5 км от источника загрязнения.

Из того, что написано следует, что у Вас не четыре, а пять ВАРИАНТОВ опыта. Не просто так же вы контроль разбили на две части? Ну неужели это непонятно? Или - просто небрежность?

В каждом варианте 5 чашек Петри, а в каждой чашке 100 шт. семян.

Итого - у Вас на каждом расстоянии от источника загрязнения по 500 семян.

Анализировали количество проросших семян в каждой чашке

ОК, значит ПО КАКОЙ-ТО причине, вы не хотите делать анализ большой (500) выборки и предпочитаете ее делить на 5 частей. Впрочем, как уже описал выше уважаемый p2004r не ясен смысл, но - дело ваше. Например, смыл разделения на пять подгрупп я вижу, если не все чашки стоят рядом, а на одном расстоянии от источника, но в разных направлениях от него. Тогда да, смысл есть.
Иначе? Ну, вам виднее.

Скажем если проросло 5 семян в чашке, то число 100 "уходит".

Какое число, куда уходит????? Почему 100 ???????
Если в чашке проросло 5 семян, то это означает, что всхожесть в этой чашке 95% или 0.95 и больше - ничего. Никто никуда не уходит.

Если в контроле и 30, км разброс данных практически отсутствует, то в загрязнении - очень большой.

Разброс данных между чем и чем? Между данными во всех 15 чашках, расположенных в 100-50-30 км между собой? Или между пятью "100км"-чашками между собой, "60км"-чашками между собой, "30км"-чашками между собой. Выражайтесь, пожалуйста, четче. В зависимости от ответа - ваш эксперимент должен анализировать разные гипотезы и давать разные результаты.

то в загрязнении - очень большой.
Скажем, в одной чашке проросло 15, в другой 45 и т.п.

Ну слава Богу, тут все ясно и - кстати - ожидаемо.

Мне сказали, что надо было брать больше чашек?! Хотя бы 10!

Можно пойти и таким путем, а можно считать - если условия для каждой из чашек, расположенных на конкретном расстоянии от источника загрязнения идентичны - сколько семян из 500 проросло. Тем более, что больше зерен вы взять не можете.
Повторю - Типичная, хорошо изученная и описанная в любом учебнике, в том числе по мед. статистике - задача по дисперсионному анализу.

Вот я и решила попробовать посчитать по другому.
Проросло - 1, не проросло 0.

Я так понял (догадался!!!) что если хоть одно зерно в чашек проросло - то "1", если ни одного не проросло - то "0"? Т.е. вы заведомо огрубили результаты эксперимента.
Ну решили - и решили. Опять-таки, не ясно зачем, но наверное, Вы что-то такое знаете по условиям эксперимента, чего не знаем мы. Вам виднее. Будем считать, что такой переход чем-то обоснован.
Только учтите, что теперь вы перешли от одной задачи - к другой, точнее к задаче анализа с дихотомическим значением признака.
Впрочем - они тоже хорошо описаны, но они другие.


Сообщение отредактировал passant - 2.08.2016 - 12:22

[DrgLena]

Цель исследования - это не описание деталей, выраженных в км, вы не км измеряете. Как я поняла, вы хотите проанализировать влияние степени загрязнения на всхожесть семян (такая секретность, надеюсь, не конопля). Влияние может заключаться не только в том, что чем больше вредности, тем меньше всхожесть, но и в изменении того самого разброса, который вы уже заметили. Влияние зоны может быть разнонаправленной. Чтобы проанализировать результаты, вначале нужно иметь результат для каждого из 500 семян. Т.е. 0 и 1 для каждого семечка.

[ellkom]

Да, вы меня правильно поняли.
Разброс на я смотрела по чашке. По другим параметрам, дисперсия в загрязнении уменьшает вдвое, коэф вариации не меняются.
Когда у тебя 5 значений, сложно говорить о разбросе, согласитесь.
Поэтому и возникла такая мысль..

Цель исследования - это не описание деталей, выраженных в км, вы не км измеряете. Как я поняла, вы хотите проанализировать влияние степени загрязнения на всхожесть семян (такая секретность, надеюсь, не конопля). Влияние может заключаться не только в том, что чем больше вредности, тем меньше всхожесть, но и в изменении того самого разброса, который вы уже заметили. Влияние зоны может быть разнонаправленной. Чтобы проанализировать результаты, вначале нужно иметь результат для каждого из 500 семян. Т.е. 0 и 1 для каждого семечка.

[ellkom]

Да, я описалась.
Почему вы считаете, что огрубила результаты эксперимента, по-моему, наоборот.

Уважаемые врачи-медики. Ну пожалуйста, постарайтесь выражаться четче! Тогда вас будет легче понять и соответственно - помочь.

Из того, что написано следует, что у Вас не четыре, а пять ВАРИАНТОВ опыта. Не просто так же вы контроль разбили на две части? Ну неужели это непонятно? Или - просто небрежность?

Итого - у Вас на каждом расстоянии от источника загрязнения по 500 семян.

ОК, значит ПО КАКОЙ-ТО причине, вы не хотите делать анализ большой (500) выборки и предпочитаете ее делить на 5 частей. Впрочем, как уже описал выше уважаемый p2004r не ясен смысл, но - дело ваше. Например, смыл разделения на пять подгрупп я вижу, если не все чашки стоят рядом, а на одном расстоянии от источника, но в разных направлениях от него. Тогда да, смысл есть.
Иначе? Ну, вам виднее.

Какое число, куда уходит????? Почему 100 ???????
Если в чашке проросло 5 семян, то это означает, что всхожесть в этой чашке 95% или 0.95 и больше - ничего. Никто никуда не уходит.

Разброс данных между чем и чем? Между данными во всех 15 чашках, расположенных в 100-50-30 км между собой? Или между пятью "100км"-чашками между собой, "60км"-чашками между собой, "30км"-чашками между собой. Выражайтесь, пожалуйста, четче. В зависимости от ответа - ваш эксперимент должен анализировать разные гипотезы и давать разные результаты.

Ну слава Богу, тут все ясно и - кстати - ожидаемо.

Можно пойти и таким путем, а можно считать - если условия для каждой из чашек, расположенных на конкретном расстоянии от источника загрязнения идентичны - сколько семян из 500 проросло. Тем более, что больше зерен вы взять не можете.
Повторю - Типичная, хорошо изученная и описанная в любом учебнике, в том числе по мед. статистике - задача по дисперсионному анализу.

Я так понял (догадался!!!) что если хоть одно зерно в чашек проросло - то "1", если ни одного не проросло - то "0"? Т.е. вы заведомо огрубили результаты эксперимента.
Ну решили - и решили. Опять-таки, не ясно зачем, но наверное, Вы что-то такое знаете по условиям эксперимента, чего не знаем мы. Вам виднее. Будем считать, что такой переход чем-то обоснован.
Только учтите, что теперь вы перешли от одной задачи - к другой, точнее к задаче анализа с дихотомическим значением признака.
Впрочем - они тоже хорошо описаны, но они другие.

[DrgLena]

Когда у тебя 5 значений, сложно говорить о разбросе, согласитесь.
Поэтому и возникла такая мысль..

В вашем потоке мыслей трудно что либо понять, вы сами сказали 15 и 45 это большой разброс. Прицепите ваши данные, принадлежность к группе, к чашке и отклик к каждой семечке. Может и разберемся, как анализировать.

[passant]

Да, я описалась.
Почему вы считаете, что огрубила результаты эксперимента, по-моему, наоборот.

У вас было 5х5 чашек, для каждой были данные в диапазоне от 0 до 1.
Вы перешли к системе 5х5 чашек, по которой у вас остались данные только "0" или "1".
Три вопроса:
1. Зачем Вы так сделали?
2. Вы действительно не понимаете, в чем тут "огрубление"? И на сколько это огрубит полученные результаты???
3. У вас было больше информации, вы оставили меньше. При этом вы считаете, что тем самым вы сделали эксперимент более точным. ("Точно" - антоним к "грубо") Обоснуйте это свое "наоборот", пожалуйста.

P.S.

Когда у тебя 5 значений, сложно говорить о разбросе, согласитесь.

О разбросе значений можно говорить даже когда у вас два значения, вообще-то.

Сообщение отредактировал passant - 2.08.2016 - 17:47

[ellkom]

15 и 45 это по всхожести, а я же не только всхожесть анализировала!

В вашем потоке мыслей трудно что либо понять, вы сами сказали 15 и 45 это большой разброс. Прицепите ваши данные, принадлежность к группе, к чашке и отклик к каждой семечке. Может и разберемся, как анализировать.

[ellkom]

Не понимаю.
Раньше я просто считала количество проросших семян в кажой чашке и было, скажем:
Расстояние
от источника
загрязнения, км Чашки Всхожесть(количество проросших семян)
65 1 11
65 2 10
65 3 12
65 4 16
65 5 17
30 1 1
30 2 4
30 3 4
30 4 1
30 5 1
15 1 22
15 2 23
15 3 21
15 4 24
15 5 29
5 1 11
5 2 12
5 3 12
5 4 12
5 5 20

У вас было 5х5 чашек, для каждой были данные в диапазоне от 0 до 1.
Вы перешли к системе 5х5 чашек, по которой у вас остались данные только "0" или "1".
Три вопроса:
1. Зачем Вы так сделали?
2. Вы действительно не понимаете, в чем тут "огрубление"? И на сколько это огрубит полученные результаты???
3. У вас было больше информации, вы оставили меньше. Обоснуйте свое "наоборот", пожалуйста.

P.S.

О разбросе значений можно говорить даже когда у вас два значения, вообще-то.

[ellkom]

В этом году нет такого разброса...Так получилось.

Не понимаю.
Раньше я просто считала количество проросших семян в кажой чашке и было, скажем:
Расстояние
от источника
загрязнения, км Чашки Всхожесть(количество проросших семян)
65 1 11
65 2 10
65 3 12
65 4 16
65 5 17
30 1 1
30 2 4
30 3 4
30 4 1
30 5 1
15 1 22
15 2 23
15 3 21
15 4 24
15 5 29
5 1 11
5 2 12
5 3 12
5 4 12
5 5 20

[passant]

Не понимаю.
Раньше я просто считала количество проросших семян в кажой чашке и было, скажем:
Расстояние

Мне начинает казаться, что вы нас просто троллите.
1. По вашим данным, разброс по 15км.-чашкам (29-22)=7 вы считаете большим, а разброс по 65км-чашкам (17-11)=6 вы считаете незначительным. Почему? И что вы по этим данным считали?

В этом году нет такого разброса...Так получилось.

2. А причем тут сравнение результатов, полученных в разные годы?

И еще. Вы понимаете методологическую разницу между данными и алгоритмом их обработки? От того, что данные изменились, алгоритм расчетов НЕ меняется. Вот как считали "до этого года" так и продолжайте считать. В чем проблема?

[ellkom]

Не понимаю! Что я где-то написала какой разброс считаю большим а какой нет?
Я считаю большим разброс 15 и 45! Это я писала.
45-15=30. Вот это да!

Мне начинает казаться, что вы нас просто троллите.
1. По вашим данным, разброс по 15км.-чашкам (29-22)=7 вы считаете большим, а разброс по 65км-чашкам (17-11)=6 вы считаете незначительным. Почему? И что вы по этим данным считали?



2. А причем тут сравнение результатов, полученных в разные годы?

И еще. Вы понимаете методологическую разницу между данными и алгоритмом их обработки? От того, что данные изменились, алгоритм расчетов НЕ меняется. Вот как считали "до этого года" так и продолжайте считать. В чем проблема?

[passant]

Не понимаю! Что я где-то написала какой разброс считаю большим а какой нет?

Если в контроле и 30, км разброс данных практически отсутствует, то в загрязнении - очень большой.

Вас попросили "прицепить ваши данные". Вы прицепили. В итоге мы видим:
В вашем примере 65км. - это контроль? Разброс - 6? По вашим словам - "разброс практически отсутствует".
В Вашем примере 15км - это загрязнение? Разброс - 7? По вашим словам - "разброс очень большой".
Или это опять - не ваши данные и вы писали не эти цифры?

При этом как было так и осталось непонятным:
- зачем вы изначально каждую группу делили на 5 подгрупп?
- причем тут сравнение результатов, полученных в разные годы?
- как вы собираетесь увеличить выборку, "присвоив каждому проросшему семечку - 1" (из соседней темы)?
- зачем вообще понадобилось (бы) увеличивать и так вполне репрезентативную выборку из 500х5 объектов?
- причем тут "нечисловые данные"?
- что означает загадочная фраза:

По другим параметрам, дисперсия в загрязнении уменьшает вдвое, коэф вариации не меняются. Когда у тебя 5 значений, сложно говорить о разбросе

- почему вы не можете воспользоваться дисперсионным анализом, которые по определению предназначен для решения задач, подобных вашей?
- и вообще, какую цель вы пытаетесь достичь, ставя свои эксперименты (в статистическом, а не в биологическом смысле)?

Наконец, если вдруг оказывается, что "а я же не только всхожесть анализировала!" - то это означает, что план вашего эксперимент и используемые методы достижения цели должны быть совершенно другим. Увы, интуичить я не умею, догадаться какие еще нераскрытые детали у вас там есть, существенно влияющие на весь ход рассуждений и расчетов - практически невозможно.

Сообщение отредактировал passant - 2.08.2016 - 22:05