Логистическая регрессия? Опции

[mamalita]

Добрый день! Прошу помощи в анализе данных. Мы имеем 100 человека больных с метастазами в печени, лечили их хирургическим путем и наблюдали их в течение 6 лет и диагностировали у них новые метастазы и рецидивы. Суть работы заключается в том, чтобы доказать, что реже всего на 1 и 2 годах наблюдения новые МТС возникают у пациентов с количеством МТС 2-3 (у нас были варианты количества от 2-6), и размер их должен быть 2-3 см. То есть кривая частоты прогресии имеет форму колокола обращенного вершиной вниз - 1 см - часто возникает прогрессия, больше 3 - тоже. Наиболее оптимальным является размер очага для хирургического лечения 2-3 см. Вопрос как представить эти данные и их анализировать: средний и суммарный размер не учитывают разницы: то ли у больного было 3 очага по 2 см то ли 1 и 6 см что совсем не благоприятно. Если брать каждый метастаз как отдельную переменную то у разных людей будет разное количество переменных (от 2 до 6штук), но этот вариант наиболее приемлем в соответствии с поставленной задачей. Теперь вопрос каким методом воспользоваться, чтобы доказать что идеальным для лечения является количество МТС 2-3 при размере 2-3см. Еще момент : размер МТС имеет мини манимальное округление до 0, 5 разброс от 1 до 6 см (т.е. всего 12 значений). Может быть их можно как-то объединить и логически видоизменить? Я уже просто голову сломала. Очень нужен свежий взгляд. Спасибо

[mamalita]

приложенные данные

Прикрепленные файлы

 кол_во_размер_рецидив.rar ( 5,19 килобайт ) Кол-во скачиваний: 528

 

[p2004r]

приложенные данные

часть 1 Импорт данных


сохраняем файл экселя как csv выбирая разделителем полей ";" ввиду печальной особенности русского экселя представлять десятичную точку как ","

директория в которую мы сохранили файл с данными будет нашей рабочей директорией (в линуксе достаточно стоя в ней запустить R в виндовсе возможно надо её отметить из меню оболочки), или надо указать полный путь к имени файла.

после это импортируем в эксель файл функцией read.csv2() и сразу смотрим все ли пошло нормально с помощью функции str()

Код

> str(read.csv2("кол-во-размер-рецидив.csv"))
'data.frame':    93 obs. of  13 variables:
$ номер           : int  43 91 3 4 10 34 35 39 42 93 ...
$ кол.во          : int  5 5 3 2 2 4 5 6 6 6 ...
$ средний.размер  : num  1.6 1.4 2.33 3 3 2.25 2 1.17 1.5 1.25 ...
$ мтс1            : num  1 0.5 1 1 1 1 0.5 1 1 0.5 ...
$ мтс2            : num  1 0.5 1 5 5 1 1 1 1 1 ...
$ мтс3            : num  1 1 5 0 0 2 1.5 1 1 1 ...
$ мтс4            : num  1 1 0 0 0 5 2 1 2 1 ...
$ мтс5            : num  4 4 0 0 0 0 5 1.5 2 4 ...
$ мтс6            : num  0 0 0 0 0 0 0 1.5 2 0 ...
$ суммарный.размер: num  8 7 7 6 6 9 10 7 9 7.5 ...
$ рецидив         : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ срок            : int  1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 ...
$ рецидив.до.года : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>

как видим всё в порядке и мы можем смело сохранять данные для последующей обработки

Код

> data <- read.csv2("кол-во-размер-рецидив.csv")
>

ЗЫ ну а посмотреть на первые несколько строчек что у нас в data можно с помощью функции head()

Код

> head(data)
  номер кол.во средний.размер мтс1 мтс2 мтс3 мтс4 мтс5 мтс6 суммарный.размер
1    43      5           1.60  1.0  1.0    1    1    4    0                8
2    91      5           1.40  0.5  0.5    1    1    4    0                7
3     3      3           2.33  1.0  1.0    5    0    0    0                7
4     4      2           3.00  1.0  5.0    0    0    0    0                6
5    10      2           3.00  1.0  5.0    0    0    0    0                6
6    34      4           2.25  1.0  1.0    2    5    0    0                9
  рецидив срок рецидив.до.года
1       1    1               1
2       1    1               1
3       1    1               1
4       1    3               1
5       1    3               1
6       1    3               1

Сообщение отредактировал p2004r - 13.11.2011 - 12:24

[p2004r]

часть 2 Выбираем интервал группировки

Нас интересует как распределены размеры "мтс"

Код

> names(data)
[1] "номер"            "кол.во"           "средний.размер"   "мтс1"            
[5] "мтс2"             "мтс3"             "мтс4"             "мтс5"            
[9] "мтс6"             "суммарный.размер" "рецидив"          "срок"            
[13] "рецидив.до.года"

это переменные с 4 по 9, у них отсутствующие значения закодированы нолем (а надо NA)

выкусываем часть таблицы данных, заменяем 0 на NA:

Код

> # прицеливаемся :)
> head(data[,4:9])
  мтс1 мтс2 мтс3 мтс4 мтс5 мтс6
1  1.0  1.0    1    1    4    0
2  0.5  0.5    1    1    4    0
3  1.0  1.0    5    0    0    0
4  1.0  5.0    0    0    0    0
5  1.0  5.0    0    0    0    0
6  1.0  1.0    2    5    0    0
> mts<-as.vector(data[,4:9])
> # заменяем 0 на NA
> mts[mts==0]<-NA

и склеиваем в одну переменную:

1й способ

Код

c(mts[,1],mts[,2],mts[,3],mts[,4],mts[,5],mts[,6])

2й способ

Код

mts.new<-as.matrix(mts)
dim(mts.new)<-6*93
mts.new<-as.vector(mts.new)

Очистка от NA производится функцией na.omit()

Строим плотность распределения размера мтс

Код

> plot(density(na.omit(mts.new)))
>

Ну и голую гистограмму для сравнения

Код

> hist(na.omit(mts.new))
>

Теперь для способа с гистограммой надо выбрать интервалы группировки

Эскизы прикрепленных изображений