multifactor dimensionality reduction Опции

[_alena_]

всем привет. очень нуждаюсь в помощи и советах.... кто то знаком с multifactor dimensionality reduction??? что можно почитать о том как работать в этой среде? для каких видов данных она предназначена??? а то мне все что встречалось касается генной информации. можно ли применять другие выборки? спасибо

[TheThing]

Здравствуйте!

Довольно продолжительное время работаю с MDR, программа в основном предназначена для поиска ассоциаций полиморфизмов одиночных нуклеотидов (single nucleotide polymprphism, SNP) и риском развития мультифакторной патологии. Метод имеет определенные преимущества над логистической регрессией, хотя обычно их применяют в "пачке"

Для того, чтобы понять принцип работы метода, начните с этого:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12584123 (закачивайте полный текст статьи).

Кроме этого, MDR уже реализован в R: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21846375

Также очень будет полезным почитать блог самого автора, если у Вас работа связана с изучением межгенных взаимодействий (эпистазис) - http://compgen.blogspot.com/

Если что-то будет не понятно - буду рад помочь!

[_alena_]

TheThing, извините еще за глуппый вопрос. я алгоритм и статьи почитала... насколько поняла то этот MDR можно применять не только используя какие то гены для определения риска патологии или нахождения взаимосвязей но и в других отраслях.моя проблема в том что у меня не будет ни одного параметра по генам... а патологию нужно будет определять в зависимости от скажем инфаркта или сердечно сосудистой недостаточности. нету ли каких то ссылок с такого рода материалом??? я просмотрела и все статьи с основных сайтов и в паб меде прорылась. пока безрезультатно....или мне просто нужно будет те пераметры что есть у меня закодировать в файлик ноликами и единичками и дальше работать с ним? тогда что если не 2 значения а больше...

[TheThing]

TheThing, извините еще за глуппый вопрос. я алгоритм и статьи почитала... насколько поняла то этот MDR можно применять не только используя какие то гены для определения риска патологии или нахождения взаимосвязей но и в других отраслях.моя проблема в том что у меня не будет ни одного параметра по генам... а патологию нужно будет определять в зависимости от скажем инфаркта или сердечно сосудистой недостаточности. нету ли каких то ссылок с такого рода материалом??? я просмотрела и все статьи с основных сайтов и в паб меде прорылась. пока безрезультатно....или мне просто нужно будет те пераметры что есть у меня закодировать в файлик ноликами и единичками и дальше работать с ним? тогда что если не 2 значения а больше...

Прошу прощения за столь длительный ответ, был в командировке.

Дело в том, что MDR действительно разрабатывалась для оценки межгенных взаимодействий, а также взаимодействий ген-окружающая среда, поэтому если у Вас данные не имеют генетической природы, я не советую применять этот метод (возникает вопрос, кто и зачем посоветовал Вам применять его для не генетических исследований?) В PubMed Вы таких работ не найдете. Насколько я представил Вашу задачу, то логистическая регрессия вполне может справиться. Единственное, обратите внимание, сколько у вас предикторов (и какие они - категориальные, количественные и т.д) на входе и какой размер выборки? Часто бывает, что люди запихивают абсолютно все данные, которые удалось внести в базу данных (например около 20 независимых переменных) и при этом размер выборки 40 человек. И если у "нас" такое еще может пройти, то на западе одним из главных вопросов будет - what is the power of the test?