Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

> Как сравнить результаты регрессии Кокса
propedevt
сообщение 21.02.2012 - 23:27
Сообщение #1





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 5.02.2012
Пользователь №: 23464



Уважаемые форумчане!
Для анализа выживаемости строю модель Кокса, с разными независимыми переменными. И появилась необходимость сравнить модели.
И собственно вопрос у меня к Вам - как сравнить что одна полученная модель лучше чем другая?
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
 
Открыть тему
Ответов
propedevt
сообщение 3.03.2012 - 21:40
Сообщение #2





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 5.02.2012
Пользователь №: 23464




Уважаемый p2004r!
Последовал Вашему совету и начал изучение R. Хочу сказать Вам еще раз спасибо, что направили меня в это русло:) Информации в интернете много, особенно англоязычной. Почитал статьи, некоторые pdf книги, и целом разобрался. Язык R, мне понравился, вспомнилось изучение html и php по-молодости:)

Сделал две модели и сравнил их дисперсионным анализом, получив такой результат:
Код
> anova(model1,model2)
Analysis of Deviance Table
Cox model: response is  Surv(day, event)
Model 1: ~ proBNP + efmss
Model 2: ~ proBNP + efmss + gal + cys
   loglik  Chisq Df P(>|Chi|)    
1 -483.71                        
2 -428.51 110.41  2 < 2.2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 ?***? 0.001 ?**? 0.01 ?*? 0.05 ?.? 0.1 ? ? 1


И так понимаю что различие между моделями достоверно.
Но теперь у меня возник вопрос как (красиво) репрезентативно это показать это в виде графика или рисунка? (Сами модели Кокса в R попробовал рисовать стандартными средствами)

Сообщение отредактировал propedevt - 3.03.2012 - 21:41
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 4.03.2012 - 12:54
Сообщение #3





Группа: Пользователи
Сообщений: 1091
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(propedevt @ 3.03.2012 - 21:40) *
Но теперь у меня возник вопрос как (красиво) репрезентативно это показать это в виде графика или рисунка? (Сами модели Кокса в R попробовал рисовать стандартными средствами)


Приятно слышать что многочисленное международное (и пока увы небольшое русскоговорящее) сообщество пользователей это мощного средства анализа приросло Вами smile.gif


Наверное для демонстрации выбора между моделями можно показать график как меняется AIC от полной модели до оптимальной путем применения к полной модели функции step() которая показывает как меняется AIC при исключении наименее значимых параметров модели. Показывают что выбирают модлель с минимальным для данного датасета AIC.

Итоговые модели можно нарисовать как кривые survivor, density и hazard functions с соответствующими доверительными интервалами.


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Сообщений в этой теме
- propedevt   Как сравнить результаты регрессии Кокса   21.02.2012 - 23:27
- - propedevt   Никто не знает как сравнить?   23.02.2012 - 08:14
- - DrgLena   У вас была проблема, вы не знали формулу, хотя в д...   23.02.2012 - 11:24
|- - propedevt   Цитата(DrgLena @ 23.02.2012 - 11:24)...   23.02.2012 - 22:29
- - p2004r   Цитата(propedevt @ 21.02.2012 - 23:2...   23.02.2012 - 17:50
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 23.02.2012 - 17:50) ...   23.02.2012 - 22:33
- - p2004r   дубль   23.02.2012 - 18:01
- - propedevt   Уважаемый p2004r! Последовал Вашему совету и н...   3.03.2012 - 21:40
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 3.03.2012 - 21:40...   4.03.2012 - 12:54
- - propedevt   Посмотрел, нашел что AIC ? информационный критерий...   4.03.2012 - 14:24
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 4.03.2012 - 14:24...   4.03.2012 - 18:31
- - propedevt   Доброго времени суток, настали выходные и добрался...   8.03.2012 - 11:49
|- - p2004r   Вот приличный мануал http://cran.r-project.org/do...   8.03.2012 - 14:44
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 8.03.2012 - 14:44) В...   8.03.2012 - 15:24
- - DrgLena   ...   8.03.2012 - 18:13
- - propedevt   Просто средние ковариат? тогда вот они: gal 25,234...   8.03.2012 - 21:10
- - DrgLena   ...   8.03.2012 - 22:27
|- - propedevt   Цитата(DrgLena @ 8.03.2012 - 22:27) ...   8.03.2012 - 23:09
- - DrgLena   Вы сами выбираете единицу измерения времени, в зав...   9.03.2012 - 01:00
- - propedevt   Вычитал даты и получал дни жизни (до 805 дней макс...   9.03.2012 - 08:15
- - propedevt   Уважаемый p2004r, прошу меня извинить, но не сразу...   9.03.2012 - 10:04
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 10:04...   9.03.2012 - 11:25
- - DrgLena   ...   9.03.2012 - 10:59
- - propedevt   Да понял, что если риск 0,8 то выживаемость 0,2 Гр...   9.03.2012 - 11:29
- - DrgLena   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 11:29...   9.03.2012 - 11:56
- - DrgLena   Закат солнца в ручную у меня не получается с таким...   9.03.2012 - 12:32
|- - p2004r   Цитата(DrgLena @ 9.03.2012 - 12:32) ...   9.03.2012 - 13:24
- - DrgLena   ...   9.03.2012 - 13:41
- - propedevt   Что-то Вы меня совсем запутали:( перечитал что мне...   9.03.2012 - 14:04
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:04...   9.03.2012 - 14:14
- - propedevt   Хорошо, файл прикрепил. В последней модели использ...   9.03.2012 - 14:40
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:40...   9.03.2012 - 17:15
- - propedevt   Да, до predict все делал точно также   9.03.2012 - 17:18
- - p2004r   Теперь basehazard и счет на прямую. Центрированная...   9.03.2012 - 17:43
|- - p2004r   Код> exp(model5$linear.predictors...   9.03.2012 - 18:36
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 18:36) К...   9.03.2012 - 18:49
|- - p2004r   Линейный предиктор он считает в момент фита name...   9.03.2012 - 19:19
|- - p2004r   Конкретно в этой модели первая переменная похоже н...   9.03.2012 - 19:42
||- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:42) К...   9.03.2012 - 20:35
||- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:35...   9.03.2012 - 21:59
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:19) Л...   9.03.2012 - 20:26
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:26...   9.03.2012 - 22:33
- - propedevt   Действия математические понятны. Но каков смысл pr...   9.03.2012 - 17:58
- - propedevt   давайте уберем ее из модели, построим только на ga...   9.03.2012 - 22:01
- - propedevt   Так понятно, но я вижу predict не используется же ...   9.03.2012 - 22:39
- - propedevt   Итак хочу написать в математических операциях. нач...   9.03.2012 - 23:23
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 23:23...   10.03.2012 - 11:17
- - propedevt   Т.к. убрал из модели efmss, добавил в нее возраст....   10.03.2012 - 13:43
- - p2004r   Цитата(propedevt @ 10.03.2012 - 13:4...   10.03.2012 - 21:06


Добавить ответ в эту темуОткрыть тему