Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
21.02.2012 - 23:27
Сообщение
#1
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 27 Регистрация: 5.02.2012 Пользователь №: 23464 |
Уважаемые форумчане!
Для анализа выживаемости строю модель Кокса, с разными независимыми переменными. И появилась необходимость сравнить модели. И собственно вопрос у меня к Вам - как сравнить что одна полученная модель лучше чем другая? |
|
|
![]() |
![]() |
![]() |
3.03.2012 - 21:40
Сообщение
#2
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 27 Регистрация: 5.02.2012 Пользователь №: 23464 |
Уважаемый p2004r! Последовал Вашему совету и начал изучение R. Хочу сказать Вам еще раз спасибо, что направили меня в это русло:) Информации в интернете много, особенно англоязычной. Почитал статьи, некоторые pdf книги, и целом разобрался. Язык R, мне понравился, вспомнилось изучение html и php по-молодости:) Сделал две модели и сравнил их дисперсионным анализом, получив такой результат: Код > anova(model1,model2) Analysis of Deviance Table Cox model: response is Surv(day, event) Model 1: ~ proBNP + efmss Model 2: ~ proBNP + efmss + gal + cys loglik Chisq Df P(>|Chi|) 1 -483.71 2 -428.51 110.41 2 < 2.2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ?***? 0.001 ?**? 0.01 ?*? 0.05 ?.? 0.1 ? ? 1 И так понимаю что различие между моделями достоверно. Но теперь у меня возник вопрос как (красиво) репрезентативно это показать это в виде графика или рисунка? (Сами модели Кокса в R попробовал рисовать стандартными средствами) Сообщение отредактировал propedevt - 3.03.2012 - 21:41 |
|
|
![]() |
![]() |
4.03.2012 - 12:54
Сообщение
#3
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
Но теперь у меня возник вопрос как (красиво) репрезентативно это показать это в виде графика или рисунка? (Сами модели Кокса в R попробовал рисовать стандартными средствами) Приятно слышать что многочисленное международное (и пока увы небольшое русскоговорящее) сообщество пользователей это мощного средства анализа приросло Вами Наверное для демонстрации выбора между моделями можно показать график как меняется AIC от полной модели до оптимальной путем применения к полной модели функции step() которая показывает как меняется AIC при исключении наименее значимых параметров модели. Показывают что выбирают модлель с минимальным для данного датасета AIC. Итоговые модели можно нарисовать как кривые survivor, density и hazard functions с соответствующими доверительными интервалами. ![]() |
|
|
![]() |
![]() |
propedevt Как сравнить результаты регрессии Кокса 21.02.2012 - 23:27
propedevt Никто не знает как сравнить? 23.02.2012 - 08:14
DrgLena У вас была проблема, вы не знали формулу, хотя в д... 23.02.2012 - 11:24
propedevt Цитата(DrgLena @ 23.02.2012 - 11:24)... 23.02.2012 - 22:29
p2004r Цитата(propedevt @ 21.02.2012 - 23:2... 23.02.2012 - 17:50
propedevt Цитата(p2004r @ 23.02.2012 - 17:50) ... 23.02.2012 - 22:33
p2004r дубль 23.02.2012 - 18:01
propedevt Посмотрел, нашел что AIC ? информационный критерий... 4.03.2012 - 14:24
p2004r Цитата(propedevt @ 4.03.2012 - 14:24... 4.03.2012 - 18:31
propedevt Доброго времени суток, настали выходные и добрался... 8.03.2012 - 11:49
p2004r Вот приличный мануал
http://cran.r-project.org/do... 8.03.2012 - 14:44
propedevt Цитата(p2004r @ 8.03.2012 - 14:44) В... 8.03.2012 - 15:24
DrgLena ... 8.03.2012 - 18:13
propedevt Просто средние ковариат? тогда вот они:
gal 25,234... 8.03.2012 - 21:10
DrgLena ... 8.03.2012 - 22:27
propedevt Цитата(DrgLena @ 8.03.2012 - 22:27) ... 8.03.2012 - 23:09
DrgLena Вы сами выбираете единицу измерения времени, в зав... 9.03.2012 - 01:00
propedevt Вычитал даты и получал дни жизни (до 805 дней макс... 9.03.2012 - 08:15
propedevt Уважаемый p2004r, прошу меня извинить, но не сразу... 9.03.2012 - 10:04
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 10:04... 9.03.2012 - 11:25
DrgLena ... 9.03.2012 - 10:59
propedevt Да понял, что если риск 0,8 то выживаемость 0,2
Гр... 9.03.2012 - 11:29
DrgLena Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 11:29... 9.03.2012 - 11:56
DrgLena Закат солнца в ручную у меня не получается с таким... 9.03.2012 - 12:32
p2004r Цитата(DrgLena @ 9.03.2012 - 12:32) ... 9.03.2012 - 13:24
DrgLena ... 9.03.2012 - 13:41
propedevt Что-то Вы меня совсем запутали:( перечитал что мне... 9.03.2012 - 14:04
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:04... 9.03.2012 - 14:14
propedevt Хорошо, файл прикрепил. В последней модели использ... 9.03.2012 - 14:40
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:40... 9.03.2012 - 17:15
propedevt Да, до predict все делал точно также 9.03.2012 - 17:18
p2004r Теперь basehazard и счет на прямую. Центрированная... 9.03.2012 - 17:43
p2004r Код> exp(model5$linear.predictors... 9.03.2012 - 18:36
propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 18:36) К... 9.03.2012 - 18:49
p2004r Линейный предиктор он считает в момент фита
name... 9.03.2012 - 19:19
p2004r Конкретно в этой модели первая переменная похоже н... 9.03.2012 - 19:42

propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:42) К... 9.03.2012 - 20:35

p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:35... 9.03.2012 - 21:59
propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:19) Л... 9.03.2012 - 20:26
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:26... 9.03.2012 - 22:33
propedevt Действия математические понятны. Но каков смысл pr... 9.03.2012 - 17:58
propedevt давайте уберем ее из модели, построим только на ga... 9.03.2012 - 22:01
propedevt Так понятно, но я вижу predict не используется же ... 9.03.2012 - 22:39
propedevt Итак хочу написать в математических операциях.
нач... 9.03.2012 - 23:23
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 23:23... 10.03.2012 - 11:17
propedevt Т.к. убрал из модели efmss, добавил в нее возраст.... 10.03.2012 - 13:43
p2004r Цитата(propedevt @ 10.03.2012 - 13:4... 10.03.2012 - 21:06![]() ![]() |