Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

> Как сравнить результаты регрессии Кокса
propedevt
сообщение 21.02.2012 - 23:27
Сообщение #1





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 5.02.2012
Пользователь №: 23464



Уважаемые форумчане!
Для анализа выживаемости строю модель Кокса, с разными независимыми переменными. И появилась необходимость сравнить модели.
И собственно вопрос у меня к Вам - как сравнить что одна полученная модель лучше чем другая?
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
 
Открыть тему
Ответов
propedevt
сообщение 4.03.2012 - 14:24
Сообщение #2





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 5.02.2012
Пользователь №: 23464



Посмотрел, нашел что AIC ? информационный критерий Акаике (первый раз слышу про такой insane.gif )
Почитал про step ( http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/libra.../html/step.html ) , и не совсем понял его рекомендуют применять для линейных моделей? насколько оправданно и возможно его применение для регресии кокса?

Дальше попробовал его применить - мне нужно сравнить модель1, включающую proBNP + efmss, и модель2, включающую proBNP + efmss + gal + cys.
Получилось это в два действия, из 2 модели программа выбирает 3 предиктора, до двух она не доходит. Поэтому вторым действием вручную сделал модель proBNP + efmss:

Код
> step(coxph(Surv(day,event)~ proBNP + efmss + gal + cys, data), direction = "backward")
Start:  AIC=865.02
Surv(day, event) ~ proBNP + efmss + gal + cys

         Df    AIC
- proBNP  1 864.48
<none>      865.02
- cys     1 865.74
- efmss   1 869.86
- gal     1 932.18

Step:  AIC=864.48
Surv(day, event) ~ efmss + gal + cys

        Df    AIC
<none>     864.48
- cys    1 867.13
- efmss  1 874.56
- gal    1 930.86
Call:
coxph(formula = Surv(day, event) ~ efmss + gal + cys, data = data)


          coef exp(coef) se(coef)     z       p
efmss -3.75697    0.0234 1.13e+00 -3.32 0.00089
gal    0.09448    1.0991 1.05e-02  8.99 0.00000
cys    0.00019    1.0002 8.61e-05  2.20 0.02800

Likelihood ratio test=209  on 3 df, p=0  n= 197, number of events= 108






> step(coxph(Surv(day,event)~ proBNP + efmss, data), direction = "backward")
Start:  AIC=971.42
Surv(day, event) ~ proBNP + efmss

         Df    AIC
<none>      971.42
- proBNP  1 982.64
- efmss   1 999.83
Call:
coxph(formula = Surv(day, event) ~ proBNP + efmss, data = data)


           coef exp(coef) se(coef)     z       p
proBNP  0.00031   1.00031 8.15e-05  3.81 1.4e-04
efmss  -6.32391   0.00179 1.23e+00 -5.13 2.9e-07

Likelihood ratio test=100  on 2 df, p=0  n= 197, number of events= 108


Посоветуйте пожалуйста как нарисовать AIC, тут я не понял frown.gif Сами модели до этого рисовал просто - plot(survfit(model1))
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Сообщений в этой теме
- propedevt   Как сравнить результаты регрессии Кокса   21.02.2012 - 23:27
- - propedevt   Никто не знает как сравнить?   23.02.2012 - 08:14
- - DrgLena   У вас была проблема, вы не знали формулу, хотя в д...   23.02.2012 - 11:24
|- - propedevt   Цитата(DrgLena @ 23.02.2012 - 11:24)...   23.02.2012 - 22:29
- - p2004r   Цитата(propedevt @ 21.02.2012 - 23:2...   23.02.2012 - 17:50
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 23.02.2012 - 17:50) ...   23.02.2012 - 22:33
- - p2004r   дубль   23.02.2012 - 18:01
- - propedevt   Уважаемый p2004r! Последовал Вашему совету и н...   3.03.2012 - 21:40
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 3.03.2012 - 21:40...   4.03.2012 - 12:54
- - propedevt   Посмотрел, нашел что AIC ? информационный критерий...   4.03.2012 - 14:24
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 4.03.2012 - 14:24...   4.03.2012 - 18:31
- - propedevt   Доброго времени суток, настали выходные и добрался...   8.03.2012 - 11:49
|- - p2004r   Вот приличный мануал http://cran.r-project.org/do...   8.03.2012 - 14:44
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 8.03.2012 - 14:44) В...   8.03.2012 - 15:24
- - DrgLena   ...   8.03.2012 - 18:13
- - propedevt   Просто средние ковариат? тогда вот они: gal 25,234...   8.03.2012 - 21:10
- - DrgLena   ...   8.03.2012 - 22:27
|- - propedevt   Цитата(DrgLena @ 8.03.2012 - 22:27) ...   8.03.2012 - 23:09
- - DrgLena   Вы сами выбираете единицу измерения времени, в зав...   9.03.2012 - 01:00
- - propedevt   Вычитал даты и получал дни жизни (до 805 дней макс...   9.03.2012 - 08:15
- - propedevt   Уважаемый p2004r, прошу меня извинить, но не сразу...   9.03.2012 - 10:04
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 10:04...   9.03.2012 - 11:25
- - DrgLena   ...   9.03.2012 - 10:59
- - propedevt   Да понял, что если риск 0,8 то выживаемость 0,2 Гр...   9.03.2012 - 11:29
- - DrgLena   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 11:29...   9.03.2012 - 11:56
- - DrgLena   Закат солнца в ручную у меня не получается с таким...   9.03.2012 - 12:32
|- - p2004r   Цитата(DrgLena @ 9.03.2012 - 12:32) ...   9.03.2012 - 13:24
- - DrgLena   ...   9.03.2012 - 13:41
- - propedevt   Что-то Вы меня совсем запутали:( перечитал что мне...   9.03.2012 - 14:04
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:04...   9.03.2012 - 14:14
- - propedevt   Хорошо, файл прикрепил. В последней модели использ...   9.03.2012 - 14:40
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:40...   9.03.2012 - 17:15
- - propedevt   Да, до predict все делал точно также   9.03.2012 - 17:18
- - p2004r   Теперь basehazard и счет на прямую. Центрированная...   9.03.2012 - 17:43
|- - p2004r   Код> exp(model5$linear.predictors...   9.03.2012 - 18:36
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 18:36) К...   9.03.2012 - 18:49
|- - p2004r   Линейный предиктор он считает в момент фита name...   9.03.2012 - 19:19
|- - p2004r   Конкретно в этой модели первая переменная похоже н...   9.03.2012 - 19:42
||- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:42) К...   9.03.2012 - 20:35
||- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:35...   9.03.2012 - 21:59
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:19) Л...   9.03.2012 - 20:26
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:26...   9.03.2012 - 22:33
- - propedevt   Действия математические понятны. Но каков смысл pr...   9.03.2012 - 17:58
- - propedevt   давайте уберем ее из модели, построим только на ga...   9.03.2012 - 22:01
- - propedevt   Так понятно, но я вижу predict не используется же ...   9.03.2012 - 22:39
- - propedevt   Итак хочу написать в математических операциях. нач...   9.03.2012 - 23:23
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 23:23...   10.03.2012 - 11:17
- - propedevt   Т.к. убрал из модели efmss, добавил в нее возраст....   10.03.2012 - 13:43
- - p2004r   Цитата(propedevt @ 10.03.2012 - 13:4...   10.03.2012 - 21:06


Добавить ответ в эту темуОткрыть тему