Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
21.02.2012 - 23:27
Сообщение
#1
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 27 Регистрация: 5.02.2012 Пользователь №: 23464 |
Уважаемые форумчане!
Для анализа выживаемости строю модель Кокса, с разными независимыми переменными. И появилась необходимость сравнить модели. И собственно вопрос у меня к Вам - как сравнить что одна полученная модель лучше чем другая? |
|
|
![]() |
![]() |
![]() |
4.03.2012 - 14:24
Сообщение
#2
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 27 Регистрация: 5.02.2012 Пользователь №: 23464 |
Посмотрел, нашел что AIC ? информационный критерий Акаике (первый раз слышу про такой
Почитал про step ( http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/libra.../html/step.html ) , и не совсем понял его рекомендуют применять для линейных моделей? насколько оправданно и возможно его применение для регресии кокса? Дальше попробовал его применить - мне нужно сравнить модель1, включающую proBNP + efmss, и модель2, включающую proBNP + efmss + gal + cys. Получилось это в два действия, из 2 модели программа выбирает 3 предиктора, до двух она не доходит. Поэтому вторым действием вручную сделал модель proBNP + efmss: Код > step(coxph(Surv(day,event)~ proBNP + efmss + gal + cys, data), direction = "backward") Start: AIC=865.02 Surv(day, event) ~ proBNP + efmss + gal + cys Df AIC - proBNP 1 864.48 <none> 865.02 - cys 1 865.74 - efmss 1 869.86 - gal 1 932.18 Step: AIC=864.48 Surv(day, event) ~ efmss + gal + cys Df AIC <none> 864.48 - cys 1 867.13 - efmss 1 874.56 - gal 1 930.86 Call: coxph(formula = Surv(day, event) ~ efmss + gal + cys, data = data) coef exp(coef) se(coef) z p efmss -3.75697 0.0234 1.13e+00 -3.32 0.00089 gal 0.09448 1.0991 1.05e-02 8.99 0.00000 cys 0.00019 1.0002 8.61e-05 2.20 0.02800 Likelihood ratio test=209 on 3 df, p=0 n= 197, number of events= 108 > step(coxph(Surv(day,event)~ proBNP + efmss, data), direction = "backward") Start: AIC=971.42 Surv(day, event) ~ proBNP + efmss Df AIC <none> 971.42 - proBNP 1 982.64 - efmss 1 999.83 Call: coxph(formula = Surv(day, event) ~ proBNP + efmss, data = data) coef exp(coef) se(coef) z p proBNP 0.00031 1.00031 8.15e-05 3.81 1.4e-04 efmss -6.32391 0.00179 1.23e+00 -5.13 2.9e-07 Likelihood ratio test=100 on 2 df, p=0 n= 197, number of events= 108 Посоветуйте пожалуйста как нарисовать AIC, тут я не понял |
|
|
![]() |
![]() |
propedevt Как сравнить результаты регрессии Кокса 21.02.2012 - 23:27
propedevt Никто не знает как сравнить? 23.02.2012 - 08:14
DrgLena У вас была проблема, вы не знали формулу, хотя в д... 23.02.2012 - 11:24
propedevt Цитата(DrgLena @ 23.02.2012 - 11:24)... 23.02.2012 - 22:29
p2004r Цитата(propedevt @ 21.02.2012 - 23:2... 23.02.2012 - 17:50
propedevt Цитата(p2004r @ 23.02.2012 - 17:50) ... 23.02.2012 - 22:33
p2004r дубль 23.02.2012 - 18:01
propedevt Уважаемый p2004r!
Последовал Вашему совету и н... 3.03.2012 - 21:40
p2004r Цитата(propedevt @ 3.03.2012 - 21:40... 4.03.2012 - 12:54
p2004r Цитата(propedevt @ 4.03.2012 - 14:24... 4.03.2012 - 18:31
propedevt Доброго времени суток, настали выходные и добрался... 8.03.2012 - 11:49
p2004r Вот приличный мануал
http://cran.r-project.org/do... 8.03.2012 - 14:44
propedevt Цитата(p2004r @ 8.03.2012 - 14:44) В... 8.03.2012 - 15:24
DrgLena ... 8.03.2012 - 18:13
propedevt Просто средние ковариат? тогда вот они:
gal 25,234... 8.03.2012 - 21:10
DrgLena ... 8.03.2012 - 22:27
propedevt Цитата(DrgLena @ 8.03.2012 - 22:27) ... 8.03.2012 - 23:09
DrgLena Вы сами выбираете единицу измерения времени, в зав... 9.03.2012 - 01:00
propedevt Вычитал даты и получал дни жизни (до 805 дней макс... 9.03.2012 - 08:15
propedevt Уважаемый p2004r, прошу меня извинить, но не сразу... 9.03.2012 - 10:04
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 10:04... 9.03.2012 - 11:25
DrgLena ... 9.03.2012 - 10:59
propedevt Да понял, что если риск 0,8 то выживаемость 0,2
Гр... 9.03.2012 - 11:29
DrgLena Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 11:29... 9.03.2012 - 11:56
DrgLena Закат солнца в ручную у меня не получается с таким... 9.03.2012 - 12:32
p2004r Цитата(DrgLena @ 9.03.2012 - 12:32) ... 9.03.2012 - 13:24
DrgLena ... 9.03.2012 - 13:41
propedevt Что-то Вы меня совсем запутали:( перечитал что мне... 9.03.2012 - 14:04
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:04... 9.03.2012 - 14:14
propedevt Хорошо, файл прикрепил. В последней модели использ... 9.03.2012 - 14:40
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:40... 9.03.2012 - 17:15
propedevt Да, до predict все делал точно также 9.03.2012 - 17:18
p2004r Теперь basehazard и счет на прямую. Центрированная... 9.03.2012 - 17:43
p2004r Код> exp(model5$linear.predictors... 9.03.2012 - 18:36
propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 18:36) К... 9.03.2012 - 18:49
p2004r Линейный предиктор он считает в момент фита
name... 9.03.2012 - 19:19
p2004r Конкретно в этой модели первая переменная похоже н... 9.03.2012 - 19:42

propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:42) К... 9.03.2012 - 20:35

p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:35... 9.03.2012 - 21:59
propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:19) Л... 9.03.2012 - 20:26
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:26... 9.03.2012 - 22:33
propedevt Действия математические понятны. Но каков смысл pr... 9.03.2012 - 17:58
propedevt давайте уберем ее из модели, построим только на ga... 9.03.2012 - 22:01
propedevt Так понятно, но я вижу predict не используется же ... 9.03.2012 - 22:39
propedevt Итак хочу написать в математических операциях.
нач... 9.03.2012 - 23:23
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 23:23... 10.03.2012 - 11:17
propedevt Т.к. убрал из модели efmss, добавил в нее возраст.... 10.03.2012 - 13:43
p2004r Цитата(propedevt @ 10.03.2012 - 13:4... 10.03.2012 - 21:06![]() ![]() |