Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
21.02.2012 - 23:27
Сообщение
#1
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 27 Регистрация: 5.02.2012 Пользователь №: 23464 |
Уважаемые форумчане!
Для анализа выживаемости строю модель Кокса, с разными независимыми переменными. И появилась необходимость сравнить модели. И собственно вопрос у меня к Вам - как сравнить что одна полученная модель лучше чем другая? |
|
|
![]() |
![]() |
![]() |
9.03.2012 - 23:23
Сообщение
#2
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 27 Регистрация: 5.02.2012 Пользователь №: 23464 |
Итак хочу написать в математических операциях.
начальная формула: h(t)=h0(t)*exp(sum(z_случая*coef(fit))) в итоге она сводится к такому выражению -log((survfit(model5))$surv)*exp(sum(data[1,c(7,4,6)]*coef(model5))) Напишу ее так h(t)= h0(t) * exp((-3.7569726150 * efmss) + (0.0944770843 * gal) + (0.0001896144 * cys)) где h0(t) = -log((survfit(model5))$surv) для случая. Но я ведь хочу получить h(t) в произвольное время, например 1 месяц, 2, 6, 12 месяцев. то как быть? Может просто предрасчитать h0(t) для определенных периодов времени? для 1, 6, 12, 24 месяцев? и написать 4 выражения h(t)1 = h0(t) для 1 месяца * exp((-3.7569726150 * efmss) + (0.0944770843 * gal) + (0.0001896144 * cys)) ... h(t)24 = h0(t) для 24 месяцев * exp((-3.7569726150 * efmss) + (0.0944770843 * gal) + (0.0001896144 * cys)) И еще у меня сомнения почему http://www.medcalc.org/manual/cox_proportional_hazards.php - тут формула как я уже приводил - , а в источнике http://cran.r-project.org/doc/contrib/Fox-...-regression.pdf как мы и применяли h(t)=h0(t)*exp(sum(z_случая*coef(fit))) Почему формулы разные? |
|
|
![]() |
![]() |
10.03.2012 - 11:17
Сообщение
#3
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
Итак хочу написать в математических операциях. начальная формула: h(t)=h0(t)*exp(sum(z_случая*coef(fit))) в итоге она сводится к такому выражению -log((survfit(model5))$surv)*exp(sum(data[1,c(7,4,6)]*coef(model5))) Напишу ее так h(t)= h0(t) * exp((-3.7569726150 * efmss) + (0.0944770843 * gal) + (0.0001896144 * cys)) где h0(t) = -log((survfit(model5))$surv) для случая. Но я ведь хочу получить h(t) в произвольное время, например 1 месяц, 2, 6, 12 месяцев. то как быть? h0(t) это вектор Код > -log((survfit(model5))$surv)-log((survfit(model5))$surv) [1] 0.001434433 0.002896060 0.004378831 0.005867030 0.009507764 0.011370558 [7] 0.013238906 0.015119373 0.017008566 0.018935377 0.025508637 0.028133827 [13] 0.031238952 0.034380365 0.037591782 0.048067703 0.052113425 0.056235577 [19] 0.069835387 0.080165336 0.096467693 0.132135039 0.138762294 0.152187564 [25] 0.159083425 0.166031524 0.173286195 0.180591443 0.187915816 0.195538065 [31] 0.203293496 0.211711379 0.220140561 0.228580248 0.246148514 0.266057826 [37] 0.276596623 0.287524419 0.298984213 0.311091394 0.323770448 0.337777944 [43] 0.352212588 0.366905663 0.413421463 0.430436193 0.447848689 0.466372621 [49] 0.506212459 0.526541374 0.547304711 0.568618961 0.589999114 0.611500628 [55] 0.633519035 0.678778868 0.726249695 0.750942833 0.801882114 0.829015697 [61] 0.884130282 0.941280442 0.970508354 1.000617910 1.031537555 1.096044356 [67] 1.198403880 1.233499725 1.346428021 1.478238479 1.526858359 1.628227259 [73] 1.734416855 1.734416855 и в predict() вычитается предиктор для средних выборки по которой шло обучение. Сообщение отредактировал p2004r - 10.03.2012 - 11:18 ![]() |
|
|
![]() |
![]() |
propedevt Как сравнить результаты регрессии Кокса 21.02.2012 - 23:27
propedevt Никто не знает как сравнить? 23.02.2012 - 08:14
DrgLena У вас была проблема, вы не знали формулу, хотя в д... 23.02.2012 - 11:24
propedevt Цитата(DrgLena @ 23.02.2012 - 11:24)... 23.02.2012 - 22:29
p2004r Цитата(propedevt @ 21.02.2012 - 23:2... 23.02.2012 - 17:50
propedevt Цитата(p2004r @ 23.02.2012 - 17:50) ... 23.02.2012 - 22:33
p2004r дубль 23.02.2012 - 18:01
propedevt Уважаемый p2004r!
Последовал Вашему совету и н... 3.03.2012 - 21:40
p2004r Цитата(propedevt @ 3.03.2012 - 21:40... 4.03.2012 - 12:54
propedevt Посмотрел, нашел что AIC ? информационный критерий... 4.03.2012 - 14:24
p2004r Цитата(propedevt @ 4.03.2012 - 14:24... 4.03.2012 - 18:31
propedevt Доброго времени суток, настали выходные и добрался... 8.03.2012 - 11:49
p2004r Вот приличный мануал
http://cran.r-project.org/do... 8.03.2012 - 14:44
propedevt Цитата(p2004r @ 8.03.2012 - 14:44) В... 8.03.2012 - 15:24
DrgLena ... 8.03.2012 - 18:13
propedevt Просто средние ковариат? тогда вот они:
gal 25,234... 8.03.2012 - 21:10
DrgLena ... 8.03.2012 - 22:27
propedevt Цитата(DrgLena @ 8.03.2012 - 22:27) ... 8.03.2012 - 23:09
DrgLena Вы сами выбираете единицу измерения времени, в зав... 9.03.2012 - 01:00
propedevt Вычитал даты и получал дни жизни (до 805 дней макс... 9.03.2012 - 08:15
propedevt Уважаемый p2004r, прошу меня извинить, но не сразу... 9.03.2012 - 10:04
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 10:04... 9.03.2012 - 11:25
DrgLena ... 9.03.2012 - 10:59
propedevt Да понял, что если риск 0,8 то выживаемость 0,2
Гр... 9.03.2012 - 11:29
DrgLena Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 11:29... 9.03.2012 - 11:56
DrgLena Закат солнца в ручную у меня не получается с таким... 9.03.2012 - 12:32
p2004r Цитата(DrgLena @ 9.03.2012 - 12:32) ... 9.03.2012 - 13:24
DrgLena ... 9.03.2012 - 13:41
propedevt Что-то Вы меня совсем запутали:( перечитал что мне... 9.03.2012 - 14:04
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:04... 9.03.2012 - 14:14
propedevt Хорошо, файл прикрепил. В последней модели использ... 9.03.2012 - 14:40
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:40... 9.03.2012 - 17:15
propedevt Да, до predict все делал точно также 9.03.2012 - 17:18
p2004r Теперь basehazard и счет на прямую. Центрированная... 9.03.2012 - 17:43
p2004r Код> exp(model5$linear.predictors... 9.03.2012 - 18:36
propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 18:36) К... 9.03.2012 - 18:49
p2004r Линейный предиктор он считает в момент фита
name... 9.03.2012 - 19:19
p2004r Конкретно в этой модели первая переменная похоже н... 9.03.2012 - 19:42

propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:42) К... 9.03.2012 - 20:35

p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:35... 9.03.2012 - 21:59
propedevt Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:19) Л... 9.03.2012 - 20:26
p2004r Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:26... 9.03.2012 - 22:33
propedevt Действия математические понятны. Но каков смысл pr... 9.03.2012 - 17:58
propedevt давайте уберем ее из модели, построим только на ga... 9.03.2012 - 22:01
propedevt Так понятно, но я вижу predict не используется же ... 9.03.2012 - 22:39
propedevt Т.к. убрал из модели efmss, добавил в нее возраст.... 10.03.2012 - 13:43
p2004r Цитата(propedevt @ 10.03.2012 - 13:4... 10.03.2012 - 21:06![]() ![]() |