Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

> Как сравнить результаты регрессии Кокса
propedevt
сообщение 21.02.2012 - 23:27
Сообщение #1





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 5.02.2012
Пользователь №: 23464



Уважаемые форумчане!
Для анализа выживаемости строю модель Кокса, с разными независимыми переменными. И появилась необходимость сравнить модели.
И собственно вопрос у меня к Вам - как сравнить что одна полученная модель лучше чем другая?
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
 
Открыть тему
Ответов
propedevt
сообщение 9.03.2012 - 23:23
Сообщение #2





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 5.02.2012
Пользователь №: 23464



Итак хочу написать в математических операциях.
начальная формула: h(t)=h0(t)*exp(sum(z_случая*coef(fit)))
в итоге она сводится к такому выражению -log((survfit(model5))$surv)*exp(sum(data[1,c(7,4,6)]*coef(model5)))

Напишу ее так
h(t)= h0(t) * exp((-3.7569726150 * efmss) + (0.0944770843 * gal) + (0.0001896144 * cys))

где h0(t) = -log((survfit(model5))$surv) для случая.

Но я ведь хочу получить h(t) в произвольное время, например 1 месяц, 2, 6, 12 месяцев. то как быть?
Может просто предрасчитать h0(t) для определенных периодов времени? для 1, 6, 12, 24 месяцев?
и написать 4 выражения
h(t)1 = h0(t) для 1 месяца * exp((-3.7569726150 * efmss) + (0.0944770843 * gal) + (0.0001896144 * cys))
...
h(t)24 = h0(t) для 24 месяцев * exp((-3.7569726150 * efmss) + (0.0944770843 * gal) + (0.0001896144 * cys))

И еще у меня сомнения почему http://www.medcalc.org/manual/cox_proportional_hazards.php - тут формула как я уже приводил -, а в источнике http://cran.r-project.org/doc/contrib/Fox-...-regression.pdf как мы и применяли h(t)=h0(t)*exp(sum(z_случая*coef(fit)))
Почему формулы разные?
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 10.03.2012 - 11:17
Сообщение #3





Группа: Пользователи
Сообщений: 1091
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 23:23) *
Итак хочу написать в математических операциях.
начальная формула: h(t)=h0(t)*exp(sum(z_случая*coef(fit)))
в итоге она сводится к такому выражению -log((survfit(model5))$surv)*exp(sum(data[1,c(7,4,6)]*coef(model5)))

Напишу ее так
h(t)= h0(t) * exp((-3.7569726150 * efmss) + (0.0944770843 * gal) + (0.0001896144 * cys))

где h0(t) = -log((survfit(model5))$surv) для случая.

Но я ведь хочу получить h(t) в произвольное время, например 1 месяц, 2, 6, 12 месяцев. то как быть?


h0(t) это вектор

Код
> -log((survfit(model5))$surv)-log((survfit(model5))$surv)
[1] 0.001434433 0.002896060 0.004378831 0.005867030 0.009507764 0.011370558
[7] 0.013238906 0.015119373 0.017008566 0.018935377 0.025508637 0.028133827
[13] 0.031238952 0.034380365 0.037591782 0.048067703 0.052113425 0.056235577
[19] 0.069835387 0.080165336 0.096467693 0.132135039 0.138762294 0.152187564
[25] 0.159083425 0.166031524 0.173286195 0.180591443 0.187915816 0.195538065
[31] 0.203293496 0.211711379 0.220140561 0.228580248 0.246148514 0.266057826
[37] 0.276596623 0.287524419 0.298984213 0.311091394 0.323770448 0.337777944
[43] 0.352212588 0.366905663 0.413421463 0.430436193 0.447848689 0.466372621
[49] 0.506212459 0.526541374 0.547304711 0.568618961 0.589999114 0.611500628
[55] 0.633519035 0.678778868 0.726249695 0.750942833 0.801882114 0.829015697
[61] 0.884130282 0.941280442 0.970508354 1.000617910 1.031537555 1.096044356
[67] 1.198403880 1.233499725 1.346428021 1.478238479 1.526858359 1.628227259
[73] 1.734416855 1.734416855


и в predict() вычитается предиктор для средних выборки по которой шло обучение.

Сообщение отредактировал p2004r - 10.03.2012 - 11:18


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Сообщений в этой теме
- propedevt   Как сравнить результаты регрессии Кокса   21.02.2012 - 23:27
- - propedevt   Никто не знает как сравнить?   23.02.2012 - 08:14
- - DrgLena   У вас была проблема, вы не знали формулу, хотя в д...   23.02.2012 - 11:24
|- - propedevt   Цитата(DrgLena @ 23.02.2012 - 11:24)...   23.02.2012 - 22:29
- - p2004r   Цитата(propedevt @ 21.02.2012 - 23:2...   23.02.2012 - 17:50
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 23.02.2012 - 17:50) ...   23.02.2012 - 22:33
- - p2004r   дубль   23.02.2012 - 18:01
- - propedevt   Уважаемый p2004r! Последовал Вашему совету и н...   3.03.2012 - 21:40
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 3.03.2012 - 21:40...   4.03.2012 - 12:54
- - propedevt   Посмотрел, нашел что AIC ? информационный критерий...   4.03.2012 - 14:24
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 4.03.2012 - 14:24...   4.03.2012 - 18:31
- - propedevt   Доброго времени суток, настали выходные и добрался...   8.03.2012 - 11:49
|- - p2004r   Вот приличный мануал http://cran.r-project.org/do...   8.03.2012 - 14:44
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 8.03.2012 - 14:44) В...   8.03.2012 - 15:24
- - DrgLena   ...   8.03.2012 - 18:13
- - propedevt   Просто средние ковариат? тогда вот они: gal 25,234...   8.03.2012 - 21:10
- - DrgLena   ...   8.03.2012 - 22:27
|- - propedevt   Цитата(DrgLena @ 8.03.2012 - 22:27) ...   8.03.2012 - 23:09
- - DrgLena   Вы сами выбираете единицу измерения времени, в зав...   9.03.2012 - 01:00
- - propedevt   Вычитал даты и получал дни жизни (до 805 дней макс...   9.03.2012 - 08:15
- - propedevt   Уважаемый p2004r, прошу меня извинить, но не сразу...   9.03.2012 - 10:04
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 10:04...   9.03.2012 - 11:25
- - DrgLena   ...   9.03.2012 - 10:59
- - propedevt   Да понял, что если риск 0,8 то выживаемость 0,2 Гр...   9.03.2012 - 11:29
- - DrgLena   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 11:29...   9.03.2012 - 11:56
- - DrgLena   Закат солнца в ручную у меня не получается с таким...   9.03.2012 - 12:32
|- - p2004r   Цитата(DrgLena @ 9.03.2012 - 12:32) ...   9.03.2012 - 13:24
- - DrgLena   ...   9.03.2012 - 13:41
- - propedevt   Что-то Вы меня совсем запутали:( перечитал что мне...   9.03.2012 - 14:04
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:04...   9.03.2012 - 14:14
- - propedevt   Хорошо, файл прикрепил. В последней модели использ...   9.03.2012 - 14:40
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:40...   9.03.2012 - 17:15
- - propedevt   Да, до predict все делал точно также   9.03.2012 - 17:18
- - p2004r   Теперь basehazard и счет на прямую. Центрированная...   9.03.2012 - 17:43
|- - p2004r   Код> exp(model5$linear.predictors...   9.03.2012 - 18:36
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 18:36) К...   9.03.2012 - 18:49
|- - p2004r   Линейный предиктор он считает в момент фита name...   9.03.2012 - 19:19
|- - p2004r   Конкретно в этой модели первая переменная похоже н...   9.03.2012 - 19:42
||- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:42) К...   9.03.2012 - 20:35
||- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:35...   9.03.2012 - 21:59
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:19) Л...   9.03.2012 - 20:26
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:26...   9.03.2012 - 22:33
- - propedevt   Действия математические понятны. Но каков смысл pr...   9.03.2012 - 17:58
- - propedevt   давайте уберем ее из модели, построим только на ga...   9.03.2012 - 22:01
- - propedevt   Так понятно, но я вижу predict не используется же ...   9.03.2012 - 22:39
- - propedevt   Итак хочу написать в математических операциях. нач...   9.03.2012 - 23:23
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 23:23...   10.03.2012 - 11:17
- - propedevt   Т.к. убрал из модели efmss, добавил в нее возраст....   10.03.2012 - 13:43
- - p2004r   Цитата(propedevt @ 10.03.2012 - 13:4...   10.03.2012 - 21:06


Добавить ответ в эту темуОткрыть тему