Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

> Как сравнить результаты регрессии Кокса
propedevt
сообщение 21.02.2012 - 23:27
Сообщение #1





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 5.02.2012
Пользователь №: 23464



Уважаемые форумчане!
Для анализа выживаемости строю модель Кокса, с разными независимыми переменными. И появилась необходимость сравнить модели.
И собственно вопрос у меня к Вам - как сравнить что одна полученная модель лучше чем другая?
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
 
Открыть тему
Ответов
propedevt
сообщение 10.03.2012 - 13:43
Сообщение #2





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 5.02.2012
Пользователь №: 23464



Т.к. убрал из модели efmss, добавил в нее возраст. Он подошел под требования пропорциональности, в итоге модель составил на gal+cys+age

Далее пошел эмпирическим путем слегка, взял формулу как в существующих моделях, и получил для себя такую формулу:


,где PI=(0,0985149930 * gal)+(0,0002328366 * cys)+(0,0328478062 *age)
H0(t) - риск в момент времени t, когда ковариаты равны нулю.
и я наверно этим уже надоел:) но опять беру его с графика полученного
baseline <- basehaz(model6, centered=FALSE)
plot(baseline$time,baseline$hazard,xlab="Time",ylab="Hazard",col="red",type="l")


И тогда у меня все получается как хотелось.

И у меня поэтому наверно последний вопрос: нельзя ли в виде математического выражения написать что выдает мне basehaz(model6, centered=FALSE) ? чтобы для любого времени от нуля до максимального периода наблюдения получать h0(t), в любой программе, на любом языке программирования.
или если это нельзя написать математически, то как в R считать h0(t) для какого-то определенного времени t чтобы выдало аналогию что выдает basehaz(model6, centered=FALSE)

Сообщение отредактировал propedevt - 10.03.2012 - 13:44
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
p2004r
сообщение 10.03.2012 - 21:06
Сообщение #3





Группа: Пользователи
Сообщений: 1091
Регистрация: 26.08.2010
Пользователь №: 22699



Цитата(propedevt @ 10.03.2012 - 13:43) *
И у меня поэтому наверно последний вопрос: нельзя ли в виде математического выражения написать что выдает мне basehaz(model6, centered=FALSE) ? чтобы для любого времени от нуля до максимального периода наблюдения получать h0(t), в любой программе, на любом языке программирования.
или если это нельзя написать математически, то как в R считать h0(t) для какого-то определенного времени t чтобы выдало аналогию что выдает basehaz(model6, centered=FALSE)


Код
        sfit <- survfit(fit)
        H <- -log(sfit$surv)
        z0 <- fit$means
        bz0 <- sum(z0 * coef(fit))
        H <- H * exp(-bz0)


считает именно вот этот метод
?survfit.coxph

пример из его хелпа
Код
     #fit a Cox proportional hazards model and plot the  
     #predicted survival for a 60 year old
     fit <- coxph(Surv(futime, fustat) ~ age, data = ovarian)
     plot(survfit(fit, newdata=data.frame(age=60)),
          xscale=365.25, xlab = "Years", ylab="Survival")


Signature
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Сообщений в этой теме
- propedevt   Как сравнить результаты регрессии Кокса   21.02.2012 - 23:27
- - propedevt   Никто не знает как сравнить?   23.02.2012 - 08:14
- - DrgLena   У вас была проблема, вы не знали формулу, хотя в д...   23.02.2012 - 11:24
|- - propedevt   Цитата(DrgLena @ 23.02.2012 - 11:24)...   23.02.2012 - 22:29
- - p2004r   Цитата(propedevt @ 21.02.2012 - 23:2...   23.02.2012 - 17:50
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 23.02.2012 - 17:50) ...   23.02.2012 - 22:33
- - p2004r   дубль   23.02.2012 - 18:01
- - propedevt   Уважаемый p2004r! Последовал Вашему совету и н...   3.03.2012 - 21:40
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 3.03.2012 - 21:40...   4.03.2012 - 12:54
- - propedevt   Посмотрел, нашел что AIC ? информационный критерий...   4.03.2012 - 14:24
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 4.03.2012 - 14:24...   4.03.2012 - 18:31
- - propedevt   Доброго времени суток, настали выходные и добрался...   8.03.2012 - 11:49
|- - p2004r   Вот приличный мануал http://cran.r-project.org/do...   8.03.2012 - 14:44
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 8.03.2012 - 14:44) В...   8.03.2012 - 15:24
- - DrgLena   ...   8.03.2012 - 18:13
- - propedevt   Просто средние ковариат? тогда вот они: gal 25,234...   8.03.2012 - 21:10
- - DrgLena   ...   8.03.2012 - 22:27
|- - propedevt   Цитата(DrgLena @ 8.03.2012 - 22:27) ...   8.03.2012 - 23:09
- - DrgLena   Вы сами выбираете единицу измерения времени, в зав...   9.03.2012 - 01:00
- - propedevt   Вычитал даты и получал дни жизни (до 805 дней макс...   9.03.2012 - 08:15
- - propedevt   Уважаемый p2004r, прошу меня извинить, но не сразу...   9.03.2012 - 10:04
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 10:04...   9.03.2012 - 11:25
- - DrgLena   ...   9.03.2012 - 10:59
- - propedevt   Да понял, что если риск 0,8 то выживаемость 0,2 Гр...   9.03.2012 - 11:29
- - DrgLena   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 11:29...   9.03.2012 - 11:56
- - DrgLena   Закат солнца в ручную у меня не получается с таким...   9.03.2012 - 12:32
|- - p2004r   Цитата(DrgLena @ 9.03.2012 - 12:32) ...   9.03.2012 - 13:24
- - DrgLena   ...   9.03.2012 - 13:41
- - propedevt   Что-то Вы меня совсем запутали:( перечитал что мне...   9.03.2012 - 14:04
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:04...   9.03.2012 - 14:14
- - propedevt   Хорошо, файл прикрепил. В последней модели использ...   9.03.2012 - 14:40
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 14:40...   9.03.2012 - 17:15
- - propedevt   Да, до predict все делал точно также   9.03.2012 - 17:18
- - p2004r   Теперь basehazard и счет на прямую. Центрированная...   9.03.2012 - 17:43
|- - p2004r   Код> exp(model5$linear.predictors...   9.03.2012 - 18:36
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 18:36) К...   9.03.2012 - 18:49
|- - p2004r   Линейный предиктор он считает в момент фита name...   9.03.2012 - 19:19
|- - p2004r   Конкретно в этой модели первая переменная похоже н...   9.03.2012 - 19:42
||- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:42) К...   9.03.2012 - 20:35
||- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:35...   9.03.2012 - 21:59
|- - propedevt   Цитата(p2004r @ 9.03.2012 - 19:19) Л...   9.03.2012 - 20:26
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 20:26...   9.03.2012 - 22:33
- - propedevt   Действия математические понятны. Но каков смысл pr...   9.03.2012 - 17:58
- - propedevt   давайте уберем ее из модели, построим только на ga...   9.03.2012 - 22:01
- - propedevt   Так понятно, но я вижу predict не используется же ...   9.03.2012 - 22:39
- - propedevt   Итак хочу написать в математических операциях. нач...   9.03.2012 - 23:23
|- - p2004r   Цитата(propedevt @ 9.03.2012 - 23:23...   10.03.2012 - 11:17
- - propedevt   Т.к. убрал из модели efmss, добавил в нее возраст....   10.03.2012 - 13:43
- - p2004r   Цитата(propedevt @ 10.03.2012 - 13:4...   10.03.2012 - 21:06


Добавить ответ в эту темуОткрыть тему