 Определение чувствительности и специфичности комбинации маркеров |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
 2.08.2012 - 14:20
Сообщение
#1
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 10 Регистрация: 2.08.2012 Пользователь №: 24035  |
Здравствуйте!
Есть задача определить диагностическую ценность ряда маркеров (допустим, А, В и С) и их комбинаций в диагностике некоторого заболевания. Я расчитал все параметры (чувствительность, специфичность, PPV, NPV, LR) и построил в SPSS ROC-кривые отдельно для А, В и С. Как теперь сделать то же самое для комбинаций этих маркеров, допустим, А+В и В+С? Где копать? Заранее огромное спасибо! |
 |
 
|
 |
|
 |
Ответов
|
7.09.2012 - 20:00
Сообщение
#2
|
|
 Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
Для новых данных надо заново номера переменных собирать в анализ. А прямая переписка форумная что то более одного сообщения в день считает спамом.
 |
|
|
|
|
|
|
10.09.2012 - 11:33
Сообщение
#3
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
Цитата(p2004r @ 7.09.2012 - 20:00)  Для новых данных надо заново номера переменных собирать в анализ. А прямая переписка форумная что то более одного сообщения в день считает спамом. Код > str(data3[,c(2, 3, 4, 21, 23, 24:38, 45:50, 68,70, 74,77, 92:106, 109:110, 18, 19, 20)]) 'data.frame': 95 obs. of 50 variables: $ пол : Factor w/ 2 levels "жен","муж": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 ... $ возраст : int 60 67 62 73 68 69 60 66 72 61 ... $ ИМТ..кг.м2 : num 29.1 22.1 29.4 26.1 27.6 23.8 33.8 32.3 23 40.6 ... $ стресс.ЭхоКГ : int NA 1 1 1 0 1 0 1 0 0 ... $ X.1 : int NA 22 22 20 16 20 16 20 16 16 ... $ ИНЛС.ЛЖ : num NA 1.38 1.38 1.25 1 ... $ ГБ : int 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ... $ ГЛЖ.new : int 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 ... $ ГБ.ГЛЖ : int 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 ... $ ИБС..стенокардия : int 2 1 2 2 2 3 2 2 0 2 ... $ постинф.кардиоскл : int 1 1 1 1 0 1 1 1 0 0 ... $ НК..фк : int 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 ... $ ДЛП : int 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 ... $ размер.АБА : int 2 2 1 1 2 3 3 1 3 1 ... $ синдромность : int 1 3 3 3 3 1 3 1 3 1 ... $ прех.ишем.послеопер : int 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 ... $ прех.ишем.послеопер.1 : int 1 1 0 0 0 2 1 0 0 1 ... $ доступ : int 1 2 1 1 1 2 2 2 1 1 ... $ курение : int 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 ... $ диаст..Дисфункция00 : int 0 0 1 1 1 0 0 0 1 0 ... $ САД.д.о : int 140 130 130 120 130 120 120 120 120 120 ... $ ДАД.д.о : int 80 80 80 80 80 80 80 80 80 70 ... $ ЧСС.д.о : int 72 62 60 64 68 64 68 60 58 56 ... $ САД.п.о : int 130 140 120 130 120 85 120 145 140 130 ... $ ДАД.п.о : int 80 80 80 80 80 40 70 80 80 80 ... $ ЧСС.п.о : int 80 60 78 78 86 72 80 82 80 82 ... $ операция1 : int 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4 ... $ время.операции1 : int 170 130 120 115 175 215 220 220 110 240 ... $ время.переж.аорты1 : int 43 41 25 30 55 28 40 53 40 48 ... $ кровопотеря1 : int 800 500 450 300 350 1200 500 700 200 700 ... $ ГЛЖ.new.1 : num 5.9 1 1 0 0 0 1 1 1 1 ... $ зоны.гипо.и.акин00 : num 4.4 1 1 0 0 1 0 0 0 0 ... $ КДР..см00 : num 174 4.3 5.7 4.4 4.8 4.8 5.2 4 5.2 5.3 ... $ КСР..см00 : num 85 3.2 3.9 2.5 3.1 3.4 3.6 2.8 3.4 3.2 ... $ КДО..мл00 : int 88 83 160 88 108 108 130 70 130 135 ... $ индекс.КДО..00 : num 43 51.9 76.5 45.4 58 58.5 61.8 32.7 75.4 68.5 ... $ КСО00 : int 49 41 66 22 38 47 54 30 47 41 ... $ инд.КСО00 : num 86 25.6 31.5 11.3 20.4 25.4 25.7 14 27.3 20.8 ... $ ФВ00 : num 1.4 51 59 75 65 50 58 57 64 60 ... $ УО00 : num 1.2 42 94 66 70 61 76 40 83 94 ... $ ТМЖП00 : num 0.44 1.2 1.2 0.9 1.1 0.9 1.3 1.5 1 1.3 ... $ ТЗСТ.ЛЖ00 : num 411.5 1.1 1 1 1.1 ... $ ОТС.ЛЖ : num 205.8 0.53 0.39 0.43 0.46 ... $ ММ.ЛЖ.формула.Devereux: num 3.2 202.8 306.6 157.9 228.2 ... $ ИММ.ЛЖ : num 5 127 146 79 120 ... $ d.аорты00 : num 1 3.2 3.5 3.2 3.4 3.8 3.7 3.8 3.6 3.2 ... $ диаст..Дисфункция00.1 : int 3 0 1 1 1 0 0 0 1 0 ... $ п.о.кард.осложн : int 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 ... $ Кард.осл.я : int 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 ... $ летальность : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... > nrow(na.omit(data3[,c(2, 3, 4, 21, 23, 24:38, 45:50, 68,70, 74,77, 92:106, 109:110, 18, 19, 20)])) [1] 79 > nrow((data3[,c(2, 3, 4, 21, 23, 24:38, 45:50, 68,70, 74,77, 92:106, 109:110, 18, 19, 20)])) [1] 95 что из перечисленного точно в шкале наименований измерено? |
|
|
|
|
|
Сообщений в этой теме
Zaycho Определение чувствительности и специфичности комбинации маркеров 2.08.2012 - 14:20
p2004r Цитата(Zaycho @ 2.08.2012 - 14:20) З... 2.08.2012 - 14:24
Zaycho Цитата(p2004r @ 2.08.2012 - 15:24) м... 2.08.2012 - 14:37 p2004r Цитата(Zaycho @ 2.08.2012 - 14:37) B... 2.08.2012 - 19:38 Zaycho А можно я все-таки покажу исходные данные?
А, В и ... 2.08.2012 - 21:55 p2004r Цитата(Zaycho @ 2.08.2012 - 21:55) А... 3.08.2012 - 12:04 Zaycho Огромное спасибо за разъяснения! А можете тепе... 3.08.2012 - 14:27 p2004r Цитата(Zaycho @ 3.08.2012 - 14:27) О... 3.08.2012 - 14:59 Zaycho Глубокоуважаемый p2004r, правильно ли я понял, что... 3.08.2012 - 16:05 p2004r Цитата(Zaycho @ 3.08.2012 - 16:05) Г... 3.08.2012 - 16:30 Zaycho Я вконец запутался. А,В и С - это параметры, не вл... 3.08.2012 - 16:38 p2004r Цитата(Zaycho @ 3.08.2012 - 16:38) Я... 3.08.2012 - 19:29 TheThing Цитата(Zaycho @ 2.08.2012 - 14:20) З... 3.08.2012 - 08:55 TheThing Согласно моим расчетам лишь фактор С (тяжесть сост... 3.08.2012 - 20:07 p2004r Цитата(TheThing @ 3.08.2012 - 20:07)... 3.08.2012 - 21:12 TheThing значит логистическая регрессия и рэндом форест даю... 3.08.2012 - 21:22 p2004r Цитата(TheThing @ 3.08.2012 - 21:22)... 3.08.2012 - 21:48 DrgLena А если не лес строить, а одно дерево, то при одном... 3.08.2012 - 23:56 p2004r Цитата(DrgLena @ 3.08.2012 - 23:56) ... 4.08.2012 - 10:42 p2004r собственно да, svm получше выделяет
Код> mode... 4.08.2012 - 11:18 p2004r линеаризирующее преобразование (!после отрезан... 4.08.2012 - 11:41 Zaycho Коллеги, а если вернуться к посту #14, то как опре... 5.08.2012 - 11:23 p2004r Цитата(Zaycho @ 5.08.2012 - 11:23) К... 5.08.2012 - 12:55 Zaycho Да, я и не предполагал, что задача окажется не так... 4.08.2012 - 09:39 TheThing Решил сделать рэндом форест, а также построить про... 5.08.2012 - 15:37 p2004r и все таки, после применения правила С>25, оста... 5.08.2012 - 15:56 TheThing Кстати, вот хорошая статья, где проводился сравнит... 5.08.2012 - 16:40 p2004r Цитата(TheThing @ 5.08.2012 - 16:40)... 5.08.2012 - 19:05 Диана Раз зашла речь про ROC-анализ в программе SPSS под... 16.08.2012 - 09:25 TheThing Цитата(Диана @ 16.08.2012 - 09:25) Р... 16.08.2012 - 15:38 Диана Цитата(TheThing @ 16.08.2012 - 16:38... 16.08.2012 - 20:10 p2004r Цитата(Диана @ 16.08.2012 - 20:10) С... 16.08.2012 - 21:53 TheThing Цитата(Диана @ 16.08.2012 - 20:10) С... 16.08.2012 - 22:34 Диана КФР-контролируемый фактор риска, НФР-неконтролируе... 17.08.2012 - 09:02 p2004r Цитата(Диана @ 17.08.2012 - 09:02) К... 17.08.2012 - 15:28 Диана я немножко сократила таблицу, убрала малоинтересую... 17.08.2012 - 18:05 p2004r Цитата(Диана @ 17.08.2012 - 18:05) я... 17.08.2012 - 22:26 Диана Факторы риска:
2
3
5 ... 18.08.2012 - 08:58 p2004r Цитата(Диана @ 18.08.2012 - 08:58) Ф... 18.08.2012 - 13:18 Диана спасибо за помощь. колонки 44-46 не имеют влияние... 18.08.2012 - 20:57 p2004r Цитата(Диана @ 18.08.2012 - 20:57) с... 18.08.2012 - 22:37 Диана колонки 44А 45А 46А были перекодированные колонки ... 19.08.2012 - 09:21 Диана Подскажите кто знает: возможно ли удалить выложенн... 26.08.2012 - 08:57 Диана ничего не получается, от проводимого лечения нет д... 26.08.2012 - 08:59 p2004r Цитата(Диана @ 26.08.2012 - 08:59) н... 27.08.2012 - 15:12 Диана Цитата(p2004r @ 27.08.2012 - 16:12) ... 27.08.2012 - 16:58 p2004r Цитата(Диана @ 27.08.2012 - 16:58) з... 27.08.2012 - 17:14 Диана 2) "влияет ли тип операции на снижение частот... 27.08.2012 - 17:42 Диана Хорошо, 13 колонка делит пациентов на 3 группы. Ле... 27.08.2012 - 17:25 Диана 1) влияет ли снижение ЧСС до операции на снижение ... 27.08.2012 - 17:29 p2004r Цитата(Диана @ 27.08.2012 - 17:29) 1... 27.08.2012 - 22:24 Диана супер, в мозаичных графиках данные очень наглядно ... 28.08.2012 - 09:02 p2004r Цитата(Диана @ 28.08.2012 - 09:02) с... 28.08.2012 - 12:07 Диана у меня есть данные факторного анализа, но, как сей... 28.08.2012 - 13:46 p2004r Цитата(Диана @ 28.08.2012 - 13:46) у... 28.08.2012 - 19:54 Диана RE: Определение чувствительности и специфичности комбинации маркеров 28.08.2012 - 21:10 p2004r Цитата(Диана @ 28.08.2012 - 21:10)
... 31.08.2012 - 16:49 Диана фактически группы две - 1 и 3, вторая размазана ме... 1.09.2012 - 22:22 Диана не могу разобраться с 3 графиком, какой то он слож... 1.09.2012 - 22:26 p2004r Цитата(Диана @ 1.09.2012 - 22:26) н... 3.09.2012 - 18:18 Диана ГБ : int 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 .... 10.09.2012 - 21:47 |