 Корреляция частот |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
 6.09.2013 - 14:51
Сообщение
#1
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 17 Регистрация: 3.02.2013 Пользователь №: 24599  |
Всем добрый день!
Что-то никак не могу сообразить, как лучше подойти к вроде простой задаче. Грубо говоря, есть некоторые сайты в геноме человека, характеризующиеся определенной частотой встречаемости. Скажем, сайт А встречается в 20% геномов, сайт Б - в 50%, сайт С - в 10% и так далее. Внутри каждого из сайтов (состоящего из последовательности нескольких нуклеотидов) могут происходить замены, причем для каждого сайта есть определенная вероятность, что в нем эти замены (любые, неважно какие) случатся - для сайта А вероятность Р1, для Б - Р2 и т.д. Как можно оценить, есть ли корреляция между частотой встречаемости сайта в геноме и вероятностью замены в нем? Заранее спасибо! Сообщение отредактировал Camel1000 - 6.09.2013 - 14:52 |
 |
 
|
 |
|
 |
Ответов
|
13.09.2013 - 19:28
Сообщение
#2
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1219 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704 |
Цитата(Camel1000 @ 6.09.2013 - 17:51)  Всем добрый день! Что-то никак не могу сообразить, как лучше подойти к вроде простой задаче. Грубо говоря, есть некоторые сайты в геноме человека, характеризующиеся определенной частотой встречаемости. Скажем, сайт А встречается в 20% геномов, сайт Б - в 50%, сайт С - в 10% и так далее. Внутри каждого из сайтов (состоящего из последовательности нескольких нуклеотидов) могут происходить замены, причем для каждого сайта есть определенная вероятность, что в нем эти замены (любые, неважно какие) случатся - для сайта А вероятность Р1, для Б - Р2 и т.д. Как можно оценить, есть ли корреляция между частотой встречаемости сайта в геноме и вероятностью замены в нем? Заранее спасибо! Для статистической оценки связи думаю лучше подойдёт корреляция Спирмена, как вам уже и посоветовали. Она лучше Пирсона в том плане, что (1) нелинейность (если она есть) не уйдёт в ошибку анализа, (2) проценты распределены ненормально, для Пирсона их нужно предварительно преобразовывать угловыми преобразованиями. А вот что коррелировать - ? Если длина сайтов разная, то и вероятность замены внутри сайта должна отличатся. Поэтому думаю, что лучше коррелировать: Х1 - частота сайта в геноме, Х2 - Вероятность Р замены в сайте делённая на количество нуклеотидов в сайте (т.е. вероятность замены на нуклеотид сайта). |
|
|
|
|
|
Сообщений в этой теме
Camel1000 Корреляция частот 6.09.2013 - 14:51
anserovtv Да, можно оба показателя перевести в числовой форм... 6.09.2013 - 16:07 Camel1000 Я, наверное, плохо объяснил. Про таблицы сопряженн... 6.09.2013 - 16:22 anserovtv В SPSS при генерации таблиц сопряженности выводятс... 6.09.2013 - 16:36
 |