Поправка Бонферрони или FDR Опции

[vas]

Здравствуйте! У меня вопрос по поводу множественного сравнения. А конкретно, по поправке Бонферрони.

Как он считается? Я p делю на количество групп сравнения или на общее количество тестов? Вот допустим, у меня работа по полиморфизмам SNP, т.е есть индивиды с тремя генотипами, и они сравниваются между собой по 11 показателям. Мне делить p на 3 или на 33??? Или на 11?
И еще вопрос. Его мне применять ко всему исследованию или только к 1 полиморфизму???

Еще хотелось бы узнать преимущества FDR (False discovery rate) контроля. И про возможность его использования вместо поправки Бонферрони.

PS Читал нижний топик про тест Крускалл-Валлиса, но не совсем понял. Вот если я сравниваю три группы индивидов, и нахожу значимое различие по какому-нибудь показателю, то могу судить лишь о том, что они различаются между собой??? НО не могу, допустим, судить о том как они различаются.

Сообщение отредактировал vas - 30.09.2013 - 06:37

[anserovtv]

В поправке Бонферрони уровень значимости альфа делится на число сравнений и р-значения сравниваются с этим уменьшенным уровнем значимости.
У вас , как я понимаю содержательную часть, будет делиться на 3 (число сочетаний из 3 по 2 или (3*2)/2 ) по каждому показателю отдельно.
Обычно множественные сравнения выполняются в среде статпакетов. По моим сведениям чаще применяется метод Шеффе. Из моего опыта: все поправки дают почти всегда одинаковый результат.
Применение поправок зависит и от равенства-неравенства дисперсий.
Если равенство дисперсий не выполняется , то применяются особые поправки.
Видимо, в вашем случае лучше применять многофакторный одномерный или многофакторный многомерный дисперсионный анализ.
По непараметрическим методам: если при сравнении нескольких независимых выборок по
критерию Крускала-Уоллеса нулевая гипотеза отвергается (различия значимы),
следует провести все попарные сравнения каждой группы со всеми другими по критерию Манна-Уитни.
Также можно применять критерий направленных альтернатив Джонкира-Терпстра и другие методы.
Все попарные сравнения с поправками легко сделать в пакетах программ.

Сообщение отредактировал anserovtv - 2.10.2013 - 20:28