Анализ медицинских данных в R и SAS Опции

[hot_assay]

Здравствуйте!
Буду благодарен за рекомендации по использованию R и SAS в анализе данных клинических исследований (хотя бы минимальные, общего характера, с учётом того, что пользователю, привыкшему к Graphical user interface, нужно въехать в специфику рассматриваемо ПО )) . Интересуют преимущества данных систем по сравнению с другими (например, Statsoft STATISTICA). Какие модули необходимо иметь для решения медицинских задач? Заменяют ли R и SAS друг друга в плане фукционала? Отдельное спасибо за ссылки с практическими примерами по рассматриваемому вопросу.

[TheThing]

Не с целью продолжения холивара на тему языков программирования, а просто обыденный случай.

Решил глянуть, как реализован пакет MDR в R - все хорошо, практически ничем по фичам не уступает аналогу GUI на JAVA http://sourceforge.net/projects/mdr/. Но ВРЕМЯ выполнения!! Массив из 250 наблюдений 25 предикторов - время анализа в R: 221 секунда, MDR Java: 1.2 секунд; массив 250 наблюдений 50 предикторов - R: 1950 секунд!!!, Java: 3,9 секунды. Ну и так далее...50 предикторов в генетических исследованиях - это очень мало, следовательно MDR в R пока сложно пользоваться (мне хотелось еще прикрутить алгоритм в shiny, там вообще браузер зависнет навека (((. Подобные пакеты,как mbMDR и другие работают также..

Решил взять другой пример, вычислить массивный полином (100) 500 000 раз. Код в R (время выполнения 4 минуты)

trpol2 <- function(n,x) {
mu <<- 10.0
pu <<- 0.0
pol <<- 1:100
tp1 <<- 2.0
tm1 <<- 1/2.0
for (i in 1:n) {
for (j in 1:100) {
mu <<- (mu + tp1) * tm1
pol[j] <<- mu
}
s <<- 0.0;
for (j in 1:100) {
s <<- x*s + pol[j];
}
pu <- s+pu;
}
print(pu)
}

trpol2(500000,0.2)

Код на Java, время выполнения в браузере! http://www.browxy.com/ - 2 секунды.

public class HelloWorld {
static public void main(String argv[]) {
float mu = (float)10.0;
float x,s;
float pu = (float)0.0;
int su, i, j, n;
float pol[] = new float[100];

n = 500000;
x = (float)0.2;
for(i=0; i<n; i++) {
for (j=0; j<100; j++) {
mu = (mu + (float)2.0) / (float)2.0;
pol[j] = mu;
}
s = (float)0.0;
for (j=0; j<100; j++) {
s = x*s + pol[j];
}
pu += s;
}
System.out.println(pu);
}
}

Самое смешное, код на Python, время выполнения 6 секунд:

n = 500000
x = 0.2

def t(x):
mu = 10.0
pu = 0.0
pol =[0] * 100
r = range(0,100)

for i in range(0,n):
for j in r:
pol[j] = mu = (mu + 2.0) / 2.0
su = 0.0
for j in r:
su = x * su + pol[j]
pu = pu + su
print pu

t(x)

Немного расстроился..Ладно с этими полиномами, но мне реально хотелось работать с многофакторным уменьшением размерности в R, видимо, не судьба..

Сообщение отредактировал TheThing - 15.09.2014 - 19:00