 Генотип, ко-факторы, исход, как анализировать? |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
 15.06.2014 - 14:09
Сообщение
#1
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 24 Регистрация: 11.06.2014 Пользователь №: 26460  |
Здравствуйте, коллеги! Прошу помощи в анализе данных.
Задача исследования - оценить связь между генотипом (15 SNP), "промежуточным фенотипом" (параметры биохимии, иммунологии и др.), исходом (ЗНО есть/нет). Существующий сервис "SNPstats" (http://bioinfo.iconcologia.net/SNPstats_web) выдает отношения шансов, "adjustet by фактор1+фактор2+...", используется при этом "logistic regression models" (то есть, логит-регрессию?). Хотелось бы поточнее узнать, что значит "adjusted by". Кроме того, в данной програме остается "за кадром", какой из факторов является ведущим. Возможно, есть какие то альтернативные методы анализа, позволяющие оценить вклад конкретных факторов? Посоветуйте, пожалуйста. Заранее благодарен. И есть ещё один вопрос: По разным SNP имеется разное количество генотипированных, как и разное количество известных значений по каждому из "промежуточных фенотипов" и исходов. То есть, грубо говоря, выборки по каждому из SNP перекрываются только отчасти. Нужно ли в этом случае рассматривать проблему множественных сравнений? Спасибо! |
 |
 
|
 |
|
 |
Ответов
|
28.09.2014 - 19:44
Сообщение
#2
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 219 Регистрация: 4.06.2013 Из: Тверь Пользователь №: 24927 |
Коды, генерируемые программой, можно преобразовать в коды R или SAS и в другие форматы.
Сообщение отредактировал anserovtv - 28.09.2014 - 21:05 |
|
|
|
|
|
|
29.09.2014 - 14:00
Сообщение
#3
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 24 Регистрация: 11.06.2014 Пользователь №: 26460 |
anserovtv
Большое Вам спасибо за первую ссылочку (до второй пока не добрался, рабочая сеть не позволяет)! Наглядно и доступно представлен алгоритм "классического" random forests. Однако, автор верно заметил, что классический вариант RF "не переваривает" анализ смешанных количественных и категориальных данных, в этом случае необходим cforest. Коллеги, если кто-то натыкался на пример использования cforest, будьте добры, поделитесь! Сообщение отредактировал don - 29.09.2014 - 14:02 |
|
|
|
|
|
Сообщений в этой теме
don Генотип, ко-факторы, исход 15.06.2014 - 14:09
TheThing 1) Что означает adjusted..Вы включаете в модель од... 15.06.2014 - 15:15 p2004r Если данных достаточное количество, то стоило бы п... 16.06.2014 - 00:05 don Благодарю, коллеги, за ответы. Буду разбираться... 17.06.2014 - 09:09 don Добрый день, коллеги!
Изучение вопроса привело... 25.09.2014 - 09:47
p2004r Цитата(don @ 25.09.2014 - 09:47) Про... 23.10.2014 - 22:36 don Цитата(p2004r @ 24.10.2014 - 01:36) ... 28.10.2014 - 10:06 p2004r Цитата(don @ 28.10.2014 - 10:06) Бла... 28.10.2014 - 18:13 anserovtv Попробуйте прочитать о важности переменных здесь ... 28.09.2014 - 19:41 TheThing Цитата(don @ 29.09.2014 - 14:00) ans... 29.09.2014 - 15:07 don Цитата(TheThing @ 29.09.2014 - 18:07... 29.09.2014 - 21:09 TheThing Цитата(don @ 29.09.2014 - 21:09) Про... 29.09.2014 - 21:41 don Цитата(TheThing @ 30.09.2014 - 00:41... 30.09.2014 - 06:55 TheThing Цитата(don @ 30.09.2014 - 06:55) Пре... 30.09.2014 - 08:54 don Цитата(TheThing @ 30.09.2014 - 11:54... 30.09.2014 - 10:34 TheThing Цитата(don @ 30.09.2014 - 10:34) А е... 30.09.2014 - 14:07 don Цитата(TheThing @ 30.09.2014 - 17:07... 28.10.2014 - 12:33 don Доброго времени суток!
Возникло ещё несколько ... 28.10.2014 - 09:54 p2004r Вот тут приатачен файл с примером анализа пакетом ... 28.10.2014 - 18:20 |