Генотип, ко-факторы, исход, как анализировать? Опции

[don]

Здравствуйте, коллеги! Прошу помощи в анализе данных.
Задача исследования - оценить связь между генотипом (15 SNP), "промежуточным фенотипом" (параметры биохимии, иммунологии и др.), исходом (ЗНО есть/нет).
Существующий сервис "SNPstats" (http://bioinfo.iconcologia.net/SNPstats_web) выдает отношения шансов, "adjustet by фактор1+фактор2+...", используется при этом "logistic regression models" (то есть, логит-регрессию?). Хотелось бы поточнее узнать, что значит "adjusted by".
Кроме того, в данной програме остается "за кадром", какой из факторов является ведущим.
Возможно, есть какие то альтернативные методы анализа, позволяющие оценить вклад конкретных факторов?
Посоветуйте, пожалуйста. Заранее благодарен.

И есть ещё один вопрос:
По разным SNP имеется разное количество генотипированных, как и разное количество известных значений по каждому из "промежуточных фенотипов" и исходов.
То есть, грубо говоря, выборки по каждому из SNP перекрываются только отчасти. Нужно ли в этом случае рассматривать проблему множественных сравнений?
Спасибо!

[don]

Добрый день, коллеги!
Изучение вопроса привело меня к необходимости использовать random forests, а именно - модификацию, доступную в пакете party для R (cforest), где для построения леса используются "безошибочные" деревья, т.к. в этом случае адекватно оценивается важность переменных и нет преференций для количественных данных (как в "стандартном" random forests)[Strobl, 2007]. Кроме того, необходимо вычислять "кондиционную" значимость, которая адекватнее в случае коррелированных переменных [Strobl, 2009]. И тут возникает следующее препятствие: missing values, которые в моих данных для некоторых параметров составляют более 50%. Однако, и на этот счет у той же "тёти" Strobl нашлось решение [Hapfelmeier, 2013].
На данном этапе моего "мастерства" в R хватает только на импорт таблицы, вычисления значимости переменных и построения гистограммы значимости:

read.table("gen2.txt", h=T)->gen2
set.seed(100)
cfresults<-cforest(cr~.,data=gen2,controls=cforest_unbiased(mtry=10,ntree=100))
varimp(cfresults)->vi1
par(las=2)
barplot(sort(vi1),main="Variable importance",space=0.5,cex.names=0.6)

Прошу помощи у бывалых:
1) Каким должен быть код для вычисления кондиционной важности переменных при наличии пропусков данных? В приложении к [Hapfelmeier, 2013] есть код, но там другие задачи исследования и я не могу разобрать что к чему.
2) Как нарисовать индивидуальные деревья в cforest и правильно интерпретировать их?

Может быть, кто - то соизволит поковыряться с моими данными, на этот случай прилагаю таблицу.
Также прилагается Hapfelmeier, 2013

Сообщение отредактировал don - 25.09.2014 - 09:51

Прикрепленные файлы

 Hapfelmeier_2013.pdf ( 368,37 килобайт ) Кол-во скачиваний: 447
 gen2.txt ( 32,9 килобайт ) Кол-во скачиваний: 525

 

[p2004r]

Прошу помощи у бывалых:
1) Каким должен быть код для вычисления кондиционной важности переменных при наличии пропусков данных? В приложении к [Hapfelmeier, 2013] есть код, но там другие задачи исследования и я не могу разобрать что к чему.
2) Как нарисовать индивидуальные деревья в cforest и правильно интерпретировать их?

Может быть, кто - то соизволит поковыряться с моими данными, на этот случай прилагаю таблицу.
Также прилагается Hapfelmeier, 2013

1) Воспользоваться любым методом импутации данных

А для отбора значимых предикторов можно использовать library(Boruta), на этом форуме уже есть пример её использования. Метод ищет значимые, а не просто имеющие большое значение с точки зрения рандомфореста предикторы.