Анализ медицинских данных в R и SAS Опции

[hot_assay]

Здравствуйте!
Буду благодарен за рекомендации по использованию R и SAS в анализе данных клинических исследований (хотя бы минимальные, общего характера, с учётом того, что пользователю, привыкшему к Graphical user interface, нужно въехать в специфику рассматриваемо ПО )) . Интересуют преимущества данных систем по сравнению с другими (например, Statsoft STATISTICA). Какие модули необходимо иметь для решения медицинских задач? Заменяют ли R и SAS друг друга в плане фукционала? Отдельное спасибо за ссылки с практическими примерами по рассматриваемому вопросу.

[TheThing]

Не с целью продолжения холивара на тему языков программирования, а просто обыденный случай.

Решил глянуть, как реализован пакет MDR в R - все хорошо, практически ничем по фичам не уступает аналогу GUI на JAVA http://sourceforge.net/projects/mdr/. Но ВРЕМЯ выполнения!! Массив из 250 наблюдений 25 предикторов - время анализа в R: 221 секунда, MDR Java: 1.2 секунд; массив 250 наблюдений 50 предикторов - R: 1950 секунд!!!, Java: 3,9 секунды. Ну и так далее...50 предикторов в генетических исследованиях - это очень мало, следовательно MDR в R пока сложно пользоваться (мне хотелось еще прикрутить алгоритм в shiny, там вообще браузер зависнет навека (((. Подобные пакеты,как mbMDR и другие работают также..

Решил взять другой пример, вычислить массивный полином (100) 500 000 раз. Код в R (время выполнения 4 минуты)

trpol2 <- function(n,x) {
mu <<- 10.0
pu <<- 0.0
pol <<- 1:100
tp1 <<- 2.0
tm1 <<- 1/2.0
for (i in 1:n) {
for (j in 1:100) {
mu <<- (mu + tp1) * tm1
pol[j] <<- mu
}
s <<- 0.0;
for (j in 1:100) {
s <<- x*s + pol[j];
}
pu <- s+pu;
}
print(pu)
}

trpol2(500000,0.2)

Код на Java, время выполнения в браузере! http://www.browxy.com/ - 2 секунды.

public class HelloWorld {
static public void main(String argv[]) {
float mu = (float)10.0;
float x,s;
float pu = (float)0.0;
int su, i, j, n;
float pol[] = new float[100];

n = 500000;
x = (float)0.2;
for(i=0; i<n; i++) {
for (j=0; j<100; j++) {
mu = (mu + (float)2.0) / (float)2.0;
pol[j] = mu;
}
s = (float)0.0;
for (j=0; j<100; j++) {
s = x*s + pol[j];
}
pu += s;
}
System.out.println(pu);
}
}

Самое смешное, код на Python, время выполнения 6 секунд:

n = 500000
x = 0.2

def t(x):
mu = 10.0
pu = 0.0
pol =[0] * 100
r = range(0,100)

for i in range(0,n):
for j in r:
pol[j] = mu = (mu + 2.0) / 2.0
su = 0.0
for j in r:
su = x * su + pol[j]
pu = pu + su
print pu

t(x)

Немного расстроился..Ладно с этими полиномами, но мне реально хотелось работать с многофакторным уменьшением размерности в R, видимо, не судьба..

Сообщение отредактировал TheThing - 15.09.2014 - 19:00

[p2004r]

Не с целью продолжения холивара на тему языков программирования, а просто обыденный случай.

да да, конечно

1) если так непосильно писать векторизированный код, а писать портянки с рекурсивными форами "массивного полинома" чувствуете себя в силе, то в Вашем распоряжении Rcpp и практически без изменений "код на ява" (в силу весьма ограниченного объема использования возможностей языка ) можно вставить в инлайн вставку кода c++


2) никакого примера о тормозах MDR в письме нет -- и комментировать собственно нечего.

[TheThing]

1) если так непосильно писать векторизированный код, а писать портянки с рекурсивными форами "массивного полинома" чувствуете себя в силе, то в Вашем распоряжении Rcpp и практически без изменений "код на ява" (в силу весьма ограниченного объема использования возможностей языка ) можно вставить в инлайн вставку кода c++

Значит, чтобы решить задачу с полиномом (а таких примеров множество), человек должен знать как R так и с++? В вышеприведенном примере я использовал базовые возможности языка Java, Python и т.д., не пользуясь никакими сторонними библиотеками. Хотелось бы увидеть Вашу PRO-версию векторизированного родного R кода, которая бы могла составить конкуренцию хотя бы Python по скорости выполнения..

2) никакого примера о тормозах MDR в письме нет -- и комментировать собственно нечего.

Прокомментируйте, пожалуйста и запаситесь терпением:

library(MDR)
data(mdr2)

fit.cv<-mdr.cv(data = mdr2, K = 3, cv = 10, ratio = NULL, equal = "HR", genotype = c(0, 1, 2))

Эта база имеет всего лишь 100 предикторов, у меня в реальной работе их тысячи. На Java и в SAS у меня это занимает секунды, а сколько у Вас в R?

Сообщение отредактировал TheThing - 23.10.2014 - 09:35

[p2004r]

Прокомментируйте, пожалуйста и запаситесь терпением:

library(MDR)
data(mdr2)

fit.cv<-mdr.cv(data = mdr2, K = 3, cv = 10, ratio = NULL, equal = "HR", genotype = c(0, 1, 2))

Эта база имеет всего лишь 100 предикторов, у меня в реальной работе их тысячи. На Java и в SAS у меня это занимает секунды, а сколько у Вас в R?

внутри mdr.cv() как и любой другой кроссвалидации находится <s>неонка</s> цикл. В этом легко убедится набрав просто mdr.cv.

Данный цикл Вы должны заменить (в нем нету ни глобального присваивания, ни прочих императивных извратов), как истинный питонист на foreach(). Оная конструкция прекрасно параллелится и на кластеры, и на некластеры. Делать это за Вас мне тоже неинтересно.

[TheThing]

внутри mdr.cv() как и любой другой кроссвалидации находится <s>неонка</s> цикл. В этом легко убедится набрав просто mdr.cv.

Данный цикл Вы должны заменить (в нем нету ни глобального присваивания, ни прочих императивных извратов), как истинный питонист на foreach(). Оная конструкция прекрасно параллелится и на кластеры, и на некластеры. Делать это за Вас мне тоже неинтересно.

С чего Вы взяли, что я истинный питонист?
Вы же сказали, что я не привел никакого кода в R по поводу метода MDR, поэтому обсуждать собственно нечего. Я привел пример своего ужасного неоптимизированного кода и в результате получил ответ чисто теоретического характера, а также что Вам это неинтересно. Почему просто не помочь сообществу в решении абсолютно конкретной задачи конкретным решением?

Сообщение отредактировал TheThing - 23.10.2014 - 21:23

[p2004r]

С чего Вы взяли, что я истинный питонист?
Вы же сказали, что я не привел никакого кода в R по поводу метода MDR, поэтому обсуждать собственно нечего. Я привел пример своего ужасного неоптимизированного кода и в результате получил ответ чисто теоретического характера, а также что Вам это неинтересно. Почему просто не помочь сообществу в решении абсолютно конкретной задачи конкретным решением?

хватит троллить, у вас нет к этому призвания. вы получили исчерпывающий совет, переписать единственный цикл в доступной вам функции. тон которым вы "просите" "помочь сообществу", а вернее себе, не оставляет никаких шансов что кто то кинется вам помогать.

переписать цикл кроссвалидации в неустраивающей вас процедуре тривиальная операция, и её код намного меньше занимает места, чем ваши упражнения в остроумии на этом форуме.

[TheThing]

тон которым вы "просите" "помочь сообществу", а вернее себе, не оставляет никаких шансов что кто то кинется вам помогать.

Поверьте, что количество моих постов и личных сообщений, где я помог людям, значительно превосходят те случаи, когда я просил о помощи
В этом вопросе мне помощь не нужна, я пользуюсь прекрасной реализацией MDR на Java, был интерес, как пользоваться этим алгоритмом в R, но благодаря Вам - интерес пропал, видимо это у нас взаимно