Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
7.11.2014 - 07:25
Сообщение
#1
|
|||
|
Группа: Пользователи Сообщений: 24 Регистрация: 11.06.2014 Пользователь №: 26460 |
Добрый день, коллеги.
Прошу помощи в понимании результатов анализа с помощью MDR, а также ссылок на работы, где проводился подобный анализ. Конкретно интересует как понимать графики энтропии: Также, если кто встречался, подскажите где посмотреть что то вроде руководства к программе MDR. Благодарю вас! Сообщение отредактировал don - 7.11.2014 - 08:04 |
||
|
|
![]() |
![]() |
![]() |
13.11.2014 - 12:45
Сообщение
#2
|
||
|
Группа: Пользователи Сообщений: 24 Регистрация: 11.06.2014 Пользователь №: 26460 |
Прошу прощения, но в MDR я ничего, позволяющего вычислить р, не нашёл.
Я объясню ситуацию. В результате MDR-анализа взаимосвязи нескольких SNP, пола и этнич. принадлежности с неким количественным исходом была получена следующая "лучшая" модель: Модель nat,CAT_rs7943316 Т-стат (обуч) 3,8483 Т-стат (тест) 3,3525 Сходимость 9/10 На рисунке графически изображено следующее: Model Detail: Combination-----Count------ SOD Average------difference from global average 203,5074-----Predicted 'SOD' 1,A/T--------------42,0--------229,2429-----------------------------------------25,7354------------------1 1,T/T--------------32,0--------141,5875----------------------------------------_-61,9199------------------0 1,A/A--------------10,0--------215,16-------------------------------------------11,6526------------------1 2,A/T --------------64,0--------163,0594----------------------------------------_-40,448------------------0 2,T/T--------------53,0--------224,5962-----------------------------------------21,0888------------------1 2,A/A--------------28,0--------284,0429-----------------------------------------80,5354------------------1 Нулевая гипотеза, если я правильно понимаю, звучит следующим образом: Данная комбинация факторов (nat, CAT_rs...) случайным образом разделяет выборку на категории с повышенным и пониженным (относительно глобального среднего) уровнем исследуемого показателя. То есть, распределение "тестирующей Т-статистики" согласно нулевой гипотезе должно соответствовать нормальному распределению со средним = 0. Сообщение отредактировал don - 13.11.2014 - 12:53 |
|
|
|
![]() |
![]() |
don Вопрос по MDR 7.11.2014 - 07:25
don Отвечаю сам на свой вопрос
http://compgen.blogspo... 7.11.2014 - 13:12
don Коллеги, подскажите пожалуйста, каким образом вычи... 12.11.2014 - 11:49
anserovtv Вы не сформулировали нулевую гипотезу, ведь t-стат... 12.11.2014 - 18:37
nokh Цитата(don @ 13.11.2014 - 15:45) Про... 15.11.2014 - 18:12
don Цитата(nokh @ 15.11.2014 - 21:12) PS... 17.11.2014 - 12:06
nokh Цитата(don @ 17.11.2014 - 15:06) В к... 21.11.2014 - 13:13
don Цитата(nokh @ 21.11.2014 - 16:13) А ... 24.11.2014 - 09:45
p2004r Цитатапочему в пакете на реализована рандомизацион... 24.11.2014 - 10:22
don Цитата(p2004r @ 24.11.2014 - 13:22) ... 24.11.2014 - 11:05
nokh Цитата(p2004r @ 24.11.2014 - 13:22) ... 24.11.2014 - 13:57
p2004r Цитата(nokh @ 24.11.2014 - 13:57) И ... 25.11.2014 - 11:35
anserovtv Я установил MDR версии 3.0.2. В этой версии в комм... 14.11.2014 - 09:59
don Цитата(anserovtv @ 14.11.2014 - 12:5... 15.11.2014 - 19:40
don Задал вопрос Jiang Gui:
In qMDR, when we get a tes... 18.11.2014 - 09:31
anserovtv Цитатаdon
Почему вычисляется одно единственное зна... 29.12.2014 - 22:40![]() ![]() |