Статистика в иммунологии:, описательная статистика, сравнения, бутстреп Опции

[nokh]

Предлагаю участникам форума поделиться в этой ветке своим опытом анализа иммунологических данных. В последние месяцы намаялись с аспирантками иммунологами-иммуногенетиками с анализом их данных. Проблемы, которые хотелось бы обсудить:

(1) выраженные в % показатели иммунограммы после преобразования арксинуса или Фримана-Тьюки сохраняют асимметрию распределения. Пробовали Бокса-Кокса - получается; но ведь использование степенных преобразований для частот - чистейший эмпирический произвол?
(2) сложные асимметричные и, возможно, полимодальные распределения для одних показателей и ровненькие почти симметричные - для других. Получается, что даже интерлейкины не удаётся описать/сравнить единообразно.
(3) сложности с графическим представлением результатов дисперсионных анализов (ДА). Делали сложные ДА с перекрёстными и иерархическими эффектами после предварительного преобразования данных по Боксу-Коксу и получали таблицу значимости эффектов и их взаимодействий. Однако графики для непреобразованных или лог-преобразованных переменных совсем не совпадали с бокс-коксовскими. Получается, что значимые эффекты в сложной таблице результатов ДА не удаётся подкрепить графически, кроме как в никому непонятной шкале преобразования Бокса-Кокса.
(4) столь любимые иммунологами коробчатые графики (box-and-whiskers plot) не позволяют интерпретировать межгрупповые различия. А учитывая, что разные программы используют разные пороги для отнесения наблюдений к выбросам (причём для нормального распределения, что заведомо неверно) - вообще непонятно что на этих графиках изображается усами, а что выбросами. Причём авторитетных авторов статей это вообще никак не беспокоит. Вместе с тем логичные для таких данных графики с медианами и 95%-ными ДИ для медиан вообще не используются. Хотелось бы совместить на одном графике: медиану (линия), межквартильный размах (короб) и 95%-ные ДИ для медианы (усы), можно даже вручную, но не смог найти программу, где эти показатели для box-and-whiskers plot можно было бы задать вручную (мой любимый KyPlot не строит коробчатые графики:(( )

Позже выложу здесь 3 статьи по статистике в иммунологии (пока это только отвлечёт от описанных проблем), а также поделюсь нашими наработками по приведению иммунологической статистики к единообразному виду - пока на основе порядковых статистик, включая малоизвестные множественные сравнения в рамках непараметрических дисперсионных анализов Краскела-Уоллиса и Фридмана (могу с собранными формулами и примером). А позже хотелось бы обсудить ещё подход с бутстрепом.

Сообщение отредактировал nokh - 12.02.2011 - 10:21

[nokh]

3 статьи по статистике в иммунологии за 1992, 1997 и 2007 гг здесь: http://ifolder.ru/22187951
Последняя - в свободном доступе: http://www.biomedcentral.com/1471-2172/8/27

[maxandron]

3 статьи по статистике в иммунологии за 1992, 1997 и 2007 гг здесь: http://ifolder.ru/22187951
Последняя - в свободном доступе: http://www.biomedcentral.com/1471-2172/8/27

Здравствуйте! Спасибо за ссылки. Последнюю статью нашел. А две предыдущие (за 1992 и 1997)... Можете выложить их снова. Может у Вас есть еще руководства или книги есть по обработке данных именно в иммунологии? Буду очень благодарен, если поделитесь. Спасибо за помощь.

[nokh]

Здравствуйте! Спасибо за ссылки. Последнюю статью нашел. А две предыдущие (за 1992 и 1997)... Можете выложить их снова. Может у Вас есть еще руководства или книги есть по обработке данных именно в иммунологии? Буду очень благодарен, если поделитесь. Спасибо за помощь.

Хорошего руководства пока не нашли, скорее всего его нет и нужно писать:) Толку от этих 3 статей немного, но вот они: https://yadi.sk/d/U0b3xwrRbe6w7
На этом форуме полезной информации больше.

[bubnilkin]

Хорошего руководства пока не нашли, скорее всего его нет и нужно писать:)

nokh, случаем, не появились ли мысли по этой теме?

[nokh]

nokh, случаем, не появились ли мысли по этой теме?

Чем дальше, тем больше склоняюсь в пользу ресемплинг-техник: рандомизационных тестов, бутстрепа, складного ножа (понравилась эта старая техника). Они и задачу решают, и + это - сегодняшний день в анализе данных. Проблема в том, что универсального софта нет, точнее есть в виде R, но он для начального уровня плох. Сейчас по мере появления свободного времени хочу посмотреть всякие графические присадки к R: RKWard, Deductor и т.п, а также специализированные пакеты под R со своим графическим интерфейсом, который смогут осилить аспиранты и продвинутые студенты. RCommaner чем дальше тем больше, скоро наверное будет тупо вообще все имеющиеся пакеты с cran подгружать...

Ещё появились еретические мысли по поводу бутстрепа в случае многопеременных техник и особенно в случае иммунологии. Делился ими здесь:
http://r-statistics.livejournal.com/61797.html
Буду признателен за критику, мысли, опыт и т.п.

Сообщение отредактировал nokh - 14.09.2015 - 18:29

[bubnilkin]

...больше склоняюсь в пользу ресемплинг-техник: рандомизационных тестов, бутстрепа, складного ножа... это - сегодняшний день в анализе данных

Не подбросите литературы, доступной для понимания?

...универсального софта нет, точнее есть в виде R, но он для начального уровня плох...

Возможно, поможет бесплатное решение SAS University Edition (http://www.sas.com/en_us/software/university-edition.html).
(Сам, правда, не пользовался и на SAS не работаю .)
Там есть модуль SAS/IML, который (если я правильно понимаю) имеет отношение к перечисленным выше техникам; из него в SAS можно кодить на R.
Что-то посмотреть можно в блоге: http://blogs.sas.com/content/iml/tag/boots...-and-resampling .

[nokh]

Не подбросите литературы, доступной для понимания?

Возможно, поможет бесплатное решение SAS University Edition (http://www.sas.com/en_us/software/university-edition.html).
(Сам, правда, не пользовался и на SAS не работаю .)
Там есть модуль SAS/IML, который (если я правильно понимаю) имеет отношение к перечисленным выше техникам; из него в SAS можно кодить на R.
Что-то посмотреть можно в блоге: http://blogs.sas.com/content/iml/tag/boots...-and-resampling .

Доступно и по-русски: http://www.ievbras.ru/ecostat/Kiril/Article/A32/Stare.htm
В SAS тоже не довелось поработать, да и не нужно уже. Нужно осваивать R. У Шитикова коды есть, всё работает. Не всё оптимально, кое-что в сети есть лучше/короче/понятнее, но начать вполне хватит.