Процентное содержание фракций, правильно обработать данные Опции

[Света K]

Имеются данные (процентное содержание фракций A, B и C (столбцы 2-4) и общее количество (столбец 1) определенных липидов в плазме), взятые у одного контрольного индивида (1) и полсотни испытуемых (2-48) после воздействия неким агентом. Как правильно статистически обработать эти данные, и какие и чем обоснованные выводы в результате можно сделать?

Прикрепленные файлы

 Фракционный_состав.zip ( 646 байт ) Кол-во скачиваний: 310

 

[p2004r]

Имеются данные (процентное содержание фракций A, B и C (столбцы 2-4) и общее количество (столбец 1) определенных липидов в плазме), взятые у одного контрольного индивида (1) и полсотни испытуемых (2-48) после воздействия неким агентом. Как правильно статистически обработать эти данные, и какие и чем обоснованные выводы в результате можно сделать?

"Обработать" это жаргон ничего увы конкретного не означающий.

1.

Очень странный набор данных.

Если у нас есть точка и выборка, то все что мы можем сделать это построить процентили распределения и посмотреть на какой из них попала именно эта точка.

mvtnorm: Multivariate Normal and t Distributions https://cran.r-project.org/web/packages/mvt...s/MVT_Rnews.pdf

2. Можно просто посмотреть что там в датасете "глазами"

Вот например читаем данные и смотрим на большую часть дисперсии в них. Номера точки соответствуют нумерации в файле

Код

> df.lipid <-read.csv2("Фракционный состав.csv", header=F)
> plot(prcomp(df.lipid[,2:4]/df.lipid[,1], center=T, scale.=T))
> biplot(prcomp(df.lipid[,2:4]/df.lipid[,1], center=T, scale.=T))

Ну и например можно оценить где здесь среднее арифметическое многомерного распределения, и его квантили визуально оценить бутсрепом.

Код

> butstrep <- do.call(rbind,
                                  replicate(10000,
                                                  predict(df.lipid.pca,
                                                               data.frame(t(colMeans((df.lipid[-1,2:4]/df.lipid[-1,1])[sample(1:(48-1), replace=T),])))),
                                                  simplify=F) )

> plot(df.lipid.pca$x[,1:2])
> points(butstrep[,1:2], pch=".")

Сообщение отредактировал p2004r - 23.11.2017 - 19:50

Эскизы прикрепленных изображений

 

[Света K]

читаем данные и смотрим на большую часть дисперсии в них. Номера точки соответствуют нумерации в файле

Это я так понимаю второй рисунок? А на первом что за 3 разных столбца с дисперсией? Фракция А варьирует значительно сильнее чем В, а В сильнее чем С? Можете объяснить?

Прочитайте что такое тернарный график https://en.wikipedia.org/wiki/Ternary_plot

Читаю данное пояснение и вижу, что это все-таки не то, даже совсем не то. Тут написано, что тернарные графики используются для показа состава смесей, состоящих из 3-х компонентов или показа условий когда три отдельные фазы существуют в равновесии. У меня ничего такого нет, да я и так знаю, что эти фракции у каждого индивида существуют в равновесии, у меня есть действующий агент, и надо бы статистически доказать повлиял/не повлиял ли он (и как именно) на общий/фракционный состав смеси. Т.е. есть ли какой-либо эффект он него? Да и не 3 компонента может быть, а до 10 (хотя какая разница), сейчас например я делаю опыт где определяю уже 5 фракций.

Существуют десятки пакетов для R с реализацией различных алгоритмов кластерного анализа...Выбирайте любой.

Что-то не получается. Беру первый попавшийся пакет cluster с настройками по умолчанию - строит дендрограмму, но разделения на отдельные группы там нет. Есть в пакете еще куча всяких опций, но разобраться в них самостоятельно я не смогу.

[p2004r]

Это я так понимаю второй рисунок? А на первом что за 3 разных столбца с дисперсией? Фракция А варьирует значительно сильнее чем В, а В сильнее чем С? Можете объяснить?


Читаю данное пояснение и вижу, что это все-таки не то, даже совсем не то. Тут написано, что тернарные графики используются для показа состава смесей, состоящих из 3-х компонентов или показа условий когда три отдельные фазы существуют в равновесии. У меня ничего такого нет, да я и так знаю, что эти фракции у каждого индивида существуют в равновесии, у меня есть действующий агент, и надо бы статистически доказать повлиял/не повлиял ли он (и как именно) на общий/фракционный состав смеси. Т.е. есть ли какой-либо эффект он него? Да и не 3 компонента может быть, а до 10 (хотя какая разница), сейчас например я делаю опыт где определяю уже 5 фракций.

1) Прочитайте сначала https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%B5%...%B5%D0%BD%D1%82 потом будет уместно задавать вопросы.


2) я поделил на количество, это видите? (хотя, какая разница)