Модель для прогнозирования. Опции

[Felix77]

пожалуйста, можно ли из имеющихся данных создать модель для прогнозирования. В прилагаемой таблице представлены переменные пациентов, у которых в последствии развилась контраст индуцированная нефропатия (КИН), соответственно зависимая переменная - КИН (0-не развилась КИН, 1 - развилась). Пытался использовать логистическую регрессию, которая не показала значимого влияния предикторов. Пытался применить Random Forest, в R ничего не получилось. Может проблема в большом количестве пропущенных данных

Прикрепленные файлы

 CIN.xlsx ( 27,58 килобайт ) Кол-во скачиваний: 343

 

[p2004r]

пожалуйста, можно ли из имеющихся данных создать модель для прогнозирования. В прилагаемой таблице представлены переменные пациентов, у которых в последствии развилась контраст индуцированная нефропатия (КИН), соответственно зависимая переменная - КИН (0-не развилась КИН, 1 - развилась). Пытался использовать логистическую регрессию, которая не показала значимого влияния предикторов. Пытался применить Random Forest, в R ничего не получилось. Может проблема в большом количестве пропущенных данных

Код

df.cin <- data.table::fread("./CIN.csv", dec=",")

str(df.cin)

df.cin$КИН <- as.factor(df.cin$КИН)
df.cin$пол <- as.factor(df.cin$пол)
df.cin$поч_функц <- as.factor(df.cin$поч_функц)

library(mice)

md.pattern(df.cin)

library(randomForestSRC)

?rfsrc



res.rfsrc <- rfsrc(КИН~.,
                   data=na.omit(df.cin[,-1]),
                   case.wt = randomForestSRC:::make.wt(na.omit(df.cin)$КИН),
                   sampsize = randomForestSRC:::make.size(na.omit(df.cin)$КИН),
                   ntree = 5000)

res.rfsrc <- rfsrc(КИН~.,
                   data=df.cin[,-1],
                   case.wt = randomForestSRC:::make.wt(df.cin$КИН),
                   sampsize = randomForestSRC:::make.size(df.cin$КИН),
                   na.action = "na.impute")


res.rfsrc <- rfsrc(КИН~., data=df.cin[,-1], na.action = "na.impute")


res.rfsrc

randomForestSRC::var.select(res.rfsrc, nrep = 40)


> res.rfsrc
                         Sample size: 116
           Frequency of class labels: 100, 16
                     Number of trees: 5000
           Forest terminal node size: 1
       Average no. of terminal nodes: 8.6332
No. of variables tried at each split: 3
              Total no. of variables: 9
                            Analysis: RF-C
                              Family: class
                      Splitting rule: gini
              Normalized Brier score: 80.79
                          Error rate: 0.27, 0.22, 0.56

Confusion matrix:

          predicted
  observed  0  1 class.error
         0 78 22      0.2200
         1  9  7      0.5625

    Overall error rate: 26.72%
> randomForestSRC::var.select(res.rfsrc, nrep = 40)
minimal depth variable selection ...


-----------------------------------------------------------
family             : class
var. selection     : Minimal Depth
conservativeness   : medium
x-weighting used?  : TRUE
dimension          : 9
sample size        : 116
ntree              : 5000
nsplit             : 0
mtry               : 3
nodesize           : 1
refitted forest    : FALSE
model size         : 5
depth threshold    : 2.9802
PE (true OOB)      : 0.2672 0.22 0.5625


Top variables:
          depth vimp
возраст   2.633   NA
тропонин  2.783   NA
КФК2      2.944   NA
калий     2.950   NA
креатинин 2.976   NA
-----------------------------------------------------------
>

Вполне себе выделяет...

Правда что то разумное сказать почему выделяет как то не очень получается... ну возрас большой, калий большой, малый креатинин ??? Но какое то решающее правило не выводиться, да и случайный лес меняет показания постоянно...

Код

data.cin.pca <- data.frame(КИН=na.omit(df.cin[,-c(1,4,6,8,10)])[,c("КИН")],
                           prcomp(na.omit(df.cin[,-c(1,3,4,6,8,10)]), center = T, scale. = T)$x)


data.cin.pca$КИН <- as.factor(data.cin.pca$КИН)

res.pca.rfsrc <- rfsrc(КИН~.,
                       data=data.cin.pca,
                       case.wt = randomForestSRC:::make.wt(data.cin.pca$КИН),
                       sampsize = randomForestSRC:::make.size(data.cin.pca$КИН),
                       ntree = 5000)

res.pca.rfsrc
randomForestSRC::var.select(res.pca.rfsrc, nrep = 40)

res.pca <- prcomp(na.omit(df.cin[,-c(1,3,4,6,8,10)]), center = T, scale. = T)

biplot(res.pca, choices = c(5,3))


pairs(data.cin.pca[,c(6,4)], col = c("black", "red")[data.cin.pca$КИН])

Сообщение отредактировал p2004r - 13.06.2018 - 12:46

Эскизы прикрепленных изображений