 Индекс сходства Жаккара., Проблемы с оценкой статистической значимости |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
 17.05.2019 - 00:17
Сообщение
#1
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1219 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704  |
Провели анализ микробных ассоциаций в ожоговых ранах, выборка хорошая - более 400 проб. При оценке значимости ассоциаций с помощью индекса Жаккара в R-пакете jaccard выявилась такая штука: относительно большие индексы могли оказаться незначимыми (J=0.32; Р=0,504), а почти нулевые - значимыми (J=0.06; P=0.049). Если интересно - могу выложить данные, хотя я понял почему так происходит и сделал простой маленький пример. Стал искать другие пути, но не получается справиться самостоятельно. Буду очень признателен за помощь. Описание проблемы и вопросы в прикреплённом файле Help. Второй файл - статья, на которую есть надежда. Может ещё какие варианты подскажите...
Сообщение отредактировал nokh - 17.05.2019 - 00:49
Прикрепленные файлы
Real_The_probabilistic_basis_of_Jaccard_s_index_1996.pdf ( 638,93 килобайт )
Кол-во скачиваний: 399
Help.pdf ( 203,41 килобайт )
Кол-во скачиваний: 549 |
 |
 
|
 |
|
 |
Ответов
|
17.05.2019 - 20:53
Сообщение
#2
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Цитата(nokh @ 17.05.2019 - 00:17)  Провели анализ микробных ассоциаций в ожоговых ранах, выборка хорошая - более 400 проб. При оценке значимости ассоциаций с помощью индекса Жаккара в R-пакете jaccard выявилась такая штука: относительно большие индексы могли оказаться незначимыми (J=0.32; Р=0,504), а почти нулевые - значимыми (J=0.06; P=0.049). Если интересно - могу выложить данные, хотя я понял почему так происходит и сделал простой маленький пример. Стал искать другие пути, но не получается справиться самостоятельно. Буду очень признателен за помощь. Описание проблемы и вопросы в прикреплённом файле Help. Второй файл - статья, на которую есть надежда. Может ещё какие варианты подскажите... По поводу формул (16) и (17) из статьи - да все правильно: VR3,N=3^N по ф-ле (14). Соответственно, VR2,N-x=2^(N-x). Оба этих коэффициента получены в предположении, что D=0, откуда делаем единственно возможный вывод, что применительно к нашему случаю N=A+B+C+0=A+B+C. Можете смело программировать. К слову, для рассматриваемой в качестве примера таблицы с(5,1,1,0) для J=,71428571 вычисления по формуле (17) дают p-value=.045267. При всем при том, что тест отношения правдоподобия для этой таблицы статистически не значим. Сообщение отредактировал 100$ - 17.05.2019 - 20:58 |
|
|
|
|
|
Сообщений в этой теме
nokh Индекс сходства Жаккара. 17.05.2019 - 00:17
p2004r Цитата(nokh @ 17.05.2019 - 00:17) Пр... 17.05.2019 - 12:07 nokh Благодарю откликнувшихся!
1) <p2004r. Инде... 19.05.2019 - 05:55
100$ ЦитатаБуду разбираться и пытаться программировать,... 19.05.2019 - 14:12 nokh Цитата(100$ @ 19.05.2019 - 16:1... 19.05.2019 - 22:09 100$ Цитата(nokh @ 19.05.2019 - 22:09) Бу... 20.05.2019 - 16:51 nokh Цитата(100$ @ 20.05.2019 - 18:5... 20.05.2019 - 22:06 100$ Цитата(nokh @ 20.05.2019 - 22:06) Ог... 20.05.2019 - 22:16 100$ Цитата(nokh @ 20.05.2019 - 22:06) С ... 21.05.2019 - 11:33 nokh Цитата(100$ @ 21.05.2019 - 13:3... 21.05.2019 - 12:57 100$ Цитата(nokh @ 21.05.2019 - 12:57) Уж... 21.05.2019 - 13:32 DrgLena Цитата(nokh @ 17.05.2019 - 00:17) Ес... 21.05.2019 - 10:16 nokh Цитата(DrgLena @ 21.05.2019 - 12:16)... 21.05.2019 - 12:43 |