Индекс сходства Жаккара., Проблемы с оценкой статистической значимости Опции

[nokh]

Провели анализ микробных ассоциаций в ожоговых ранах, выборка хорошая - более 400 проб. При оценке значимости ассоциаций с помощью индекса Жаккара в R-пакете jaccard выявилась такая штука: относительно большие индексы могли оказаться незначимыми (J=0.32; Р=0,504), а почти нулевые - значимыми (J=0.06; P=0.049). Если интересно - могу выложить данные, хотя я понял почему так происходит и сделал простой маленький пример. Стал искать другие пути, но не получается справиться самостоятельно. Буду очень признателен за помощь. Описание проблемы и вопросы в прикреплённом файле Help. Второй файл - статья, на которую есть надежда. Может ещё какие варианты подскажите...

Сообщение отредактировал nokh - 17.05.2019 - 00:49

Прикрепленные файлы

 Real_The_probabilistic_basis_of_Jaccard_s_index_1996.pdf ( 638,93 килобайт ) Кол-во скачиваний: 467
 Help.pdf ( 203,41 килобайт ) Кол-во скачиваний: 611

 

[nokh]

Благодарю откликнувшихся!

1) <p2004r. Индекс Жаккара неэквивалентен достигнутому Р - в этом вся тонкость ситуации. Эквивалентом р является индекс Раупа-Крика: он тасует методом Монте-Карло строки второго столбца и строит распределение J для нулевой гипотезы отсутствия ассоциации с отсечением площади Р для наблюдаемого исходного значения. Индекс Раупа-Крика=1-Р_{Монте-Карло}. Поскольку ноли из ячейки D тоже участвуют в перестановках, этот индекс кардинально отличаются от J (хотя этот результат - безусловно оценка значимости ассоциации). В принципе, то что делает пакет jaccard ещё круче, т.к. в варианте exact он реализует все возможные перестановки. Тогда (1-Р_exact) будет являться точной версией индекса Раупа-Крика. То, как работает exact я показал в Help и мне это не понравилось (в контексте интерпретации такого P в качестве Р для индекса Жаккара).
Бутстреп будет играться со строками выборки целиком (а не со значениями одного столбца) и т.о. полученные бутстреп-реплики J вероятно не будут подвержены влиянию ячейки D. По точке нижней границе доверительного интервала такого бутстрепированного индекса Жаккара ещё не включающего ноль можно вычислить Р. Это - хорошая идея, попробую на своих примерчиках и данных.

2) <100$. Получается, что формула рабочая, это я её неправильно читаю(( Буду разбираться и пытаться программировать, хотя скорее всего здесь у меня из R получится BASIC.

3) А что вы думаете по поводу такого подхода: удалить из набора данных строки двойных нулей (ячейка D) и считать Монте-Карло или exact только оставшиеся ячейки?