Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

> Поиск типичного объекта
nokh
сообщение 23.06.2020 - 09:43
Сообщение #1





Группа: Пользователи
Сообщений: 1218
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Имеется несколько выборок образцов с измеренными в ImageJ показателями размеров и формы. Посчитана описательная статистика.
Теперь я хочу найти образец, наиболее типичный для каждой выборки по комплексу показателей и использовать его контур в качестве иллюстрации для всей выборки.
Подскажите, пожалуйста, каким методом проще всего найти типичный образец и что использовать: среднее, медиану, моду? Может есть готовые рекомендации для таких задач?
Спасибо!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
 
Открыть тему
Ответов
nokh
сообщение 24.06.2020 - 20:30
Сообщение #2





Группа: Пользователи
Сообщений: 1218
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Благодарю всех откликнувшихся! Всё прочитал, просмотрел, попробовал... и решил отказаться от игр с расстояниями и от кластерного анализа. Пока остановился на старом добром PCA. Рассчитал факторные метки для каждого объекта по всем PC и нашёл сумму их абсолютных значений по всем осям. Навеяно 100$ и желанием сохранить в анализе коррелирующие показатели. Объект с минимальной суммой расположен ближе всего к центроиду гипероблака. Если у форумчан есть время и желание прикрепляю свои объекты. Теперь у меня есть кандидат на победу!

PS Конечно, никакие PCA не опишут форму так, как геометрическая морфометрия, но для моей задачи это немыслимая трудоёмкость. А так я за 5 мин могу получить массив годных цифр, включая время на фото, его портирование в комп и обработку в ImageJ. В дополнение к книге р2004r хорошее русскоязычное руководство: https://ipae.uran.ru/sites/default/files/pu...silyevEtAl2.pdf

Сообщение отредактировал nokh - 24.06.2020 - 20:33
Эскизы прикрепленных изображений
Прикрепленное изображение
 

Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  Mean_object.xls ( 20,5 килобайт ) Кол-во скачиваний: 479
 
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
100$
сообщение 24.06.2020 - 22:32
Сообщение #3





Группа: Пользователи
Сообщений: 902
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694



Цитата(nokh @ 24.06.2020 - 20:30) *
Благодарю всех откликнувшихся! Всё прочитал, просмотрел, попробовал... и решил отказаться от игр с расстояниями и от кластерного анализа. Пока остановился на старом добром PCA. Рассчитал факторные метки для каждого объекта по всем PC и нашёл сумму их абсолютных значений по всем осям. Навеяно 100$ и желанием сохранить в анализе коррелирующие показатели. Объект с минимальной суммой расположен ближе всего к центроиду гипероблака. Если у форумчан есть время и желание прикрепляю свои объекты. Теперь у меня есть кандидат на победу!


Nokh, так мы ищем типичного среди этих 54?
Если да, то просьба указать, какой парень на прилагаемом изображении претендует на эту роль?

Эскизы прикрепленных изображений
Прикрепленное изображение
 
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 25.06.2020 - 21:30
Сообщение #4





Группа: Пользователи
Сообщений: 1218
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Цитата(100$ @ 25.06.2020 - 00:32) *
Nokh, так мы ищем типичного среди этих 54?
Если да, то просьба указать, какой парень на прилагаемом изображении претендует на эту роль?

Лучший претендент - парень No 35.
К сожалению не получилось уйти от принятия решения и свести всё к механическому расчёту. По идее типизация должна быть инвариантна к набору признаков. Например в данном случае источников изменчивости 3: 1) крупность объекта, 2) округлость, 3) неровность края. В этом наборе признаков большинство вкладывается в крупность, тогда как в неровность почти только Solidity. Поэтому если проводить кластеризацию, то она "сработает" преимущественно по крупности. Поэтому сначала редукция с обобщением, потом принятие решения о числе источников изменчивости, и только потом поиск типичных/нетипичных объектов в рамках рассматриваемых источников. Вышло достаточно тривиально(((

PS А пример с лётчиками является также хорошей иллюстрацией правила, что с увеличением числа признаков на объект увеличивается степень уникальности объекта. Поэтому я теоретически разочаровался в бутстрэпе для многопеременных техник и полюбил складной нож и Монте-Карло (писал в статье по корреляционной адаптометрии).

Сообщение отредактировал nokh - 25.06.2020 - 21:31
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
100$
сообщение 25.06.2020 - 22:02
Сообщение #5





Группа: Пользователи
Сообщений: 902
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694




Вас понял.

А что это за объекты? Вареники, пельмени, моллюски, инфузории-туфельки?
Я только сейчас заметил, что на рисунке они, оказывается, пронумерованы.


Цитата
А пример с лётчиками является также хорошей иллюстрацией правила, что с увеличением числа признаков на объект увеличивается степень уникальности объекта...


Пример с летчиками доказывает, прежде всего то, что доверительное множество для многомерного параметра не сводится совокупности доверительных интервалов для индивидуальных координат вектора признаков. А то, что среднее не является членом вариационного ряда, мы знаем и без этого примера. Тому лейтенанту ничто не мешало искать многомерную медиану или многомерную моду. Правда, задача эта - нетривиальная.
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
nokh
сообщение 25.06.2020 - 22:17
Сообщение #6





Группа: Пользователи
Сообщений: 1218
Регистрация: 13.01.2008
Из: Челябинск
Пользователь №: 4704



Цитата(100$ @ 26.06.2020 - 00:02) *
А что это за объекты? Вареники, пельмени, моллюски, инфузории-туфельки?

tongue.gif https://leplants.ru/lonicera-caerulea-lazurit/

Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
100$
сообщение 25.06.2020 - 22:25
Сообщение #7





Группа: Пользователи
Сообщений: 902
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694



Цитата(nokh @ 25.06.2020 - 22:17) *


Ух, ты!
Эти теперь к ирисам Фишера добавится жимолость Нохрина.
Завидовать будэм! (с)
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Сообщений в этой теме
- nokh   Поиск типичного объекта   23.06.2020 - 09:43
- - 100$   Цитата(nokh @ 23.06.2020 - 09:43) Им...   23.06.2020 - 11:18
- - nokh   Спасибо большое, действенно и быстро! Единств...   23.06.2020 - 12:46
|- - 100$   ЦитатаМожет тогда лучше расстояния Махаланобиса? ...   23.06.2020 - 13:48
- - passant   По-моему, то, что вы описали есть типичнейшая зада...   23.06.2020 - 14:25
- - p2004r   Цитата(nokh @ 23.06.2020 - 09:43) Им...   23.06.2020 - 18:18
- - 100$   К слову, в этой книженции параграф 4.4. как раз по...   23.06.2020 - 19:31
- - passant   Что-бы немного развлеч достопочтенную публику и не...   23.06.2020 - 22:59
- - nokh   Благодарю всех откликнувшихся! Всё прочитал, п...   24.06.2020 - 20:30
- - 100$   Цитата(nokh @ 24.06.2020 - 20:30) Бл...   24.06.2020 - 22:32
|- - nokh   Цитата(100$ @ 25.06.2020 - 00:3...   25.06.2020 - 21:30
|- - 100$   Вас понял. А что это за объекты? Вареники, пельме...   25.06.2020 - 22:02
|- - nokh   Цитата(100$ @ 26.06.2020 - 00:0...   25.06.2020 - 22:17
|- - 100$   Цитата(nokh @ 25.06.2020 - 22:17) ...   25.06.2020 - 22:25
- - p2004r   Цитата(nokh @ 24.06.2020 - 20:30) Бл...   26.06.2020 - 20:32
- - nokh   Цитата(p2004r @ 26.06.2020 - 22:32) ...   30.06.2020 - 22:13


Добавить ответ в эту темуОткрыть тему