Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

> Критерий для анализа сверхмалых выборок, выборки из 3 значений. Применение стат. анализа
Vitek_22
сообщение 25.05.2022 - 12:45
Сообщение #1





Группа: Пользователи
Сообщений: 27
Регистрация: 7.12.2012
Пользователь №: 24440



Салют! Столкнулся с проблемой сравнения двух выборок, в каждой из которых по 3 значения. Это результаты иммуноблоттинга (определение концентрации целевого белка в пробе) очень ценных образцов, полученных от трансгенных животных. Но их - образцов, было всего 3 для каждой из групп (2 группы: интактная и подвергнутая воздействию исследуемого фактора). Покопавшись в литературе, нашёл статьи, где есть такие выборки и авторы как ни в чём не бывало используют t-критерий Стьюдента для сравнения средних. Нашёл статьи, где используют U-критерий Манна-Уитни... Скажем так, в биологии 3 образца - это нормально для публикации, если речь идёт об особо ценном и сложнополучаемом биоматериале (к примеру как у меня, когда животные практически не дают потомства). Т.е. представить эти данные можно и не стыдно. Но вот как сравнить, как показать, что эти выборки отличаются статистически значимо, иными словами, что наш исследуемый фактор значимо повлиял на концентрацию целевого белка?
Почитал ещё о таком методе, как ресамплинг или бутстреп, когда объём выборки искусственно увеличивают. Ну, не знаю насколько это правильно... также не нашёл софт и чёткого понимания как это сделать у меня нет.
Работаю в проге Statistica 12

Посоветуйте, как всё же обработать эти данные. Вот пример исходных цифр:
Выборка 1:
221,60112
305,217725
295,251684

Выборка 2:
371,3313
397,452722
437,212724
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
 
Открыть тему
Ответов
ИНО
сообщение 11.06.2022 - 15:09
Сообщение #2





Группа: Пользователи
Сообщений: 262
Регистрация: 1.06.2022
Из: Донецк
Пользователь №: 39632



Почитал мануал ПАСТа, относительно "permutation t tes" там сказано:
Цитата
The permutation test for equality of means uses the absolute difference in means as test statistic.
This is equivalent to using the t statistic. The permutation test is non-parametric with few
assumptions, but the two samples are assumed to be equal in distribution if the null hypothesis is
true. The number of permutations can be set by the user. The power of the test is limited by the
sample size ? significance at the p<0.05 level can only be achieved for n>3 in each sample.

То есть никакого t там в реальности нет, а тупо модуль разности средних. Попробовал повторить это на R:

Код
x<-c(221.60112, 305.217725, 295.251684, 371.3313, 397.452722, 437.212724)
R<-9999
absdiff<-abs(mean(x[1:3])-mean(x[4:6]))
res<-numeric(R)
for (i in 1:R)
{
perm<-sample(x)
permdiff<-abs(mean(perm[1:3])-mean(perm[4:6]))
if(permdiff>=absdiff) res [i]<-1
}
p<-(sum(res)+1)/(R+1)
p


Получилось уже знакомое p=0,1 с копейками. Откуда они берут p=0,03, тайна сия велика есть.

Сообщение отредактировал ИНО - 11.06.2022 - 15:13
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
100$
сообщение 12.06.2022 - 12:43
Сообщение #3





Группа: Пользователи
Сообщений: 902
Регистрация: 23.08.2010
Пользователь №: 22694



Цитата(ИНО @ 11.06.2022 - 15:09) *
Получилось уже знакомое p=0,1 с копейками. Откуда они берут p=0,03, тайна сия велика есть.


А это разовое значение (в смысле, полученное однократно)? Может быть, при повторе расчетов что-то изменится?
Спрашиваю потому, что ваш код из предыдущего поста выдал

- при R=9 999 p=.1028
- при R=99 999 p=.01
- при R=999 999 p=.1029

Поскольку в эксперименте генерируется повторная выборка (т.е. выборка с возвращением), то в строке

perm<-sample(x) желательно уточнить perm<-sample(x,replace=TRUE). Патамушта предельная ошибка повторной и бесповторной выборок вообще-то различаюцца...

Сообщение отредактировал 100$ - 12.06.2022 - 12:43
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Сообщений в этой теме
- Vitek_22   Критерий для анализа сверхмалых выборок   25.05.2022 - 12:45
- - Игорь   В принципе любая непараметрика. Можно посмотреть к...   26.05.2022 - 08:42
|- - salm   Цитата(Игорь @ 26.05.2022 - 08:42) В...   24.02.2023 - 13:32
|- - ИНО   В указанных критериях объемы выборок, учитывается ...   24.02.2023 - 14:47
||- - salm   Цитата(ИНО @ 24.02.2023 - 14:47) В у...   24.02.2023 - 20:55
||- - 100$   > Спасибо. А в принципе, такое выражение ...   24.02.2023 - 23:32
|- - Игорь   Цитата(salm @ 24.02.2023 - 14:32) Зд...   24.02.2023 - 17:37
|- - salm   Цитата(Игорь @ 24.02.2023 - 17:37) Е...   24.02.2023 - 20:47
|- - ИНО   Цитата(salm @ 24.02.2023 - 20:47) А ...   25.02.2023 - 05:37
|- - Игорь   Цитата(ИНО @ 25.02.2023 - 05:37) Кон...   1.03.2023 - 10:25
- - Vitek_22   Игорь, спасибо. А как обосновать использование это...   26.05.2022 - 10:41
|- - 100$   Цитата(Vitek_22 @ 26.05.2022 - 10:41...   26.05.2022 - 17:46
|- - Игорь   Цитата(Vitek_22 @ 26.05.2022 - 10:41...   31.05.2022 - 07:07
- - ИНО   Вот-только при помощи перестановок Вы никогда не д...   5.06.2022 - 23:55
- - Игорь   Цитата(Vitek_22 @ 25.05.2022 - 13:45...   9.06.2022 - 13:53
|- - 100$   Цитата(Игорь @ 9.06.2022 - 13:53) Кр...   9.06.2022 - 16:17
|- - ИНО   Цитата(100$ @ 9.06.2022 - 16:17...   9.06.2022 - 23:21
|- - 100$   Цитата(ИНО @ 9.06.2022 - 23:21) Поче...   10.06.2022 - 10:08
- - ИНО   Сдается мне, Ваше творение нагло врет, по крайней ...   9.06.2022 - 16:05
- - Игорь   Спасибо коллегам за подробный разбор. Проверил. Сн...   9.06.2022 - 20:08
- - ИНО   ЦитатаГрубо говоря - одно и то же. Исправлять нече...   9.06.2022 - 22:28
|- - Игорь   Цитата(ИНО @ 9.06.2022 - 22:28) Одна...   10.06.2022 - 13:15
- - ИНО   Очевидно, сии подделки экселя прозрачно намекают, ...   10.06.2022 - 14:00
- - ИНО   Почитал мануал ПАСТа, относительно "permutati...   11.06.2022 - 15:09
|- - 100$   Цитата(ИНО @ 11.06.2022 - 15:09) Пол...   12.06.2022 - 12:43
- - ИНО   ЦитатаА это разовое значение (в смысле, полученное...   13.06.2022 - 19:29
- - nokh   Цитата(Vitek_22 @ 25.05.2022 - 14:45...   17.06.2022 - 07:34
|- - ИНО   Цитата(nokh @ 17.06.2022 - 07:34) Мо...   17.06.2022 - 13:17
|- - 100$   Цитата(ИНО @ 17.06.2022 - 13:17) ......   17.06.2022 - 13:26
- - 100$   ЦитатаНе знаю почему уважаемые участники форума не...   17.06.2022 - 12:13
- - ИНО   Хороший вопрос! Документация пакета boot (свер...   17.06.2022 - 17:12
|- - 100$   Цитата(ИНО @ 17.06.2022 - 17:12) Выв...   18.06.2022 - 01:12
- - ИНО   Ну что поделать, я не умею толком ни программирова...   18.06.2022 - 01:54
- - comisora   Добрый день. Предлагаю рассмотреть на жизнеспособн...   18.06.2022 - 17:49
- - ИНО   ИМХО бета тут как бы совсем за уши притянута, огра...   18.06.2022 - 18:17
- - comisora   2ИНО Ошибки исправил, результат тоже, спасибо. По...   18.06.2022 - 19:12
- - 100$   >comisora, а вы можете откомментировать констр...   18.06.2022 - 21:26
- - comisora   2 100$ Конечно. Это я усложнил код, так как ...   18.06.2022 - 23:53
|- - 100$   Цитата(comisora @ 18.06.2022 - 23:53...   19.06.2022 - 00:16
- - 100$   Подведем некоторые промежуточные итоги. В соответ...   19.06.2022 - 22:20
- - comisora   2 100$ У меня опыта создания пакетов нет (да...   20.06.2022 - 00:42
- - ИНО   Цитата(100$ @ 19.06.2022 - 22:2...   20.06.2022 - 04:56
|- - 100$   "Я проснулся сегодня рано..." (Исполняет...   20.06.2022 - 13:01
- - ИНО   Нет, на той гистограмме - распределение при нулево...   20.06.2022 - 17:10
|- - 100$   ЦитатаНет, на той гистограмме - распределение при ...   20.06.2022 - 23:24
- - ИНО   Да все в порядке изначально было с гистограммой ст...   21.06.2022 - 03:31
|- - 100$   ЦитатаС этим не спорю. Заметьте, здесь порядок циф...   21.06.2022 - 12:21
- - ИНО   Ну, результаты моделирования как бы намекают, что ...   21.06.2022 - 21:00
|- - 100$   Цитата(ИНО @ 21.06.2022 - 21:00) А в...   23.06.2022 - 00:19
- - comisora   Цитата(100$ @ 21.06.2022 - 12:2...   22.06.2022 - 10:42
- - ИНО   Этот ответ справедлив только для критериев рандоми...   23.06.2022 - 04:56
- - 100$   Но, если уж на то пошло, для желаемого соотношения...   23.06.2022 - 11:10
- - salm   Добрый день. пожалуйста, у меня есть парные измер...   12.01.2023 - 11:51
|- - 100$   Цитата(salm @ 12.01.2023 - 11:51) До...   12.01.2023 - 13:39
|- - salm   Цитата(100$ @ 12.01.2023 - 13:3...   12.01.2023 - 16:09
- - ИНО   Проблема множественных сравнений отнюдь не исчерпы...   1.03.2023 - 12:35
|- - Игорь   Цитата(ИНО @ 1.03.2023 - 12:35) Проб...   1.03.2023 - 20:24
- - ИНО   Пример 1. Почему у Смирнова мощность значительно м...   2.03.2023 - 07:16
|- - Игорь   Цитата(ИНО @ 2.03.2023 - 08:16) А ве...   2.03.2023 - 07:39
- - ИНО   Так-то оно так, вот только для перестраховки приня...   2.03.2023 - 10:06
|- - Игорь   Цитата(ИНО @ 2.03.2023 - 10:06) Так-...   2.03.2023 - 11:10
- - ИНО   Причем тут смежные области? Вопрос лежит сугубо в ...   2.03.2023 - 11:51


Добавить ответ в эту темуОткрыть тему