Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
25.05.2022 - 12:45
Сообщение
#1
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 30 Регистрация: 7.12.2012 Пользователь №: 24440 |
Салют! Столкнулся с проблемой сравнения двух выборок, в каждой из которых по 3 значения. Это результаты иммуноблоттинга (определение концентрации целевого белка в пробе) очень ценных образцов, полученных от трансгенных животных. Но их - образцов, было всего 3 для каждой из групп (2 группы: интактная и подвергнутая воздействию исследуемого фактора). Покопавшись в литературе, нашёл статьи, где есть такие выборки и авторы как ни в чём не бывало используют t-критерий Стьюдента для сравнения средних. Нашёл статьи, где используют U-критерий Манна-Уитни... Скажем так, в биологии 3 образца - это нормально для публикации, если речь идёт об особо ценном и сложнополучаемом биоматериале (к примеру как у меня, когда животные практически не дают потомства). Т.е. представить эти данные можно и не стыдно. Но вот как сравнить, как показать, что эти выборки отличаются статистически значимо, иными словами, что наш исследуемый фактор значимо повлиял на концентрацию целевого белка?
Почитал ещё о таком методе, как ресамплинг или бутстреп, когда объём выборки искусственно увеличивают. Ну, не знаю насколько это правильно... также не нашёл софт и чёткого понимания как это сделать у меня нет. Работаю в проге Statistica 12 Посоветуйте, как всё же обработать эти данные. Вот пример исходных цифр: Выборка 1: 221,60112 305,217725 295,251684 Выборка 2: 371,3313 397,452722 437,212724 |
|
|
![]() |
![]() |
![]() |
11.06.2022 - 15:09
Сообщение
#2
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 290 Регистрация: 1.06.2022 Из: Донецк Пользователь №: 39632 |
Почитал мануал ПАСТа, относительно "permutation t tes" там сказано:
Цитата The permutation test for equality of means uses the absolute difference in means as test statistic. This is equivalent to using the t statistic. The permutation test is non-parametric with few assumptions, but the two samples are assumed to be equal in distribution if the null hypothesis is true. The number of permutations can be set by the user. The power of the test is limited by the sample size ? significance at the p<0.05 level can only be achieved for n>3 in each sample. То есть никакого t там в реальности нет, а тупо модуль разности средних. Попробовал повторить это на R: Код x<-c(221.60112, 305.217725, 295.251684, 371.3313, 397.452722, 437.212724) R<-9999 absdiff<-abs(mean(x[1:3])-mean(x[4:6])) res<-numeric(R) for (i in 1:R) { perm<-sample(x) permdiff<-abs(mean(perm[1:3])-mean(perm[4:6])) if(permdiff>=absdiff) res [i]<-1 } p<-(sum(res)+1)/(R+1) p Получилось уже знакомое p=0,1 с копейками. Откуда они берут p=0,03, тайна сия велика есть. Сообщение отредактировал ИНО - 11.06.2022 - 15:13 |
|
|
![]() |
![]() |
12.06.2022 - 12:43
Сообщение
#3
|
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 902 Регистрация: 23.08.2010 Пользователь №: 22694 |
Получилось уже знакомое p=0,1 с копейками. Откуда они берут p=0,03, тайна сия велика есть. А это разовое значение (в смысле, полученное однократно)? Может быть, при повторе расчетов что-то изменится? Спрашиваю потому, что ваш код из предыдущего поста выдал - при R=9 999 p=.1028 - при R=99 999 p=.01 - при R=999 999 p=.1029 Поскольку в эксперименте генерируется повторная выборка (т.е. выборка с возвращением), то в строке perm<-sample(x) желательно уточнить perm<-sample(x,replace=TRUE). Патамушта предельная ошибка повторной и бесповторной выборок вообще-то различаюцца... Сообщение отредактировал 100$ - 12.06.2022 - 12:43 |
|
|
![]() |
![]() |
Vitek_22 Критерий для анализа сверхмалых выборок 25.05.2022 - 12:45
Игорь В принципе любая непараметрика. Можно посмотреть к... 26.05.2022 - 08:42
salm Цитата(Игорь @ 26.05.2022 - 08:42) В... 24.02.2023 - 13:32
ИНО В указанных критериях объемы выборок, учитывается ... 24.02.2023 - 14:47

salm Цитата(ИНО @ 24.02.2023 - 14:47) В у... 24.02.2023 - 20:55

100$ > Спасибо. А в принципе, такое выражение ... 24.02.2023 - 23:32
Игорь Цитата(salm @ 24.02.2023 - 14:32) Зд... 24.02.2023 - 17:37
salm Цитата(Игорь @ 24.02.2023 - 17:37) Е... 24.02.2023 - 20:47
ИНО Цитата(salm @ 24.02.2023 - 20:47) А ... 25.02.2023 - 05:37
Игорь Удалено автором поста. 1.03.2023 - 10:25
Vitek_22 Игорь, спасибо. А как обосновать использование это... 26.05.2022 - 10:41
100$ Цитата(Vitek_22 @ 26.05.2022 - 10:41... 26.05.2022 - 17:46
Игорь Цитата(Vitek_22 @ 26.05.2022 - 10:41... 31.05.2022 - 07:07
ИНО Вот-только при помощи перестановок Вы никогда не д... 5.06.2022 - 23:55
Игорь Цитата(Vitek_22 @ 25.05.2022 - 13:45... 9.06.2022 - 13:53
100$ Цитата(Игорь @ 9.06.2022 - 13:53) Кр... 9.06.2022 - 16:17
ИНО Цитата(100$ @ 9.06.2022 - 16:17... 9.06.2022 - 23:21
100$ Цитата(ИНО @ 9.06.2022 - 23:21) Поче... 10.06.2022 - 10:08
ИНО Сдается мне, Ваше творение нагло врет, по крайней ... 9.06.2022 - 16:05
Игорь Спасибо коллегам за подробный разбор. Проверил. Сн... 9.06.2022 - 20:08
ИНО ЦитатаГрубо говоря - одно и то же. Исправлять нече... 9.06.2022 - 22:28
Игорь Цитата(ИНО @ 9.06.2022 - 22:28) Одна... 10.06.2022 - 13:15
ИНО Очевидно, сии подделки экселя прозрачно намекают, ... 10.06.2022 - 14:00
ИНО ЦитатаА это разовое значение (в смысле, полученное... 13.06.2022 - 19:29
nokh Цитата(Vitek_22 @ 25.05.2022 - 14:45... 17.06.2022 - 07:34
ИНО Цитата(nokh @ 17.06.2022 - 07:34) Мо... 17.06.2022 - 13:17
100$ Цитата(ИНО @ 17.06.2022 - 13:17) ...... 17.06.2022 - 13:26
100$ ЦитатаНе знаю почему уважаемые участники форума не... 17.06.2022 - 12:13
ИНО Хороший вопрос! Документация пакета boot (свер... 17.06.2022 - 17:12
100$ Цитата(ИНО @ 17.06.2022 - 17:12) Выв... 18.06.2022 - 01:12
ИНО Ну что поделать, я не умею толком ни программирова... 18.06.2022 - 01:54
comisora Добрый день.
Предлагаю рассмотреть на жизнеспособн... 18.06.2022 - 17:49
ИНО ИМХО бета тут как бы совсем за уши притянута, огра... 18.06.2022 - 18:17
comisora 2ИНО
Ошибки исправил, результат тоже, спасибо.
По... 18.06.2022 - 19:12
100$ >comisora,
а вы можете откомментировать констр... 18.06.2022 - 21:26
comisora 2 100$
Конечно. Это я усложнил код, так как ... 18.06.2022 - 23:53
100$ Цитата(comisora @ 18.06.2022 - 23:53... 19.06.2022 - 00:16
100$ Подведем некоторые промежуточные итоги.
В соответ... 19.06.2022 - 22:20
comisora 2 100$
У меня опыта создания пакетов нет (да... 20.06.2022 - 00:42
ИНО Цитата(100$ @ 19.06.2022 - 22:2... 20.06.2022 - 04:56
100$ "Я проснулся сегодня рано..." (Исполняет... 20.06.2022 - 13:01
ИНО Нет, на той гистограмме - распределение при нулево... 20.06.2022 - 17:10
100$ ЦитатаНет, на той гистограмме - распределение при ... 20.06.2022 - 23:24
ИНО Да все в порядке изначально было с гистограммой ст... 21.06.2022 - 03:31
100$ ЦитатаС этим не спорю. Заметьте, здесь порядок циф... 21.06.2022 - 12:21
ИНО Ну, результаты моделирования как бы намекают, что ... 21.06.2022 - 21:00
100$ Цитата(ИНО @ 21.06.2022 - 21:00) А в... 23.06.2022 - 00:19
comisora Цитата(100$ @ 21.06.2022 - 12:2... 22.06.2022 - 10:42
ИНО Этот ответ справедлив только для критериев рандоми... 23.06.2022 - 04:56
100$ Но, если уж на то пошло, для желаемого соотношения... 23.06.2022 - 11:10
salm Добрый день. пожалуйста, у меня есть парные измер... 12.01.2023 - 11:51
100$ Цитата(salm @ 12.01.2023 - 11:51) До... 12.01.2023 - 13:39
salm Цитата(100$ @ 12.01.2023 - 13:3... 12.01.2023 - 16:09
ИНО Проблема множественных сравнений отнюдь не исчерпы... 1.03.2023 - 12:35
Игорь Удалено автором поста. 1.03.2023 - 20:24
ИНО Пример 1. Почему у Смирнова мощность значительно м... 2.03.2023 - 07:16
Игорь Удалено автором поста. 2.03.2023 - 07:39
ИНО Так-то оно так, вот только для перестраховки приня... 2.03.2023 - 10:06
ИНО Причем тут смежные области? Вопрос лежит сугубо в ... 2.03.2023 - 11:51
Vitek_22 Господа, я что-то совсем позабыл выложить пример. ... 8.08.2025 - 00:33
Игорь Цитата(Vitek_22 @ 8.08.2025 - 01:33)... 8.08.2025 - 07:38
ИНО Если я правильно понял задачу, то получить p<0... 8.08.2025 - 18:26
Vitek_22 тов. Игорь, можете привести эти две выборки по 3 з... 8.08.2025 - 20:53
Игорь Цитата(Vitek_22 @ 8.08.2025 - 21:53)... 9.08.2025 - 10:01
ИНО Признаю свою неправоту. Хотя она не столкьо моя, с... 8.08.2025 - 21:21
Vitek_22 Тов. Игорь, в статье. что я приложил объём выборок... 9.08.2025 - 13:02
Игорь Цитата(Vitek_22 @ 9.08.2025 - 14:02)... 9.08.2025 - 15:58
ИНО Дело не в мощности. Мощность критерия - функция, з... 9.08.2025 - 17:51
ИНО RE: Критерий для анализа сверхмалых выборок 9.08.2025 - 18:24
ИНО Один неприятный технический момент, который можно ... 9.08.2025 - 18:34
Игорь Удалено автором поста. 10.08.2025 - 18:41
ИНО Я выложил распределение статистики. Постройте гист... 11.08.2025 - 12:32
Игорь Удалено автором поста. 11.08.2025 - 19:16
ИНО То есть слово "exact" в выдаче Вы в упор... 11.08.2025 - 20:52
ИНО ЦитатаStudent test (location): two sided p = 0.019... 11.08.2025 - 21:06
Игорь Удалено автором поста. 11.08.2025 - 21:56
ИНО Скачал Руниона этого. Алгоритм, который он предлаг... 11.08.2025 - 22:13
ИНО Цитата(Игорь @ 11.08.2025 - 21:56) У... 11.08.2025 - 22:25
Игорь Удалено автором поста. 12.08.2025 - 13:29
ИНО R правильно считает. StatXact, наверное, тоже счи... 12.08.2025 - 21:52
Игорь Удалено автором поста. 13.08.2025 - 11:44
ИНО Вы неверно считаете двустороннее. Что есть односто... 13.08.2025 - 13:55
Игорь Удалено автором поста. 14.08.2025 - 07:10
ИНО Вот именно двустороннее и неверное, к односторонни... 14.08.2025 - 17:40
Игорь Удалено автором поста 15.08.2025 - 09:21
ИНО Только что совершенно случайно в процессе чтения с... 14.08.2025 - 18:01
ИНО Игорь, полагаю, откуда и как установить R или еще ... 15.08.2025 - 13:48
Игорь Удалено автором поста. 15.08.2025 - 14:31
ИНО Если Вы считаете слово "творения" оскорб... 16.08.2025 - 13:13
Игорь Думаю, что мы немного погорячились. Да и я, винова... 26.08.2025 - 19:58
ИНО Тогда и меня простите. Но это касается исключитель... 26.08.2025 - 23:54
Игорь Цитата(ИНО @ 27.08.2025 - 00:54) Во-... 27.08.2025 - 08:09
ИНО Ну все ж хотелось бы докопаться до истины - какой ... 27.08.2025 - 16:26
Игорь В комментариях исходников coin есть названия источ... 4.09.2025 - 19:12![]() ![]() |