Harmonic mean p-value (HMP) как среднее для значений скорректированных p-value Опции

[Camel1000]

Добрый день, прошу помощи коллективного разума.

При изучении дифференциальной экспрессии генов (то есть насколько отличается экспрессия какого-либо гена в разах в опыте и контроле) используется несколько методов расчета. Все они так или иначе используют корректировку значения p для множественных сравнений (FDR, False Discovery Rate). Часто для максимальной "жесткости" списка отобранных генов используют сразу несколько методик расчета. Все они выдают свое значение FDR для конкретного гена, причем значения эти обычно довольно сильно разные.
Вопрос: можно ли в такой ситуации для расчета объединенного среднего занчения FDR использовать расчет гармонического среднего значений АВК (https://en.wikipedia.org/wiki/Harmonic_mean_p-value), насколько это корректно. Какие еще есть методы оценки комбинированного значения p?

Заранее спасибо,
Андрей

[Игорь]

Вопрос: можно ли в такой ситуации для расчета объединенного среднего занчения FDR использовать расчет гармонического среднего значений АВК (https://en.wikipedia.org/wiki/Harmonic_mean_p-value), насколько это корректно.

Думаю, что нет. Это методика для множественных сравнений эмпирических данных, а не статистических тестов. Нужно разбираться, почему результаты различаются - смотреть предпосылки применения методов и корректность их реализации. Эквивалентные методы статистической обработки не должны давать сильно различающиеся результаты. Для начала посмотреть анализ Бланда-Альтмана.

Какие еще есть методы оценки комбинированного значения p?

Начиная с данной Вами ссылки, можно "раскрутить" много источников информации по корректировке p-значения для множественных сравнений.

Сообщение отредактировал Игорь - 20.07.2023 - 08:26