Форум врачей-аспирантов

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

> Harmonic mean p-value (HMP) как среднее для значений скорректированных p-value
Camel1000
сообщение 18.07.2023 - 14:07
Сообщение #1





Группа: Пользователи
Сообщений: 17
Регистрация: 3.02.2013
Пользователь №: 24599



Добрый день, прошу помощи коллективного разума.

При изучении дифференциальной экспрессии генов (то есть насколько отличается экспрессия какого-либо гена в разах в опыте и контроле) используется несколько методов расчета. Все они так или иначе используют корректировку значения p для множественных сравнений (FDR, False Discovery Rate). Часто для максимальной "жесткости" списка отобранных генов используют сразу несколько методик расчета. Все они выдают свое значение FDR для конкретного гена, причем значения эти обычно довольно сильно разные.
Вопрос: можно ли в такой ситуации для расчета объединенного среднего занчения FDR использовать расчет гармонического среднего значений АВК (https://en.wikipedia.org/wiki/Harmonic_mean_p-value), насколько это корректно. Какие еще есть методы оценки комбинированного значения p?

Заранее спасибо,
Андрей
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 
 
Открыть тему
Ответов
ИНО
сообщение 19.07.2023 - 22:30
Сообщение #2





Группа: Пользователи
Сообщений: 262
Регистрация: 1.06.2022
Из: Донецк
Пользователь №: 39632



FDR и HMP - два альтернативных метода контроля ошибки первого рода при множественных сравнениях. Использовать второе после первого - лютый зашквар. Вы б сначала определились с допущениями разных вариантов FDR, и выбрали тот, которому ваша вероятностная модель порождения данных соответствует лучше (вполне вероятно, что некоторые из выданных прогой "скорректирвоанных p" просто не подходят для Вашего случая). Или использовали это ваше HMP без FDR (правда, я не знаю как именно оно работает и для каких случаев лучше подходит - не читал, но одобряю smile.gif )

Но на самом деле идея устреднить p в подобном случае - это нечто новое для меня (и почти что похвальное), обычно контингент аналитиков такого рода (не считающих нужным утруждаться доскональным копанием в вопросах допущений используемых ими критериев и соответствия им своих экспериментальных данных) моментально хватает самое меленькое (или, в случае априорного желания, нулевую гипотезу принять, самое большое), и никогда и никому на свете не признается, что видел какие-то еще smile.gif Примечание: не считать рекомендацией к действиям!
Вернуться в начало страницы
 
+Ответить с цитированием данного сообщения
 

Сообщений в этой теме


Добавить ответ в эту темуОткрыть тему